PROTEIN DEMO (DEMONDRUG)

Хочу рассказать о текущем состоянии проекта по фолдингу белков.

🧬 Что есть сейчас

Мы c Claude построили систему, которая предсказывает 3D структуру белка только из последовательности аминокислот.

Без нейросетей.
Без GPU-кластеров.
Без миллиардов параметров.

Текущие результаты (RMSD — чем меньше, тем лучше):

Crambin (46 остатков): 5.58 Å
Ubiquitin (76 остатков): 8.65 Å
BPTI (58 остатков): 9.44 Å

Для сравнения: AlphaFold даёт ~1.5 Å. Мы пока не конкурируем с AlphaFold — это честно.

ПОКА ЧТО! 😃

🔬 Что делает систему уникальной

1. Топологический подход — kNN-графы и Калмановская фильтрация вместо свёрточных сетей. Система "понимает" геометрию через расстояния между точками, а не через выученные паттерны.

2. Black Hole Information Paradox — применили физику чёрных дыр к предсказанию контактов. Короткие расстояния (sep < 20) = "известная область". Длинные = "сингулярность". Информация распространяется через "entanglement islands" (химически обоснованные контакты).

3. Осцилляции и delta — система видит стабильность точек под вращением. Низкий delta = реальный контакт. Высокий delta = шум.

4. Физика, не статистика — реальные физические ограничения: длины связей (3.8 Å), ван-дер-ваальсовы радиусы, гидрофобные взаимодействия, дисульфидные мосты.

🎯 К чему стремимся

Цель: < 2 Å RMSD

Сейчас скачиваем c Claude 10,000+ высококачественных структур из PDB (X-ray, разрешение ≤ 2 Å). Гипотеза: больше данных → лучшие "аттракторы" → лучшие предсказания длинных контактов.

Текущий gap:
Crambin: 5.58 Å → 2 Å (gap 3.58 Å)
Ubiquitin: 8.65 Å → 2 Å (gap 6.65 Å)

⚖️ Честный вывод

Topology-only подход достиг ~5-9 Å. Это уже полезно для:
• Drug discovery (поиск карманов)
• Понимания общей формы белка
• Быстрого скрининга

Но для атомарной точности (< 2 Å) нужны либо MSA (множественное выравнивание), либо deep learning, либо MD-симуляции.

Мы продолжаем с Claude искать способ преодолеть этот барьер топологическими методами.

🧬 Метод: DEMON (kNN + Kalman + topology)
📊 Данные: PDB (10K+ структур)
🔓 Код закрыт. Если интересно — пишите.

Привет

Что ощущаю ?

Истощение...не успел проснуться, но понимаю, что так много работы по теме моделей, алгоритмов и так далее... Просто какой-то завал...

Буду разгребать

Я не гуляю, никуда не выхожу, я не хожу в магазин, я давно не стригся, часто принимаю душ, но чувствую себя во всём мутным.

Сплю сколько надо, но недосыпаю. Пытаюсь не спать, страдает здоровье.

Хоть спорт радует.

Моя жизнь строится из проснуться, посмотреть по сторонам, сесть за компьютер и ...а что уже вечер? Ясно...

Иногда так срочно бегу к компьютеру, что забываю умыться...а потом воюю с ошибками увлечённо до обеда пока не падает сахар от увлечения процессом и активной деятельности...иду полутрупом на перекус и дальше опять пропадаю.

Мне словно 5 лет...и у меня срочные дела с моими игрушками

Столько негатива было в личке и в паблике после этих постов и после того, как я просто поделился мыслями.

Самое интересное, что я даже официально ещё ничего не подтвердил, не патентовал - все в процессе.

Чувствую, что ждёт меня сложная дорога.

Написал о своих впечатлениях от репостов в канал Imaxai самому Максиму Горшенину, ну что ж..его ответ забавный:

"добро пожаловать в мир токсиков))"

Давайте распишу подробнее. Смотрите, когда идёт упоминание какой-либо грамотной разработки, то всё окей. Например, посты из паблика "Электричка" или другие средства массовой информации, которые бесплатны и открыты как каналы. Когда вот идёт новость на таких каналах без личностной характеристики, без упоминания фамилий авторов...а просто "такой-то такой-то институт, такой-то области, добился того-то и того-то" — на канале стабильные лайки. Никто толком из поставивших лайк не понимает разработки, но все довольны.

Допустим, что ты проект-одиночка, у которого интересные идеи для развития в ML-области (не будем тыкать пальцем). Ну вот любой налёт личного стиля, характера, открытого общения и так далее ведёт к тому, что на тебя слетаются всякие "умные" товарищи, которые хотят тебя постоянно чем-то залечить, обнажить правду, показать то, что скрыто и так далее.

Помнится, что тут где-то почти год назад был чудик, который пытался на репосте у Imaxai просто сделать раздувание темы, что даже здесь денег наворовал автор (я) и теперь разбазариваем чужие бабки, налоги людей на свои развлечения с нейронкой....
Каково было удивление автора, когда он узнал, что мне мой товарищ задонатил 1.2 млн в виде оборудования, чтобы у нас были такие продвижения. Конкретные люди, конкретные поступки, конкретные дела и конкретные связи.

Не порошок в виде перетёртого, да простит меня культурная публика, комментаторского кала, а конкретные дела и взаимодействия — хороший итог работы.

Очень жаль, что у нас до сих пор не появилось около правительства человека, который шарит в раскрутке не блядских продуктов для медиа и зумеров с альфами...а конкретный такой дядька, который понимает, как продвигать мощные продукты и как придавать каждому из них индивидуальный вид в маркетинговой среде.

Любая индивидуальность продукта у нас базируется на двух разрезах восприятия:

"О, смари, грёбаные выскочки"
"О, смари, крафтовые пацаны, делают своё"

1 вариант работает, если ты презентуешь себя со стороны грамотного движа. Вот, допустим, компания Бештау. У них производство, всё круто — делают лютые вещи. Бештау одни из немногих в России, кто делает вещи (ЕСЛИ НЕ УПОМЯНУЛ ДРУГИХ ПРОИЗВОДИТЕЛЕЙ, НЕ ОБЕССУДЬТЕ, ЭТО ПОСТ СОВСЕМ ПРО ДРУГОЕ, УПОМИНАНИЕ ВСКОЛЬЗЬ). Но я вижу хейт даже к ним со стороны публики, я вижу, как ставят им дизлайки, вижу репосты иногда с хейтерскими обзорами краткими, которые выглядят как вольер с шимпанзе...дичь просто.
И всё это из-за того, что чуть стоит тебе выйти в официальное поле, так тебя сразу равняют с муниципалитетом без лица и ты перестаёшь быть человеком идеи — ты для них "хуй из телевизора" (прошу прощения).

2 вариант работает, если ты во всём позиционируешь себя как уютный, шерстяной и удобный. Желательно максимально дубовая повестка за русичей или что-то подобное, около крафта или полуславянской тематики. И, пожалуйста, АРМИЯ ПОКЛОННИКОВ, защитники во всех щелях атакуют недругов, которые посмели на твой любимый бренд замахнуться...это же наши пацаны — ДОМАШНИЕ.

Думаете, это претензия к какому-либо из подходов и я тут кого-то показал с хреновой стороны? Нет же)) Вообще не туда думаете.

Это я обличаю странности поведения публики. Боюсь, что многое в поведении людей уже не зависит от нравственной нормы, а, скорее, находится в стадии очередной мутации через разные псиопы, давление на мнение, ботов и "расследований" от "независимых" организаций на тему коррупций и прочего такого, что очень любит публика.

Скандалы, интриги, расследования — слишком долго в публичном поле являлись частью повседневных дел. Видимо, долго мы ещё будем развивать культуру уважения к тем, кто хочет делать вещи.

Всем, кто испытывает подобное давление — держитесь, Я (Техножнец) точно с вами. А ещё всем нам терпения — не реагировать киданием какашек в ответ. Время нестабильное, нравы шаткие...а мы, кто делает дела — нас меньше, айда держаться вместе.

НТЦ Модуль, МЦСТ, РНБ, возможно скоро и Бештау - это лишь начало пути взаимодействия.

Сейчас на связи институты: МГТУ Баумана, МГУ, СПБГУ и многие другие региональные институты, которые заинтересованы в работе. И я со всеми на связи, просто хочу предоставить действительно нечто интересно и не тратить время друг друга попросту.

Симонов: "Терпим, терпим, терпим терпим....терпим **ля"

😃 А для хейтеров новость:

Научился детектировать черные дыры и различать от нейтронных звёзд. И всё механизмом топологии. Щас я напишу им , как им нравится, с изюминкой.

Впервые: 0 нейросетей, 0 вычислений GPU, чистая математика ХАОСА!
Качество: 99,5% уверенности в определении типа объекта.
Открыто: 5 неизвестных объектов (требуют анализа)

RUKALLAMA — полностью заменил на мой TrueKAN, который первый КАН, что спокойно может заменить MLP, не теряя в скорости.
PIR — дообучен до неплохого уровня, но нужно продолжить тренировки и выдавать снова ответы модели.

Чат с моими модельками. Ох! Долгая история, тяжёлая, грустная местами.

"Что с чатами, Техножнец? Раньше ты скидывал общаться с RUKALLAMA, даже когда она была кривая, почему ты сейчас не скидываешь?"

Честно? В какой-то момент дёрнуло сильно и захотелось уже выдать вам приятную модель, с которой можно не сидеть и стебаться...ЫЫЫ тупое железо, ничего не соображает. А сделать полноценного ассистента...да, он не смог бы в математику на первых днях жизни...но с ним было бы приятно общаться...кхм, прошу прощения — с ней.

Но я сейчас постараюсь себя перебороть. Повторить обучение, которое я уже делал ОЧЕНЬ МНОГО РАЗ! (Всё это, кстати, подтверждение воспроизводимости результатов, поэтому и делаю, не стесняясь перетренировки по многу раз.) Поставлю тренировку, как я делал, и выдам уже...хватит, думаю, тянуть...лучше уж что есть тыкать, чем вечный прогрев.

Там по белкам новая инфа появилась...как раз на белый билет себе собираю. скоро обновление.

Информация для БИО задротов...так скажем, тизер.

Малые и средние белки - территория Demon DRUG.

Отчёт чуть позже.

P.S. Это сложные тесты и тяжелая валидация.

Российский sequence-to-drug pipeline для target ID, работающий без GPU и западных лицензий!

Только на топологии!


Добавлю к делам поиска на следующей неделе био лабы, институты! Уважаемые - пишите!

CLAUDE CODE: Как его готовить то? (Гайд от Техножнеца)

Небольшой гайд для вас, синтеты!

Я знаю, что вы тоже пытаетесь частично реверс-инжиниринг сделать и ещё свои идейки реализовать. Я с радостью вам с этим помогу — вообще без вопросов.

Внимание — рекомендую использовать Claude Code в консоли. Команды простые.

Что нужно сделать?

Допустим, у вас сложный проект. Первым делом создайте папку проекта и закиньте туда в одном месте, например, project_audit, все ваши файлы.

Зайдите в консоль:

Windows: Win+R → cmd → Enter, либо ищите "Командная строка" в пуске. Перемещаемся в папку:

cd C:\Users\ВашеИмя\Documents\project_audit

macOS: Spotlight (Cmd+Space) → Terminal. Перемещаемся:

cd ~/Documents/project_audit

Linux: Ctrl+Alt+T откроет терминал. Далее:

cd ~/project_audit

Оказались в нужной папке, где уже лежат ваши наработанные файлы (не обязательно должны быть файлы, но начинайте хотя бы с идеей).

В консоли пишите:

claude

Появится инструкция как сделать логин. Не маленькие — разберётесь!

Сразу говорю, что лучше всего это работает с MAX PRO подпиской, которая за 200$! (я на такой и сижу, 2 штуки в месяц = 40к рублей)
Здароваетесь, а можно и не приветствовать железного болвана, а сразу переходить к делу.

/model

Выбирайте default = Claude Opus 4.6 (самая последняя)

Далее промптинг.

Для перехода на следующую строку обычно Cmd (macOS) или Ctrl (Windows) + Enter = логично. Описывайте свой проект.
Рекомендую изначально открыть веб-версию Claude и попросить его разложить мета-анализом вашу идею, описанную либо в свободной форме, либо в сложной технической с примерами. Claude Opus 4.6 веб-версия = отличный помощник подготовки ТЗ!

Вы можете потом сохранить это ТЗ, предварительно попросив Опуса выдать вам сразу файл "claude.md". В этом файле он запишет все требования к проекту. Просто сохраните его в корне проекта — Opus всегда будет к нему обращаться (не факт, что поможет, но тем не менее = правило)

Далее просите Опуса в консоли: Прочитай claude.md и приступай к расписыванию плана в деталях. Поэтапно. Мета-анализ. Приступай.
СМЕЛО ЖМАЙТЕ: Yes, Yes, Yes и Yes давай уже делай эти команды подряд без спроса.

Опус приступает. Он думает, хероборит там чего-то выкручивает.
За чем надо следить в этот момент? А за тем, что он делает. Какие файлы читает.

Да, сначала это выглядит сложно, но вот вам заранее подготовительные кошмары в юзе через консоль:

● Read 2 files (ctrl+o to expand)

Жмёте Ctrl+O — открывает текст, что там модель прочитала за файлы и что по этому поводу "думает". Можно увидеть заранее — если тупит скотина, то по гриве ей. (щас скажу как).

Модель читает файлы. После того как глянули, что она там написала, используйте Escape. (Escape два раза подряд позволит вернуться в беседе на пару сообщений назад — аккуратнее с этим, можно потерять контекст). Далее смотрите её отчёт.

Да, консоль бывает тупая и не даёт делать скролл. Выбираете мышкой часть текста, консоль замирает и крутите вверх, читаете. НЕУДОБНО, ЗНАЮ! Но шо поделать? (в линуксе и других консолях кастомных по-другому, я инвалид = windows)

Посмотрели, оценили, подумали. Одобряете?

Пишите:

"Молодец, приступай."

ОХ! Далее самый неприятный процесс: всё нужно контролировать, иначе потеряете всё, что было сделано. Поэтому следите за тем, в какой момент надо нажать Enter, чтобы подтвердить, не забывайте выбирать "Yes and do the same with the similar steps", т.е. схожие операции тоже одобрять, так он будет работать свободнее, но следите.

Не уходите спать. Проснётесь, а там конская zaloopa.

Далее спрашиваете:

Ну и что ты написал? Давай отчёт! Прочитай изначальную идею, сделай дифф со своей. Есть ли разница? Если есть — ты обосрался, переделывай как надо.

Это первый самый простой шаг валидации.

Далее, если обосрался опять и снова ничего не работает.

Говорите:

"Слушай сюда. Ты никчемное железо. Собирай консилиум из 5 учёных по нашей теме знаменитых, дай им чёткую инструкцию, пусть у каждого будет в тасках прочитать файлы проекта, твои косяки. ТЕПЕРЬ: ЯКОРЬ, ЖУРНАЛ, КОММИТ, в коммите комментарий этапа, комментарий об ошибке, журнал должен содержать все детали процесса и шаги + все файлы отмечены в журнале. Делай!!!"

И он шустренько начнёт всё делать. Как обычно: Enter, Enter, Enter, Enter (но лучше читайте, там тоже может быть чушь).

Остановить ответ? Ctrl+C — но не перебарщивайте. Может бахнуть ошибка: 400 и придётся юзать функцию /rewind

Полезные команды Claude Code:

/clear — очистить контекст (если модель начала галлюцинировать)
/compact — сжать историю (когда контекст забивается)
/cost — сколько денег сожрала сессия
/model — сменить модель
/memory — показать что модель "запомнила" о проекте

Горячие клавиши:
Ctrl+O — развернуть что модель читает/пишет
Ctrl+C — остановить генерацию
Escape — отменить текущий ввод
Escape×2 — откатиться назад (ОСТОРОЖНО)
Tab — автодополнение путей к файлам

Если всё совсем пошло по п***е:

Закрываете консоль.
Открываете заново.
Заходите в папку.
Пишете claude.

Говорите:

"Прочитай claude.md, прочитай JOURNAL.md, прочитай все файлы проекта. Дай отчёт где мы остановились."

Если вы вели журнал — ничего не потеряно. Если не вели — ну, сами виноваты, я предупреждал.

Главное правило: не доверяйте модели слепо. Она умная, но тупая. Читайте что пишет, проверяйте что делает, сохраняйте промежуточные результаты. Git — ваш друг. git init, git add ., git commit -m "этап такой-то" — делайте после каждого успешного шага.

Откатиться всегда проще, чем восстанавливать.

Удачи, синтеты. Если что — пишите в комменты, разберём.

Anthropic прямо сейчас по подписке предлагает 50$ в подарок за использование команды /extra usage - откроется раздел usage в вашем профиле на сайте Anthropic и там вверху будет возможность получить подарок.

Не уверен на какой подписке это работает, но говорят - кур доят.

Я активировал

Так. Пора драконить НТЦ МОДУЛЬ.

Почему не трогал?

Слишком много проектов надо было сдать и доделать. Приходилось постоянно ждать завершения задач. А работа с железом в моем случае каждый раз - reload компа. К сожалению таковы мои реалии сейчас, но я решу. И все будет ок.

Проснулся...

Отдельный комп покупаю, я так сломаю свою станцию дома...нтц модуль перезагружает комп мне....сижу решаю. Вчера прям обиделся....

Свернуть белок правильно? Или этого мало?

Мало, конечно, нам нужны белки малые , средние, крупные...а потом дальнейшие манипуляции для построения полного лекарственного пайплайна - от открытия лекарств, до улучшения и диагностики текущих вариантов.

Есть такой программно аппаратный комплекс Шредингер Пайплайн - единственная такой комплекс, который создан как единая система , чтобы можно было много чего делать в удобном интерфейсе в том числе...

Я свою почти доделал. Допиливаю мелочи, докачиваю резидуумы и кристаллы белков...
Пылесошу все PDB