День, когда я поверил в науку.

Без преувеличения. В прошлом посте я показал, как поставил электрофорез ДНК дома и он хорошо прошел. Но вот незадача, визуализировать мне пришлось уже в лаборатории на дорогой ультрафиолетовой лампочке - трансиллюминаторе (50-500к рублей). ДНК, связанная с подмешанным в гель этидией бромида, флюоресцирует оранжевым.

Дома значит тоже надо ультрафиолетовую лампу ставить? Оказалось, что можно обойтись без нее. Нашел в великолепной статье, что авторы задались тем же вопросом что и я:

как визуализировать ДНК дома и сохранить две почки?

(читай дальше, у меня ограничение)

(продолжение)

Оказывается, что этидий бромид возбуждается не только в жестком ультрафиолете, но и — внимание! — в обычном синем цвете, просто это в 10 раз хуже, чем УФ, и все забивают на это свойство.

Я вооружился мощным синим светодиодом доступным в чипе и дипе, прогнал форез остатков ДНКи в течение 5 минут на своем форезнике дома — просто чтобы днк зашла в гель и смешалась с этидием геля — и стал орудовать светящемся синим светодиодом под гелем. Смотрел на это через оранжевую прозрачную пластмасску.

На фото в третьей лунке видно небольшое оранжевое свечение — это и есть еще не разбежавшаяся смесь ДНК — та же, что и в прошлом посте. Еле заметна краска в 5й лунке :)

Мораль. Я нашел научную статью, узнал что-то, что я не знал до этого, повторил это и у меня получилось.

Позволю себе запостить более информативное фото собранного устройства для визуализации ДНК.
Видны крокодильчики, которые я отобрал у электрофорезника, синий светодиод и оранжевая прозрачная крышка от какой-то коробки.

Синий светодиод видно через оранжевую пластинку потому..., (ну потому что потому).... он не лазер, он светит все длины волн, но остренький пик у него именно в синем. Смотреть на него без пластмасски невозможно — он очень яркий.
Еще, без этой пластинки свет ДНК не видно — не хватает контраста, все пересвечено.

Fun fact: Прозрачные цветные пластинки пропускают только свет того цвета, которым они выглядят. То есть оранжевая пластинка пропускает только оранжевый, и не пропускает все остальное. Пластинка не идеальная, поэтому наверное какое-то небольшое количество синего, зеленого и других она пропускает. Диапазон всегда какой-то есть.

А вы как думаете, почему видно синий диод — виновата неидеальная пластинка или неидеальный диод?

Таймлапс подосиновика. Растет.

Но наблюдение за растениями рядом (UPD: зеленый клевер!) доставляет особое наслаждение.
То, как раскрываются листья утром, как они сворачиваются ночью, как циркадный ритм у некоторых растений сбоит из-за лампы камеры — заставляет задуматься, — растения не сидят неподвижно на месте.

https://www.youtube.com/watch?v=aoHjunXwlO8

(не мое)

30 октября, в День памяти жертв политических репрессий, вспомним генетиков, которые были арестованы по ложным обвинениям и расстреляны либо умерли в заключении или в связи с преследованиями.

Николай Иванович Вавилов (1887-1943) – академик АН СССР, создал учение о мировых центрах происхождения культурных растений, учение об иммунитете растений, открыл закон гомологических рядов в наследственной изменчивости, создал крупнейшую в мире коллекцию семян культурных растений, основатель Института генетики АН СССР. Арестован в 1940 г., приговорен к расстрелу, в 1943 г. умер от истощения в тюрьме.

Николай Константинович Кольцов (1872-1940) — чл.-корр. АН СССР, один из создателей отечественной школы экспериментальной биологии, первооткрыватель внутриклеточного цитоскелета, автор гипотезы о матричном синтезе хромосом и их эпигенетических изменениях, гипотезы о химическом и радиационном мутагенезе, создатель Института экспериментальной биологии. Был арестован в 1920 г., впоследствии амнистирован. В 30-е годы подвергался травле. В 1939г. отстранен от руководства институтом. Умер от сердечного приступа.

Сергей Сергеевич Четвериков (1880-1959) – генетик-эволюционист, сделавший первые шаги в направлении синтеза менделевской генетики и эволюционного учения, его представления легли в основу синтетической теории эволюции. В 1929 г. был арестован и сослан. После сессии ВАСХНИЛ 1948 г. его работы были подвергнуты запрету.

Григорий Андреевич Левитский (1878 -1942) – чл.-корр. АН СССР, цитолог, морфолог растений, генетики, ввел термип «кариотип» в современном его понимании. Соратник Н.И.Вавилова. Был арестован в 1933 г., в 1937 г. и в третий раз — в 1941 г. по «вавиловскому делу». Умер в тюрьме.

Георгий Дмитриевич Карпеченко (1899-1941) — известен работами в области отдаленной гибридизации, показал возможность преодоления стерильности межвидовых гибридов. В 1941 г. арестован и расстрелян.

Георгий Адамович Надсон (1867-1939) – академик АН СССР, генетик, микробиолог, доказал возможность искусственного получения мутаций под действием ионизирующего излучения. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Израиль Иосифович Агол (1891-1937) – академик АН УССР, исследовал генетические изменения под влиянием рентгеновского излучения, занимался философскими вопросами естествознания. Арестован в 1936 г., расстрелян.

Соломон Григорьевич Левит (1894-1938) — основоположник советской медицинской генетики, создатель Медико-генетического института. С 1936 г. стал подвергаться травле, снят с поста директора института, в 1938 г. арестован, расстрелян.

Георгий Кардлович Мейстер (1873 -1937) – академик и вице-президент ВАСХНИЛ, специалист в области селекции зерновых и зернобобовых культур. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Константин Андреевич Фляксбергер (1880-1942) — специалист по генетике и селекции пшеницы. Арестован в 1941 г., умер от истощения в тюрьме.

Леонид Ипатьевич Говоров (1884-1941) — генетик растений и селекционер. Арестован в 1941 г., расстрелян.

Николай Константинович Беляев (1899 -1937) — генетик и селекционер. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Василий Николаевич Слепков (1902-1937) – генетик, ученик А.С. Серебровского, исследовал искусственный мутагенез. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Владимир Петрович Чехов (1896-1937) – систематик и генетик растений, изучал влияние рентгеновских лучей на мутагенез. Арестован в 1937 г., расстрелян.

Лев Вячеславович Ферри (1904-1944) – генетик, ученик А.С. Серебровского. Арестован в 1932 г., в результате преследований покончил с собой.

Г.Г. Фризен (1905- 1942) — расстрелян.

Распечатал конструктор ДНК в НЕНАТУРАЛЬНОМ виде.

Лишь спустя два года неуверенного использования 3Д-принтера до меня дошло, что можно печатать какие-нибудь биологические модельки, например, ДНК (а не только коробки). И когда я загуглил 3D модель ДНК, конечно же, такой титанический труд уже кто-то проделал.
Оказывается, можно распечатать собственный ДНК-конструктор: отдельно сахарофосфатный остов, отдельно азотистые основания.

Что я собрал? Моя первая двойная спираль получилась нетрадиционной*: у меня были только гуанины (черные) и аденины (красные) — пришлось спарить их. На фото можно видеть что у каждого гуанина торчит один штырек — это его неспаренная водородная связь. Думаете, плохая модель раз она нарушает принцип комплементарности? Ан нет, про неканонические основания есть большая наука и именно такое спаривание аденина и гуанина наблюдается, правда, для РНК.

_____________________________________________________________
(запрещена на территории Российской Федерации)

У проекта SciTopus обновился список научпоп-каналов. В этот раз он вырос до 600 каналов. Над обновлением работали несколько десятков популяризаторов науки, анализируя больше 1,5 тыс. каналов.

Публикация новых роликов автоматическая: t.me/SciTopus

А список проекта переехал на их сайт: scitopus.com/youtube-list