Я сейчас тута)

Прямо сейчас в Нижнем Новгороде проходит «НеФорум х Homoscience».

Смотрите трансляцию https://vk.com/video-119334091_456239327

Разговор идет о важном:
- Почему проверка информации в Интернете — это необходимость и как не дать себя обмануть?
- Сможет ли искусственный интеллект заменить человека в деле, являющемся предметом его особой гордости — в творчестве?
- Как справиться с тревожностью?
- Что делать с агрессией — своей и окружающих? Как не срываться на людях и при этом не сойти с ума?
- А как быть с энергией? Углеводороды кончатся и что их заменит? Поможет ли зеленая энергетика или ресурсов не хватит?
- Нужен ли вообще научпоп, воспитывающий «науковеров» и не дающий системных знаний?
- Какие темы — табу для популяризатора науки и о чем он боится говорить со своей аудиторией?

Участвуют:
- Александр Соколов — научный журналист, редактор портала АНТРОПОГЕНЕЗ.РУ, автор книг «Мифы об эволюции человека», «Учёные скрывают?» и «Странная обезьяна», финалист премии «Просветитель» (2015 и 2020).
- Дмитрий Побединский — автор канала «Физика от Побединского».
- Александр Иванов — автор канала «Химия – Просто».
- Ольга Косникова — пищевой химик и технолог, блогер, научный редактор книг о химии, писатель.
- Дмитрий Соболев — автор канала «Упоротый Палеонтолог».
- Антонина Обласова — биолог и автор научно-популярного блога «Антонина О. Вакцинах» @ninavaccina
- Павел Подкосов — издатель, главный редактор издательства «Альпина нон-фикшн».
- Сергей Марков — разработчик систем искусственного интеллекта и машинного обучения, создатель портала «XX2ВЕК».
- Дмитрий Селезнёв — популяризатор астрономии, автор канала «DS Astro».
и другие!

​​Сырные проблемы и биология

Сыр — это сложное производство со множеством проблем, породивших как минимум одну нобелевку — за CRISPR-Cas системы. До магазинов обычно доходит только хороший сыр, лишенный этих проблем. На фотографии сыра — типичная проблема сырной индустрии - орозовение, или pink discoloration. Сырные блогеры и сыровары называют это розовым окрашиванием.
/напишите в комменты как лучше/

Оказывается, что долгое время сырная индустрия не знала, чем это орозовение вызвано. Но за дело взялись богатые биологи. Расшифровав геном сырной массы в целом — метагеном, — Лиза Куигли и Ко нашли в сыре термофильные бактерии рода Термус - Thermus. Для меня это термофильные бактерии горячих японских источников и луж Везувия — +70 градусов для них оптимально. +70 - это горячо настолько, что вы не сможете окунуть в них руку. И эти непонятно как попавшие туда бактерии чувствуют себя очень комфортно в греющемся молочке. Розовый цвет сыру дают красители-каротиноиды, которые термусы как раз и производят. Сыроварам важно знать врага в лицо — чтобы можно было эффективнее с этими бяками бороться.

Последние несколько лет я изучаю термусов и — не поверите — их CRISPR-Cas системы. Мой штамм термусов скорее желто-оранжевого цвета, если, конечно, не забыть пробирку с ними в инкубаторе на пару недель. Год назад, однако, я находил отдельные колонии, которые имели скорее мутно-белый цвет, нежели желтый. Я думаю, что это были мутанты. Они мутировали, чтобы не производить едва ли нужные в лабораторных условиях красители.


А я-то думал, что занимаюсь неприкладной наукой!

Осязаемая наука / @tangible_science

Можно ли спастись от отравления бледной поганкой?

Решил попробовать Дзен

https://dzen.ru/media/id/6390899f902388020b006ac0/kak-spastis-ot-blednoi-poganki-ia-vsego-neskolko-raz-videl-vjivuiu-blednuiu-639089f772e65e7b7a85034a

Новый ролик на новом канале!

https://youtu.be/M5NJLpQG3Ug

Коллеги-научпоперы придумали объединить активные аудитории научно-популярных телеграмм каналов! Достаточно лишь…
нажать на ссылку

https://t.me/addlist/J9zysqZsgN0wNGYy

Это новая функция телеграмма. У вас появится новая вкладка вместе с «все чаты» со всеми научно-популярными канальцами!

ВИРУСЫ ЖИВЫЕ И ТОЧКА! Олсо, откуда взялась жизнь?

Вижу, что большая часть подписчиков пришли только что от других научно-популярных блогеров!

Привет! Я Леша и я биолог!

Посмотрите ролик в закрепе о вирусах и какими разными бывают нуклеиновые кислоты.
Напишите в комментариях, что вы думаете!

Хотите заняться ОСЯЗАЕМОЙ наукой 10-11 июля?

Мои коллеги проводят очень интересное мероприятие — «Анализ свойств новых геномных редакторов».
Это реальный научный анализ: шаг за шагом и на реальных данных,
опыт — уникальный!
Тема — геномные редакторы, за которые нобелевку дали всего 3 года назад.

https://studymeta.ru/events#upcoming

«На нашем интенсиве вы сможете узнать о том, какие бывают системы редактирования геномов, для каких целей они применяются, и о том, что такое PAM и почему CRISPR-Cas системы не могут без него обойтись. Вы сможете сами проанализировать данные и охарактеризовать новые CRISRP-Cas эффекторы, и попутно сможете ознакомиться с еще одним способом применения методов секвенирования ДНК в научных исследованиях»

———————————————
А если вы дочитали досюда, то я вас еще раз приглашу посмотреть ролик на моем ютуб канале и написать комментарий!)
Для новых роликов чуть - чуть не хватает сил, времени и мотивации.

Знаете как выглядит ДНК?

НЕ в представлении художника! ДНКу можно наблюдать в виде белого осадка после очищения фенол-хлороформом, осаждая спиртом.
На фото примерно 5 мкг ДНК еще пока неназванного вируса — бактериофага — бактерии термальных термальных источников Thermus thermophilus. Спектроскопия говорит, что вообще не самая чистая ДНК получилась :(

Вообще, я недавно вернулся из экспедиции в Приокско-Террасный заповедник, откуда мы набрали образцы почв, чтобы изучить бактериальный состав почв из заповедных мест. Мы жили в небольшом домике в заповеднике и ходили копать килограммы почвы в лес, параллельно ботанически описывая лес.

А на фото моя коллега Алина раскладывает землю для сушки. Сухая земля пойдет на физико-химический анализ, а отдельные пробирки с почвой (не на фото, лежат в морозилке) пойдут на культивирование бактерий и выделение ДНК для секвенирования.

Осязаемо?

Можно ли ДНК назвать двойным винтом? -- спрашивают в камментах.

Не, мб, не оч прик.

Вопреки русской Википедии и этим интернетам, английский термин helix синонимичен spiral. Оригинальное греческое ἕλιξ определяется как "anything twisted, winding, or spiral", включая математическое определение "a spiral line". Беру с английского, так как уверен, что для перевода двойная спираль ДНК использовали именно английский термин.

Почему в английском используется helix, а в русском спираль? Спекулирую, что слово-калька хеликс редко употребимо. Интересно, что такая попытка есть, но не звучит имхо, а спираль от spiral получается наиболее близким термином.

В статье Вилкинса, которая идет следом за Вотсон-Крик-ской статьей о двойной спирали в том же выпуске Nature (!), сравнивается со spiral staircase — и бой-о-бой если переводчик ни взял лучший вариант перевода именно с этого сравнения.

Еще вопросы есть?)

День, когда я поверил в науку.

Без преувеличения. В прошлом посте я показал, как поставил электрофорез ДНК дома и он хорошо прошел. Но вот незадача, визуализировать мне пришлось уже в лаборатории на дорогой ультрафиолетовой лампочке - трансиллюминаторе (50-500к рублей). ДНК, связанная с подмешанным в гель этидией бромида, флюоресцирует оранжевым.

Дома значит тоже надо ультрафиолетовую лампу ставить? Оказалось, что можно обойтись без нее. Нашел в великолепной статье, что авторы задались тем же вопросом что и я:

как визуализировать ДНК дома и сохранить две почки?

(читай дальше, у меня ограничение)

(продолжение)

Оказывается, что этидий бромид возбуждается не только в жестком ультрафиолете, но и — внимание! — в обычном синем цвете, просто это в 10 раз хуже, чем УФ, и все забивают на это свойство.

Я вооружился мощным синим светодиодом доступным в чипе и дипе, прогнал форез остатков ДНКи в течение 5 минут на своем форезнике дома — просто чтобы днк зашла в гель и смешалась с этидием геля — и стал орудовать светящемся синим светодиодом под гелем. Смотрел на это через оранжевую прозрачную пластмасску.

На фото в третьей лунке видно небольшое оранжевое свечение — это и есть еще не разбежавшаяся смесь ДНК — та же, что и в прошлом посте. Еле заметна краска в 5й лунке :)

Мораль. Я нашел научную статью, узнал что-то, что я не знал до этого, повторил это и у меня получилось.

Позволю себе запостить более информативное фото собранного устройства для визуализации ДНК.
Видны крокодильчики, которые я отобрал у электрофорезника, синий светодиод и оранжевая прозрачная крышка от какой-то коробки.

Синий светодиод видно через оранжевую пластинку потому..., (ну потому что потому).... он не лазер, он светит все длины волн, но остренький пик у него именно в синем. Смотреть на него без пластмасски невозможно — он очень яркий.
Еще, без этой пластинки свет ДНК не видно — не хватает контраста, все пересвечено.

Fun fact: Прозрачные цветные пластинки пропускают только свет того цвета, которым они выглядят. То есть оранжевая пластинка пропускает только оранжевый, и не пропускает все остальное. Пластинка не идеальная, поэтому наверное какое-то небольшое количество синего, зеленого и других она пропускает. Диапазон всегда какой-то есть.

А вы как думаете, почему видно синий диод — виновата неидеальная пластинка или неидеальный диод?

Таймлапс подосиновика. Растет.

Но наблюдение за растениями рядом (UPD: зеленый клевер!) доставляет особое наслаждение.
То, как раскрываются листья утром, как они сворачиваются ночью, как циркадный ритм у некоторых растений сбоит из-за лампы камеры — заставляет задуматься, — растения не сидят неподвижно на месте.

https://www.youtube.com/watch?v=aoHjunXwlO8

(не мое)