Открытые датасеты по нейровизуализации
#resources
Обнаружила полезную платформу, на которой можно найти большое количество данных ЭЭГ, МЭГ, ПЭТ и МРТ. Число датасетов достигает нескольких сотен, доступна фильтрация по характеристикам участников, исследуемому заболеванию или когнитивной задаче.
#resources
Обнаружила полезную платформу, на которой можно найти большое количество данных ЭЭГ, МЭГ, ПЭТ и МРТ. Число датасетов достигает нескольких сотен, доступна фильтрация по характеристикам участников, исследуемому заболеванию или когнитивной задаче.
Неуловимые воспоминания
#psychology
Публикация: Otgaar, H., Howe, M. L., & Patihis, L. (2022). What science tells us about false and repressed memories. Memory, 30(1), 16-21.
Продолжая традицию развенчивания некоторых мифов о психике, сегодня коснусь темы подавленных воспоминаний на основе недавно вышедшего обзора. Широко распространено мнение о существовании защитной реакции мозга, заключающейся в том, что травмирующий опыт может автоматически вытесняться из памяти. Затем такие подавленные воспоминания якобы могут быть реконструированы средствами психотерапии.
Существуют ли научные обоснования подавления воспоминаний? Во-первых, в соответствии с имеющимися данными травма забывается крайне редко или почти никогда. Во-вторых, то, что некоторые жертвы травмирующих событий предпочитают не говорить или не думать о них, а также могут забывать детали этих событий (как и любых других, потому что мозг − не видеопленка) не равнозначно подавлению воспоминаний. В-третьих, событие, изначально переживаемое как не травматичное, позже может быть переосмыслено человеком как наносящее травму: эта новая интерпретация не предполагает извлечение якобы подавленных ранее воспоминаний, а опирается на уже имеющиеся воспоминания. В-четвертых, жертва травмирующих событий может сознательно избегать воспоминания на травмирущую тематику, что опять же не равносильно полному отсутствию доступа к этим воспоминаниям ("memory suppression" VS "memory repression"). Наконец, наблюдались случаи, когда человек мог периодически вспоминать травмирующие события, а затем забывать об этих актах воспоминаний, что создавало иллюзию, будто к воспоминанию не обращались годами и оно было "заблокировано" (феномен "forgot-it-all-along (FIA)").
Чем может объясняться восстановление якобы подавленных воспоминаний? В ряде случаев − имплантацией ложных воспоминаний. В отличие от подавленных воспоминаний, существование ложных воспоминаний было подтверждено большим числом экологически валидных исследований, а число людей, восприимчивых к формированию таких воспоминаний, в среднем достигает 30% от участников. Как показали исследования, автобиографические воспоминания могут встраиваться средствами дезинформации или убеждения и покрывать разнообразные несуществующие сценарии, начиная от потери в торговом центре в детстве и заканчивая похищением НЛО. Поэтому воспоминания о травме, восстановленные в ходе терапии или иных так называемых суггестивных процедур, могут не соответствовать действительности.
Таким образом, имеющиеся данные свидетельствуют о том, что та или иная форма "подавления" травматичных воспоминаний (если она вообще существует в чистом виде) − это скорее исключение из правил. Если же аккуратно допускать, что имеют место частные случаи подавления и последующей реконструкции такого рода воспоминаний, одним из важных маркеров истинности воспоминания (помимо внешнего подтверждения возможными свидетелями события) должна служить спонтанность этого восстановления, поскольку терапевтические техники постепенного возвращения памяти могут порождать ложные воспоминания.
#psychology
Публикация: Otgaar, H., Howe, M. L., & Patihis, L. (2022). What science tells us about false and repressed memories. Memory, 30(1), 16-21.
Продолжая традицию развенчивания некоторых мифов о психике, сегодня коснусь темы подавленных воспоминаний на основе недавно вышедшего обзора. Широко распространено мнение о существовании защитной реакции мозга, заключающейся в том, что травмирующий опыт может автоматически вытесняться из памяти. Затем такие подавленные воспоминания якобы могут быть реконструированы средствами психотерапии.
Существуют ли научные обоснования подавления воспоминаний? Во-первых, в соответствии с имеющимися данными травма забывается крайне редко или почти никогда. Во-вторых, то, что некоторые жертвы травмирующих событий предпочитают не говорить или не думать о них, а также могут забывать детали этих событий (как и любых других, потому что мозг − не видеопленка) не равнозначно подавлению воспоминаний. В-третьих, событие, изначально переживаемое как не травматичное, позже может быть переосмыслено человеком как наносящее травму: эта новая интерпретация не предполагает извлечение якобы подавленных ранее воспоминаний, а опирается на уже имеющиеся воспоминания. В-четвертых, жертва травмирующих событий может сознательно избегать воспоминания на травмирущую тематику, что опять же не равносильно полному отсутствию доступа к этим воспоминаниям ("memory suppression" VS "memory repression"). Наконец, наблюдались случаи, когда человек мог периодически вспоминать травмирующие события, а затем забывать об этих актах воспоминаний, что создавало иллюзию, будто к воспоминанию не обращались годами и оно было "заблокировано" (феномен "forgot-it-all-along (FIA)").
Чем может объясняться восстановление якобы подавленных воспоминаний? В ряде случаев − имплантацией ложных воспоминаний. В отличие от подавленных воспоминаний, существование ложных воспоминаний было подтверждено большим числом экологически валидных исследований, а число людей, восприимчивых к формированию таких воспоминаний, в среднем достигает 30% от участников. Как показали исследования, автобиографические воспоминания могут встраиваться средствами дезинформации или убеждения и покрывать разнообразные несуществующие сценарии, начиная от потери в торговом центре в детстве и заканчивая похищением НЛО. Поэтому воспоминания о травме, восстановленные в ходе терапии или иных так называемых суггестивных процедур, могут не соответствовать действительности.
Таким образом, имеющиеся данные свидетельствуют о том, что та или иная форма "подавления" травматичных воспоминаний (если она вообще существует в чистом виде) − это скорее исключение из правил. Если же аккуратно допускать, что имеют место частные случаи подавления и последующей реконструкции такого рода воспоминаний, одним из важных маркеров истинности воспоминания (помимо внешнего подтверждения возможными свидетелями события) должна служить спонтанность этого восстановления, поскольку терапевтические техники постепенного возвращения памяти могут порождать ложные воспоминания.
Elicit — ваш научный ассистент
#resources
Если вы хотите найти ответ на ваш исследовательский вопрос, можно воспользоваться сервисом Elicit, который на основе использования языковых моделей автоматизирует поиск и обработку информации в научных статьях.
Что он умеет делать (см. скрины):
- Находить статьи по исследовательскому вопросу и делать краткую выжимку из каждой аннотации, а также из наиболее цитируемых публикаций.
- Отвечать на вопросы по отдельной статье.
- Устраивать мозговой штурм, формулируя исследовательские вопросы в соответствии с заданной тематикой.
- Определять зависимые и независимые переменные в соответствии с гипотезой.
- Перефразировать предложение другими словами.
- Выстраивать логическую цепочку от одного утверждения к другому.
- Дополнять исходное утверждение новой информацией.
- Смоделировать причины, по которым исследовательский план может провалиться.
и т. д.
Функционал Elicit постоянно пополняется. Более того, можно самостоятельно добавлять собственные функции. Естественно, в результатах периодически появляются огрехи типичные для решений на основе ИИ, но, тем не менее, даже в текущем виде Elicit может оказаться очень полезным на этапе написания научных обзоров, формирования гипотез и планирования проектов.
Кто знает, может быть, когда-нибудь мы доживем до разработки автоматического писателя научных статей 😎
#resources
Если вы хотите найти ответ на ваш исследовательский вопрос, можно воспользоваться сервисом Elicit, который на основе использования языковых моделей автоматизирует поиск и обработку информации в научных статьях.
Что он умеет делать (см. скрины):
- Находить статьи по исследовательскому вопросу и делать краткую выжимку из каждой аннотации, а также из наиболее цитируемых публикаций.
- Отвечать на вопросы по отдельной статье.
- Устраивать мозговой штурм, формулируя исследовательские вопросы в соответствии с заданной тематикой.
- Определять зависимые и независимые переменные в соответствии с гипотезой.
- Перефразировать предложение другими словами.
- Выстраивать логическую цепочку от одного утверждения к другому.
- Дополнять исходное утверждение новой информацией.
- Смоделировать причины, по которым исследовательский план может провалиться.
и т. д.
Функционал Elicit постоянно пополняется. Более того, можно самостоятельно добавлять собственные функции. Естественно, в результатах периодически появляются огрехи типичные для решений на основе ИИ, но, тем не менее, даже в текущем виде Elicit может оказаться очень полезным на этапе написания научных обзоров, формирования гипотез и планирования проектов.
Кто знает, может быть, когда-нибудь мы доживем до разработки автоматического писателя научных статей 😎
#popsci
В новом выпуске подкаста “Кортекс” мы с Настей обсудили мозг и язык. Отмечу, что довольно часто ловлю себя на избегании научных обсуждений языка и речи. Возможно, это связано с тем, что из-за своих писательских наклонностей, которые сопутствуют мне гораздо дольше, чем моя влюбленность в науку, я предпочитаю не препарировать язык снаружи, а просто следовать туда, куда он меня ведет. Также я не люблю превозносить языки — ни в контексте “великости и могучести” языковых групп, ни в контексте “правильности” и “чистоты” конкретного языка, ни в контексте эволюционной и когнитивной обособленности какого-либо биологического вида (которую в целом легко поставить под сомнение).
Тем не менее, несмотря на мои персональные сложности с подступами к этой теме, выпуск получился живой и полезный в практическом смысле. В нем мы рассказали о нейробиологических субстратах речи; о том, как язык влияет на мозг и как он может искажать наше мышление; как мы учим родной и иностранные языки; и даже — о “бесцветных зеленых идеях”.
Приятного прослушивания!
В новом выпуске подкаста “Кортекс” мы с Настей обсудили мозг и язык. Отмечу, что довольно часто ловлю себя на избегании научных обсуждений языка и речи. Возможно, это связано с тем, что из-за своих писательских наклонностей, которые сопутствуют мне гораздо дольше, чем моя влюбленность в науку, я предпочитаю не препарировать язык снаружи, а просто следовать туда, куда он меня ведет. Также я не люблю превозносить языки — ни в контексте “великости и могучести” языковых групп, ни в контексте “правильности” и “чистоты” конкретного языка, ни в контексте эволюционной и когнитивной обособленности какого-либо биологического вида (которую в целом легко поставить под сомнение).
Тем не менее, несмотря на мои персональные сложности с подступами к этой теме, выпуск получился живой и полезный в практическом смысле. В нем мы рассказали о нейробиологических субстратах речи; о том, как язык влияет на мозг и как он может искажать наше мышление; как мы учим родной и иностранные языки; и даже — о “бесцветных зеленых идеях”.
Приятного прослушивания!
#popsci
Подкаст “Кортекс”, который ведем мы с Настей, продолжает бороться с мифами. Название нового выпуска “Дофамин нам не для счастья!” отражает поинт, который я уже и ранее транслировала в одном из своих предыдущих постов, перечисляя настоящие функции дофамина и серотонина, ошибочно считающихся гормонами удовольствия. И все-таки, несмотря на демистификацию (дегедонизацию?) дофамина, в конце выпуска содержится намек на то, что можно считать счастьем в нашей авторской интерпретации.
Приятного прослушивания!
Подкаст “Кортекс”, который ведем мы с Настей, продолжает бороться с мифами. Название нового выпуска “Дофамин нам не для счастья!” отражает поинт, который я уже и ранее транслировала в одном из своих предыдущих постов, перечисляя настоящие функции дофамина и серотонина, ошибочно считающихся гормонами удовольствия. И все-таки, несмотря на демистификацию (дегедонизацию?) дофамина, в конце выпуска содержится намек на то, что можно считать счастьем в нашей авторской интерпретации.
Приятного прослушивания!
9 выпуск 1 сезона
Дофамин нам не для счастья! — Подкаст «Кортекс»
Дофамин нам не для счастья!А для чего тогда?Всем привет, с вами Даша и Настя, и в новом выпуске подкаста “Кортекс” мы разбираемся с этим вопросом. Поговорили о роли дофамина в поддержании мотивации, организации движения, как дофамин “предсказывает” б
Обзор мобильной ЭЭГ
#neuroimaging
Публикация: Niso, G., Romero, E., Moreau, J. T., Araujo, A., & Krol, L. R. (2022). Wireless EEG: An Survey of Systems and Studies. NeuroImage, 119774.
На днях в Neuroimage вышел обзор, сопоставляющий характеристики 44 устройств регистрации беспроводной ЭЭГ, а также рассматривающий ключевые исследования с использованием этого метода.
На основе этого обзора можно сформировать список вопросов, на который следует ответить, прежде чем выбирать подходящее вам устройство:
- Нужен ли широкий захват активности с различных областей мозга или достаточно регистрировать ее с пространственно ограниченной небольшой области?
- Понадобятся ли данные о дополнительной физиологической активности (движениях глаз, сокращениях сердца, дыхании, мышечной активности)?
- Что важнее – комфорт пользователя или качество сигнала? В первом случае допустимо использование сухих электродов, не требующих нанесения геля на скальп. Впрочем, оптимизация их конфигурации и использование проводящих полимеров, графена и прочих материалов минимизируют их чувствительность к шуму. Также доступно использование промежуточного варианта – влажных электродов, окруженных губкой с солевым раствором.
- Важна ли возможность проверять импеданс, определяющий качество контакта электрода со скальпом, непосредственно во время регистрации активности?
- Какие спектральные характеристики сигнала будут представлять интерес? Это обусловит допустимую частоту дискретизации с учетом теоремы Найквиста – Шеннона, в соответствии с которой что для любого периодического сигнала заданной частоты требуется частота дискретизации, более чем в два раза превышающая частоту сигнала, чтобы точно определить его присутствие.
- Необходимо ли отслеживать сигнал в режиме реального времени, на каком расстоянии и с какой допустимой задержкой? В зависимости от этого выбирается оптимальный протокол беспроводной передачи данных (по Bluetooth или через Wi-Fi), а также протокол передачи данных в пакеты обработки (стандартом является LSL).
- Какой длины записи будут регистрироваться? Это определит необходимое количество часов работы устройства от аккумулятора.
Обзор исследований с использованием мобильной ЭЭГ выделил четыре основные сферы применения:
- Когнитивный мониторинг: регистрация ЭЭГ в реальном времени для оценки характеристик той или иной когнитивной деятельности (например, уровня внимания или усталости) и – в ряде случаев – обеспечения обратной связи.
- Клинические цели: диагностика заболеваний, длительный мониторинг патологических состояний на протяжении 24 часов с возможностью пациента свободно перемещаться, спать и т. д.
- Коммуникация и контроль: использование мозговой активности для управления внешними устройствами (в частности, роботизированными конечностями).
- Методологические проверки самих устройств.
Как сами подчеркивают авторы, несмотря на широту охваченных параметров сопоставления, обзор не касается самого важного критерия выбора устройства (помимо мобильности передвижений) – качества регистрируемого сигнала. Этот параметр сильно зависит от дизайна исследования: например, допустимые пороги качества отличаются для спектрального анализа ЭЭГ или для регистрации ранних усредненных вызванных ответов ЭЭГ на стимул. Поэтому для более полноценного сопоставления портативных ЭЭГ-устройств важно использование стандартизованных процедур оценки. Вдохновиться можно ERP CORE ( набором парадигм для регистрации основных вызванных потенциалов ЭЭГ человека) и сопоставлять получаемые с помощью портативной ЭЭГ результаты в условиях, когда участник сидит, стоит или перемещается. В качестве метрики качества сигнала можно использовать standardized measurement error, не так давно разработанную для универсальной оценки качества вызванных потенциалов.
#neuroimaging
Публикация: Niso, G., Romero, E., Moreau, J. T., Araujo, A., & Krol, L. R. (2022). Wireless EEG: An Survey of Systems and Studies. NeuroImage, 119774.
На днях в Neuroimage вышел обзор, сопоставляющий характеристики 44 устройств регистрации беспроводной ЭЭГ, а также рассматривающий ключевые исследования с использованием этого метода.
На основе этого обзора можно сформировать список вопросов, на который следует ответить, прежде чем выбирать подходящее вам устройство:
- Нужен ли широкий захват активности с различных областей мозга или достаточно регистрировать ее с пространственно ограниченной небольшой области?
- Понадобятся ли данные о дополнительной физиологической активности (движениях глаз, сокращениях сердца, дыхании, мышечной активности)?
- Что важнее – комфорт пользователя или качество сигнала? В первом случае допустимо использование сухих электродов, не требующих нанесения геля на скальп. Впрочем, оптимизация их конфигурации и использование проводящих полимеров, графена и прочих материалов минимизируют их чувствительность к шуму. Также доступно использование промежуточного варианта – влажных электродов, окруженных губкой с солевым раствором.
- Важна ли возможность проверять импеданс, определяющий качество контакта электрода со скальпом, непосредственно во время регистрации активности?
- Какие спектральные характеристики сигнала будут представлять интерес? Это обусловит допустимую частоту дискретизации с учетом теоремы Найквиста – Шеннона, в соответствии с которой что для любого периодического сигнала заданной частоты требуется частота дискретизации, более чем в два раза превышающая частоту сигнала, чтобы точно определить его присутствие.
- Необходимо ли отслеживать сигнал в режиме реального времени, на каком расстоянии и с какой допустимой задержкой? В зависимости от этого выбирается оптимальный протокол беспроводной передачи данных (по Bluetooth или через Wi-Fi), а также протокол передачи данных в пакеты обработки (стандартом является LSL).
- Какой длины записи будут регистрироваться? Это определит необходимое количество часов работы устройства от аккумулятора.
Обзор исследований с использованием мобильной ЭЭГ выделил четыре основные сферы применения:
- Когнитивный мониторинг: регистрация ЭЭГ в реальном времени для оценки характеристик той или иной когнитивной деятельности (например, уровня внимания или усталости) и – в ряде случаев – обеспечения обратной связи.
- Клинические цели: диагностика заболеваний, длительный мониторинг патологических состояний на протяжении 24 часов с возможностью пациента свободно перемещаться, спать и т. д.
- Коммуникация и контроль: использование мозговой активности для управления внешними устройствами (в частности, роботизированными конечностями).
- Методологические проверки самих устройств.
Как сами подчеркивают авторы, несмотря на широту охваченных параметров сопоставления, обзор не касается самого важного критерия выбора устройства (помимо мобильности передвижений) – качества регистрируемого сигнала. Этот параметр сильно зависит от дизайна исследования: например, допустимые пороги качества отличаются для спектрального анализа ЭЭГ или для регистрации ранних усредненных вызванных ответов ЭЭГ на стимул. Поэтому для более полноценного сопоставления портативных ЭЭГ-устройств важно использование стандартизованных процедур оценки. Вдохновиться можно ERP CORE ( набором парадигм для регистрации основных вызванных потенциалов ЭЭГ человека) и сопоставлять получаемые с помощью портативной ЭЭГ результаты в условиях, когда участник сидит, стоит или перемещается. В качестве метрики качества сигнала можно использовать standardized measurement error, не так давно разработанную для универсальной оценки качества вызванных потенциалов.
#popsci
В новом выпуске подкаста “Кортекс” мы с Настей рассказали о нейронаучных статьях, опубликованных в уходящем 2022 году и показавшихся нам интересными, несмотря на то что подведение итогов года per se кажется сейчас несколько диссонансным.
Наш подкаст появился год назад, и я ценю то, что у нас с Настей получилось продолжать записывать его — искать новое, переосмыслять старое, разбираться в недрах знания, задавать себе вопросы, спорить или находить неожиданные пересечения. Надеюсь, так будет и дальше.
Таймкоды:
00:00 - Приветствие
00:54 - Лонгитюдное исследование связи тревожности, нейровоспаления и возникновения психоза
05:11 - Постковидное старение мозга подростков
09:02 - Недостаток сна и альтруизм
13:22 - Восприятие звуков во сне и бодрствовании
17:23 - Бесстрашные мыши и серотонин
19:55 - Мыши, люди и помогающие ходить нейроны
22:32 - Убеждения людей о сознании
27:35 - ЭЭГ смерти
34:55 - Как полностью парализованный пациент начал общаться, слушая свой мозг
39:49 - Статья Насти: обзор биомаркеров чувствительности у детей с аутизмом
42:50 - Статья Даши: метод автоматической детекции межсудорожных разрядов у пациентов с эпилепсией
48:47 - Заключение
В новом выпуске подкаста “Кортекс” мы с Настей рассказали о нейронаучных статьях, опубликованных в уходящем 2022 году и показавшихся нам интересными, несмотря на то что подведение итогов года per se кажется сейчас несколько диссонансным.
Наш подкаст появился год назад, и я ценю то, что у нас с Настей получилось продолжать записывать его — искать новое, переосмыслять старое, разбираться в недрах знания, задавать себе вопросы, спорить или находить неожиданные пересечения. Надеюсь, так будет и дальше.
Таймкоды:
00:00 - Приветствие
00:54 - Лонгитюдное исследование связи тревожности, нейровоспаления и возникновения психоза
05:11 - Постковидное старение мозга подростков
09:02 - Недостаток сна и альтруизм
13:22 - Восприятие звуков во сне и бодрствовании
17:23 - Бесстрашные мыши и серотонин
19:55 - Мыши, люди и помогающие ходить нейроны
22:32 - Убеждения людей о сознании
27:35 - ЭЭГ смерти
34:55 - Как полностью парализованный пациент начал общаться, слушая свой мозг
39:49 - Статья Насти: обзор биомаркеров чувствительности у детей с аутизмом
42:50 - Статья Даши: метод автоматической детекции межсудорожных разрядов у пациентов с эпилепсией
48:47 - Заключение
10 выпуск 1 сезона
Нейронаука в 2022 году — Подкаст «Кортекс»
Всем привет! С вами Даша и Настя. В этом выпуске мы подводим итоги 2022 года в нейронауке, обсуждая статьи, которые нам показались интересными, а также делимся собственными достижениями в работе за этот год. Таймкоды:00:00 - Всем привет!00:54 - Лонги
Дорожная карта канала
Канал "Голубь Скиннера" существует чуть больше года. Тематика постов и материалов вариативна, поэтому решила систематизировать их.
Нейро:
- Астроциты в ИИ
- Внимание и неоднозначные стимулы
- Реконструкция движения глаз на основе МРТ
- Посты с заметками про нейрошколу фонда "Идея": день 1, день 2, день 3, заключение
- Обзор мобильной ЭЭГ
Психология:
- О Скиннере и его голубях
- Эксперименты с маршмэллоу
- Гедонистическая гибкость
- Групповая и индивидуальная мораль
- Электронные или бумажные книги?
- Доверие к эврике
- Про новогодние обещания
- Иллюзорное правдоподобие
- Стресс и когнитивные искажения
- ИИ и оценка внешности
- Воспоминания: ложные или подавленные?
Ментальное здоровье:
- Лечится ли депрессия современными средствами?
- Психическое здоровье в аспирантуре
- Вердикт птицы Додо
- Серотониновая теория депрессии
Наука:
- Предвзятость в науке
- Симфония науки
- Доверие науке
Инструменты и ресурсы:
- Researcher App для поиска статей
- Amazing Marvin для менеджмента задач
- LaTeX
- Культура программирования
- PDF-отчеты в Python
- Автоматические мета-анализы
- Autoflake для чистки скриптов
- Открытые датасеты по нейровизуализации
- Elicit - ваш научный ассистент
Прочее:
- Про инстинкты людей
- Мыши и пол экспериментатора
- Про "гормоны счастья"
- Игры времени в жизни ученого
Научно-популярные статьи:
- Генетические аспекты выбора полового партнера
- СДВГ и его коррекция
Отзывы на книги и фильмы:
- В погоне за гедонией
- Релятивистский мозг
Подкасты и интервью:
- Выпуски подкаста "Кортекс":
- про нейростимуляцию
- про западное и восточное мышление
- про постковид
- про нейропластичность
- про сон
- про нейронауку и психиатрию
- про моделирование мозга
- про язык
- про дофамин
- про интересные нейронаучные статьи 2022 года
- Подкаст "Ты уже?" про нейробиологию либидо
- Выпуск про нейростимуляцию на "Первом медицинском" канале
- Выпуск про нейроинтерфейсы для Russky.Digital
- Подкаст "Неискусственный интеллект" про философию серого вещества
- Подкаст "Неискусственный интеллект" про чтение мыслей
Хочется писать чаще, делать посты одновременно актуальными и "вневременными", а также больше делиться своим аспирантским опытом и почаще касаться именно тех проектов, которыми я занимаюсь непосредственно. Пока что вижу, что первый год существования этого канала напоминает путешествия по пространству возможных тем, форматов и авторских интонаций. Ограничивать это путешествие я не планирую, поэтому покоримся эмерджентности.
Спасибо всем, кто читает этот канал!
С наступающими праздниками,
Дария
Канал "Голубь Скиннера" существует чуть больше года. Тематика постов и материалов вариативна, поэтому решила систематизировать их.
Нейро:
- Астроциты в ИИ
- Внимание и неоднозначные стимулы
- Реконструкция движения глаз на основе МРТ
- Посты с заметками про нейрошколу фонда "Идея": день 1, день 2, день 3, заключение
- Обзор мобильной ЭЭГ
Психология:
- О Скиннере и его голубях
- Эксперименты с маршмэллоу
- Гедонистическая гибкость
- Групповая и индивидуальная мораль
- Электронные или бумажные книги?
- Доверие к эврике
- Про новогодние обещания
- Иллюзорное правдоподобие
- Стресс и когнитивные искажения
- ИИ и оценка внешности
- Воспоминания: ложные или подавленные?
Ментальное здоровье:
- Лечится ли депрессия современными средствами?
- Психическое здоровье в аспирантуре
- Вердикт птицы Додо
- Серотониновая теория депрессии
Наука:
- Предвзятость в науке
- Симфония науки
- Доверие науке
Инструменты и ресурсы:
- Researcher App для поиска статей
- Amazing Marvin для менеджмента задач
- LaTeX
- Культура программирования
- PDF-отчеты в Python
- Автоматические мета-анализы
- Autoflake для чистки скриптов
- Открытые датасеты по нейровизуализации
- Elicit - ваш научный ассистент
Прочее:
- Про инстинкты людей
- Мыши и пол экспериментатора
- Про "гормоны счастья"
- Игры времени в жизни ученого
Научно-популярные статьи:
- Генетические аспекты выбора полового партнера
- СДВГ и его коррекция
Отзывы на книги и фильмы:
- В погоне за гедонией
- Релятивистский мозг
Подкасты и интервью:
- Выпуски подкаста "Кортекс":
- про нейростимуляцию
- про западное и восточное мышление
- про постковид
- про нейропластичность
- про сон
- про нейронауку и психиатрию
- про моделирование мозга
- про язык
- про дофамин
- про интересные нейронаучные статьи 2022 года
- Подкаст "Ты уже?" про нейробиологию либидо
- Выпуск про нейростимуляцию на "Первом медицинском" канале
- Выпуск про нейроинтерфейсы для Russky.Digital
- Подкаст "Неискусственный интеллект" про философию серого вещества
- Подкаст "Неискусственный интеллект" про чтение мыслей
Хочется писать чаще, делать посты одновременно актуальными и "вневременными", а также больше делиться своим аспирантским опытом и почаще касаться именно тех проектов, которыми я занимаюсь непосредственно. Пока что вижу, что первый год существования этого канала напоминает путешествия по пространству возможных тем, форматов и авторских интонаций. Ограничивать это путешествие я не планирую, поэтому покоримся эмерджентности.
Спасибо всем, кто читает этот канал!
С наступающими праздниками,
Дария
Голубь Скиннера pinned «Дорожная карта канала Канал "Голубь Скиннера" существует чуть больше года. Тематика постов и материалов вариативна, поэтому решила систематизировать их. Нейро: - Астроциты в ИИ - Внимание и неоднозначные стимулы - Реконструкция движения глаз на основе МРТ…»
Девять кругов научного ада
#metascience
Ученые грешат. Иногда – непроизвольно, находясь под давлением науки как достаточно жестокого "жанра". Иногда – сознательно, в погоне за социальными и прочими дивидендами.
Научный блогер Neuroskeptic в своей ироничной публикации перечислил круги ада, ожидающие ученых, нарушающих научные принципы:
1. Круг сожаления для тех, кто закрывал глаза на научные грехи других и присуждал им незаслуженные гранты.
2. Круг для тех, кто преувеличивал значимость своей работы для получения грантов или написания престижных статей.
3. Круг для тех, кто формулировал гипотезы, интерпретации или обоснования исследований задним числом.
4. Круг для тех, кто перепробовал все возможные статистические тесты до тех пор, пока не получил p-value меньше 0.05.
5. Круг для тех, кто подчищал данные, креативно избавляясь от "неудачных" показателей, называя их выбросами.
6. Круг для тех, кто совершал плагиат (этот круг по замыслу автора остается пустым, потому что попадая в него, грешники сразу переносятся на остальные круги, чтобы получать наказания, предназначенные другим).
7. Круг для тех, кто воздерживался от публикации результатов ("неудобных", "неинтересных", "некрасивых", "немейнстримных").
8. Круг для тех, кто публиковал результаты частично, например, не упоминая о побочных эффектах того или иного терапевтического воздействия.
9. Круг для тех, кто фальсифицировал данные.
Тема подобных научных грехов еще будет затронута в следующем посте, который будет посвящен участи такой структуры мозга, как амигдала (миндалевидное тело), за которой на долгие годы закрепился статус "центра страха" и даже "центра психопатии".
Продолжение следует...
#metascience
Ученые грешат. Иногда – непроизвольно, находясь под давлением науки как достаточно жестокого "жанра". Иногда – сознательно, в погоне за социальными и прочими дивидендами.
Научный блогер Neuroskeptic в своей ироничной публикации перечислил круги ада, ожидающие ученых, нарушающих научные принципы:
1. Круг сожаления для тех, кто закрывал глаза на научные грехи других и присуждал им незаслуженные гранты.
2. Круг для тех, кто преувеличивал значимость своей работы для получения грантов или написания престижных статей.
3. Круг для тех, кто формулировал гипотезы, интерпретации или обоснования исследований задним числом.
4. Круг для тех, кто перепробовал все возможные статистические тесты до тех пор, пока не получил p-value меньше 0.05.
5. Круг для тех, кто подчищал данные, креативно избавляясь от "неудачных" показателей, называя их выбросами.
6. Круг для тех, кто совершал плагиат (этот круг по замыслу автора остается пустым, потому что попадая в него, грешники сразу переносятся на остальные круги, чтобы получать наказания, предназначенные другим).
7. Круг для тех, кто воздерживался от публикации результатов ("неудобных", "неинтересных", "некрасивых", "немейнстримных").
8. Круг для тех, кто публиковал результаты частично, например, не упоминая о побочных эффектах того или иного терапевтического воздействия.
9. Круг для тех, кто фальсифицировал данные.
Тема подобных научных грехов еще будет затронута в следующем посте, который будет посвящен участи такой структуры мозга, как амигдала (миндалевидное тело), за которой на долгие годы закрепился статус "центра страха" и даже "центра психопатии".
Продолжение следует...
Амигдала – центр страха и психопатии?
#mental_health #metascience
Недавно в "Neuroscience and Behavioral Reviews" вышла заметка, отсылающая к научным грехам, упомянутым в предыдущем посте, а также к мета-анализам, посвященным функции амигдалы (миндалевидного тела). Ниже приведены тезисы, следующие из заметки, упомянутых в ней статей и общих наблюдений.
С чего все начиналось
Некоторое время тому назад теории психопатии возглавила модель, в соответствии с которой амигдала рассматривалась как центр страха, а психопатия обуславливалась именно дисфункцией этой структуры мозга. Предполагалось, что для психопатии характерен низкий уровень страха, низкая восприимчивость к угрозе наказания и т. д. Прошло два десятилетия, а воспроизводимость исследований, подтверждающих связь активности амигдалы с чувством страха и психопатией, остается под вопросом.
Мета-анализы и обзоры
Лишь в 2016 и 2018 годах появились первые мета-анализы на тему нейрокоррелятов страха. В обоих мета-анализах связь между амигдалой и страхом не была выявлена. В первом случае установили, что за выучиваемое формирование страха в ответ на угрозу (fear conditioning) отвечает сеть мозга, включающая, в частности инсулярную и поясную кору, обеспечивающие осознание текущего состояние организма и соответствующие реакции. Во втором случае обнаружили, что выучивание того, что прежняя угроза больше не несет опасности (fear extinction), связано с теми же областями, а также с префронтальной корой.
В прошлом году обзор более сотни исследований связи амигдалы с психопатией тоже не показал положительных результатов: в большинстве исследований связь либо отсутствовала, либо была отрицательной.
Научный ад
В упомянутом выше обзоре были приведены интересные наблюдения. Например, те исследования, в которых связь все же была установлена, характеризовались низкой статистической мощностью. Возможно, рецензенты и редакторы журналов с большей вероятностью могли отвергать исследования, в которых наблюдалось отсутствие связи амигдалы и психопатии, обосновывая это недостаточной статистической мощностью.
Более того, обнаружилось, что в ряде исследований, в которых были выявлены нарушения активности амигдалы, изучаемая пиковая активность оказывалась рядом с амигдалой, но не попадала в ее анатомические МРТ-координаты. Например, в одном из исследований координаты указывали и на нарушенную активность гиппокампа, но авторы, словно повинуясь "официальной теории", причислили ее к активности амигдалы. Вспоминаем подшлифовку или фальсификацию данных, а также интерпретацию задним числом из перечня "кругов научного ада".
Что наносит больший ущерб науке – погоня за значимыми p-values и манипуляция данными или предвзятость рецензентов и редакторов, допускающих до публикации только те статьи, которые находятся в канве признанных теорий? В первом случае создается некоторый шум и гетерогенность во всем пласте результатов, которые создают противоречия, хорошо выявляемые в мета-анализах и обзорам. Во втором случае damage control ограничен: отследить нарушения гораздо сложнее, потому что предвзятость в допущении статьи до публикации не отражается напрямую на метриках, используемых в мета-анализах.
Впрочем, предлагаются некоторые количественные методы для обнаружения такой предвзятости на основе оценки асимметрии результатов исследований внутри мета-анализа.
Возвращаясь к амигдале
Амигдала вносит вклад не только в эмоциональные процессы, но и в процессы памяти, регуляции внутренних органов, а также проецируется в другие ключевые области мозга. Известный аргумент о том, что повреждение амигдалы непременно приводит к потере страха, красноречиво опровергается случаем сохранности этой функции у одного из монозиготных близнецов с поврежденными амигдалами.
В посте про серотониновую теорию депрессии я уже касалась наивности взглядов о том, что один нейромедиатор может отвечать за сочетание сложных функций мозга. Так же и в случае со структурами мозга не следует ожидать такого однозначного соотношения.
#mental_health #metascience
Недавно в "Neuroscience and Behavioral Reviews" вышла заметка, отсылающая к научным грехам, упомянутым в предыдущем посте, а также к мета-анализам, посвященным функции амигдалы (миндалевидного тела). Ниже приведены тезисы, следующие из заметки, упомянутых в ней статей и общих наблюдений.
С чего все начиналось
Некоторое время тому назад теории психопатии возглавила модель, в соответствии с которой амигдала рассматривалась как центр страха, а психопатия обуславливалась именно дисфункцией этой структуры мозга. Предполагалось, что для психопатии характерен низкий уровень страха, низкая восприимчивость к угрозе наказания и т. д. Прошло два десятилетия, а воспроизводимость исследований, подтверждающих связь активности амигдалы с чувством страха и психопатией, остается под вопросом.
Мета-анализы и обзоры
Лишь в 2016 и 2018 годах появились первые мета-анализы на тему нейрокоррелятов страха. В обоих мета-анализах связь между амигдалой и страхом не была выявлена. В первом случае установили, что за выучиваемое формирование страха в ответ на угрозу (fear conditioning) отвечает сеть мозга, включающая, в частности инсулярную и поясную кору, обеспечивающие осознание текущего состояние организма и соответствующие реакции. Во втором случае обнаружили, что выучивание того, что прежняя угроза больше не несет опасности (fear extinction), связано с теми же областями, а также с префронтальной корой.
В прошлом году обзор более сотни исследований связи амигдалы с психопатией тоже не показал положительных результатов: в большинстве исследований связь либо отсутствовала, либо была отрицательной.
Научный ад
В упомянутом выше обзоре были приведены интересные наблюдения. Например, те исследования, в которых связь все же была установлена, характеризовались низкой статистической мощностью. Возможно, рецензенты и редакторы журналов с большей вероятностью могли отвергать исследования, в которых наблюдалось отсутствие связи амигдалы и психопатии, обосновывая это недостаточной статистической мощностью.
Более того, обнаружилось, что в ряде исследований, в которых были выявлены нарушения активности амигдалы, изучаемая пиковая активность оказывалась рядом с амигдалой, но не попадала в ее анатомические МРТ-координаты. Например, в одном из исследований координаты указывали и на нарушенную активность гиппокампа, но авторы, словно повинуясь "официальной теории", причислили ее к активности амигдалы. Вспоминаем подшлифовку или фальсификацию данных, а также интерпретацию задним числом из перечня "кругов научного ада".
Что наносит больший ущерб науке – погоня за значимыми p-values и манипуляция данными или предвзятость рецензентов и редакторов, допускающих до публикации только те статьи, которые находятся в канве признанных теорий? В первом случае создается некоторый шум и гетерогенность во всем пласте результатов, которые создают противоречия, хорошо выявляемые в мета-анализах и обзорам. Во втором случае damage control ограничен: отследить нарушения гораздо сложнее, потому что предвзятость в допущении статьи до публикации не отражается напрямую на метриках, используемых в мета-анализах.
Впрочем, предлагаются некоторые количественные методы для обнаружения такой предвзятости на основе оценки асимметрии результатов исследований внутри мета-анализа.
Возвращаясь к амигдале
Амигдала вносит вклад не только в эмоциональные процессы, но и в процессы памяти, регуляции внутренних органов, а также проецируется в другие ключевые области мозга. Известный аргумент о том, что повреждение амигдалы непременно приводит к потере страха, красноречиво опровергается случаем сохранности этой функции у одного из монозиготных близнецов с поврежденными амигдалами.
В посте про серотониновую теорию депрессии я уже касалась наивности взглядов о том, что один нейромедиатор может отвечать за сочетание сложных функций мозга. Так же и в случае со структурами мозга не следует ожидать такого однозначного соотношения.
Незаменимая прихоть
#resources
О ChatGPT говорят многие и настолько часто, что я даже не планировала посвящать этому отдельный пост. Однако импровизированный опрос моих коллег, однокурсников и студентов показал, что некоторые воспринимают его как очередную забавную ИИ-игрушку и все-таки существует необходимость в освещении функционала ChatGPT, который может пригодиться именно в научной работе.
В каких задачах ChatGPT может помочь ученому?
1. Формирование исследовательского вопроса, гипотезы, дизайна исследования, а в целом — любой brainstorming.
2. Изложение подробных инструкций того, как решить задачу с возможностью последующих уточнений в режиме диалога, который ИИ “запоминает” целиком. Например, когда я обсудила с чатом некоторые детали своей диссертации, он предложил специфичные именно для моей темы решения, которые в самостоятельном режиме я в ряде ситуаций могла бы выкристаллизовывать путем проб и ошибок на протяжении недель или месяцев.
3. Создание готового кода для решения задач, которые можно описывать на разном уровне абстракции. Например, “Напиши код, чтобы решить задачу оптимизации для таких-то данных и нарисуй график для таких-то результатов”.
4. Правка багов в исходном коде и объяснение, в чем заключаются ошибки.
5. Написание академического текста (или даже поэтического, но это уже вне научной деятельности) на заданную тему (может пригодиться для теоретического введения статьи или абстракта).
6. Правки, “облагораживание” или парафраз исходного текста, выделение из него основных тезисов. Это может помочь даже в подготовке лекции, если вы, как и я, испытываете сложности с “формулировками, понятными 10-летнему ребенку”.
Подводные камни
ChatGPT нередко испытывает “галлюцинации” и может искажать фактическую информацию, облекая эти искажения в непротиворечивый текст. Однажды он даже был пойман на том, что сгенерировал список несуществующих статей по заданной теме. Поэтому не следует опираться на него как на поисковую систему. Если вам нужен ИИ-ассистент для автоматического поиска по содержательной части научных исследований, рекомендую использовать Elicit, о котором я писала ранее. Если Вы ощущаете, что ChatGPT предоставляет не совсем точную информацию, последующие наводящие вопросы могут убрать противоречия.
Со стороны использование ChatGPT может показаться прихотью. Но если грамотно включить его в свою работу и не впадать в крайности, он повышает эффективность в разы настолько, что отказаться от него почти невозможно (в нашей лаборатории уже есть несколько жертв, среди которых — и я).
#resources
О ChatGPT говорят многие и настолько часто, что я даже не планировала посвящать этому отдельный пост. Однако импровизированный опрос моих коллег, однокурсников и студентов показал, что некоторые воспринимают его как очередную забавную ИИ-игрушку и все-таки существует необходимость в освещении функционала ChatGPT, который может пригодиться именно в научной работе.
В каких задачах ChatGPT может помочь ученому?
1. Формирование исследовательского вопроса, гипотезы, дизайна исследования, а в целом — любой brainstorming.
2. Изложение подробных инструкций того, как решить задачу с возможностью последующих уточнений в режиме диалога, который ИИ “запоминает” целиком. Например, когда я обсудила с чатом некоторые детали своей диссертации, он предложил специфичные именно для моей темы решения, которые в самостоятельном режиме я в ряде ситуаций могла бы выкристаллизовывать путем проб и ошибок на протяжении недель или месяцев.
3. Создание готового кода для решения задач, которые можно описывать на разном уровне абстракции. Например, “Напиши код, чтобы решить задачу оптимизации для таких-то данных и нарисуй график для таких-то результатов”.
4. Правка багов в исходном коде и объяснение, в чем заключаются ошибки.
5. Написание академического текста (или даже поэтического, но это уже вне научной деятельности) на заданную тему (может пригодиться для теоретического введения статьи или абстракта).
6. Правки, “облагораживание” или парафраз исходного текста, выделение из него основных тезисов. Это может помочь даже в подготовке лекции, если вы, как и я, испытываете сложности с “формулировками, понятными 10-летнему ребенку”.
Подводные камни
ChatGPT нередко испытывает “галлюцинации” и может искажать фактическую информацию, облекая эти искажения в непротиворечивый текст. Однажды он даже был пойман на том, что сгенерировал список несуществующих статей по заданной теме. Поэтому не следует опираться на него как на поисковую систему. Если вам нужен ИИ-ассистент для автоматического поиска по содержательной части научных исследований, рекомендую использовать Elicit, о котором я писала ранее. Если Вы ощущаете, что ChatGPT предоставляет не совсем точную информацию, последующие наводящие вопросы могут убрать противоречия.
Со стороны использование ChatGPT может показаться прихотью. Но если грамотно включить его в свою работу и не впадать в крайности, он повышает эффективность в разы настолько, что отказаться от него почти невозможно (в нашей лаборатории уже есть несколько жертв, среди которых — и я).
(Продолжение)
P. S. На скрине представлен фрагмент моего диалога с ChatGPT, в котором я прошлась по различным вариациям одного уже реализованного мной алгоритма и, зная “правильный” ответ, смотрела, как ИИ будет реагировать на различные предложения по его модификациям. На скрине я задаю краткий уточняющий вопрос по одному свойству алгоритма и в ответ получаю прозрачное теоретическое объяснение и сопровождающий код на Python.
P. P. S. Если вы тоже используете ChatGPT в своей профессиональной деятельности (даже если она не связана с наукой), пишите в комментарии, какие функции вам пригодились.
P. S. На скрине представлен фрагмент моего диалога с ChatGPT, в котором я прошлась по различным вариациям одного уже реализованного мной алгоритма и, зная “правильный” ответ, смотрела, как ИИ будет реагировать на различные предложения по его модификациям. На скрине я задаю краткий уточняющий вопрос по одному свойству алгоритма и в ответ получаю прозрачное теоретическое объяснение и сопровождающий код на Python.
P. P. S. Если вы тоже используете ChatGPT в своей профессиональной деятельности (даже если она не связана с наукой), пишите в комментарии, какие функции вам пригодились.
#podcast
Подкаст “Кортекс” продолжает свою деятельность. В этот раз мы с Настей записали выпуск, в котором попытались определить грань между человеком и остальными видами, а также нащупать сугубо человеческие качества мозга и психики. В качестве спойлера: чем дольше мы записывали выпуск, тем больше мы обрушивали критику на саму постановку вопроса об “уникальности” человеческой природы, который, тем не менее, ложится в основу многих допущений, принятых в “народной” психологии.
Приятного прослушивания!
Подкаст “Кортекс” продолжает свою деятельность. В этот раз мы с Настей записали выпуск, в котором попытались определить грань между человеком и остальными видами, а также нащупать сугубо человеческие качества мозга и психики. В качестве спойлера: чем дольше мы записывали выпуск, тем больше мы обрушивали критику на саму постановку вопроса об “уникальности” человеческой природы, который, тем не менее, ложится в основу многих допущений, принятых в “народной” психологии.
Приятного прослушивания!