Таким образом, прошел месяц осады Гянджи русскими войсками. За это время Цицианов отправил Джавад хану шесть писем, в которых требовал сдачи города и каждый раз получал отказ. В таких условиях, 1-го января 1804 г., Цицианов собрал военный совет, в который входили генерал-майор Портнягин, полковник Карягин, подполковник Симанович и несколько человек из старших чинов. Совет назначил штурм крепости на утро 3-го января 1804 года.

Сам Цицианов в штурме не участвовал и находился в резерве с батальоном 17-го егерского полка майора Белавина, который расположился на центральной площади (Мейдане), напротив Карабахских ворот. Итак, в половине шестого утро 3-го января, русские войска начали штурм Гянджи. Именно здесь были собраны основные силы Джавад хана, сразу же давшие врагу отпор.

Несмотря на численное превосходство наступающих, гянджинцы стойко оборонялись, защищая свой город от захватчиков. При подходе противника к крепостным стенам, они кидали на них камни и стрелы, а также, так называемые «подсветы», — «сделанные из свернутых бурок, обмокнутых в нефть и зажженных для освещения штурмующих».

Дважды атака русских, пытавшихся подняться на стены крепости, была отбита со значительным уроном для последних. Были убиты во время штурма командиры Нарвского полка поручик Кейт и Кавказского гренадерского полка майор Бартнеев.

Только при третьей атаке, воинам Кавказского гренадерского полка во главе с полковником Симановичем, со стороны Карабахских ворот удалось взобраться на крепостную стену.

Силы защитников Гянджи иссякали. Выстрелом из ружья Лисаневич ранил самого Джавад хана, сражавшегося в первых рядах защитников. Раненный Джавад хан сел на самую большую пушку и защищался с саблею в руках, пока не был убит капитаном Каловским, который и сам тут же был убит защитниками Гянджи.

Оставшиеся в крепости гянджинцы отчаянно боролись за каждую пядь земли, за каждую улицу; однако смерть Джавад-хана, нескончаемый поток превосходящих в несколько раз сил противника, делавший сопротивление бессмысленным, вынудили их сдаться. В городе смятение было ужасное. Все улицы были покрыты мертвыми телами. Русские солдаты, ворвавшиеся в город грабили людей, «с лошадей снимали золотые уборы».

От грабежа русских войск многие жители спрятались в Джума мечети. Согласно рапорту самого Цицианова царю, «до 500 человек татар засели в мечеть, с тем, может быть, чтобы сдаться победителям. Но один армянин сказал нашим солдатам, что между ними есть несколько дагестанских лезгин. Одно название лезгин было сигналом смерти всех бывших в мечети». Заметим, что лезгины, часто совершавшие набеги на русских еще на территории Грузии, считались их кровными врагами. В результате более пятисот мирных жителей, нашедших убежище в «Джума мечети», были перебиты до последного.

Проявленная жестокость в отношении мирного мусульманского населения, продемонстрировала гнусную политику царизма, проводимую ее представителями на территории предательски оккупированного независимого ханства. Такое отношение не увязывается и с другим поступком Цицианова, приказавшего похоронить Джавад-хана со всеми подобающими ему почестями во дворе той же злополучной «Джума мечети» как национального героя.

Гянджинская трагедия, разыгравшаяся в результате политики царизма и унесшая много невинных жизней, положила конец правлению династии Зияд-оглы, длительное время правившей в Гяндже и стала началом конца независимости ханств Северного Азербайджана.

Тяжелая участь постигла семью Джавад-хана. Как сказано выше, сам Джавад-хан и его средний сын Гусейн-Гули хан пали смертью храбрых во время зашиты Гянджинской крепости. Двум сыновьям — Угурлу-хану и Али Гули-хану удалось во время штурма пробраться через блокаду и бежать к Карабахскому Ибрагим-хану. Жена Джавад хана Мелек Ниса Бегим — родная сестра Шекинского Мухаммад Гасан-хана, попавшая в плен при взятии Гянджи, вместе с десятилетней дочерью Ширин ханум просила Цицианова отпустить ее к брату. Сам Мухаммад Гасан хан просил «сделать одолжение и в знак дружбы отпустить к нему семейство убитого хана, оставшееся без всякого призрения и помощи».

С согласия Цицианова, Мелек Ниса бегим и Ширин ханум вскоре получили разрешение отбыть в Шеки. О дальнейшей судьбе Ширин ханум нам известно, что в 1815 году она вышла замуж за Джафар Гули хана, внука Мухаммад Гасан хана.

уже сцепились не только оружием, но и просто голыми руками со своими врагами […] озлобленно дерутся остальные горцы, в особенности трое из них: как фурии, как бешенные кошки кидаются они в лицо солдатам. Физиономии их искривлены, сухие пальцы хватают лезвие подставленного им штыка, и в то же время левая рука заносит кинжал над солдатом, одежда их в беспорядке, волосы открыты, рассыпались по плечам.