Fully-automated and ultra-fast cell-type identification using specific marker combinations from single-cell transcriptomic data

Авторы использовали шесть датасетов scRNA-seq из различных тканей человека и мыши, и показали, как алгоритм ScType обеспечивает беспристрастную и точную аннотацию типов клеток, гарантируя специфичность положительных и отрицательных маркерных генов в клеточных кластерах и типах клеток.

Также было показано, как ScType различает популяции здоровых и злокачественных клеток, основываясь на однонуклеотидном полиморфизме.

Для использования доступе онлайн-сервис (sctype.app), и R-пакета с открытым кодом.


https://www.nature.com/articles/s41467-022-28803-w

Сегодня у нас начались семинары по Молекулярной биологии для студентов 4 курса МФТИ.

Сегодня ознакомительное занятие - студенты должны были сделать презентацию из двух слайдов, которые содержат информацию о теме их дипломной работы, а также методы, которые они успели изучить и применить в лаборатории (в среднем к сегодняшнему дню все студенты из этой группы работают в лабораториях около полугода).

Впереди у нас 8 занятий, на которых будет разобрано 8 научных статей.

Студенты должны будут разбиться на группы: на каждом занятии одна группа будет разбирать и докладывать статью (выступать в качестве «авторов»), а вторая группа будет готовить и задавать вопросы (выступать в качестве «рецензентов»).

Умение читать и интерпретировать статьи - основная задача ученого. Без этого невозможно следить за развитием области, генерировать идеи, планировать свои проекты, а также оформлять свои результаты в виде научных публикаций.

Полезные ссылки для студентов и ученых, находящихся сейчас в поиске позиции.

Университет Хельсинки

Научные позиции

Гиды по составлению CV

Позиции в cancer research от EACR

Стипендии для кратковременных стажировок FEBS

Бесплатное членство в Европейской Ассоциации Гематологов

Вакансии в лабораториях от EMBO

Бот @postdocbot уже работает. Через него можно предлагать PhD и PostDoc вакансии, которые будут появляться на канале @sciencyshare

@ErdbeerMind

Developing novel realtime protein structural biology methods based on single-molecule Förster resonance energy transfer

🔍Life Sciences

📍Hasselt, Belgium

🧪University of Hasselt

🔗https://www.uhasselt.be/nl/wie-is-wie/detail/jelle-hendrix

2nd EACR Early Career Researchers' Conference

📍Виртуально

🗓 26-27 Апреля 2022

Подача на стипендии - до 12 апреля 2022

Регистрация - до 19 апреля 2022


https://www.eacr.org/conference/earlycareervirtual2022/index

Я уже как-то писала тут о вирусах архей - на мой неискушенный взгляд, одной из интереснейшей группе вирусов. У них необычно все - от совершенно ни на что не похожих геномов, которые в некоторых случаях в составе вирионов находятся в неканонической A-форме ДНК, до уникальных форм вирионов - веретеновидных, бокаловидных... А на днях в Cell вышло исследование, посвященное эволюции вирусов архей с разными формами капсидов. Авторы работы получили структуру капсида вируса Sulfolobus monocaudavirus 1 с атомным разрешением, и показали, что в ходе эволюции вирусов архей вирусы с веретеновидными частицами произошли от палочковидных. С нетерпением жду новых исследований об этой в высшей степени незаурядной группе вирусов!

Вот такая статья вышла 23 марта.

Эффективность Спутника V у ВИЧ+ пациентов.

https://www.thelancet.com/journals/eclinm/article/PIIS2589-5370(22)00090-6/fulltext#seccesectitle0013

НИТУ "МИСиС" объявляет набор заявок на XII Молодежную премию
в области науки и инноваций!

Приглашаем наших студентов принять участие в этом всероссийском конкурсе коротких научно-популярных видеороликов. Победители получают внушительные денежные призы (до 100 тысяч рублей).
Студенты нашего факультета уже не раз становились победителями и призёрами этой премии (Екатерина Гусева в прошлом году и Мария Гурылёва в позапрошлом году). Давайте продолжим хорошую традицию! :)

Подать заявку можно до 22 апреля 2022 года по ссылке: https://research.misis.ru/youth_award

Хорошая #статья про контроль клеточного цикла в норме и при раке от Nature

У CellPress часто бывают очень полезные бесплатные семинары

Multiomics as a critical tool for clinical and translational research

🗓 19 апреля 12:00 PM ET = 19:00 по Москве

🔗 ССЫЛКА

Список, поддержанных проектов (РНФ)

Получили грант, который писали с шефом в октябре параллельно с дописыванием моей диссертации и статьи ✅

​​Уважаемые коллеги, друзья!

📣 Институт биохимической физики им. Н.М.Эмануэля РАН приглашает вас на День открытых дверей 19 апреля в 19:00.

Формат проведения: 👩‍💻👨‍💻 Дистанционный (ссылка будет доступна позже).

В рамках дня открытых дверей вы познакомитесь с научной деятельностью лабораторий института, сможете выбрать наиболее близкую и интересную для вас тему исследований, записаться на экскурсию, договориться о сотрудничестве и, возможно, связать научную жизнь с ИБХФ РАН.

Общая программа дня открытых дверей:
✅ Вступительное слово директора ИБХФ РАН
✅ Выступление заместителя начальника Отдела подготовки научных кадров
✅ Онлайн презентации научной деятельности структурных подразделений
✅ Ответы на вопросы

Дата, время: 19 апреля в 19:00 ⏰

📝 Для участия в мероприятии необходимо заполнить регистрационную форму по ссылке: https://forms.gle/nvnFY95ZfCQUcSkq7

Подробная программа будет доступна позже.

Для участия в мероприятии сотрудникам ИБХФ РАН просим ознакомиться с информацией на официальном сайте ИБХФ РАН.html) 🌐

#событияИБХФ #ИБХФ #ИБХФРАН #СМУИБХФРАН #Деньоткрытыхдверей

Фонд семьи Тиньковых вместе с Высшей Школой Экономики открыл бесплатную программу обучения для онкологов и гематологов. Занятия начнутся уже 7 апреля.

На программе расскажут о новой модели системы ОМС 2021 года и изменениях в законодательстве с 2022. Отдельный блок будет посвящен вопросам финансирования и оплаты медпомощи пациентам с онкологическими и онкогематологическими заболеваниями.

По итогу слушатели лекций научатся принимать более эффективные управленческие решения. В нынешней ситуации такие навыки ценятся, особенно в условиях усложнившегося законодательства в сфере здравоохранения, а также проблем с теми же онкопрепаратами.

Кстати, большое спасибо, что ставите реакции!

Так я понимаю, какие посты наиболее полезны.

Всем ❤️

Биокад запускает летние стажировки для студентов

Стипендия на время стажировки 35 000 руб, оплачивается дорога и проживание

Подать заявку можно до 24 апреля https://career.biocad.ru/internships

Вебинар о стажировках 1 апреля в 15.00, где можно будет узнать подробности и задать вопросы
https://biocad-events.timepad.ru/event/1972795/

https://faryabilab.com/research/

Ну просто очень красивый сайт у этой лаборатории.

Широко распространено мнение, что полная последовательность генома человека уже давно получена, лет так двадцать назад, в рамках масштабного проекта "Геном человека". Это не совсем так. Тогда было получено примерно 92% последовательности человеческого генома. Почему не весь геном? Дело в том, что геном человека, как и любого другого эукариотического организма, по структуре своей неоднороден. В нем есть сверхкомпактизованные участки, которые никогда не релаксируются, так называемый конститутивный гетерохроматин. Яркий пример - гетерохроматин в области центромер. В центромерах и теломерах хромосом собраны области, состоящие из высококопийных повторов. Воссоздать последовательности этих областей очень непросто, ведь секвенирование, говоря очень упрощенно, обычно включает в себя определение последовательностей коротких перекрывающихся фрагментов, а полная последовательность воссоздается из таких кусочков, которые можно расположить друг за другом на основе их перекрытий. В случае повторов, очевидно, перекрывается буквально всё со всем. Так что не то что точную последовательность, даже копийность повторов в состоящих из них участках генома бывает определить непросто. И вот, консорциум Telomere to Telomere (T2T) на страницах последнего номера Science объявил, что те самые 8% генома расшифрованы. 8% генома человека секвенировали более двадцати лет! Ученые сообщают, что они смогли восстановить последовательности сложнейших участков генома - центромер и теломер всех хромосомом. Вернее, почти всех - Y-хромосома пока что до конца не покорилась. Впрочем, и без нее новейших данных о нашем геноме получено очень много. T2T получил последовательность сложных участков генома общей длиной в 200 миллионов пар оснований. В новосеквенированных участках исследователи смогли предсказать 1956 генов, из которых 99 кодируют белки. А еще члены консорциума восстановили эпигенетический ландшафт этих ранее недоступных участков генома и исправили ошибки в предыдущих версиях последовательности генома человека, что тоже немаловажно.