🧑‍🔬🧑‍🎓 Лаборатория структуры и функции митохондрий НИИ ФХБ ищет студентов для курсовых и дипломных работ

🧬 Проекты направлены на разработку терапии ишемических повреждений мозга (инсульт), почек и печени

🔬 Чем мы занимаемся
— Изучаем работу митохондрий, энергетический метаболизм, аутофагию, пролиферацию, фиброз, старение
— Разрабатываемые подходы:
кетогенные субстраты, ограничение питания и его миметики
— Методы:
клеточные культуры, оперирование животных, микроскопия и анализ изображений, вестерн-блоттинг

✔️ Для кого
— студенты 3-6 курса биологических специальностей
— навыки стерильной клеточной работы и оперирования желательны, но не обязательны. Всему научим!

📍 Вступительное испытание - анализ литературы

📄 С публикациями можно ознакомиться в Google Scholar заведующего лабораторией д.б.н. Егора Плотникова.

❗️ Хорошая работа поощряется публикациями и материально

🦜 Контакты для связи
Василий Попков
popkov.vas@gmail.com,
@PopkovVasily

Надежда Андрианова
andrianova@belozersky.msu.ru,
@andnadya12

Две позиции в Амстердаме:

Тема: Иммунология опухоли

https://t.co/DB24U7lDin

#хочубытьPhD #хочубытьpostdoc

На прошлой неделе в Science вышла весьма любопытная работа, посвященная новой системе доставки РНК в клетки млекопитающих. Ее основу составляет белок PEG10 - гомолог капсидного белка, принадлежащий "одомашненному" ретротранспозону млекопитающих. Этот белок умеет специфично связывать собственную мРНК и направляет ее в везикулы для дальнейшей секреции. Авторы работы показали, что специфичность PEG10 можно изменять под другие мРНК, поэтому он может быть использован как инструмент для прицельной упаковки в везикулы и доставки в клетки интересующих мРНК. Конечно, до реального использования PEG10 в лаборатории может и не дойти, но, в любом случае, идея очень красивая. https://science.sciencemag.org/content/373/6557/882

Иногда у меня возникает ощущение, что с момента начала пандемии о существовании журнала The Lancet узнало куда больше людей, чем за 10 лет до неё. Везде про The Lancet пишут с некой долей предыхания: это всегда или "один из самых рейтинговых медицинских журналов" (что правда), или "самый авторитетный журнал" (что преувеличение). Этот флёр авторитета волей-неволей переносится и на другие англоязычные журналы: почему-то принято во многих неанглоязычных странах считать все англоязычные научные журналы качественными. А потому поговорим мы сегодня о том, что журнал — это, безусловно, важно, его рейтинг добавляет +1 балл в копилочку исследования, но содержание статьи всегда должно быть первично.

The Lancet — это действительно очень авторитетное издание, но и у него бывают ошибки. Самая известная — это статья Эндрю Уэйкфилда о "триггерах окружающей среды", которые якобы были ассоциированы с заболеваниями желудочно-кишечного тракта и регрессом в развитии у "ранее здоровых" детей. Если кратко: в исследовании утверждалось о наличии некоторой связи между вакциной против кори-краснухи-паротита и аутизмом. Статья впоследствии была отозвана: расследование выявило фальсификации результатов. Однако между опубликованием и отзывом прошло 12 лет.

Почему люди фальсифицируют данные?
Кому-то нужны известность и слава, кому-то — деньги, будь то финансирование нового проекта или получение зарплаты, зависящей от KPI в виде количества опубликованных статей за год, кому-то — и то, и другое. А у кого-то — думаю, многие коллеги согласятся — на носу защита. Опубликоваться бывает сложно, а публикация нужна срочно. И вот тут на сцене появляются они — хищнические журналы.

Что такое хищнические журналы?
Самый простой и банальный пример — огромное количество всевозможных международных студенческих конференций, которые проводятся чуть ли не каждый день, по всем дисциплинам сразу, да ещё и с максимально быстрой публикацией. Модель прибыльная: хочешь тезисы — плати. Тут сразу надо оговориться, что политика открытого доступа во многих журналах подразумевает оплату (так называемые article processing charges, APC): таким образом авторы могут опубликовать свою статью для всех читателей, а не только для тех, у кого оплачена подписка на журнал. Открытый доступ позволяет увеличить вероятность цитируемости статьи: её прочитает большее число людей, определённая доля — процитирует, тогда как, если статья доступна только по подписке, её шанс быть процитированной сильно падает. Цитируемость равна узнаваемости работы. Индекс цитирования научных статей — один из самых важных наукометрических показателей, определяющих эффективность работы учёных. Хотя он и сильно критикуется. Однако оплата за публикацию в хищнических журналах может проводиться ещё до формального решения об опубликовании (очевидно, что оно будет положительным), тогда как в качественных журналах это всегда оплата после принятого решения.

Признаков журналов-хищников много, но самыми распространёнными являются:
-Предварительная оплата
-Широкий круг освещаемых дисциплин
-Туманная система рецензирования
-Быстрое принятие к публикации
-Материалы заочных конференций
-Крайне навязчивая рассылка с предложениями опубликоваться
-Названия, которые похожи на названия известных журналов
-Постоянно растущая плата за публикацию

Продолжение в следующем посте.

Ого. Интересно. Где-то слышала что журнал MDPI International Journal of Molecular Sciences - самый популярный зарубежный журнал в отчетах РНФ.

​Multidisciplinary Digital Publishing Institute, или MDPI, — издательство, предоставляющее открытый доступ к своим журналам за счёт взимания с авторов APC. Список журналов MDPI очень внушительный — 360 наименований. Скорость опубликования тоже впечатляет, что даёт начало сомнениям: а не хищнические ли это журналы? Действительно, в 2014 году MDPI было включено в так называемый "список Джеффри Билла" — список недобросовестных издательств, которые выпускают хищнические журналы. Однако в 2015 году MDPI было исключено из списка, а в 2017 Джеффри Биллу пришлось вовсе удалить весь контент из своего блога, так как на него стал давить работодатель, Колорадский Университет в Денвере. При этом, по словам Джеффри Билла, издательство MDPI "отправляло электронные письма ректору университета и другим [официальным лицам из университета], надеясь реализовать право прерывающего вето (от ред. прерывание речи оратора/хода собрания множеством реплик)" и старалось "как можно больше раздражать университет, чтобы официальные лица так устали бы от электронных писем, что заставили бы замолчать" Джеффри Билла.

Недавно M Ángeles Oviedo-García опубликовала результаты своего исследования, целью которого была проверка, соответствуют ли в действительности 53 журнала MDPI, индексируемых в системе JCR, критериям хищнических журналов. Исследование показало, что проанализированные журналы в той или иной степени удовлетворяют критериям журналов-хищников: например, названия некоторых журналов MDPI можно спутать с названиями других журналов, а в некоторых случаях издательство обещает быструю публикацию. Также анализ данных показал, что количество статей, опубликованных в журналах MDPI в период с 2018 по 2019 гг., сильно возросло, количество спецвыпусков — выросло экспоненциально, при этом размер APC также увеличился. Всё это, по словам исследовательницы со ссылкой на статью K. Siler, вызывает серьёзные опасения в добросовестности MDPI как издательства.

Кроме того, анализ выявил высокую долю самоцитирования в журналах MDPI, то есть один журнал издательства ссылается на другой или даже тот же самый журнал издательства, а в результате индекс цитируемости и рейтинг растут. Таким образом, журналы MDPI, в целом, соответствовали определению журналов-хищников, поскольку издательство уделяет больше внимания личным интересам, а не наилучшей редакционной и публикационной политике.

Следует отметить, что зачастую скорость опубликования статей обуславливается особыми привилегиями для рецензентов, которые смогут прочитать статью и выдать решение как можно раньше. Другой момент — все журналы MDPI находятся в открытом доступе. Это означает, что на них в принципе будут гораздо чаще ссылаться, так как у большего числа людей будет доступ к полному тексту статей. В результате — увеличение цитируемости, в том числе в рамках журналов одного и того же издательства. В конечном итоге за качество представленных данных ответственность несут сами авторы исследования, и даже в хороших журналах публикуют плохие статьи, а в условно плохих журналах — публикуют весьма качественно выполненные исследования. Это лишь значит, что не надо сильно уповать на авторитет какого-либо журнала, ведь его редакторы — тоже люди, и ничто человеческое им не чуждо. Потому читать статьи всё же лучше максимально беспристрастно.

Чек-лист для проверки журнала на добросовестность на русском языке

Вот такие у меня новости ☺️

Когда я только пошла работать в лабораторию, я мечтала защитить кандидатскую до 27. Не знаю почему именно эта цифра, но хотелось поставить себе какой-то дедлайн.

В сентября у меня будет предзащита, после которой защита возможна не менее чем через 3 месяца. До 27 уже не получится, но в 27 шансы есть 🥺

Все молекулярные биологи обожают ПЦР. Как бы мы вообще работали без нее? Но из чуда эта процедура давно превратилась в рутину, от которой порою просто устаешь.

Многие проблемы поможет решить мастер-микс. Когда нужно добавить только праймеры и образец, места для ошибки гораздо меньше. А с новым PowerTrack SYBR Green Master Mix от Thermo Fisher Scientific даже нет необходимости отслеживать, в какую пробирку образец уже добавлен, а в какую нет. Об этом вам подскажет изменение цвета смеси.

Попробовать эту новую крутую штучку можно совершенно бесплатно. Просто пройдите опрос по ссылке https://clck.ru/Wz8Fs и получите PowerTrack SYBR Green Master Mix в подарок. Отвечайте правдиво, нам действительно важен ваш опыт.

Но это еще не все! Все прошедшие опрос автоматически становятся участниками лотереи от PCR.NEWS. Двое счастливчиков получат беспроводные наушники в подарок от редакции.
По всем вопросам обращайтесь по адресу pcreditor@yandex.ru

Ученые из Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ совместно с коллегами из Германии и США впервые получили и исследовали структуру светоактивируемого протонного насоса из грибов. Ее сравнили с известными структурами белков с такой же функцией. Оказалось, что белок имеет общего предка с протонным насосом микробов без мембран внутри. Однако он отличается от белков бактерий, в клетках которых есть мембраны, но нет ядра. Полученные результаты важны для дальнейших исследований белков в клетках людей.

Пока мы тут возимся со своей хелёй, хеками, колями и прочей банальностью, люди изучили, как с точки зрения биомеханики устроен хобот слона. Точнее, ученые описали особенности строения хобота, которые снижают его биомеханическую сложность и позволяют легко и непринужденно выполнять сложные операции. В общем, если вы скучали по упоротым статьям из Current Biology, то это именно то, что вам нужно :) https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)01133-7

Oncogene (IF=8.8): paper is provisionally accepted
Мы: 👏

Поделюсь обязательно, и расскажу что да как, когда выйдет в печать.

​​«День клеточной и генной терапии»
в рамках Международного симпозиума памяти Р.М. Горбачевой «Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Генная и клеточная терапия»

🗓 Дата проведения: 16 сентября 2021 года
✔️ Участие бесплатное.

Темы симпозиума:
🔹 Клеточная иммунотерапия: CAR-T & beyond
🔹 Генная терапия на основе трансплантации гемопоэтических стволовых клеток для орфанных незлокачественных заболеваний
🔹 Актуальные вопросы производства и регулирования генной терапии в России и в мире.

📌 В программе выступления ведущих международных и Российских экспертов в области клеточной и генной терапии.

💥 Ключевые международные спикеры:
🔻 Мишель Саделаин (Нью-Йорк, США), создатель дизайна CAR-T второго поколения
🔻 Федор Урнов (Беркли, США), автор термина genome editing
🔻 Ханс-Питер Ким (Сиэтл, США), мировой лидер в области генетической модификации ГСК

❗️ О RGMM: Крупнейший в России международный cимпозиум в области трансплантации гемопоэтических стволовых клеток и клеточной терапии.

🗓 Даты проведения: 16-18 сентября 2021
📍Адрес: Санкт-Петербург, улица Льва Толстого, дом 6/8, ПСПбГМУ им. ак. И.П.Павлова, аудитория №5

✅ В этом году симпозиум пройдет в комбинированном формате: будут организованы трансляции докладов, дискуссий и представление постерных докладов на онлайн платформе конференции.

📲 Бесплатный доступ к материалам симпозиума, включая онлайн трансляцию и участие в дискуссии, возможен с помощью мобильного приложения.
➡️ Скачать приложение можно по ссылке в Google Play или App Store.
После загрузки приложения необходимо найти мероприятие.
🚀 Код мероприятия rgmm2021
(сейчас оно заполняется и к 16 сентября приобретёт весь функционал).

🌐 Подробности на сайте конференции.

📎 Полная версия программы дня клеточной и генной терапии.

📎 Полная программа XV RGMM.

#конференция #симпозиум

By the way, I am looking for a new PhD student. He/she/they should have solid programming skills in Python and/or R and hopefully some interest in neuroscience 😉. The project is fully funded for 3 years. If you know somebody who might be interested to work with me in beautiful Bavaria, Germany please freely forward/share this job post. Спасибо 🙏

Ищем МЕНТОРОВ и МЕНТИ на новый цикл The Science Mentors 🔥

Все подробности и прием заявок тут: https://www.thesciencementors.com/

Дедлайн на подачу заявок на осенний цикл — 1 сентября 23:59 по Москве.

⚡️Всем привет! На связи снова @Lila_Sabirova, помните вчера мы искали добровольцев для съемок в сериале о мозге, спасибо вам большое за такой активный отклик, мы уже набрали нужное количество людей.
Теперь у нас новый челендж - очень нужны личные контакты кого-то из пресс-службы МГМУ им. И.М. Сеченова (он же Первый Мед). По контактам на сайте связаться очень сложно, а вопрос у нас срочный. Если вы знаете кого-то или сами представитель пресс-службы, напишите мне, пожалуйста. Если ваш контакт будет рабочим с меня крутая науч-поп книжка из моей личной библиотеки.
Всем науки!

Live Webinar: From tumor drug persistence to resistance and the cancer resistome

DATE: September 8, 2021
TIME: 8AM PDT | 11AM EDT | 4PM BST | 5PM CEST

In this webinar you will learn:
🔹 The mechanisms of tumoral drug persistence in targeted lung cancer therapy
🔹 How tumor heterogeneity and molecular evolution in lung cancer are contributing to drug resistance
🔹 How the cancer resistome enables tumors to survive or thrive in response to therapy
🔹 Strategies to exploit the resistome’s novel set of cancer and immuno-oncology targets to enable better therapeutic outcomes for patients

🌐 Register

#обучение #вебинар #webinar #PerkinElmer

Know Thy Neighborhood: Spatial Phenotyping of Cells at the Neighborhood Level
Aug 24, 2021 at 8:00 am PDT / 11:00 pm EDT / 5:00 PM CEST
Clemens Duerrschmid, PhD
Technical Application Scientist
Akoya Biosciences

🌟
CODEX with Seurat: A High-Dimensional Approach to Unlocking Spatial Insights
Aug 31, 2021 at 8:00 am PDT / 11:00 pm EDT / 5:00 PM CEST
Grady Carlson, PhD
Bioinformatics Field Application Scientist
Akoya Biosciences
🌟

A Beginner's Guide to CODEX
Sep 7, 2021 at 8:00 am PDT / 11:00 am EDT / 5:00 PM CEST
Leilani Marty-Santos, PhD
Field Application Scientist
Akoya Biosciences

https://zoom.us/webinar/register/WN_ZQL8Wm-2QG2KBECoxaR07Q?utm_source=ActiveCampaign&utm_medium=email&utm_content=Are+you+registered+for+the+webinar+I+am+presenting+tomorrow%3F&utm_campaign=2021-08-sp-webinar-series

Очень часто бывает так, что легенды и мифы появляются на основе реальных явлений, которым сложно было найти рациональное объяснение. Например, в средневековой Европе бытовал миф о страшном животном - крысином короле. По легенде, крысиный король состоит из нескольких крыс, намертво сплетенных хвостами, а кормят его другие крысы. На самом деле, случаи, когда несколько крыс спутываются или склеиваются хвостами так, что сами не в состоянии распутаться, и в итоге погибают от голода, оставляя жутковатый труп, действительно известны. На сегодняшний момент достоверно известно о не более чем полусотне крысиных королей. Впервые о крысином короле упоминается в документе, датируемым 1564 годом. Каждый новый случай обнаружения крысиного короля вызывает сомнения, потому что зачастую люди в погоне за сенсацией специально создают крысиных королей, связывая хвосты мертвых крыс, и предъявляют ужасающую "находку" публике. Но совсем недавно наш соотечественник из Ставропольского края впервые сумел заснять крысиного короля, а также спасение запутавшихся крыс, на видео. Тем не менее, естественные причины появления крысиных королей неясны. Можно было бы предположить, что в условиях перенаселенности молодые крысы могут случайно склеиваться и спутываться хвостами, однако такое "кучное" поведение в целом для крыс нехарактерно. В общем, явление крайне непонятное и загадочное. Кто хочет видео с мышиным королем, ловите: https://lenta.ru/news/2021/08/30/king/