​​​​​​​​Подготовка научной публикации

Часть I. Editors, cover letter and presubmission inquiry.

Информация, в основном, из вебинара от журнала Cell. Вебинар показался мне очень полезным для подготовки статьи, поэтому хочу поделиться с вами выжимкой.

Для чего нужны редакторы (editor) и что они хотят видеть в вашей статье?

- Интересность: почему вас заинтересовала эта тема/проблема? Почему она должна быть интересна остальным?
- Глубина полученного знания: на сколько именно вы продвинулись в изучении вопроса?
- Концептуальный прогресс: являются ли результаты вашей работы фундаментом для новых исследований в этой области?
- Строгость данных: соответствуют ли результаты выводам? Логичен ли дизайн эксперимента? Использованы ли все необходимые контроли? Оправдан ли выбор модели?
- Глобальная значимость: важна ли ваша работа для других областей науки (или здравоохранения, например)?

Сопроводительное письмо (Cover letter)

Не является частью текста статьи.

- Доступно исключительно для редактора, не для рецензентов (reviewer)
- Суммирует все результаты статьи
- Объясняет почему работа должна быть опубликована именно в этом журнале
- Содержит информацию о людях, которые могли бы (и не могли!) стать рецензентами статьи
- Включает ссылки на похожие работы (лучше не скрывать, а обяснить, чем ваше исследование лучше или прогрессивнее)
- Предоставляет возможность объяснить, почему ваши результаты отличаются от результатов другой статьи по этой проблеме, а также почему ваша экспериментальная стратегия или метод лучше и правильнее

Предварительная подача (Presubmission inquiry)

Во многих журналах есть возможность подать статью на предпросмотр редакторам.

- Включает в себя название (title), аннотацию (abstract) и сопроводительное письмо (cover letter)
- Можно подавать в несколько журналов одновременно (в отличие от статьи!)
- Отличная возможность понять, какой журнал вам подходит больше, а также получить рекомендации и доделать эксперименты
- Занимает всего несколько дней

Было полезно? Можете что-то посоветовать?!

#какбытьученым #наука

Мир науки большой. А здесь вас уже 100. Спасибо за проявленный интерес. Оставляйте свои комментарии и пожелания под постами, так я буду знать, чем с вами поделиться, а чем не стоит.

​​Учёные покидают свои дома.

С сегодняшнего дня возобновлена работа нашего института (ИМБ РАН), как и многих других институтов. На входе измеряют температуру, обязательно ношение маски в течение дня. Так как институт, в целом, немногочисленный, то расстояние в 1.5 метра соблюдается и в мирные времена. Благо и столовой у нас нет.

Удалось ли нам пережить карантин без потерь?

Мокрые биологи работают с эукариотическими и бактериальными культурами, получают модифицированных мух и мышей. Порой эксперименты ведутся месяцами или даже годами, и остановить их по щелчку пальцев просто бывает невозможно. Мыши, мухи, клетки погибают десятками и сотнями тысяч в наших экспериментах, а сейчас они сдались без боя.

У нас в лаборатории огромная коллекция клеточных культур, холодильники, инкубаторы, микроскопы и криохранилища, требующие заботы. Карантин, конечно же, внес свои коррективы в нашу размеренную жизнь, но мы успели сориентироваться и довести все до сохранения в жидком азоте, который подавали бесперебойно.

Отношение к 2.5-месячному заточению не может быть однозначным, кто-то скучал по клеточной работе и коллегам, кто-то безудержно отдыхал и смотрел сериалы, для меня карантин стал просто глотком свежего воздуха.

За последний год я приобрела незабываемый опыт написания статьи за месяц (Frontiers in Oncology) и за сутки (Молекулярная биология). Во время карантина я наконец-то смогла писать статью в нормальном размеренном режиме, имея возможность переделывать графики по 10 раз до собственного удовлетворения и применять новые методы анализа.

Экспериментальная работа приостановилась, но будет возобновлена с новой силой. Из печального - это поднятие цен на реактивы и расходники, но надеюсь, что этот год принесёт всем заслужившим новые гранты. К тому же, у большинства реагентов крайне ограниченный срок годности, так что нас ожидает затяжная ревизия, но необходимость ожидания доставки по 2-3 месяца предполагает некоторую запасливость и расчётливость.

Надеюсь, вы смогли подстроить свою жизнь под карантин, извлечь из этого пользу и ваши лаборатории понесли немного потерь. Поделитесь своими историями в комментариях!

Почитайте ещё истории про возвращение учёных в лаборатории.

Очень много раз меня спрашивали про заработок учёного, и очень много раз я не отвечала на этот вопрос, так как информации слишком много. Готова рассказать сегодня. Интересна ли вам эта тема?

Список тем на ближайшее время:

1) Заработок ученого. Есть ли он?
2) Откуда берутся научные задачи: можно ли их придумать самому?
3) Стажировки как способ полюбить науку: удачный и неудачный опыт.
4) Зачем учиться в МФТИ, чтобы стать биологом?

Хотите предложить тему поста или задать вопрос? Пишите в комментариях к посту или в личные сообщения @elmira_mi

Непопулярная наука

О чем обычно рассказывают научпоп-ресурсы? О медицине, социальных и психологических закономерностях, о всяких интересностях из мира животных и, конечно же, о космосе.

При этом многие горячие темы, регулярно попадающие в Nature и Science, остаются менее заметны для широких масс.

Не хочу показаться обделенным, но таковой мне кажется моя область исследований. Благо у меня есть блог, где я могу о ней рассказать=)

Я изучаю, как устроены мембранные белки в живых клетках. Пока звучит максимально скучно, но скоро будет интересно.

Немного скучного бэкграунда:

Наши с вами клетки окружены мембраной. Она не проницаема для большинства веществ. В мембране есть специальные девайсы — мембранные белки — которые регулируют обмен этих самых веществ с окружающей средой.

В популярной науке часто рассказывают, за что отвечают эти белки: запускают сердцебиение, пропускают нервный импульс, активируют все наши чувства от зрения и вкуса до жажды и сонливости. На картинках их упрощенно отмечают всякими палочками и ромбиками. Но сама структура и механизм работы этих белков тоже невероятно интересны.

Интересное начинается здесь:

Эти белки используют разные крутые механизмы, чтобы протащить вещества сквозь мембрану.

Например в наших нейронах есть мембранные белки, которые представляют из себя миниатюрную кабину лифта (синяя штука на фото, тык). У этого лифта есть две открывающиеся двери. В кабине есть несколько стульев, на которых как пассажиры рассаживаются молекулы. Каждая молекула может сесть только на стул соответствующей формы. Когда все пассажиры сели, двери закрываются, и кабина лифта спускается по лифтовой шахте сквозь мембрану. Спустившись “на этаж ниже” двери открываются, “пассажиры” выходят.

На этом магия не заканчивается. В кабине автоматически выставляется другой набор стульев, и другие молекулы садятся в кабину. Двери опять закрываются, кабина едет вверх. Цикл полностью автоматизирован — нет никакого лифтера, который это контролирует.

Чтобы вы представляли размеры, эти молекулярные лифты меньше обычных лифтов во столько же раз, во сколько обычные лифты меньше Солнца. Как и обычный лифт, их молекулярные аналоги могут ломаться. Только вот такие поломки наблюдаются в серьезных патологиях: шизофрения, нейродегенеративные заболевания (Альцгеймер, Хантингтон), наркотические зависимости и тп.

На этом чудеса мембранных белков не заканчиваются.

Возьмем чувство холода. Его запускают белки, которые напоминают дверь со специальным “электромагнитым сенсором”, реагирующим на холод (клац)). Как и многие двери, их можно взломать отмычкой подходящей формы. Хорошо подходит молекула ментола. Поэтому от жвачки с ментолом во рту холодно, хотя сама жвачка не холодная.

Это лишь два примера из кучи вычурных механизмов разных мембранных белков.

Все эти приблуды интересны для двух целей:

1. Многие болезни связаны с неправильной работой мембранных белков. Поняв, как они работают, можно придумывать лечение.
2. Биомиметика: мембранные белки — это наикрутейшие нанодевайсы. Зачем изобретать велосипед, если он уже есть в природе?

Вот такие интересные штуки я изучаю на работе.

ЗЫ.
Давно обещал рассказать про фотку черной дыры, но так и не смог написать об этом лаконично. Вот лучшее объяснение, которое я видел: оригинал - англ, перевод - рус.

Вопрос:
Раньше я пробовал писать посты про популярную науку (тык1,тык2), но потом увлекся рефлексированием.
Хотите вернуть посты с краткими обзорами интересных научных тем?

Всем добра,
Тг

#научпоп

Заработок учёного. Есть ли он?

Меня много раз спрашивали про то, какие отрасли в биологии сейчас наиболее выгодные, сколько денег можно заработать в лаборатории. Очень не люблю эти вопросы, но пришло время обозначить своё мнение, надеюсь, оно окажется для кого-то полезным.

Во-первых, хочу сказать, что в академической науке вами должны двигать увлечение и интерес, а не стремление заработать. Если вы хотите нормальную зарплату и стабильность, идите лучше сразу в фарму, например. Но это не значит, что учёные работают на общественных началах. Говорить буду за российскую науку, о зарубежной мне известно меньше.

Во-вторых, считаю зарплатообразование в российской науке совершенно нормальным. Почему? Потому что, как правило, до того как студент начинает приносить первую пользу (хотя бы результаты, а лучше гранты и публикации) проходит от полугода до года, а реагентов бывает потрачено на кругленькую сумму. Да, студентам нужно на что-то кушать и как-то ездить в лабораторию, да, для кого-то это причины для обид и разочарования в науке. Как по мне, за порог лаборатории нужно ступать с осознанием того, что быть студентом в лаборатории - это работать на своё будущее, получать навыки, необходимые для построения карьеры в науке. Практически всем приходится искать сторонние способы заработка в первые годы научной жизни.

С момента прихода в первую лабораторию (3 курс) я работала: занималась репетиторством, работала в приёмной комиссии и организовывала олимпиады. Платить мне начали через год - символические N тысяч рублей и меня это безумно радовало, как студента 4 курса. Потом я сменила лабораторию и вернулась на изначальную позицию с отсутствием зарплаты и необходимостью подрабатывать. Работала удалено в медицинской компании, иногда читала лекции за деньги на разных мероприятиях, получала повышенную стипендию. Научной работы было гораздо больше, чем в первой лаборатории, но вместе с тем и возможностей для развития, поэтому я проводила в лаборатории по 8-9 часов в день и бросила удаленную работу. На тот момент как раз прошёл год в лаборатории, и мне начали платить символические N/2 рублей, что не могло меня не расстраивать. Позже появилась возможность заниматься закупками (прим. работа лаб. менеджера) и получать за это некоторую стабильную зарплату. Вариант был приемлемым, но по счастливой случайности я начала преподавать в кружке при МФТИ (об этом подробно писать не буду), занималась этим довольно долго и продуктивно. Потом появились собственные гранты, надбавки за публикации, и жизнь стала немного проще.

В целом, з/п взрослого ученого (младшего или старшего научного сотрудника), складывается из ставки, надбавки из грантов, стипендии (для аспирантов) и выплат за публикации в высокорейтинговых журналах. Чаще всего коэффициентом является размер вашего личного вклада в научные проекты и деятельность лаборатории, в целом. Нужно добывать гранты, писать научные статьи, и не забывать, что наука - это не про деньги.

Поделитесь своим опытом или мыслями на этот счёт в комментариях.

О финансировании науки в России.

Мегагранты – издание восьмое

Минобрнауки объявило о начале сбора заявок на участие в восьмом конкурсе на получение мегагрантов, результаты которого будут подведены в конце 2020 года. В рамках конкурса планируется поддержать 35-40 проектов на создание лабораторий мирового уровня, с финансированием в размере до 90 млн. рублей для каждой.

Мы попросили комментарий у Ирины Коротковой, генерального директора компании «Инконсалт К» – оператора программы мегагрантов:

«Каждый этап программы мегагрантов вбирает в себя лучшие практики и самые эффективные методики отбора тем исследований и ведущих ученых, под руководством которых открываются лаборатории и ведутся научные изыскания. Это обусловлено, с одной стороны, требованиями времени, когда глобальные вызовы перешли из теоретической плоскости в сферу ежедневной повестки, а с другой стороны – растущей популярностью программы мегагрантов среди мировых ученых.

Конкурс среди ученых по предыдущему, седьмому конкурсу, составил более 10 человек на одно место. Восьмым конкурсом программы требования к соискателям значительно повышены. Например, значения наукометрических показателей ведущего ученого для участия в конкурсе были переведены из формата рекомендованных в формат обязательных.

Этот пункт условий конкурса, как и некоторые и другие, помогут еще более эффективно отобрать самых достойных исследователей мирового уровня для получения мегагрантов».

Отметим, что программа мегагрантов в свое время стала прорывом – как по объемам финансирования, так и по содержанию. Именно мегагранты сформировали многие «лучшие практики», на которые опираются масштабные гранты РНФ и РФФИ, а также мероприятия нацпроекта «Наука». Например, уровень и качество экспертизы – с обязательным привлечением иностранных ученых мирового класса.

Благодаря своей передовой механике и реализации, а также ощутимой результативности – как в количественном, так и в качественном плане, программа мегагрантов органично интегрировалась в нацпроект «Наука».

Также она является действенным инструментом научной дипломатии – на международной арене Россия подтверждает не только свои амбиции на одну из лидерских позиций в мировой науке, но и способность оперативно наращивать компетенции для этого.

Иностранные ученые и соотечественники, принимающие участие в мегагрантовых лабораториях, а также формирующиеся коллаборации и научные сети – демонстрируют нацеленность России на конструктивное сотрудничество, а интерес к программе лишний раз свидетельствует – никакие политические обстоятельства не могут остановить стремление исследователей к партнерству для новых открытий и свершений.

https://t.me/minobrnaukiofficial/302

Крайне полезные советы от редактора Trends in Molecular Medicine о сопроводительном письме для журнала.

"Authors' excitement about their scientific contributions can undoubtedly inspire the editor who's reading the cover letter" - то, о чем многие забывают или стесняются показать в письме.

http://crosstalk.cell.com/blog/submitting-your-manuscript-write-the-right-cover-letter

​​Raymon L. Erikson

Реймонд Эриксон - биолог/вирусолог, который открыл белок SRC (c-Src - протоонкоген). SRC на данный момент является мишенью нескольких противоопухолевых препаратов. В этот список входит дазатиниб, который одобрен для лечения хронического миелоидного лейкоза и одного из подтипов острого лимфобластного лейкоза.

Изображение из статьи:
Inhibition of Src Family Kinases and Receptor Tyrosine Kinases by Dasatinib: Possible Combinations in Solid Tumors

Мудрость дня:

Не плачьте во время написания диплома: по-настоящему плакать вы будете, читая первый диплом своего студента.

Нарисую картинку и расскажу, почему 123 мое любимое число. Может кто догадается?

​​​​123 подписчика, а 123 это мое любимое число!

Потому что изучаю я CD123, он же IL3Ra.

Это рецептор цитокинов, который находится на поверхности большинства клеток острого миелоидного лейкоза. Острые миелоидные лейкозы плохо поддаются лечению.

Уровень CD123 повышен в лейкозных стволовых клетках (ЛСК), которые считаются основными игроками при возникновении терапевтической устойчивости и рецидивов.

CD123 очень любят те, кто занимается CAR T клетками (это такие химерные/модифицированные иммунные клетки, прицельно атакующие злокачественные клетки), так как можно атаковать ЛСК, при этом не трогая нормальные клетки крови.

И те, кто занимается разработкой терапевтических антител: для блокировки CD123 разработан ряд антител как моноклональных, так и биспецифических (DART).

Для меня интерес представляет молекулярный механизм, определяющий повышение CD123 на поверхности клеток лейкоза. Что запускает это повышение? Можно ли его предотвратить на ранней стадии?

https://www.nature.com/articles/s41375-018-0075-3

​​Вот и наступил тот момент, когда можно попросить друга сделать рецензию на диплом своего студента.

Завтра защищает диплом мой второй студент-бакалавр. Совсем недавно я была по другую сторону баррикад: волновалась перед отчётами, искала поддержки старших коллег, писала в первый раз диплом.

Отчёты никуда не делись - все же я учусь в аспирантуре. Только теперь отчёты - это повод для того, чтобы рассказать сотрудникам института о своём любимом проекте и результатах, которые тебя радуют.

Написание первого в жизни диплома было 4 года назад. После этого случилось написание первого тезиса на конференцию, первой заявки на грант, первого отчета по гранту и первой научной статьи. Впрочем, осталось впервые в жизни написать диссертацию 🧐.

Пишете сейчас диплом и не уверены в своём будущем? Не волнуйтесь, вы точно чему-то научились, даже если вам, вдруг, кажется, что все было напрасно.

Не могу оценить, с какой стороны мне нравится больше. Просто всему свое время и место.