Forwarded from Elizaveta Minina
‼️ Друзья, напоминаю, что уже сегодня в 17:00 состоится лекция Алексея Паевского @damantych , посвященная нейроглии! Присоединяйтесь к трансляции на Youtube: https://fbb.lv/sciclubyt или, если хотите задать свои вопросы лектору голосом, к виртуальной аудитории https://fbb.lv/sciclub. Регистрация не нужна, просто введите свое имя и фамилию и выберите режим с микрофоном. Ждём вас!
Наконец-то выполняю обещание - буду рассказывать про рецензирование статей (взгляд рецензента), а точнее про последнюю статью.
*статьи в приличных журналах проходят несколько этапов: техническая проверка -> рассмотрение главного редактора -> рецензия от 2-3 человек -> ответы рецензентам -> публикация
Первая статья на рецензию пришла мне 2 года назад из журнала PLOS ONE. Я очень въедливо изучала статью 2 недели (ровно 14 дней отводилось на подготовку ответа), нашла много неточностей, предложила эксперимент, в общем, major revision. Авторы успешно справились, а я было дико довольна тем, что предложенный мной эксперимент показал крутые результаты. В общем, мне понравилось!
Несколько дней назад я отправила рецензию на 8 статью (в качестве рецензента).
Это не первая странная статья, в которой почти полностью отсутствует последовательность действий, но она смогла меня удивить.
Заявленная тема исследования показалось мне очень интересной и соответствовала моей области исследований. Абстракт был многообещающим.
Но в ходе внимательного изучения я обнаружила много проблем в дизайне исследования.
Я напишу здесь часть своих замечаний и объясню, не называя авторов, генов, клеток и препаратов.
Надеюсь, мои заметки сделают кого-то из читающих этот пост более внимательным и вдумчивым исследователем.
Авторы предоставили экспериментальные данные для двух групп клеток -> ГРУППА I - экспрессируют ген X (белок X); Группа II - нет экспрессии гена X.
❗️Различные размеры выборки:
ГРУППА I - три клеточные линии
ГРУППА II - одна клеточная линия
✅ решение: дополнить ГРУППУ II еще двумя клеточными линиями или получить модельную клеточную линию путем нокаута или сверхэкспрессии гена X.
❗️Разный экспериментальный дизайн:
На ГРУППУ I воздействовали siRNA
На ГРУППУ II ингибитором
И сравнивали эффекты.
✅ Решение: используйте siRNA и ингибитор для обеих групп.
❗️Два ингибитора S и D:
Изменения экспрессии генов и фосфорилирования белков измеряли после обработки ингибитором S;
Токсичность оценивали только для D.
Да, Sи D нацелены на один белок, но они могут иметь разную эффективность и оффтаргеты.
✅Решение: выберите один ингибитор или предоставьте данные для обоих
❗️Выводы на основе одной клеточной линии:
В конце авторы проверяют токсичность ингибиторов двух разных ингибиторов, нацеленных на разные белки, на одной клеточной линии. Первый ингибитор оказывается эффективнее, на основании чего они делают вывод, что белок, являющийся его мишенью, для раковых клеток важнее.
✅Решение: предоставить данные для панели клеточных линий с разными характеристиками (хотя бы для 5).
Несмотря на кучу замечаний, я считаю, что статью можно улучшить с помощью дополнительных экспериментов, поэтому мое решение было MAJOR REVISION.
Мне нравится быть рецензентом, поскольку это делает меня более критичной к моим собственным исследованиям.
Надеюсь, было полезно или интересно.
*статьи в приличных журналах проходят несколько этапов: техническая проверка -> рассмотрение главного редактора -> рецензия от 2-3 человек -> ответы рецензентам -> публикация
Первая статья на рецензию пришла мне 2 года назад из журнала PLOS ONE. Я очень въедливо изучала статью 2 недели (ровно 14 дней отводилось на подготовку ответа), нашла много неточностей, предложила эксперимент, в общем, major revision. Авторы успешно справились, а я было дико довольна тем, что предложенный мной эксперимент показал крутые результаты. В общем, мне понравилось!
Несколько дней назад я отправила рецензию на 8 статью (в качестве рецензента).
Это не первая странная статья, в которой почти полностью отсутствует последовательность действий, но она смогла меня удивить.
Заявленная тема исследования показалось мне очень интересной и соответствовала моей области исследований. Абстракт был многообещающим.
Но в ходе внимательного изучения я обнаружила много проблем в дизайне исследования.
Я напишу здесь часть своих замечаний и объясню, не называя авторов, генов, клеток и препаратов.
Надеюсь, мои заметки сделают кого-то из читающих этот пост более внимательным и вдумчивым исследователем.
Авторы предоставили экспериментальные данные для двух групп клеток -> ГРУППА I - экспрессируют ген X (белок X); Группа II - нет экспрессии гена X.
❗️Различные размеры выборки:
ГРУППА I - три клеточные линии
ГРУППА II - одна клеточная линия
✅ решение: дополнить ГРУППУ II еще двумя клеточными линиями или получить модельную клеточную линию путем нокаута или сверхэкспрессии гена X.
❗️Разный экспериментальный дизайн:
На ГРУППУ I воздействовали siRNA
На ГРУППУ II ингибитором
И сравнивали эффекты.
✅ Решение: используйте siRNA и ингибитор для обеих групп.
❗️Два ингибитора S и D:
Изменения экспрессии генов и фосфорилирования белков измеряли после обработки ингибитором S;
Токсичность оценивали только для D.
Да, Sи D нацелены на один белок, но они могут иметь разную эффективность и оффтаргеты.
✅Решение: выберите один ингибитор или предоставьте данные для обоих
❗️Выводы на основе одной клеточной линии:
В конце авторы проверяют токсичность ингибиторов двух разных ингибиторов, нацеленных на разные белки, на одной клеточной линии. Первый ингибитор оказывается эффективнее, на основании чего они делают вывод, что белок, являющийся его мишенью, для раковых клеток важнее.
✅Решение: предоставить данные для панели клеточных линий с разными характеристиками (хотя бы для 5).
Несмотря на кучу замечаний, я считаю, что статью можно улучшить с помощью дополнительных экспериментов, поэтому мое решение было MAJOR REVISION.
Мне нравится быть рецензентом, поскольку это делает меня более критичной к моим собственным исследованиям.
Надеюсь, было полезно или интересно.
Скоро и мне придёт такой комплект (@ortholike).
А если по теме канала, то сегодня будет большой список предстоящих конференций!
А если по теме канала, то сегодня будет большой список предстоящих конференций!
Конференции 2021!
Как вы понимаете конференции и конгрессы опять пройдут в онлайн формате.
Конкретно я оставляла отзывы о проведении для каждого мероприятия, что посетила в прошлом году. Основными проблемами почти для всех конференций были:
📎 слишком большое количество параллельных секций (как на настоящих конференциях), в которых очень сложно ориентироваться на сайте
📎 плохая постерная секция - загруженные на сайт постеры в формате PDF, не разделенные на секции, без дополнительных комментариев (отличная постерная сессия была на PISA 2020!)
📎 отсутствие круглых столов, онлайн-баров, переговорных
Надеюсь, что организации исправят ошибки 2020го года и отшлифуют формат.
А теперь перейдем к списку конференций:
📌 EACR 2021 Virtual Congress - Innovative Cancer Science: Better Outcomes Through Research
eacr2021.org
Дедлайн подачи тезисов: 08 марта 2021
Дата проведения: 09-12 июня 2021
Крупная конференция по онкологии для ученых, врачей и тех, кто на стыке. Для участия выгодно сначала вступить в сообщество EACR - будет дешевле, а также можно будет претендовать на стипендию.
📌 Bioinformatics in Cancer
eacr.org/conference/bioinformatics2021virtual
Дедлайн подачи тезисов: 25 марта 2021
Дата проведения: 18-19 июня 2021
Участвовала в прошлом году и планирую участвовать в этом. Для членов EACR доступны стипендии.
📌 EHA2021 Virtual Congress
ehaweb.org/congress/eha-congress-2021
Дедлайн подачи тезисов: 30 апреля 2021
Дата проведения: 9-17 июня 2021
Одна из самых крупных конференций по гематологии. Была чудесно организована в 2020 году в формате онлайн. Зачитывались почти все вопрос из формы для комментариев, видеозаписи выступлений были доступны до сентября, если не ошибаюсь.
В прошлом году подавала на стипендию, сначала отказали, но в последний момент расширили количество стипендиатов и одобрили - участвовала в итоге бесплатно.
📌 2021 ASBMB Annual Meeting
asbmb.org/meetings-events/2021-annual-meeting
Дедлайн подачи тезисов: 4 февраля 2021
Дата проведения: 27-30 апреля 2021
Интересная конференция, буду участвовать впервые. Несколько организаций объединились и получилась конференция Experimental Biology (experimentalbiology.org). Очень много разных тем по молекулярной и клеточной биологии. Подача на стипендию уже недоступна.
—
@sciencylife
Если будете регистрироваться на конференции EACR, пишите мне - я амбассадор этого сообщества (мой номер: EACR26153).
Как вы понимаете конференции и конгрессы опять пройдут в онлайн формате.
Конкретно я оставляла отзывы о проведении для каждого мероприятия, что посетила в прошлом году. Основными проблемами почти для всех конференций были:
📎 слишком большое количество параллельных секций (как на настоящих конференциях), в которых очень сложно ориентироваться на сайте
📎 плохая постерная секция - загруженные на сайт постеры в формате PDF, не разделенные на секции, без дополнительных комментариев (отличная постерная сессия была на PISA 2020!)
📎 отсутствие круглых столов, онлайн-баров, переговорных
Надеюсь, что организации исправят ошибки 2020го года и отшлифуют формат.
А теперь перейдем к списку конференций:
📌 EACR 2021 Virtual Congress - Innovative Cancer Science: Better Outcomes Through Research
eacr2021.org
Дедлайн подачи тезисов: 08 марта 2021
Дата проведения: 09-12 июня 2021
Крупная конференция по онкологии для ученых, врачей и тех, кто на стыке. Для участия выгодно сначала вступить в сообщество EACR - будет дешевле, а также можно будет претендовать на стипендию.
📌 Bioinformatics in Cancer
eacr.org/conference/bioinformatics2021virtual
Дедлайн подачи тезисов: 25 марта 2021
Дата проведения: 18-19 июня 2021
Участвовала в прошлом году и планирую участвовать в этом. Для членов EACR доступны стипендии.
📌 EHA2021 Virtual Congress
ehaweb.org/congress/eha-congress-2021
Дедлайн подачи тезисов: 30 апреля 2021
Дата проведения: 9-17 июня 2021
Одна из самых крупных конференций по гематологии. Была чудесно организована в 2020 году в формате онлайн. Зачитывались почти все вопрос из формы для комментариев, видеозаписи выступлений были доступны до сентября, если не ошибаюсь.
В прошлом году подавала на стипендию, сначала отказали, но в последний момент расширили количество стипендиатов и одобрили - участвовала в итоге бесплатно.
📌 2021 ASBMB Annual Meeting
asbmb.org/meetings-events/2021-annual-meeting
Дедлайн подачи тезисов: 4 февраля 2021
Дата проведения: 27-30 апреля 2021
Интересная конференция, буду участвовать впервые. Несколько организаций объединились и получилась конференция Experimental Biology (experimentalbiology.org). Очень много разных тем по молекулярной и клеточной биологии. Подача на стипендию уже недоступна.
—
@sciencylife
Если будете регистрироваться на конференции EACR, пишите мне - я амбассадор этого сообщества (мой номер: EACR26153).
А вот список постов, опубликованных на моем канале, которые помогут вам подготовиться к участию в конференции:
https://t.me/sciencylife/177 - онлайн платформа для постеров;
https://t.me/sciencylife/140 - о плюсах и минусах онлайн-конференций;
https://t.me/sciencylife/102 - как сделать хороший постер;
https://t.me/sciencylife/94 - как получить стипендию/Travel Grant и посетить конференцию бесплатно
__
@sciencylife
Если будете регистрироваться на конференции EACR, пишите мне - я амбассадор этого сообщества (мой номер: EACR26153).
https://t.me/sciencylife/177 - онлайн платформа для постеров;
https://t.me/sciencylife/140 - о плюсах и минусах онлайн-конференций;
https://t.me/sciencylife/102 - как сделать хороший постер;
https://t.me/sciencylife/94 - как получить стипендию/Travel Grant и посетить конференцию бесплатно
__
@sciencylife
Если будете регистрироваться на конференции EACR, пишите мне - я амбассадор этого сообщества (мой номер: EACR26153).
Telegram
Научная жизнь Эльмиры
Теперь вам не придётся искать шаблоны для постеров в интернете!
BioRender запускает онлайн платформу для создания научных постеров!
Прямо сейчас можно зарегистрироваться, чтобы оказаться в числе первых пользователей.
Кто не знает про BioRender - это…
BioRender запускает онлайн платформу для создания научных постеров!
Прямо сейчас можно зарегистрироваться, чтобы оказаться в числе первых пользователей.
Кто не знает про BioRender - это…
Wow! Не знала этого. Дженет Роули открыла первую транслокацию в клетках лейкоза. Позже открыли транслокацию BCR-ABL в клетках хронического миелоидного лейкоза, которая стала успешной мишенью для препарата иматиниб (Gleevec). Ещё она ездила на работу на велосипеде чуть ли не до 90 лет!
Вообще она мой самый любимый учёный, и несколько лет назад у меня была коллаборация из иллюстратором из Инстаграмм - она рисует вдохновляющих женщин-учёных, и я выбрала ее. Внизу будет ссылка на тот пост, как только я ее найду.
А в комментариях можно посмотреть на Дженет.
Вообще она мой самый любимый учёный, и несколько лет назад у меня была коллаборация из иллюстратором из Инстаграмм - она рисует вдохновляющих женщин-учёных, и я выбрала ее. Внизу будет ссылка на тот пост, как только я ее найду.
А в комментариях можно посмотреть на Дженет.
Увидела несколько объявлений о конференциях. Похоже, что организаторы надеятся провести их в реальной жизни осенью 2021 и зимой 2022, а не в онлайн-формате. Вдруг кому-то будет полезно:
4th Exploring DNA Repair Pathways as Targets for Cancer Therapy Conference
17 февраля 2022
Animal Models of Cancer Conference: From Cancer Genetics to Precision Oncology
3 ноября 2021
Intestinal Stem Cell - Niche Interactions in Health and Disease Conference
7 октября 2021
4th Exploring DNA Repair Pathways as Targets for Cancer Therapy Conference
17 февраля 2022
Animal Models of Cancer Conference: From Cancer Genetics to Precision Oncology
3 ноября 2021
Intestinal Stem Cell - Niche Interactions in Health and Disease Conference
7 октября 2021
Forwarded from Эффект наблюдателя | Предметный указатель
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
4. Артур Залевский, про AlphaFold и компьютерное моделирование биомолекул
Осенью много шума наделала новость о том, что нейронная сеть AlphaFold научилась предсказывать сворачивание белка в его трехмерную структуру. В этом выпуске мы обсудили и эту новость, и вообще область моделирование биомолекул с кандидатом биологических наук Артуром Залевским.
Apple Podcasts
Google Podcasts
Яндекс Музыка
Другие платформы
Слушать на сайте
Осенью много шума наделала новость о том, что нейронная сеть AlphaFold научилась предсказывать сворачивание белка в его трехмерную структуру. В этом выпуске мы обсудили и эту новость, и вообще область моделирование биомолекул с кандидатом биологических наук Артуром Залевским.
Apple Podcasts
Google Podcasts
Яндекс Музыка
Другие платформы
Слушать на сайте
Ну что рассказываю историю.
В прошлом 2020 году я узнала про сообщество EHA - European Hematology Association.
Справка: Как многие из вас знают, я занимаюсь изучением механизма развития устойчивости злокачественных клеток крови к препаратам (ингибиторам рецепторных киназ). После введения в клиническую практику препарата Quizartinib, который является как раз таки ингибитором киназы, а именно FLT3, прогнозы пациентов с острым миелоидным лейкозом существенно улучшились. Но нерешенными остаются проблемы: а) лимитированности области применения препарата; б) приобретения устойчивости. Вот собственно здесь и начинается мой рисеч.
——
Возвращаюсь к EHA, но не совсем. Посетив в 2018 году свою первую в жизни конференцию, по счастливой случайности очень уютную конференцию по гематологии Wilsede Meeting, я как-то более серьезно взглянула на свою тему работы. Тогда я встретила много крутых учёных, начала читать их статьи. К 2019 году у меня уже сформировался список людей, за работами которых я активно слежу и узнаю их из толпы авторов, когда читаю свежую статью. И, конечно, как каждый уважающий себя человек, увлечённый гематологией, я поставила себе цель обязательно поехать на ASH Annual Meeting в США (цель пока не достигнута). В конце 2019 года я наткнулась на конференцию ESH AML. У нас в лаборатории как-то не принято особо часто ездить на зарубежные конференции, поэтому я долго думала, как бы мне на неё подать и разрешат ли. В общем, в итоге, я просто спросила, и шеф дал добро (на тот момент я была уже аспирантом 2 года). Я подала тезис и даже выиграла свой первый Трэвел грант на поездку (в общем съездила в Португалию бесплатно!).
Вы дочитали до середины.
И это был переломный момент. Я ехала на конференцию с четким осознанием, что и кого я хочу послушать, зарегистрировалась на Meet the expert сессии, задавала вопросы. Я знала, чем занимаются люди, с которыми общалась, и чем их данные могут быть полезны моей работе. И тогда же я прониклась духом международных сообществ. Оказалось, что их много, в них можно вступать и получать разные бенефиты (конференции, менторство, скидки, гранты, коллаборации, и др). И я стала искать новые сообщества по своей тематике. Вступила в EACR и EHA. И тут началось самое интересное.
От EACR я тоже получила трэвел грант и побывала на конференции в Бергамо, и узнала про возможность стать амбассадором. Мне это было по душе, так как очень мало людей знает при различные сообщества и предоставляемые ими возможности. Так я стала амбассадором впервые.
После EHA Congress 2020, я узнала о наборе в их молодёжный комитет YoungEHA, который занимается образовательной платформой, продвижением в соцсетях, организацией молодёжного форума, взаимодействием между молодыми учеными-гематологами и др. Комитет состоит из 12 членов, председателя и его заместителя. Не могу найти письмо, в котором написано, сколько человек подали заявку, но я помню цифру 5000. В общем в ноябре 2020 я получила письмо с отказом, расстроилась, конечно, но понимала, что шансы было не велики.
Но случилось чудо. Они решили добрать трёх амбассадоров (без права голоса) в дополнение к основным членам YoungEHA и выбрали меня.
Так что вот, с декабря я официальный амбассадор EHA, подозреваю, что первый в истории из России, но не уверенна. 23 февраля у нас состоится первая встреча и знакомство.
Надеюсь, что смогу быть достойным амбассадором, и помогу учёным из России вступить в эту организацию, подать тезисы на конгресс. И вообще, я хочу распространять знания о возможностях, которые предоставляют международные организации для успешной карьеры.
Не знаю, понравится ли кому-то такой формат постов, но всегда нужно пробовать что-то новое🥲
В прошлом 2020 году я узнала про сообщество EHA - European Hematology Association.
Справка: Как многие из вас знают, я занимаюсь изучением механизма развития устойчивости злокачественных клеток крови к препаратам (ингибиторам рецепторных киназ). После введения в клиническую практику препарата Quizartinib, который является как раз таки ингибитором киназы, а именно FLT3, прогнозы пациентов с острым миелоидным лейкозом существенно улучшились. Но нерешенными остаются проблемы: а) лимитированности области применения препарата; б) приобретения устойчивости. Вот собственно здесь и начинается мой рисеч.
——
Возвращаюсь к EHA, но не совсем. Посетив в 2018 году свою первую в жизни конференцию, по счастливой случайности очень уютную конференцию по гематологии Wilsede Meeting, я как-то более серьезно взглянула на свою тему работы. Тогда я встретила много крутых учёных, начала читать их статьи. К 2019 году у меня уже сформировался список людей, за работами которых я активно слежу и узнаю их из толпы авторов, когда читаю свежую статью. И, конечно, как каждый уважающий себя человек, увлечённый гематологией, я поставила себе цель обязательно поехать на ASH Annual Meeting в США (цель пока не достигнута). В конце 2019 года я наткнулась на конференцию ESH AML. У нас в лаборатории как-то не принято особо часто ездить на зарубежные конференции, поэтому я долго думала, как бы мне на неё подать и разрешат ли. В общем, в итоге, я просто спросила, и шеф дал добро (на тот момент я была уже аспирантом 2 года). Я подала тезис и даже выиграла свой первый Трэвел грант на поездку (в общем съездила в Португалию бесплатно!).
Вы дочитали до середины.
И это был переломный момент. Я ехала на конференцию с четким осознанием, что и кого я хочу послушать, зарегистрировалась на Meet the expert сессии, задавала вопросы. Я знала, чем занимаются люди, с которыми общалась, и чем их данные могут быть полезны моей работе. И тогда же я прониклась духом международных сообществ. Оказалось, что их много, в них можно вступать и получать разные бенефиты (конференции, менторство, скидки, гранты, коллаборации, и др). И я стала искать новые сообщества по своей тематике. Вступила в EACR и EHA. И тут началось самое интересное.
От EACR я тоже получила трэвел грант и побывала на конференции в Бергамо, и узнала про возможность стать амбассадором. Мне это было по душе, так как очень мало людей знает при различные сообщества и предоставляемые ими возможности. Так я стала амбассадором впервые.
После EHA Congress 2020, я узнала о наборе в их молодёжный комитет YoungEHA, который занимается образовательной платформой, продвижением в соцсетях, организацией молодёжного форума, взаимодействием между молодыми учеными-гематологами и др. Комитет состоит из 12 членов, председателя и его заместителя. Не могу найти письмо, в котором написано, сколько человек подали заявку, но я помню цифру 5000. В общем в ноябре 2020 я получила письмо с отказом, расстроилась, конечно, но понимала, что шансы было не велики.
Но случилось чудо. Они решили добрать трёх амбассадоров (без права голоса) в дополнение к основным членам YoungEHA и выбрали меня.
Так что вот, с декабря я официальный амбассадор EHA, подозреваю, что первый в истории из России, но не уверенна. 23 февраля у нас состоится первая встреча и знакомство.
Надеюсь, что смогу быть достойным амбассадором, и помогу учёным из России вступить в эту организацию, подать тезисы на конгресс. И вообще, я хочу распространять знания о возможностях, которые предоставляют международные организации для успешной карьеры.
Не знаю, понравится ли кому-то такой формат постов, но всегда нужно пробовать что-то новое🥲
The European Hematology Association (EHA)
Empowering progress, knowledge, and partnership. - The European Hematology Association (EHA)
EHA is the leading force in hematology, bringing the community together to share knowledge, collaborate, connect, and grow. Join us now, and enter a world of Borderless Hematology.
Состоите ли вы в каких-либо международных организациях? (Если да, напишите в каких именно)
Anonymous Poll
20%
Да
73%
Нет
7%
Не уверен/а
Давайте разберёмся, почему вы не вступаете в сообщества
Anonymous Poll
12%
Нет сообществ по моей теме
46%
Не знаю зачем это нужно
42%
Никогда раньше не слышал/а о таких
Аааа. Сегодня день постов! Я получила устный доклад на конференции Experimental Biology!!!! 🎉🎉🎉
experimentalbiology.org
Это будет мой первый устный доклад на конференции.
experimentalbiology.org
Это будет мой первый устный доклад на конференции.