​​Закончились значит нитриловые перчатки в лаборатории. Поставка через 2 недели. Я, как в былые времена, пошла за ними в аптеку. И что вы думаете? Ковид попытался лишить меня экспериментальной работы! Скупила в 36.6 остатки - 50 пар по нереальной цене. В итоге, перчатки в нераскрытых пачках нашлись только на OZON. Зато теперь у меня модные чёрные перчатки.

И еще одно - от кафедры биохимии биофака МГУ:
Мы завершаем наши семинары в 2020г, а также мини курс на тему получения изображений биологических образцов методом масс спектрометрии лекцией Президента общества масс-спектрометрического имиджинга др. Лиама Макдонелла. Лекция будет посвящена проблеме визуализации метаболома клетки и его применении для анализа гистологических препаратов раковых больных. Будет дан обзор стратегий и перспектив развития метода, начиная от выбора объекта, заканчивая методологией анализа данных.
Ссылки для участия в семинаре можно запросить по
email: biochem.msu@mail.ru
или в PM в фейсбуке Biochem_MSU
Подключайтесь!

Объявление от Рош:
Друзья!

Совсем скоро, 16 декабря в 19:00 выйдет долгожданный второй эпизод в серии научно-популярных бесед “Взламывая раковый код: вчера, сегодня, завтра”.

Готовьтесь к горячей дискуссии, формулируйте вопросы, которые вас
интересуют, ведь вы сможете задать их в прямом эфире!

Наши эксперты – онколог Николай Жуков и патолог Никита Савёлов обсудят доступные сегодня технологии, которые позволяют заглянуть на клеточный, молекулярный и генетический уровень опухолевого процесса и найти ответ на главный вопрос – как и чем лечить.

● Онколог – один в поле не воин?
● На какие данные онколог опирается при выборе терапии, откуда они
берутся и куда “исчезают”?
● Можно ли уследить за всеми драйверами опухолевого процесса?
● Как остановить микроэволюцию и победить рак?

Одна тема, два мнения и десять лучших вопросов от зрителей – все это можно увидеть на ютуб-канале проекта «Архэ» https://www.youtube.com/watch?v=5bJBVDsHsMM
и в сообществе «Медач» Вконтакте.
Вопросы экспертам можно присылать на code@cros.ru.

Проект реализуется по инициативе и при поддержке компании «Рош».

Это очень забавно! В последнее время покупала бумажные полотенца в лабораторию для протирки поверхностей спиртом, потому что по грантам заказать их не получалось. И вот результат 😀

ФармПроститутка прощает и вы простите. В Инстаграмм посты выходят чаще. А дел и правда очень много, но постараюсь ещё закинуть полезностей в этом году. Например, про GraphPad Prism - программу для статистической обработки данных!

А если вам в жизни не хватает жёсткой критики, читайте ФармПроститутку.

Фармпроститутка дарует всем индульгенцию

Недавно Папа Римский СОВЕРШЕННО БЕСПЛАТНО простил грехи всем, кто хотя бы раз в течение года исповедовался. Поддерживаю этот аттракцион невиданной щедрости и ТОЖЕ БЕСПЛАТНО дарую всем индульгенцию и включаю в свою рассылку в честь недавнего большого юбилея в 2000 подписчиков!

Дарую индульгенцию и отпускаю грехи следующим каналам:

Миксоматоз Амигдалы прощаем за нейминг! Канал детально разбирает психотропные ЛС и вообще любит фармакотерапию. Любовь первична, дети мои!

Vademecum и Vademecum Chat за то, что так долго держали в тени талантливую авторку Елизавету Солодун. Рекомендую.

Без рецепта за то, что продолжают выделять всё жирным шрифтом вместо ссылок. Тоже полезно.

Поясни за мед прощаем за веру в государственное финансирование. Как и всех медиков РФ.

Медицинской России прощаем её мягкость и смиренность. Очень сдержанно и радикально интеллигентно комментировали вмешательство главных специалистов России и Италии. Можно было пожестче.

Голод, Холод и Покой прощаем за относительное снижение активности в декабре. Соберитесь!

Отпускаю грехи каналу Научная жизнь Эльмиры за то, что проводит в лаборатории больше времени, чем в телеграме. Это неправильная миллениалка.

Прощаю Медач за редакторов! Картинка ок и партнёры подъехали, а содержание всё ещё требует редактора с концептуальным видением. Но всё будет

Отпускаю грехи каналу Medical Ксю, один из которых — отсутствие погружения в детали интересных проектов. Но это мелочи по сравнению с качественным потоковым информированием.

Прощаем Цифровую Медицину за то, что стала реже меня цитировать.

Я знаю, что вы все заядлые грешники, кто-то больше, кто-то меньше, и я, как Мария Магдалина в мире фармацевтики и медицины, как Жанна Д'Арк, сгорая в огне несправедливости, отпускаю ваши грехи.

С уважением, ФармПроститутка.
2500 отмечать не буду.

«Пора писать свежие посты» - подумала я, отодвинула от себя ноутбук, на котором надо срочно до вечера сделать перевод статьи для журнала, и вот я уже здесь, набираю текст.

Краткая справка: Научную работу, как вы знаете, я выполняю в Институте Молекулярной Биологии РАН. А вот учусь я сейчас на 3 курсе аспирантуры Московского Физико-Технического Института, факультет биологической и медицинской физики. А это означает, что в этом году мне нужно сдать кандидатский минимум по специальности (Молекулярная Биология) и активно двигаться к защите диссертации.

Дополнительно на кафедре у нас есть ежегодная отчётность в виде презентации научных результатов сотрудникам кафедры, которая пройдёт в январе. Особенно забавно, что сейчас я участвую в заседаниях и в качестве сотрудника, и в качестве аспиранта.

Педагогическую практику я успешно закрыла ещё 2 года назад, так как официально стала руководителям двух студентов-бакалавров.

План-минимум по публикациям я тоже уже давно выполнила. Но во благо дальнейшей карьеры в академии надо написать ещё парочку приличных статей.

Но какая же учеба без сюрпризов! На почту только что пришло уведомление о некой аттестации аспирантов, которая пройдёт в январе. Ничего ранее о ней я не слышала и не читала. В общем, январь для меня станет месяцем презентации научной работы, что в общем-то не в тягость, а в радость.

А пока скажите, интересно ли вам будет почитать об аспирантуре в России? Я об этом никогда не писала, но если интересно поделюсь своим опытом.

Поздравляю всех с наступающим!

Желаю повышения Хирша, побольше экспериментов, приносящих удовольствие, поменьше сломанных приборов и недостающих реагентов, хороших статей (написанных и прочитанных) и любви! ❤️

А ещё грантов, стипендий, конференций и коллабораций! Теперь все ❤️

Долго откладывала подачу тезиса на ExpBio2021, и вот в последний день я все таки решилась на написание.

Оказалось, что все не так просто. Для подачи необходимо либо состоять в одном из сообществ (AAA, APS, ASBMB, ASIP, ASPET), либо указать спонсора, который состоит в одной из перечисленных организаций. Не так давно я участвовала в конференции PISA2020 от ASIP, но платить за членство не стала и подала заявку как non-member. В общем-то это было ошибкой молодости. Спонсора в моем окружении не нашлось (я и не искала, так как знала, что его нет), и я решила выбрать организацию для вступления.

Взгляд пал на ASBMB - American Society for Biochemistry and Molecular Biology.

Оказалось, что вступить можно за 10 минут, просто заплатив 25 долларов. Это круто!

Кроме того, меня приятно удивило родство Journal of Biological Chemistry и ASBMB.

Плюс ко всему у них есть курс о научной коммуникации - надо будет почитать подробнее.

В общем, я обожаю все эти организации и их бенефиты. Это, кстати, мое 4 членство!

Ах да, забыла сказать о самом важном, только будучи членом AAA, APS, ASBMB, ASIP или ASPET, можно претендовать на стипендию ExpBio.

Я тут сейчас потратила 30 минут, чтобы найти статистику по злокачественным заболеваниям по странам. Помню, когда писала магистерский диплом тоже искала и не нашла данных (именно количество случаев, не смертей).

Так что делюсь с вами, вдруг кому-то пригодится:

https://gco.iarc.fr/today/fact-sheets-populations

Завтра последний день подачи на конференцию EXPERIMENTAL BIOLOGY, которая пройдёт онлайн в апреле.

Очень правильная стратегия. Советую всем институтам, как академическим, так и исследовательским, перенять идею!

Всем привет! Научный клуб ФББ по-прежнему очень ждет ваших историй о ваших исследованиях, как уже оформленных в виде публикации, так и просто исследовательских проектах. Если вы - выпускник ФББ, то вы можете рассказать о своем студенческом исследовательском проекте. Ваши истории будут опубликованы на страницах Научного клуба в соцсетях и, несомненно, вдохновят других! Для желающих мы можем даже организовать небольшой научно-популярный пресс-релиз о вашем исследовании. Чтобы поделиться своей историей, заполняйте форму: https://forms.gle/8XknjzFCB5kKRxLD8. Очень ждем ваших ответов!

Надо бы придумать какую-то крутую активность, чтобы отметить 500 участников 🥳

Advances in Neuroblastoma Research Webinars

Когда: 25-26-27 Января 2021

https://www.anr2021.org/

Намечается интересный пост про рецензирование статей!

У меня сейчас на рецензии статья из журнала BMC, и она очень странная.

Хочу с вами поделиться своими мыслями и ошибками, на которые я указываю авторам в рецензии, не называя имён, названий генов и прочего.


Надеюсь, будет полезно.

P.S. Это моя 8 статья в качестве ревьюера 😈

Прямо сейчас :)

‼️ Друзья, напоминаю, что уже сегодня в 17:00 состоится лекция Алексея Паевского @damantych , посвященная нейроглии! Присоединяйтесь к трансляции на Youtube: https://fbb.lv/sciclubyt или, если хотите задать свои вопросы лектору голосом, к виртуальной аудитории https://fbb.lv/sciclub. Регистрация не нужна, просто введите свое имя и фамилию и выберите режим с микрофоном. Ждём вас!

Наконец-то выполняю обещание - буду рассказывать про рецензирование статей (взгляд рецензента), а точнее про последнюю статью.

*статьи в приличных журналах проходят несколько этапов: техническая проверка -> рассмотрение главного редактора -> рецензия от 2-3 человек -> ответы рецензентам -> публикация

Первая статья на рецензию пришла мне 2 года назад из журнала PLOS ONE. Я очень въедливо изучала статью 2 недели (ровно 14 дней отводилось на подготовку ответа), нашла много неточностей, предложила эксперимент, в общем, major revision. Авторы успешно справились, а я было дико довольна тем, что предложенный мной эксперимент показал крутые результаты. В общем, мне понравилось!

Несколько дней назад я отправила рецензию на 8 статью (в качестве рецензента).

Это не первая странная статья, в которой почти полностью отсутствует последовательность действий, но она смогла меня удивить.

Заявленная тема исследования показалось мне очень интересной и соответствовала моей области исследований. Абстракт был многообещающим.

Но в ходе внимательного изучения я обнаружила много проблем в дизайне исследования.

Я напишу здесь часть своих замечаний и объясню, не называя авторов, генов, клеток и препаратов.

Надеюсь, мои заметки сделают кого-то из читающих этот пост более внимательным и вдумчивым исследователем.

Авторы предоставили экспериментальные данные для двух групп клеток -> ГРУППА I - экспрессируют ген X (белок X); Группа II - нет экспрессии гена X.

❗️Различные размеры выборки:
ГРУППА I - три клеточные линии
ГРУППА II - одна клеточная линия

✅ решение: дополнить ГРУППУ II еще двумя клеточными линиями или получить модельную клеточную линию путем нокаута или сверхэкспрессии гена X.

❗️Разный экспериментальный дизайн:
На ГРУППУ I воздействовали siRNA
На ГРУППУ II ингибитором
И сравнивали эффекты.

✅ Решение: используйте siRNA и ингибитор для обеих групп.

❗️Два ингибитора S и D:
Изменения экспрессии генов и фосфорилирования белков измеряли после обработки ингибитором S;
Токсичность оценивали только для D.
Да, Sи D нацелены на один белок, но они могут иметь разную эффективность и оффтаргеты.

✅Решение: выберите один ингибитор или предоставьте данные для обоих

❗️Выводы на основе одной клеточной линии:
В конце авторы проверяют токсичность ингибиторов двух разных ингибиторов, нацеленных на разные белки, на одной клеточной линии. Первый ингибитор оказывается эффективнее, на основании чего они делают вывод, что белок, являющийся его мишенью, для раковых клеток важнее.

✅Решение: предоставить данные для панели клеточных линий с разными характеристиками (хотя бы для 5).

Несмотря на кучу замечаний, я считаю, что статью можно улучшить с помощью дополнительных экспериментов, поэтому мое решение было MAJOR REVISION.

Мне нравится быть рецензентом, поскольку это делает меня более критичной к моим собственным исследованиям.

Надеюсь, было полезно или интересно.

Скоро и мне придёт такой комплект (@ortholike).

А если по теме канала, то сегодня будет большой список предстоящих конференций!