Софт для анализа FCS файлов, который не требует знания R.
Можно сделать UMAP, t-SNE без карманного биоинформатика:
https://www.appliedcytometry.com/cytoswarm/cytoswarm-trial/cytoswarm-trial-download/
Можно сделать UMAP, t-SNE без карманного биоинформатика:
https://www.appliedcytometry.com/cytoswarm/cytoswarm-trial/cytoswarm-trial-download/
Applied Cytometry
CytoSwarm Trial Download | Applied Cytometry
Download CytoSwarm Trial
Forwarded from Максим
Кто не видел — завтра в 18:00 мы, как и каждый год, расскажем про стажировки и дадим мотивацию подаваться в этом году :)
https://vk.com/wall-129056835_682 — подключайтесь!
Вопросы можно заранее в комментах к записи задать)
https://vk.com/wall-129056835_682 — подключайтесь!
Вопросы можно заранее в комментах к записи задать)
VK
Международные стажировки для МФТИ
Всем привет! Как и обещали, в эту пятницу пройдёт наше традиционное осеннее мероприятие «Международные стажировки: научный опыт из первых рук», в этот раз — онлайн!
В программе:
— рассказы о личном опыте стажировок как после 2-го курса бакалавриата, так…
В программе:
— рассказы о личном опыте стажировок как после 2-го курса бакалавриата, так…
Forwarded from Ученые Отвечают
Приглашаем всех на нашу следующую встречу:
📆 2 декабря 2020
⏰ 19:00
📍Платформа ZOOM
📝 Для регистрации необходимо заполнить гугл-форму, доступ получат только первые 30 человек
🧑🔬 Вагапова Эльмира Рамилевна, аспирант
📃 Immune landscapes predict chemotherapy resistance and immunotherapy response in acute myeloid leukemia, SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, 2020
Я 5й год провожу исследования в Лаборатории клеточных основ развития злокачественных заболеваний ИМБ РАН и занимаюсь изучением молекулярных механизмов устойчивости клеток лейкоза человека к ингибиторам киназ. Для каждого проекта стараюсь придумывать новые методы анализа данных, а также новые способы их визуалиазации.
Для тех, кто не успел зарегистрироваться, будет возможность обсудить статью в комментариях. Задайте вопрос и получите ответ от Эльмиры (от меня).
Постараемся сделать трансляцию на YouTube.
——
Вы учёный? Готовы разобрать свежую научную статью и поделиться с коллегами? Опубликовали свое исследование и хотите рассказать о нем миру? Заполните гугл-форму!
@scientistanswers
По всем вопросам: @elmira_mi
📆 2 декабря 2020
⏰ 19:00
📍Платформа ZOOM
📝 Для регистрации необходимо заполнить гугл-форму, доступ получат только первые 30 человек
🧑🔬 Вагапова Эльмира Рамилевна, аспирант
📃 Immune landscapes predict chemotherapy resistance and immunotherapy response in acute myeloid leukemia, SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, 2020
Я 5й год провожу исследования в Лаборатории клеточных основ развития злокачественных заболеваний ИМБ РАН и занимаюсь изучением молекулярных механизмов устойчивости клеток лейкоза человека к ингибиторам киназ. Для каждого проекта стараюсь придумывать новые методы анализа данных, а также новые способы их визуалиазации.
Для тех, кто не успел зарегистрироваться, будет возможность обсудить статью в комментариях. Задайте вопрос и получите ответ от Эльмиры (от меня).
Постараемся сделать трансляцию на YouTube.
——
Вы учёный? Готовы разобрать свежую научную статью и поделиться с коллегами? Опубликовали свое исследование и хотите рассказать о нем миру? Заполните гугл-форму!
@scientistanswers
По всем вопросам: @elmira_mi
Google Docs
Журнальный клуб
Вагапова Эльмира Рамилевна разберет статью Immune landscapes predict chemotherapy resistance and immunotherapy response in acute myeloid leukemia, SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, 2020
Материал будет полезен тем, кто преподаёт генетику/генную инженерию/молекулярную биологию школьникам старших классов.
UPD: Критика на ролики «ПРОСТО» https://vk.com/wall187756_316590 (спасибо Анне Грибковой!)
Несколько лет назад, я читала лекции по генной инженерии и молекулярной биологии школьникам 10-11 классов в рамках двухнедельного интенсивна.
Формат был такой: утром лекции, после обеда практика. За 2 недели нужно было дать огромный объём материала.
Задачи было две: подготовить школьника к работе в лаборатории на практикуме, чтобы это не было бездумным перекапыванием из одной пробирки в другую, а осмысленным экспериментом; не дать человеку заснуть и возненавидеть науку и биологию.
Лекции хотелось разбавлять интересными видео и картинками, а найти их оказалось достаточно сложно.
Поделюсь с вами каналами, которые мне понравились и помогли улучшить лекции:
Kurzgesagt
Amoeba sisters
UPD: Критика на ролики «ПРОСТО» https://vk.com/wall187756_316590 (спасибо Анне Грибковой!)
Несколько лет назад, я читала лекции по генной инженерии и молекулярной биологии школьникам 10-11 классов в рамках двухнедельного интенсивна.
Формат был такой: утром лекции, после обеда практика. За 2 недели нужно было дать огромный объём материала.
Задачи было две: подготовить школьника к работе в лаборатории на практикуме, чтобы это не было бездумным перекапыванием из одной пробирки в другую, а осмысленным экспериментом; не дать человеку заснуть и возненавидеть науку и биологию.
Лекции хотелось разбавлять интересными видео и картинками, а найти их оказалось достаточно сложно.
Поделюсь с вами каналами, которые мне понравились и помогли улучшить лекции:
Kurzgesagt
Amoeba sisters
VK
Alexander Panchin
Коллеги уже второй день обсуждают ошибки в видеороликах проекта «Генетика просто». Например, там перепутаны слова ген и геном, а в молекуле ДНК нарушены правила комплементарности (Т должно стоять напротив А, а не Г, а Ц напротив Г, а не А). «Буквы» в геноме…
Forwarded from Минобрнауки России
Проект «Просто» — совместный проект Минобрнауки России и Института развития интернета, где лучшие ученые России открывают двери в мир новейших разработок генетики и рассказывают просто о сложном! И даже показывают, как они работают, с помощью компьютерной анимации.
➡️Присоединяйтесь к проекту «Просто» в социальных сетях и узнавайте о научных открытиях быстрее других:
🖇https://www.youtube.com/channel/UC1Bn2nhSicOX2x-Gi_sA-JA
#МинобрнаукиРоссии #Наука #Генетика
➡️Присоединяйтесь к проекту «Просто» в социальных сетях и узнавайте о научных открытиях быстрее других:
🖇https://www.youtube.com/channel/UC1Bn2nhSicOX2x-Gi_sA-JA
#МинобрнаукиРоссии #Наука #Генетика
Forwarded from НОП.РФ
Владимир Фортов умер в возрасте 74 лет.
Экс-президент Академии наук, полный кавалер ордена «За заслуги перед Отечеством», академик Фортов болел коронавирусом. По информации наших источников в РАН, в последние недели болезнь протекала сложно.
Экс-президент Академии наук, полный кавалер ордена «За заслуги перед Отечеством», академик Фортов болел коронавирусом. По информации наших источников в РАН, в последние недели болезнь протекала сложно.
Для людей без степени (=очень молодых учёных) существует мало финансовых программ.
Финансовая поддержка для молодых учёных, работающих в области системной, клеточной и молекулярной биологии.
Требования: возраст до 35 лет, 2 публикации в журналах с импакт-фактором 2.0 и выше (первым или последним автором).
Дедлайн: 1 февраля 2021
https://t.me/sciclub_fbb_msu/1862
Финансовая поддержка для молодых учёных, работающих в области системной, клеточной и молекулярной биологии.
Требования: возраст до 35 лет, 2 публикации в журналах с импакт-фактором 2.0 и выше (первым или последним автором).
Дедлайн: 1 февраля 2021
https://t.me/sciclub_fbb_msu/1862
Telegram
Elizaveta Minina in SciClub FBB MSU
Открыт приём заявок на поддержку исследовательских проектов Systems Biology 2021!
Systems Biology Program – это конкурсная программа поддержки исследований молодых российских учёных в области системной, клеточной и молекулярной биологии, рассчитанная на…
Systems Biology Program – это конкурсная программа поддержки исследований молодых российских учёных в области системной, клеточной и молекулярной биологии, рассчитанная на…
РФФИ обеспечил мое счастливое научное детство.
Благодаря этому фонду, я, не имея степень, смогла получить двухлетнее финансирование своего проекта.
За 5 лет в лаборатории, я участвовала в написании четырех заявок и куда бОльшего количества отчетов.
Я, конечно, не могу знать, что будет при объединении двух фондов, но если вы знаете хоть одну причину, почему станет хуже, подпишите:
https://www.roi.ru/65945/
Благодаря этому фонду, я, не имея степень, смогла получить двухлетнее финансирование своего проекта.
За 5 лет в лаборатории, я участвовала в написании четырех заявок и куда бОльшего количества отчетов.
Я, конечно, не могу знать, что будет при объединении двух фондов, но если вы знаете хоть одну причину, почему станет хуже, подпишите:
https://www.roi.ru/65945/
www.roi.ru
РОИ :: Не допустить закрытия РФФИ (Российский фонд фундаментальных исследований)
Российская общественная инициатива
Forwarded from Ученые Отвечают
1. Immunogenomic Landscape of Hematological Malignancies - здесь выделяли из bulk RNAseq инфильтрацию T/NK клеток в образцах острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы
2. Flotetuzumab as Salvage Immunotherapy for Refractory Acute Myeloid Leukemia - про терапию флототезумабом
3. Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity - single-cell секвенирование образцов острого миелоидного лейкоза в комбинации с анализом мутаций
2. Flotetuzumab as Salvage Immunotherapy for Refractory Acute Myeloid Leukemia - про терапию флототезумабом
3. Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity - single-cell секвенирование образцов острого миелоидного лейкоза в комбинации с анализом мутаций
Sciencedirect
Immunogenomic Landscape of Hematological Malignancies
Understanding factors that shape the immune landscape across hematological malignancies is essential for immunotherapy development. We integrated over…
Научная жизнь Эльмиры
Мне довольно давно в голову пришла такая идея (и я даже согласовала первого участника!), которую я задвинула в дальний ящик из-за нехватки времени: делать в этом канале обзоры на свежие научные статьи своих знакомых или знакомых знакомых, чтобы у вас была…
77 человек хотели видеть этот формат на канале.
Свершилось! Завтра вы сможете задать интересующие вопросы ученому, который занимается изучением мембранных каналов.
Не пропустите!
В 12:00 (по Москве) я выложу разбор статьи, опубликованный в Nature Group на канал https://t.me/scientistanswers, и у вас будет 24 часа на вопросы первому автору статьи!
А пока вы можете попробовать угадать, в каком научном институте работает исследователь.
Свершилось! Завтра вы сможете задать интересующие вопросы ученому, который занимается изучением мембранных каналов.
Не пропустите!
В 12:00 (по Москве) я выложу разбор статьи, опубликованный в Nature Group на канал https://t.me/scientistanswers, и у вас будет 24 часа на вопросы первому автору статьи!
А пока вы можете попробовать угадать, в каком научном институте работает исследователь.
24 часа на общение с автором статьи Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
Задавайте вопросы, вступайте в обсуждение.
Кстати, в Гугл-форме уже оставили несколько вопросов.
Задавайте вопросы, вступайте в обсуждение.
Кстати, в Гугл-форме уже оставили несколько вопросов.
Nature
Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
Nature Communications - Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV) that infect algae encode two distinct families of microbial rhodopsins. Here, the authors characterise two proteins form the...
Forwarded from Ученые Отвечают
Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
В геноме гигантских вирусов нашли уникальные светоактивируемые каналы.
Коллаборация ученых из России, Германии и Франции охарактеризовали новую группу светоактивных мембранных белков родопсинов, которые были ранее обнаружены в геноме гигантских вирусов, найденных в Антарктиде, а позже и в мировом океане.
В отличие от других известных родопсинов с катионной канальной активностью, вирусные канальные родопсины (VirChRs) обладают ранее не описанной кальциевой чувствительностью, что может иметь важное практическое применение.
Светоактивируемые белки с канальной активностью:
🔸 Впервые обнаружены в 2003 году
🔸 Один из белков - канальный родопсин 2 (ChR2), эффективно встраивается в клетки млекопитающих.
🔸 Ранее ChR2 был использован для активации нервных импульсов в живых организмах (в нейронах живых мышей)
Исследование возможностей управления нервными клеток с помощью света дало начало новой науке - оптогенетике, которая считается одним из самых перспективных направлений медицины будущего.
Оптогенетические исследования:
🔷 Применимы для восстановления зрения и слуха млекопитающих
🔷 Лечение различных неврологических заболеваний, таких как болезнь Паркинсона и шизофрения.
Одним из важных направлений оптогенетики является поиск и разработка новых оптогенетических инструментов – светоактивируемых белков, которые обладали бы какими-либо новыми свойствами.
☑️ В ходе биохимических и электрофизических экспериментов, учеными было показано, что вирусные канальные родопсины являются катионными каналами (H+, Na+, K+), которые могут быть полностью ингибированы относительно небольшой концентрацией кальция (2.5 мМ Ca2+).
☑️ Также удалось продемонстрировать активность вирусных канальных родопсинов в клетках нейронов мышей, что открывает возможности для практического применения данных белков.
☑️ Кроме того, ученые смогли расшифровать атомную структуру одного из белков вирусных канальных родопсинов, что позволило им предположить молекулярный механизм канальной активности данных белков.
Что в итоге?
Ученые нашли новую группу светоактивных мембранных каналов из генома гигантских вирусов и показали их потенциальную полезность для медицинских приложений. Как зачастую в науке происходит многие исследования приносят как ответы, так и новые вопросы: Зачем гигантским вирусам такие необычные белки? Как именно кальций может ингибировать канальную активность этих белков? Можно ли варьировать специфичность взаимодействия белка и кальция? На все эти вопросы ученым еще предстоит ответить.
Автор: Дмитрий Забельский, сотрудник IBI-7 Structural biophysics, Forschungszentrum Jülich (Germany), аспирант кафедры физики и химии липидов МФТИ.
❓Вопросы задавайте в комментариях. Можете использовать текстовый или головой формат ❓Воспользуйтесь Гугл-формой, чтобы оставить вопрос анонимно.
——
Вы учёный? Готовы разобрать свежую научную статью и поделиться с коллегами? Опубликовали свое исследование (первым или последним автором) и хотите рассказать о нем миру? Заполните гугл-форму!
@scientistanswers
В геноме гигантских вирусов нашли уникальные светоактивируемые каналы.
Коллаборация ученых из России, Германии и Франции охарактеризовали новую группу светоактивных мембранных белков родопсинов, которые были ранее обнаружены в геноме гигантских вирусов, найденных в Антарктиде, а позже и в мировом океане.
В отличие от других известных родопсинов с катионной канальной активностью, вирусные канальные родопсины (VirChRs) обладают ранее не описанной кальциевой чувствительностью, что может иметь важное практическое применение.
Светоактивируемые белки с канальной активностью:
🔸 Впервые обнаружены в 2003 году
🔸 Один из белков - канальный родопсин 2 (ChR2), эффективно встраивается в клетки млекопитающих.
🔸 Ранее ChR2 был использован для активации нервных импульсов в живых организмах (в нейронах живых мышей)
Исследование возможностей управления нервными клеток с помощью света дало начало новой науке - оптогенетике, которая считается одним из самых перспективных направлений медицины будущего.
Оптогенетические исследования:
🔷 Применимы для восстановления зрения и слуха млекопитающих
🔷 Лечение различных неврологических заболеваний, таких как болезнь Паркинсона и шизофрения.
Одним из важных направлений оптогенетики является поиск и разработка новых оптогенетических инструментов – светоактивируемых белков, которые обладали бы какими-либо новыми свойствами.
☑️ В ходе биохимических и электрофизических экспериментов, учеными было показано, что вирусные канальные родопсины являются катионными каналами (H+, Na+, K+), которые могут быть полностью ингибированы относительно небольшой концентрацией кальция (2.5 мМ Ca2+).
☑️ Также удалось продемонстрировать активность вирусных канальных родопсинов в клетках нейронов мышей, что открывает возможности для практического применения данных белков.
☑️ Кроме того, ученые смогли расшифровать атомную структуру одного из белков вирусных канальных родопсинов, что позволило им предположить молекулярный механизм канальной активности данных белков.
Что в итоге?
Ученые нашли новую группу светоактивных мембранных каналов из генома гигантских вирусов и показали их потенциальную полезность для медицинских приложений. Как зачастую в науке происходит многие исследования приносят как ответы, так и новые вопросы: Зачем гигантским вирусам такие необычные белки? Как именно кальций может ингибировать канальную активность этих белков? Можно ли варьировать специфичность взаимодействия белка и кальция? На все эти вопросы ученым еще предстоит ответить.
Автор: Дмитрий Забельский, сотрудник IBI-7 Structural biophysics, Forschungszentrum Jülich (Germany), аспирант кафедры физики и химии липидов МФТИ.
❓Вопросы задавайте в комментариях. Можете использовать текстовый или головой формат ❓Воспользуйтесь Гугл-формой, чтобы оставить вопрос анонимно.
——
Вы учёный? Готовы разобрать свежую научную статью и поделиться с коллегами? Опубликовали свое исследование (первым или последним автором) и хотите рассказать о нем миру? Заполните гугл-форму!
@scientistanswers
Nature
Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
Nature Communications - Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV) that infect algae encode two distinct families of microbial rhodopsins. Here, the authors characterise two proteins form the...
В комментариях уже появились первые ответы на ваши вопросы:
https://t.me/scientistanswers/53
Спасибо вам за такое количество вопросов!
https://t.me/scientistanswers/53
Спасибо вам за такое количество вопросов!
Telegram
Ученый Отвечает
Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
В геноме гигантских вирусов нашли уникальные светоактивируемые каналы.
Коллаборация ученых из России, Германии и Франции охарактеризовали новую группу светоактивных мембранных белков…
В геноме гигантских вирусов нашли уникальные светоактивируемые каналы.
Коллаборация ученых из России, Германии и Франции охарактеризовали новую группу светоактивных мембранных белков…
Ура!
Следующая встреча на журнальном клубе будет очень крутой!
Алексей Морозов, к.б.н., разберёт статью про протеасомы!
Каждый, кто послушает, точно захочет сам заниматься протеасомами 😀
Для регистрации заполните Гугл-форму по ссылке 👇
https://t.me/scientistanswers/57
Следующая встреча на журнальном клубе будет очень крутой!
Алексей Морозов, к.б.н., разберёт статью про протеасомы!
Каждый, кто послушает, точно захочет сам заниматься протеасомами 😀
Для регистрации заполните Гугл-форму по ссылке 👇
https://t.me/scientistanswers/57
Telegram
Ученый Отвечает
Приглашаем всех на нашу следующую встречу:
📆 9 декабря 2020
⏰ 19:00
📍Платформа ZOOM
📝 Для регистрации необходимо заполнить гугл-форму, доступ получат только первые 30 человек
🧑🔬 Морозов Алексей Владимирович, к.б.н.
📃 Proteasome Levels and Activity…
📆 9 декабря 2020
⏰ 19:00
📍Платформа ZOOM
📝 Для регистрации необходимо заполнить гугл-форму, доступ получат только первые 30 человек
🧑🔬 Морозов Алексей Владимирович, к.б.н.
📃 Proteasome Levels and Activity…
Закончились значит нитриловые перчатки в лаборатории. Поставка через 2 недели. Я, как в былые времена, пошла за ними в аптеку. И что вы думаете? Ковид попытался лишить меня экспериментальной работы! Скупила в 36.6 остатки - 50 пар по нереальной цене. В итоге, перчатки в нераскрытых пачках нашлись только на OZON. Зато теперь у меня модные чёрные перчатки.
Forwarded from Elizaveta Minina
И еще одно - от кафедры биохимии биофака МГУ:
Мы завершаем наши семинары в 2020г, а также мини курс на тему получения изображений биологических образцов методом масс спектрометрии лекцией Президента общества масс-спектрометрического имиджинга др. Лиама Макдонелла. Лекция будет посвящена проблеме визуализации метаболома клетки и его применении для анализа гистологических препаратов раковых больных. Будет дан обзор стратегий и перспектив развития метода, начиная от выбора объекта, заканчивая методологией анализа данных.
Ссылки для участия в семинаре можно запросить по
email: biochem.msu@mail.ru
или в PM в фейсбуке Biochem_MSU
Подключайтесь!
Мы завершаем наши семинары в 2020г, а также мини курс на тему получения изображений биологических образцов методом масс спектрометрии лекцией Президента общества масс-спектрометрического имиджинга др. Лиама Макдонелла. Лекция будет посвящена проблеме визуализации метаболома клетки и его применении для анализа гистологических препаратов раковых больных. Будет дан обзор стратегий и перспектив развития метода, начиная от выбора объекта, заканчивая методологией анализа данных.
Ссылки для участия в семинаре можно запросить по
email: biochem.msu@mail.ru
или в PM в фейсбуке Biochem_MSU
Подключайтесь!