Всем привет!
Меня зовут Ангелина, я научный сотрудник института персонализированной онкологии Сеченовского университета.
Я сейчас занимаюсь распространением информации о Сеченовском хакатоне по биоинформатике и клинической онкологии https://hackathon.confreg.org/. Организаторы МФТИ и Сеченовский университет. Регистрация открыта до 18:00 (МСК) 5 ноября 2022. Нужно заполнить заявку с резюме и ждать ответа на почту.
О планах: Мы собираемся в масштабе широкоформатного анализа ракового генома и транскриптома исследовать то, как соотносится эффективность клинических испытаний с экспрессией молекулярных мишеней в солидных опухолях для таргетных препаратов. Планируется рассмотреть три класса таргетных препаратов: низкомолекулярные ингибиторы тирозинкиназ (нибы), терапевтические моноклональные антитела (мабы) и ингибиторы контрольных точек иммунитета (анти PD-1/PD-L1/CTLA4 - препараты).
Лучшие участники будут рекомендованы к трудоустройству в институты Научного Центра мирового уровня "Цифровой биодизайн и персонализированное здравоохранение" Сеченовского университета

ℹ️ Школа молодых учёных: Молекулярные механизмы старения и эпигенетика

🗓 24-25 ноября
🕒 Начало в 10:30
💻 Формат: онлайн

📌 Программа мероприятия

День 1:

10:30 Приветствие — Михаил Батин

11:00 Перспективы геропротекторов как противораковых средств — д.м.н. Владимир Анисимов

11:30 Митохондриальный взгляд на старение ооцитов человека — к.б.н. Илья Мазунин

12:00 Эпигенетика и старение — к.б.н. Анна Огиенко

12:30 Эволюционно-консервативные сигнальные пути, влияющие на продолжительность жизни D. melanogaster — к.б.н. Евгения Омелина

13:00 Спектральный анализ для исследования эволюции генных сетей в старении — Анастасия Великанова

13:30 Часы старения, энтропия и пределы продления человеческой жизни — к.ф.-м.н. Петр Федичев

14:00 Поиск молекулярных мишеней для возраст-зависимых заболеваний с помощью комбинированного анализа омиксных и текстовых данных — д.б.н. Михаил Пятницкий

День 2:

10:30 Изменение динамики мутагенеза при стрессе и последствия для старения — к.б.н. Тимофей Глинин

11:00 Генетические исследования старения на модели Drosophila melanogaster — д.б.н. Алексей Москалев

11:30 Роль биосинтеза белка в старении и контроле продолжительности жизни — к.б.н. Сергей Дмитриев

12:00 Роль клеточного старения и работа эпигенетических часов в эндометрии — к.б.н. Александра Бородкина

12:30 Мыши как модельный объект для исследования процессов старения: возможности и ограничения — к.б.н. Юлия Силаева

13:00 Генетические механизмы старения растений и в чём секрет рекордного долголетия некоторых древесных видов — д.б.н. Константин Крутовский

13:30 Молекулярные механизмы эмбрионального контроля продолжительности жизни — д.б.н. Елена Пасюкова

🔗 для получения ссылки в зум необходима регистрация

У Cell Stem Cell на этой неделе очень необычная обложка, стилизованная под акварель. Клетки на парашютах символизируют заселение костного мозга плода гемопоэтическими стволовыми клетками. По-моему, получилось очень художественно.

В рамках конференции RASA запланирован круглый стол на тему релокации российских, украинских и белорусских ученых в 2022 году.

Будет затронута тема сохранения связей с учеными, оставшимися в России.

Участниками дискуссии станут:

Профессор Свободного университета Любовь Борусяк

Профессор Игорь Ефимов (Northwestern University, Чикаго)

Профессор Наталья Берлова (University of Cambridge, Великобритания)

Профессор Александр Кабанов (University of North Carolina, Чапел Хилл)

Профессор Аскольд Иванчик (Institut Ausonius, CNRS, France / Институт всеобщей истории РАН)

Доктор физико-математических наук, профессор РАН Сергей Попов

Доктор биологических наук, член Academia Europaea Михаил Гельфанд

Александра Борисова, директор по коммуникациям ассоциации RASA

🗓 20 ноября, с 10 до 11 утра по Лос-Анджелесу (19 -00 по Берлину, 20-00 по Москве)

Формат: смешанный online/F2F

Лауреатами Премии имени Гамова стали Александра Жернакова и Игорь Алабугин
https://pcr.news/korotko/laureatami-premii-imeni-gamova-stali-aleksandra-zhernakova-i-igor-alabugin/

#плюшки_молодым_ученым

Если вдруг кто не знает: все актуальные конкурсы (как для молодых, так и не очень) ученых от издательства MDPI можно смотреть на вот этой страничке. Туда ученых из РФ пускают участвовать без проблем.

https://www.mdpi.com/awards

Как же все по-другому устроено в FIMM.

Некоторые из вас голосовали за истории из жизни/о жизни.

Я сейчас работаю в FIMM, University of Helsinki и вот, что меня больше всего радует:

⭐️Lab meeting-и каждую неделю в фиксированное время. Все регулярно получают фидбек по своей работе.

⭐️Lunch зона, в которой несколько раз в неделю проходят семинары и доклады и встречи (на прошлой неделе был семинар про data reproducibility, через 2 недели будет social event)

⭐️Доступность и разнообразие приборов благодаря плотному взаимодействию лабораторий между собой

⭐️Доступ к biorender и куче других платных ресурсов

⭐️Дежурство в лаборатории, что позволяет поддерживать ее в чистоте и помогать лаборантам!

#ЭльмираоFIMM #заметки

А у меня, кстати, число цитирований перевалило за 100 🤓

Ну и ещё у меня новый лабжурнал 😁


Кстати, кто чем пользуется для проверки Хирша и статей ученого?

Scopus, scholar, WoS, orcid,..?

Через полчаса лекция Dominique Bonnet про нишу костного мозга. Читала много ее работ, они просто великолепны.

ZOOM:

https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_LMQxqHq3Qj6OVOx8KpaMpg

Open source visual analytics application

Graphia может создавать графики и визуализировать данные из таблиц, а также анализировать данные.

Хммм!

Интересный сервис, который предлагает по абстракту подобрать подходящий журнал.

В комментариях пишут, что у некоторых издательств есть подобные инструменты:

Springer

Elsevier

MDPI

Сработает ли это лучше чем presubmission inquiry? Сомневаюсь.

Воспользовались бы этим сервисом? Пользуетесь ли presubmission inquiry?

Ещё для визуализации есть библиотеки
https://d3js.org/
https://threejs.org/

Но нужно немного разбираться в JavaScript.

а еще
http://circos.ca/ (надо заморочиться)
https://ggplot2.tidyverse.org/ (надо знать R)
https://plotly.com/ (кроссплатформенная штука, вроде как)
https://cytoscape.org/ (частично дескптопная, но скриптинг тоже поддерживает, и тоже на js)

Application is now open for the DKFZ PhD Program 2022/23 Winter Selection. The Helmholtz International Graduate School for Cancer Research in Heidelberg is the interdisciplinary and international PhD program for all students working at the German Cancer Research Center (DKFZ). Our PhD students conduct research at the forefront of basic, computational, epidemiological and translational cancer research. The application deadline is 15. December 2022. https://www.dkfz.de/en/phd-program/index.html?campaign=phd%2Ffbphd

Пару лет назад я написала для Биомолекулы @biomolecula статью о курьезном случае использования системы CRISPR-Cas фагами для выяснения отношений друг с другом. Но, похоже, фаги, тем или иным образом получившие системы CRISPR-Cas и использующие их для борьбы с "коллегами по цеху", точно не единичны, хотя и редки. Недавно группа нобелевского лауреата Дженнифер Даудны опубликовала в Cell результаты метагеномного анализа фаговых геномов из разных сред. Нашли много интересного, в частности, оказалось, что фаги смогли разжиться системами CRISPR-Cas всех шести типов, которые на данный момент выделяют, хотя часто в фаговых системах оказываются утраченными какие-то компоненты. Тем не менее, похоже, демо-версии CRISPR-системы многим фагам вполне хватает. Впрочем, всего лишь 0,4% известных на данный момент фагов имеют CRISPR-систему; для сравнения, CRISPR-Cas есть в геномах 40% бактерий и 85% архей. В той же работе у одной группы фагов был найден очень крутой эффекторный белок Casλ, который имеет все предпосылки для того, чтобы найти применение в редактировании генома: по своим рабочим характеристикам он не уступает Cas12a, зато гораздо мельче размером. По аминокислотной последовательности этот белок ни на что не похож, а РНК, с которой он взаимодействует, имеет совершенно уникальную вторичную структуру.

Бесплатный вебинар о научной карьере

"Goal Oriented Webinar: The 3 Most Important Questions."

7 декабря 12 pm ET (20:00 по Москве)

Регистрация: bit.ly/3Ee5MXZ