🚀 Видео записи недавно прошедших докладов по биоинформатике и дата сайнс
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ) :
👨🔬 Андрей Зиновьев «Domain Adaptation Principal Component Analysis (DAPCA): новый линейный метод для доменной адаптации»
📹 Видео: https://youtu.be/5wbRnTeTsvA
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/94
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/32843
👨🔬 Катерина Нуждина «Гены детям не игрушка»
📹 Видео: https://youtu.be/Shrwx3T-QLc
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/92
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/32842
Подписывайтесь на Ютуб канал: https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ) :
👨🔬 Андрей Зиновьев «Domain Adaptation Principal Component Analysis (DAPCA): новый линейный метод для доменной адаптации»
📹 Видео: https://youtu.be/5wbRnTeTsvA
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/94
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/32843
👨🔬 Катерина Нуждина «Гены детям не игрушка»
📹 Видео: https://youtu.be/Shrwx3T-QLc
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/92
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/32842
Подписывайтесь на Ютуб канал: https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
YouTube
Андрей Зиновьев «Domain Adaptation Principal Component Analysis (DAPCA)»
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science and bioinformatics:
👨🔬 Андрей Зиновьев (Institut Curie/Paris Artificial Intelligence Research Institute, France) «Domain Adaptation Principal Component Analysis (DAPCA): новый линейный метод для доменной адаптации»…
👨🔬 Андрей Зиновьев (Institut Curie/Paris Artificial Intelligence Research Institute, France) «Domain Adaptation Principal Component Analysis (DAPCA): новый линейный метод для доменной адаптации»…
👍12
Продолжаем серию "учебных" лекций:
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Алена Коршунова (МГУ) «Молекулярная биология для небиологов»
⌚️ Пятница 1 июля, 19.00 по Москве
Лекция составлена для практических нужд быстро, но качественно, систематизировать знания тех, кто знаком с основами мол.биол, но не занимался «мокрой» биологией. Изначально материал лекции создан для введения студентов-биофизиков различных курсов в нашу лабораторию. Если в вашей голове при словах «молекулярная биология» и «работа в «мокрой» лаборатории» хаотично всплывают термины, как на картинке слева, а еще вы знакомы с языками программирования, то лекция как раз для вас. Цель лекции – упорядочить знания, вспомнить и закрепить основы мол.биол так, чтобы вы могли ими свободно пользоваться. Ну, и еще мы обсудим, чем же все-таки отличается молекулярная биология от генной инженерии.
О докладчике: Алена Коршунова - с.н.с ЦТП ФХФ РАН, лаборатория биофизики цитоскелета; н.с. кафедра биофизики, физический факультет МГУ. Сайт лаборатории http://microtubuleslab.com/
📹 Видео: https://youtu.be/WCSTSZ-ixuc
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/33594
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Алена Коршунова (МГУ) «Молекулярная биология для небиологов»
⌚️ Пятница 1 июля, 19.00 по Москве
Лекция составлена для практических нужд быстро, но качественно, систематизировать знания тех, кто знаком с основами мол.биол, но не занимался «мокрой» биологией. Изначально материал лекции создан для введения студентов-биофизиков различных курсов в нашу лабораторию. Если в вашей голове при словах «молекулярная биология» и «работа в «мокрой» лаборатории» хаотично всплывают термины, как на картинке слева, а еще вы знакомы с языками программирования, то лекция как раз для вас. Цель лекции – упорядочить знания, вспомнить и закрепить основы мол.биол так, чтобы вы могли ими свободно пользоваться. Ну, и еще мы обсудим, чем же все-таки отличается молекулярная биология от генной инженерии.
О докладчике: Алена Коршунова - с.н.с ЦТП ФХФ РАН, лаборатория биофизики цитоскелета; н.с. кафедра биофизики, физический факультет МГУ. Сайт лаборатории http://microtubuleslab.com/
📹 Видео: https://youtu.be/WCSTSZ-ixuc
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/33594
Microtubuleslab
Home
👍15🔥1
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Игорь Пивоваров (МФТИ) «Текущее состояние ИИ в России»
⌚️ Четверг 7 июля, 19.30 по Москве
(Внимание - время нестандартное!)
Вводное слово: Максим Савченко (Сбер)
В докладе будет рассмотрено текущее состояние отрасли ИИ в России по науке, бизнесу, инвестициям, образованию, а также тренды и факторы влияющие на будущее отрасли. Доклад будет сделан по материалам Альманаха “Индекс ИИ России-2021”.
О докладчике: И.Пивоваров - создатель регулярного публичного отчета по ИИ в России: Альманах “Искусственный интеллект” (www.aiReport.ru), организатор конференцию по ИИ - OpenTalks.AI, и телеграм канала @OpenTalksAI (подписывайтесь!)
📹 Видео: https://youtu.be/5zMaHB9C2VM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3179
👨🔬 Игорь Пивоваров (МФТИ) «Текущее состояние ИИ в России»
⌚️ Четверг 7 июля, 19.30 по Москве
(Внимание - время нестандартное!)
Вводное слово: Максим Савченко (Сбер)
В докладе будет рассмотрено текущее состояние отрасли ИИ в России по науке, бизнесу, инвестициям, образованию, а также тренды и факторы влияющие на будущее отрасли. Доклад будет сделан по материалам Альманаха “Индекс ИИ России-2021”.
О докладчике: И.Пивоваров - создатель регулярного публичного отчета по ИИ в России: Альманах “Искусственный интеллект” (www.aiReport.ru), организатор конференцию по ИИ - OpenTalks.AI, и телеграм канала @OpenTalksAI (подписывайтесь!)
📹 Видео: https://youtu.be/5zMaHB9C2VM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3179
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics and data science:
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
⌚️ Пятница 8 июля, 19.00 по Москве
Доклад основан на одноименной работе в Nature 2020.
Chromatin communities stabilized by protein machinery play essential role in gene regulation and refine global polymeric folding of the chromatin fiber. However, treatment of these communities in the framework of the classical network theory (stochastic block model, SBM) does not take into account intrinsic linear connectivity of the chromatin loci. Here we propose the polymer block model, paving the way for community detection in polymer networks. On the basis of this new model we modify the non-backtracking flow operator and suggest the first protocol for annotation of compartmental domains in sparse single cell Hi-C matrices. In particular, we prove that our approach corresponds to the maximum entropy principle. The benchmark analyses demonstrates that the spectrum of the polymer non-backtracking operator resolves the true compartmental structure up to the theoretical detectability threshold, while all commonly used operators fail above it. We test various operators on real data and conclude that the sizes of the non-backtracking single cell domains are most close to the sizes of compartments from the population data. Moreover, the found domains clearly segregate in
the gene density and correlate with the population compartmental mask, corroborating biological significance of our annotation of the chromatin compartmental domains in single cells Hi-C matrices.
📹 Видео: https://youtu.be/RTp-q9NFBj8
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/34196
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
⌚️ Пятница 8 июля, 19.00 по Москве
Доклад основан на одноименной работе в Nature 2020.
Chromatin communities stabilized by protein machinery play essential role in gene regulation and refine global polymeric folding of the chromatin fiber. However, treatment of these communities in the framework of the classical network theory (stochastic block model, SBM) does not take into account intrinsic linear connectivity of the chromatin loci. Here we propose the polymer block model, paving the way for community detection in polymer networks. On the basis of this new model we modify the non-backtracking flow operator and suggest the first protocol for annotation of compartmental domains in sparse single cell Hi-C matrices. In particular, we prove that our approach corresponds to the maximum entropy principle. The benchmark analyses demonstrates that the spectrum of the polymer non-backtracking operator resolves the true compartmental structure up to the theoretical detectability threshold, while all commonly used operators fail above it. We test various operators on real data and conclude that the sizes of the non-backtracking single cell domains are most close to the sizes of compartments from the population data. Moreover, the found domains clearly segregate in
the gene density and correlate with the population compartmental mask, corroborating biological significance of our annotation of the chromatin compartmental domains in single cells Hi-C matrices.
📹 Видео: https://youtu.be/RTp-q9NFBj8
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/34196
Nature
Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks
Scientific Reports - Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks
👍12😁1
🚀 Видео записи недавно прошедших докладов по биоинформатике и дата сайнс
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ) :
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
📹 Видео: https://youtu.be/RTp-q9NFBj8
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/104
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/34196
👨🔬 Алена Коршунова (МГУ) «Молекулярная биология для небиологов»
📹 Видео: https://youtu.be/WCSTSZ-ixuc
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/100
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/33594
👨🔬 Игорь Пивоваров (МФТИ) «Текущее состояние ИИ в России»
📹 Видео: https://youtu.be/5zMaHB9C2VM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/102
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3179
Подписывайтесь на Ютуб канал: https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ) :
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
📹 Видео: https://youtu.be/RTp-q9NFBj8
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/104
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/34196
👨🔬 Алена Коршунова (МГУ) «Молекулярная биология для небиологов»
📹 Видео: https://youtu.be/WCSTSZ-ixuc
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/100
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/33594
👨🔬 Игорь Пивоваров (МФТИ) «Текущее состояние ИИ в России»
📹 Видео: https://youtu.be/5zMaHB9C2VM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/102
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3179
Подписывайтесь на Ютуб канал: https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
YouTube
К. Половников «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics and data science:
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
⌚️ Пятница 8 июля, 19.00 по Москве
Доклад основан на одноименной работе…
👨🔬 Кирилл Половников (СколТех) «Non-backtracking walks reveal compartments in sparse chromatin interaction networks»
⌚️ Пятница 8 июля, 19.00 по Москве
Доклад основан на одноименной работе…
👍13🔥5
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Роман Куцев (Co-founder, CTO Trainingdata ) «Как получать высокое качество размечаемых данных»
⌚️ Четверг 14 июля, 19.00 по Москве
"В рамках доклада расскажем, чем отличается хороший датасет от плохого, какие необходимые свойства должен иметь хороший датасет и как их достичь. Поговорим о способах контроля качества и о том как выстроить пайплайн разметки внутри компании. Рассмотрим основные ошибки при организации процесса разметки и как их можно избежать."
• Отличия между Data-Centric и Model-Centric подходами
• Итеративный подход к разметке: плюсы и минусы
• Построение эффективного процесса обучения разметчиков
• Методы контроля качества
• Основные ошибки в менеджменте разметчиков
📹 Видео: https://youtu.be/x0XhH3nqebk
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3624
👨🔬 Роман Куцев (Co-founder, CTO Trainingdata ) «Как получать высокое качество размечаемых данных»
⌚️ Четверг 14 июля, 19.00 по Москве
"В рамках доклада расскажем, чем отличается хороший датасет от плохого, какие необходимые свойства должен иметь хороший датасет и как их достичь. Поговорим о способах контроля качества и о том как выстроить пайплайн разметки внутри компании. Рассмотрим основные ошибки при организации процесса разметки и как их можно избежать."
• Отличия между Data-Centric и Model-Centric подходами
• Итеративный подход к разметке: плюсы и минусы
• Построение эффективного процесса обучения разметчиков
• Методы контроля качества
• Основные ошибки в менеджменте разметчиков
📹 Видео: https://youtu.be/x0XhH3nqebk
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3624
👍12
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Екатерина Титова (HR manager R&D BostonGene) «Рынок труда для биоинформатиков в 2022 году»
⌚️ Пятница 15 июля, 18.00 по Москве
2022 год многое изменил как в планах многих людей, так и целых отраслей. В сфере биоинформатики часть компаний закрыли или сократили найм, происходят изменения в академической сфере.
Возможно ли в такой ситуации начать карьеру в биоинформатике? Какие навыки востребованы сейчас? Как искать первую работу или проекты?
На встрече мы обсудим текущие тенденции на рынке труда для биоинформатиков, особенности поиска работы в кризисные времена. Встреча будет полезна для студентов, которые планируют искать первую работу, а также для специалистов, планирующих переход в биоинформатику из смежных отраслей.
📹 Видео: https://youtu.be/tr8m9uq2rzM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35075
👨🔬 Екатерина Титова (HR manager R&D BostonGene) «Рынок труда для биоинформатиков в 2022 году»
⌚️ Пятница 15 июля, 18.00 по Москве
2022 год многое изменил как в планах многих людей, так и целых отраслей. В сфере биоинформатики часть компаний закрыли или сократили найм, происходят изменения в академической сфере.
Возможно ли в такой ситуации начать карьеру в биоинформатике? Какие навыки востребованы сейчас? Как искать первую работу или проекты?
На встрече мы обсудим текущие тенденции на рынке труда для биоинформатиков, особенности поиска работы в кризисные времена. Встреча будет полезна для студентов, которые планируют искать первую работу, а также для специалистов, планирующих переход в биоинформатику из смежных отраслей.
📹 Видео: https://youtu.be/tr8m9uq2rzM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35075
👍16
Forwarded from Alex Tarasenko
Агентство Бластим рекомендует:
Новый Обзор зарплат в биотехе за 2021 год! Узнайте, сколько зарабатывали биологи и не только, на странице проекта. А ещё там же можно заказать полную версию с разбивкой графиков по должностям и обсуждением тенденций на рынке труда в биотехе.
Рабочее пространство для обработки данных секвенирования на мясяц! Все необходимые программы и отличная скорость, общий чат и техподдержка. BlastimCloud — проект для начинающих биоинформатиков, где есть все условия для работы с данными секвенирования. Воспользоваться сервисом можно будет с 15 августа по 15 сентября. А ещё всем участникам курса «Анализ NGS-данных» доступ будет открыт бесплатно! Курс классный, на него тоже приходите. Он начнется уже 25 июля.
Еще один курс, «Python и Linux для биоинформатики и биологии» пройдет 15 - 25 августа 2022 по будням (9 полных учебных дней). Подойдет для совсем начинающих, которые хотят из Excel, наконец, перейти на питон
Новый Обзор зарплат в биотехе за 2021 год! Узнайте, сколько зарабатывали биологи и не только, на странице проекта. А ещё там же можно заказать полную версию с разбивкой графиков по должностям и обсуждением тенденций на рынке труда в биотехе.
Рабочее пространство для обработки данных секвенирования на мясяц! Все необходимые программы и отличная скорость, общий чат и техподдержка. BlastimCloud — проект для начинающих биоинформатиков, где есть все условия для работы с данными секвенирования. Воспользоваться сервисом можно будет с 15 августа по 15 сентября. А ещё всем участникам курса «Анализ NGS-данных» доступ будет открыт бесплатно! Курс классный, на него тоже приходите. Он начнется уже 25 июля.
Еще один курс, «Python и Linux для биоинформатики и биологии» пройдет 15 - 25 августа 2022 по будням (9 полных учебных дней). Подойдет для совсем начинающих, которые хотят из Excel, наконец, перейти на питон
👍4
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
⌚️ Понедельник 18 июля, 19.00 по Москве
(Нестандартный день)
В прикладных задачах часто приходится иметь дело с задачей извлечения именованных сущностей (Named Entity Recognition - NER). Классическим подходом к ее решению является разметка последовательности (Sequence Labeling - SL). Однако в последнее время появился интерес к решению NER не как SL, а как задачи другого типа, например, — Extractive Question Answering или QaNER (https://arxiv.org/abs/2203.01543).
В данном докладе хочется обсудить причины появления такого тренда, плюсы и минусы классического подхода, поговорить о новых, в основном о QaNER и обсудить ряд других вопросов
Ссылка на QaNER репозиторий: https://github.com/dayyass/QaNER
📹 Видео: https://youtu.be/JRec8FpjhpM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3669
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
⌚️ Понедельник 18 июля, 19.00 по Москве
(Нестандартный день)
В прикладных задачах часто приходится иметь дело с задачей извлечения именованных сущностей (Named Entity Recognition - NER). Классическим подходом к ее решению является разметка последовательности (Sequence Labeling - SL). Однако в последнее время появился интерес к решению NER не как SL, а как задачи другого типа, например, — Extractive Question Answering или QaNER (https://arxiv.org/abs/2203.01543).
В данном докладе хочется обсудить причины появления такого тренда, плюсы и минусы классического подхода, поговорить о новых, в основном о QaNER и обсудить ряд других вопросов
Ссылка на QaNER репозиторий: https://github.com/dayyass/QaNER
📹 Видео: https://youtu.be/JRec8FpjhpM
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3669
👍10🔥4
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
⌚️ Четверг 21 июля, 19.00 по Москве
В ML среде всё больше внедряются хорошие практики из Software Engineering, но не все легко переносятся. Есть много подходов в автоматическом тестировании кода, но в основном практики уже устоялись, и про это почти не рассказывают. ML модели в теории тоже понятно как тестировать, но инструменты и практики для организации тестирования в команде сейчас активно разрабатываются.
Я расскажу как мы выстраиваем процессы валидации моделей компьютерного зрения, в очередной раз вспомним почему важна воспроизводимость, и покажу скриншоты ClearML, который мы в итоге решили использовать.
📹 Видео: https://youtu.be/cSpy7Ur7C7I
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695
👨🔬 Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
⌚️ Четверг 21 июля, 19.00 по Москве
В ML среде всё больше внедряются хорошие практики из Software Engineering, но не все легко переносятся. Есть много подходов в автоматическом тестировании кода, но в основном практики уже устоялись, и про это почти не рассказывают. ML модели в теории тоже понятно как тестировать, но инструменты и практики для организации тестирования в команде сейчас активно разрабатываются.
Я расскажу как мы выстраиваем процессы валидации моделей компьютерного зрения, в очередной раз вспомним почему важна воспроизводимость, и покажу скриншоты ClearML, который мы в итоге решили использовать.
📹 Видео: https://youtu.be/cSpy7Ur7C7I
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695
🔥10👍3
🚀 Видео записи докладов по дата сайнс и биоинформатике
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
📹 Видео: https://youtu.be/JRec8FpjhpM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/114
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3669
👨🔬 Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
📹 Видео: https://youtu.be/cSpy7Ur7C7I
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/116
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695
👨🔬 Роман Куцев (Co-founder, CTO Trainingdata (https://trainingdata.solutions/) ) «Как получать высокое качество размечаемых данных»
📹 Видео: https://youtu.be/x0XhH3nqebk
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/108
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3624
👨🔬 Екатерина Титова (HR manager R&D BostonGene) «Рынок труда для биоинформатиков в 2022 году»
📹 Видео: https://youtu.be/tr8m9uq2rzM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/109
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35075
Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
📹 Видео: https://youtu.be/JRec8FpjhpM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/114
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3669
👨🔬 Андрей Шадриков (Verigram) «Про важность тестирования»
📹 Видео: https://youtu.be/cSpy7Ur7C7I
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/116
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3695
👨🔬 Роман Куцев (Co-founder, CTO Trainingdata (https://trainingdata.solutions/) ) «Как получать высокое качество размечаемых данных»
📹 Видео: https://youtu.be/x0XhH3nqebk
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/108
📖 Материалы: https://t.me/sberlogasci/3624
👨🔬 Екатерина Титова (HR manager R&D BostonGene) «Рынок труда для биоинформатиков в 2022 году»
📹 Видео: https://youtu.be/tr8m9uq2rzM
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/109
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35075
Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/channel/UC9MxSFavwyx2Cjcp3_BviyQ
YouTube
Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
⌚️ Понедельник 18 июля, 19.00 по Москве
(Нестандартный день)
В прикладных задачах часто приходится иметь дело с задачей извлечения…
👨🔬 Дани Эль-Айясс (NLP Tech Lead, Сбер) «QaNER - NER via Extractive QA»
⌚️ Понедельник 18 июля, 19.00 по Москве
(Нестандартный день)
В прикладных задачах часто приходится иметь дело с задачей извлечения…
🔥10👍3
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science and bioinformatics:
👨🔬 М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
⌚️ Четверг 28 июля, 18.00 по Москве
В последнее время все большую популярность приобретают ML-подходы, способные предсказать эпигенетические свойства клеток на основе последовательности ДНК. Новейшие модели Google и университета Стэндфорда, опубликованные за последний год, показывают высокую точность и могут использоваться для предсказания эффектов геномных вариантов некодирующих последовательностей ДНК. Однако эти подходы не могут обобщать предсказания по типам клеток, и применяются только к тем клеткам, в которых данные уже были получены экспериментально. Мы поговорим о новом подходе к задаче предсказания эпигенетических изменений, который позволяет выучить сложные зависимости между несколькими эпигенетическими характеристиками и предсказать их для любого входа, одновременно с этим выучив биологически значимые векторные представления типов клеток.
📹 Видео: https://youtu.be/_T8l-J6RF_4
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854
👨🔬 М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
⌚️ Четверг 28 июля, 18.00 по Москве
В последнее время все большую популярность приобретают ML-подходы, способные предсказать эпигенетические свойства клеток на основе последовательности ДНК. Новейшие модели Google и университета Стэндфорда, опубликованные за последний год, показывают высокую точность и могут использоваться для предсказания эффектов геномных вариантов некодирующих последовательностей ДНК. Однако эти подходы не могут обобщать предсказания по типам клеток, и применяются только к тем клеткам, в которых данные уже были получены экспериментально. Мы поговорим о новом подходе к задаче предсказания эпигенетических изменений, который позволяет выучить сложные зависимости между несколькими эпигенетическими характеристиками и предсказать их для любого входа, одновременно с этим выучив биологически значимые векторные представления типов клеток.
📹 Видео: https://youtu.be/_T8l-J6RF_4
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854
👍19
Воскресный нетворкинг.
Позвольте представить вам подборку интереснейших каналов, некоторые из них реально лучшие в телеграмме по своим тематикам, подписывайтесь:
@gonzo_ML - реально самый "глубокий" канал по глубокому обучению ! Григорий Сапунов и Алексей Тихонов держат руку на пульсе наиболее сложных и продвинутых статей по машинному обучению. Мы планируем обсудить новые статьи по фолдингу белков - и их обзор уже есть на канале.
@dl_stories - еще один мощный канал по глубокому обучению. Хотите знать как работает "PIXEL" — языковая модель, которая учится понимать и генерировать текст с rgb картинки - почитайте этот пост. А вы знаете, что такое "Мудборд" от Гугл ?)) - читайте.
@mathematics_not_for_you - Андрей пишет обо всём, что связано с математикой: от фокусов и лайфхаков устного счёта до сложных теорем и аксиом. Заходите также к Андрею на сайт: "Математика не для всех".
@OncologyFellow - один из лучших каналов по онкологии с упором на практические вопросы.
@ivoryzoo - хотите выжить в науке ? Вам сюда )))
Руководство по выживанию в науке, полезные советы начинающим, новости из научной жизни и просто околонаучный треп. Мы обсуждали недавний скандал с исследованиями по Альцгеймеру, оказывается и в исследованиях по онкологии, недавно возник аналогичный кейс: читайте.
Если у вас есть интересный канал, блог, любой проект или активность - не стесняйтесь, напишите нам о нём - @Alexander_V_C.
Позвольте представить вам подборку интереснейших каналов, некоторые из них реально лучшие в телеграмме по своим тематикам, подписывайтесь:
@gonzo_ML - реально самый "глубокий" канал по глубокому обучению ! Григорий Сапунов и Алексей Тихонов держат руку на пульсе наиболее сложных и продвинутых статей по машинному обучению. Мы планируем обсудить новые статьи по фолдингу белков - и их обзор уже есть на канале.
@dl_stories - еще один мощный канал по глубокому обучению. Хотите знать как работает "PIXEL" — языковая модель, которая учится понимать и генерировать текст с rgb картинки - почитайте этот пост. А вы знаете, что такое "Мудборд" от Гугл ?)) - читайте.
@mathematics_not_for_you - Андрей пишет обо всём, что связано с математикой: от фокусов и лайфхаков устного счёта до сложных теорем и аксиом. Заходите также к Андрею на сайт: "Математика не для всех".
@OncologyFellow - один из лучших каналов по онкологии с упором на практические вопросы.
@ivoryzoo - хотите выжить в науке ? Вам сюда )))
Руководство по выживанию в науке, полезные советы начинающим, новости из научной жизни и просто околонаучный треп. Мы обсуждали недавний скандал с исследованиями по Альцгеймеру, оказывается и в исследованиях по онкологии, недавно возник аналогичный кейс: читайте.
Если у вас есть интересный канал, блог, любой проект или активность - не стесняйтесь, напишите нам о нём - @Alexander_V_C.
👍11
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
⌚️ Четверг 4 августа, 18.00 по Москве
Как перейти в DS, какие навыки актуальны, как развивать карьеру, какие личные качества важны - мне регулярно задают такие вопросы. За годы работы в DS я много раз отвечал на них, и сейчас решил поделиться ответами на такие вопросы, а также своими мыслями о работе в DS в целом. Этот доклад представляет из себя набор мыслей и советов с некоторой долей survivorship bias.
📖 Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
📹 Видео: https://youtu.be/svyV44fTinQ
👨🔬 Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
⌚️ Четверг 4 августа, 18.00 по Москве
Как перейти в DS, какие навыки актуальны, как развивать карьеру, какие личные качества важны - мне регулярно задают такие вопросы. За годы работы в DS я много раз отвечал на них, и сейчас решил поделиться ответами на такие вопросы, а также своими мыслями о работе в DS в целом. Этот доклад представляет из себя набор мыслей и советов с некоторой долей survivorship bias.
📖 Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
📹 Видео: https://youtu.be/svyV44fTinQ
🔥24👍2🎉1
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
⌚️ Среда 3 августа, 18.00 по Москве
( Нестандартный день ! )
Мутации в кодирующих последовательностях генома во многих случаях ведут к изменению кодона и, как следствие, замене аминокислоты в соответствующем белке. В таких случаях мутация может привести (а может и не привести) к функциональным последствиям на уровне фенотипа. Традиционно, биоинформатические методы для предсказания таких эффектов делились на анализирующие структуру белка (обычно с точки зрения предсказания стабильности) и оценивающие допустимость нового варианта с точки зрения эволюции. В этом докладе мы разберем некоторые такие подходы, а также рассмотрим несколько новых работ, комбинирующих структурный и эволюционный подход. На закуску мы рассмотрим один метод для предсказания изменения стабильности вследствие мутаций на основе структурных представлений белков с помощью глубоких нейросетей (и обсудим, нужны ли они в этой задаче).
Литература:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500015v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500157v1.full
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8321532/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.450037v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.12.499731v1.full
📹 Видео: https://youtu.be/nQ9llgXBcG8
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
🗣 Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384
👨🔬 Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
⌚️ Среда 3 августа, 18.00 по Москве
( Нестандартный день ! )
Мутации в кодирующих последовательностях генома во многих случаях ведут к изменению кодона и, как следствие, замене аминокислоты в соответствующем белке. В таких случаях мутация может привести (а может и не привести) к функциональным последствиям на уровне фенотипа. Традиционно, биоинформатические методы для предсказания таких эффектов делились на анализирующие структуру белка (обычно с точки зрения предсказания стабильности) и оценивающие допустимость нового варианта с точки зрения эволюции. В этом докладе мы разберем некоторые такие подходы, а также рассмотрим несколько новых работ, комбинирующих структурный и эволюционный подход. На закуску мы рассмотрим один метод для предсказания изменения стабильности вследствие мутаций на основе структурных представлений белков с помощью глубоких нейросетей (и обсудим, нужны ли они в этой задаче).
Литература:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500015v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.14.500157v1.full
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8321532/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.450037v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.12.499731v1.full
📹 Видео: https://youtu.be/nQ9llgXBcG8
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
🗣 Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384
👍14
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on biology:
👨🔬 Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
⌚️ Пятнца 5 августа, 18.00 по Москве
О докладчике: к.б.н. Александр Рубель - руководитель лаборатории Биологии амилоидов, Санкт-Петербургский государственный университет
Болезнь Альцгеймера (БА) – нейродегенеративное заболевание, от которого страдают, как правило, люди старшего возраста; характеризуется нарушением памяти и когнитивных функций. Нарастание и усугубление симптоматики БА влечёт за собой невозможность нормальной жизнедеятельности, инвалидизацию и в конечном итоге приводит к смерти. В настоящий момент БА неизлечима и приводит к колоссальным экономическим потерям из-за необходимости ухода за пациентами. С каждым годом количество смертей, связанных с БА, неуклонно растёт. В лекции будут рассмотрены причины ведущие к развитию заболевания. Амилоидная гипотеза. Механизмы формирования амилоидов. Взаимосвязь болезни Альцгеймера с другими амилоидными заболеваниями. Прогнозы по развитию заболевания в России и мире. Подходы к ранней диагностике БА и перспективы лечения заболевания. Помимо БА в лекции будут кратко рассмотрены и некоторые другие амилоидные заболевания человека.
Доклад будет опираться во многом на обзорную статью: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19336896.2021.1917289, но будет несколько шире.
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
📹 Видео: https://youtu.be/PbOVpv2ot70
👨🔬 Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
⌚️ Пятнца 5 августа, 18.00 по Москве
О докладчике: к.б.н. Александр Рубель - руководитель лаборатории Биологии амилоидов, Санкт-Петербургский государственный университет
Болезнь Альцгеймера (БА) – нейродегенеративное заболевание, от которого страдают, как правило, люди старшего возраста; характеризуется нарушением памяти и когнитивных функций. Нарастание и усугубление симптоматики БА влечёт за собой невозможность нормальной жизнедеятельности, инвалидизацию и в конечном итоге приводит к смерти. В настоящий момент БА неизлечима и приводит к колоссальным экономическим потерям из-за необходимости ухода за пациентами. С каждым годом количество смертей, связанных с БА, неуклонно растёт. В лекции будут рассмотрены причины ведущие к развитию заболевания. Амилоидная гипотеза. Механизмы формирования амилоидов. Взаимосвязь болезни Альцгеймера с другими амилоидными заболеваниями. Прогнозы по развитию заболевания в России и мире. Подходы к ранней диагностике БА и перспективы лечения заболевания. Помимо БА в лекции будут кратко рассмотрены и некоторые другие амилоидные заболевания человека.
Доклад будет опираться во многом на обзорную статью: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19336896.2021.1917289, но будет несколько шире.
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
📹 Видео: https://youtu.be/PbOVpv2ot70
Taylor & Francis
Development of molecular tools for diagnosis of Alzheimer’s disease that are based on detection of amyloidogenic proteins
Alzheimer’s disease (AD) is the most common form of dementia that usually occurs among older people. AD results from neuronal degeneration that leads to the cognitive impairment and death. AD is in...
👍17
🚀 Видео записи докладов по дата сайнс и биоинформатике
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):
👨🔬 Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
📖 Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
📹 Видео: https://youtu.be/svyV44fTinQ
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/122
👨🔬 М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854
📹 Видео: https://youtu.be/_T8l-J6RF_4
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/119
👨🔬 Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
📹 Видео: https://youtu.be/nQ9llgXBcG8
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/123
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
🗣 Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384
👨🔬 Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
📹 Видео: https://youtu.be/PbOVpv2ot70
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/124
Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/c/SciBerloga
(ставьте лайки и подписывайтесь на новый Ютуб канал ):
👨🔬 Андрей Лукьяненко (Careem. Senior DS) «Уроки извлеченные из 10 лет в IT (ERP и DS)»
📖 Материалы: https://slides.com/andreylukyanenko/career_advice_5year
📹 Видео: https://youtu.be/svyV44fTinQ
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/122
👨🔬 М. Синдеева и Н. Чеканов (Институт искусственного интеллекта AIRI) «DeepCT: Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning methods.»
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/35854
📹 Видео: https://youtu.be/_T8l-J6RF_4
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/119
👨🔬 Ольга Калинина «Журнальный клуб: методы предсказания влияния мутаций на функцию и стабильность белка»
📹 Видео: https://youtu.be/nQ9llgXBcG8
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/123
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36347
🗣 Обсуждения: https://t.me/sberlogabio/36384
👨🔬 Александр Рубель «Болезнь Альцгеймера: вызов 21 века»
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/36369
📹 Видео: https://youtu.be/PbOVpv2ot70
✔️ Абстракт: https://t.me/sberlogabig/124
Подписывайтесь на Ютуб канал:
https://www.youtube.com/c/SciBerloga
Slides
deck
A presentation created with Slides.
🔥16👍8❤1
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on data science:
👨🔬 Никита Рокотян «Как визуализировать граф с миллионом узлов»
⌚️ Четверг 11 августа, 19.00 по Москве
О докладчике: Никита Рокотян - Data Visualization Engineer в F5 Networks. Основатель студии Interacta. Автор замечательного тг канала о визуализации данных: @dataviznews - подписывайтесь !
Никита расскажет о том как визуализировать большие графы с помощью Космографа — нового инструмента визуализации графов на GPU, над которым он работал с командой в течение последних двух лет.
📹 Видео: https://youtu.be/WJc8SXTFk80
📖 Статья с use case в анализе транзакций в блокчейне: https://medium.com/@cosmograph.app/6846dec7f1d7
👨🔬 Никита Рокотян «Как визуализировать граф с миллионом узлов»
⌚️ Четверг 11 августа, 19.00 по Москве
О докладчике: Никита Рокотян - Data Visualization Engineer в F5 Networks. Основатель студии Interacta. Автор замечательного тг канала о визуализации данных: @dataviznews - подписывайтесь !
Никита расскажет о том как визуализировать большие графы с помощью Космографа — нового инструмента визуализации графов на GPU, над которым он работал с командой в течение последних двух лет.
📹 Видео: https://youtu.be/WJc8SXTFk80
📖 Статья с use case в анализе транзакций в блокчейне: https://medium.com/@cosmograph.app/6846dec7f1d7
🔥18👍1🤩1
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on biology:
👨🔬 Илья Зубарев «"Глаза и уши клетки": Как мы воспринимаем мир»
⌚️ Пятница 12 августа, 18.00 по Москве
Лекция посвящена рассмотрению механизмов, лежащих в основе восприятия окружающего мира нашими клетками. Человек воспринимает мир через органы чувств, клетки – через специальные сигнальные системы. О том, как они работают и регулируются, будет рассказано в лекции.
Спикер: Илья Зубарев, научный сотрудник лаборатории регуляции клеточной сигнализации МФТИ, лаборатории молекулярной эндокринологии МГУ.
📹 Видео: https://youtu.be/XNCTF9KkbCk
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/37408
👨🔬 Илья Зубарев «"Глаза и уши клетки": Как мы воспринимаем мир»
⌚️ Пятница 12 августа, 18.00 по Москве
Лекция посвящена рассмотрению механизмов, лежащих в основе восприятия окружающего мира нашими клетками. Человек воспринимает мир через органы чувств, клетки – через специальные сигнальные системы. О том, как они работают и регулируются, будет рассказано в лекции.
Спикер: Илья Зубарев, научный сотрудник лаборатории регуляции клеточной сигнализации МФТИ, лаборатории молекулярной эндокринологии МГУ.
📹 Видео: https://youtu.be/XNCTF9KkbCk
📖 Материалы: https://t.me/sberlogabio/37408
🔥10👍9