Работа над Huayra (проектное название C9) началась ещё в 2003 году — в год дебюта Zonda S Roadster.
Zonda R стала базой для Huayra, изучая эту трековую версию, инженеры поняли, что Zonda не так уж и устарела, и смогли взять из ее опыта лучшее для новой Huayra

Первые официальные сведения и фотографии Huayra появились в январе 2011 года, а публичный дебют состоялся в марте того же года на Женевском автосалоне. Серийное производство запустили весной 2012 года

Для новой Pagani подразделение Mercedes-AMG разработало эксклюзивный 6-литровый V12 с углом развала цилиндров 60° и двойным турбонаддувом (индекс M158). Он развивает около 730 л. с. и 1000 Н·м крутящего момента.

Трансмиссия. 7-ступенчатая секвентальная коробка Xtrac с однодисковым сухим сцеплением. Такой выбор позволил сэкономить около 70 кг по сравнению с коробкой с двойным сцеплением.

Сам проект растянулся на куда большее время, чем предполагалось, но результат того стоил. Ее образ - собирательный образ всех подвидов Huayra, но больше всего было взято с Dinastia