пользуясь случаем, напоминаю, что много всего сваливаю в твиттере, перед тем как оно сюда доходит
https://twitter.com/katuninx

ICE-CREAM EXPOSURE

Отношение шансов "odds ratio" — это один из способов сравнить вероятность какого-то события в двух разных группах. Шанс не стоит путать с риском. Когда мы говорим о риске, то подразумеваем отношение тех, у которых случилось событие (например, кровотечение, смерть и тп, не обязательно плохое))1)) ко ВСЕМ участникам. В то время как шанс — это отношение участников «с событием» к участникам «без события». Само понятие «шанс» пришло из азартных игр, где является отношением количества выигрышей к проигрышам.

В Кокране говорят, что показатель отношения шансов наиболее стабилен в разных популяциях и надёжнее в плане своих математических свойств. Но при этом его сложнее всего интерпретировать. В то время как, например, показатель разности рисков 0,11 мы можем выразить словами вроде "14 человек из 100 в контрольной группе испытывали головную боль. На 11 человек меньше, чем в группе кофеина", то с отношением шансов такое не прокатывает. Вот я и путаюсь постоянно в интерпретации. На днях снова пришлось разбираться, когда в одном метаанализе говорилось, что отношение шансов «кровотечения» в группах двух разных вмешательств было равно 3,32. То есть понятно, что шанс возникновения примерно в три раза выше при одном вмешательстве, чем при другом, но с ходу непросто сказать по-русски: насколько это много.

Гуглю на скорую руку возможные варианты интерпретаций. Почему-то оказываюсь на сайте мичиганского министерства сельского хозяйства, где в занятной форме разбираются эпидемиологические исследования пищевых отравлений и инфекций. И вот отношение шансов там разбирается на таком примере: исследование случай-контроль. Собрали людей больных и здоровых, посмотрели сколько больных людей ели мороженое перед тем как заболеть, и сколько здоровых. Построили табличку, находим шанс — поесть мороженое и заболеть, и шанс — не есть мороженое и заболеть. И потом делим один шанс на другой и смотрим, во сколько раз они отличаются (см. картинку).

Пример милый. Но! самое милое — как в нём обозначено наличие интересующего фактора,— мороженки. ‘Exposure’ на русский язык переводится в подобных случаях как «воздействие», и часто контекст такой: allergen exposure, asbestos exposure, radiation exposure, microbial toxin exposure. Поэтому в случае с мороженым это звучит немного странно. Тем не менее теперь не перестаю думать, что ICE-CREAM EXPOSURE — это то, что мне сейчас очень даже не помешало бы.

ГЕПАРИНЫ, КИТАЙ И СВИНЬИ. МНОГО СВИНЕЙ

На C&EN интереснейший текст о технологии производства низкомолекулярных гепаринов и проблемах, которые с этим связаны.

https://cen.acs.org/content/cen/articles/94/i40/Making-heparin-safe.html

Антитромбин — маленькая белковая частица, которая синтезируется в печени и способна инактивировать ряд факторов свёртываемости крови, то есть других белковых частиц, участвующих в тромбообразовании. Активность антитромбина многократно увеличивается под действием гепаринов, что позволяет использовать последние как эффективные антикоагулянты. Гепарины — это серосодержащие гликозаминогликаны и синтезируются они преимущественно в базофилах и тучных клетках. Этих клеток особенно много в печени и лёгких https://goo.gl/1Zfajp В 1916 студент-медик Mclean открыл антикоагулянтную активность фосфатидов печени, а позже руководитель лаборатории, известный физиолог Howell, экстрагировал эту субстанцию из печени собаки и назвал «гепарин». (Подробная захватывающая история гепаринов от печёночных экстрактов до низкомолекулярных гепаринов в этом шикарном обзоре, кстати, на русском https://goo.gl/yASjX3 )

Сегодня низкомолекулярные гепарины (такие как эноксапарин натрия) широко применяются в лечении и профилактике артериальных и венозных тромбозов, например, в онкологической-хирургической практике. Их вводят подкожно в периоперационном периоде, они начинают действовать практически сразу после введения, обладая при этом оптимальным временем действия: T1/2=4 часа, что позволяет держать под контролем возможные кровотечения.

Так вот, в статье C&EN рассказывают, что несмотря на весь, казалось бы, технологический прогресс, гепарин в промышленных масштабах сегодня получают экстракцией из слизистой оболочки тонкого кишечника свиньи. Чтобы в итоге получить несколько грамм гепарина необходима целая куча свиных кишок. Так, на 1кг гепарина приходится около 2000 свиней. Поскольку в Китае очень развито свиноводство, там производится более половины всего гепарина. Субстанция расходятся по миру. При этом, например, у FDA возникают большие трудности с контролем качества лекарства, во-первых, потому что Китай далеко, во-вторых, потому что необходимо охватить весь процесс производства: от контроля забиваемого скота и километров кишок, которые пойдут на извлечение слизистой, но также и до конечного продукта, который является сложной смесью разных по размеру молекул полисахаридов, на которые вдобавок по-разному и в разном количестве нацеплены сульфатные группы. В 2007 и 2008 годах в ряде стран из-за партий некачественного препарата были зафиксированы тяжелейшие аллергические реакции у сотен пациентов, получавших гепарины. Только в США умерло более 80 человек. Подобное в меньших масштабах случалось и до этого. Причина — попытка сэкономить на разных этапах очистки и экстракции гепарина. Отдельной проблемой является искушение производителей по-тихому использовать для производства бараньи или коровьи кишки, что делает стоимость конечного продукта гораздо ниже (это запрещено, так как подобные способы производства считаются неизученными и потенциально опасными)

Но главная загвоздка заключается в том, что по подсчётам экспертов в 2014 на производство гепарина было «аккредитовано» около 300 миллионов свиней, в то время как количество производимого гепарина значительно превышало этот ‘свиной ресурс’. На что китайские производители оправдывались, мол, миру требуется 28 миллионов мега единиц гепарина (~318 тонн, если брать за единицу гепарина <0,002мг ) из которых Китай производит приблизительно 14 млн мега единиц, и если считать, что на один кг чистого гепарина нужно 1500 свиней, а не 2000, как рассчитывают американские эксперты, то в запасе остаётся ещё 3,6млн мега единиц! А это ого-го!

этап отделения слизистой оболочки от тонких кишечников в процессе получения гепарина

отсюда: https://cen.acs.org/content/cen/articles/94/i40/Making-heparin-safe.html

​​В 2012 году после тяжелого первого дня на Международной конференции по неотложной медицинской помощи ICEM, проходившей в Дублине, два врача скорой помощи Майкл Кадоган, Шон Ротвелл и реаниматолог Кристофер Никсон после похода в местный паб придумали термин, который изменил представление о современном медицинском образовании — FOAMed. Теперь это тысячи проектов, блогов, подкастов, видеоблогов, посвященных медицине. Они учат, рассказывают о сложных вещах на простом языке и стараются быть намного ближе к обычным читателям, слушателям и зрителям.

Одной из главных площадок распространения движения FOAMed и помощи всех студентов медицинских университетов является «ВКонтакте». Многие энтузиасты создают свои паблики и поднимают на многотысячную аудиторию актуальные проблемы современного образования, рассказывают истории из личной практики, помогают разобраться в сложных темах и просто шутят. Возможно, проекты FOAMed в скором времени смогут войти и в нашу действительность и «освежить» медицинское образование в России.

Читать далее → https://medach.pro/post/1903

НЕ ТАКИЕ УЖ И “ДОСТИЖЕНИЯ”

Материалов по метаанализу на русском языке крайне мало. Но есть хорошее. Я начинал с лекции Святослава Плавинского на онко-форуме «Белые ночи — 2016» https://youtu.be/VBEhK0fZ16U

Это достаточно общее введение в суть метода. Лектор харизматичный и вскользь упоминает много всякого любопытного.
Ниже — небольшой фрагмент оттуда про кумулятивный метаанализ.

График кумулятивного метаанализа отражает результаты всех метаанализов по определённому вопросу, расположенные сверху вниз в хронологическом порядке. То есть на самом верху — первое исследование. На втором месте — метаанализ первого и второго исследования. На третьем месте — объединённые данные первого, второго, третьего исследования и тд. И можно проследить, как с прибавлением новых данных относительно линии «отсутствия эффекта» смещается квадратик оценки. Смещение «квадратика» говорит о том, что меняются общие результаты и соответственно текущее представление человечества об эффективности (безопасности) чего-то. Это такой пример показывающий длительность и динамичность процесса накопления знаний, как рождаются противоречия и всех бросает от одних соображений и концепций к другим, а потом всё устаканивается. Типа за короткий срок отнюдь не всегда можно прийти к какой-то конкретике. И здесь Плавинский упоминает любопытное исследование 2002-го года, в котором посчитали, что из всех одобренных FDA за 25 лет (с 1975 по 1999) препаратов 20% были сняты с рынка, либо получили чёрную метку http://bit.do/ePcHV (лектор говорит, что примерно половина, но скорее всего, это оговорка). Не знаю, делал ли кто-то похожие оценки за последнее время и вообще насколько их много, но тема для размышлений хорошая, о том, что «не стоит слепо бросаться к последним достижениям медицинской науки, потому что через некоторое время может вполне оказаться, что это не такие уж 'достижения'». Как-то так.

#METARASTUT

«не стоит слепо бросаться к последним достижениям медицинской науки, потому что через некоторое время может вполне оказаться, что это не такие уж 'достижения'». фрагмент про кумулятивный метаанализ из лекции Плавинского , вся лекция — https://youtu.be/VBEhK0fZ16U

пирожок ❤️
https://twitter.com/katuninx/status/1116765190186520576?s=21

Команда авторов во главе с Петром Талантовым запустили независимый блог про доказательную медицину @medfront

Интересно, что из этого получится. А пока стоит подписаться хотя бы из-за переводов статей с https://sciencebasedmedicine.org , например, про антиоксиданты:

Насколько безопасно модное сейчас увлечение антиоксидантами, к чему приводит их переизбыток и как найти окислительно-восстановительный баланс?

Читайте первую статью блога!

Вообще, Медфронт похож на попытку воспроизвести в русскоязычной среде как раз этот легендарный скептик-блог ‘ScienceBasedMedicine’, который ведут врачи-энтузиасты и учёные из разных областей, и все вопросы там обычно разбираются живо, подробно, даже про какую-нибудь траву с айхерба на молекулярном уровне могут (к слову, многие русские просветители пиздят оттуда «популяризаторские» концепции и разоблачения, и не запариваются сослаться лишний раз). Если у вас хорошо с английским, устремляйтесь сразу на SBM, вот ещё здесь у них собрана бездна годных ссылок https://sciencebasedmedicine.org/links/ , ну и на Медфронт тоже не забудьте подписаться. Там Антон Барчук обещает писать, уже начал, что-то такое: https://t.me/medfront/10

МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДИЗАЙН

На днях объяснял одному врачу, что значит, когда в консультации у «Тиенама» написана дозировка «500/500». Тиенам — это комбинированный антибактериальный препарат, там два действующих вещества: имипенем и циластатин. В общем-то, отсюда «500/500» и можно заканчивать. Но захотелось как-то интереснее об этом. Раньше я сам долго думал, что тиенам — комбинация бета-лактамного антибиотика и какого-то ингибитора бета-лактамаз, что-то вроде амоксициллина с клавулановой кислотой или защищённых цефалоспоринов, но не вникал особо. Потом на глрс случайно увидел, что на самом деле циластатин ингибирует дегидропептидазу — фермент, метаболизирующий имипенем в почках, что значительно увеличивает концентрацию последнего и время его действия. Ну вот, кажется, тут точно можно закончить.

Нет. Начал смотреть об этом подробнее, нашёл статью 1983 года (прикрепил ниже) про разработку препарата, где мне вдруг открылся какой-то совершенно захватывающий мир химии и дизайна лекарственных веществ.

И пенициллины, и цефалоспорины — это бета-лактамные антибиотики, то есть в основе химической структуры — бета-лактамное кольцо. С помощью этой части молекула антибиотика ингибирует синтез пептидогликана, полимера, из которого построена клеточная стенка бактерии. В итоге, бактериям в фазе роста не хватает пептидогликана, клеточные стенки ослабляются и они лизируются из-за высокого внутриклеточного осмотического давления. (интересно и по полочкам про бета-лактамные антибиотики здесь http://bit.ly/2IJfiqW ).

В общем, очень быстро в процессе отбора появились бактерии с различными бета-лактамазами, ферментами, способными разрушать бета-лактамное кольцо. Сначала получалось успевать синтезировать разные варианты бета-лактамных молекул, недоступных гидролизу существующими бета-лактамазами. Вскоре появилось такое понятие как бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), то есть обуславливающие резистентность некоторых грам-минус палочек почти ко всем β-лактамным антибиотикам (азтреонаму, различным пенициллинам, цефалоспоринам, независимо от того, какие радикалы нацепили на заветное кольцо в процессе поиска и каким ингибитором «защитили»).
Как изменить скелет молекулы, чтобы она сразу и работала, и устойчивой перед ферментами была, не супер-токсичной и т.п.? Вот-вот.

В 1978 году из бактерий Streptomyces cattleya получили бета-лактамный антибиотик тиенамицин и это было прорывом. Структура его молекулы была похожа на пенициллин, только в остатке тиазолидина вместо атома серы был атом углерода («карбо»), а ещё двойная насыщенная связь между атомами С2 и С3 («пенем» — см. вставку слева на картинке). Это, а также наличие транс-α-1-гидроксиэтилзамещающей группы в позиции 6, делало его устойчивым ко всем БЛРС!! Тиенамицин отлично работал на животных и in vitro, но оказался крайне неустойчивым соединением. Работы по модификации его молекулы были завершены созданием стабильного производного — имипенема. Но! Быстро оказалось, что in vitro имипенем работает так же круто, а вот в организме активность значительно снижается (об этом захватывающе с 16 страницы прикреплённого обзора «Thienamycin: development of imipenem-cilastatin»). Стало понятно, что особенности молекулы имипенема делает его субстратом фермента микроворсинок апикальной мембраны проксимальных канальцев в почках (так называемая «щеточная кайма») — дегидропептидазы-1,— который, подобно бета-лактамазам, быстро гидролизовал заветное кольцо. Было два пути: искать новое производное, которое бы не разрушалось, и искать вещество-ингибитор.

Ориентируясь на строение активного центра дегидропептидазы-1, синтезировали огромное количество веществ-ингибиторов и остановились на молекуле MK0791 (циластатин), как наименее токсичной и подходящей по фармакокинетическим параметрам к одновременному назначению с имипенемом. А в 96-ом зарегистрируют меропенем — карбапенем, у которого помимо всего прочего, в отличии от имипенема, есть пирролидинил-замещающая группа во второй позиции, что делает его устойчивым перед действием почечной дегидропептидазы-1 и не требует комбинации с циластатином.

Один из последних препаратов группы карбапенемов, вышедших на рынок — дорипенем, который на данный момент в своём роде является кульминацией длительного молеулярного конструирования. И вот картинка из обзора про него, где подписана важность каждой части в формуле молекулы:
(источник: http://bit.ly/2ILpUFJ )

«Thienamycin: development of imipenem-cilastatin» (самое интересное с 16 страницы, как мне кажется)

один из наших преподавателей, доцент и клинический фармаколог (разумеется), на консультации в каком-нибудь ОРИТе, во время "консилиума" с ординаторами-новичками любит невзначай спрашивать со всей драматичной серьёзностью в самый ответственный момент: "а теперь, коллеги, главный вопрос, как в данном случае назначим имипенем: с циластатином или без?" (шутки из разряда "мне кажется, у вас КТ-негативная пневомния)

В EMN https://vk.com/wall-166586720_1302 пост о том, что оказывается, есть ряд препаратов, способных обострять псориаз. Случай из практики: Пациентка 63 лет с пароксизмальной формой фибрилляции предсердий рассказывает, что на фоне приёма бисопролола начался сильнейший псориаз(впервые в жизни), по поводу которого она проходила лечение в дерматологическом стационаре. про возможные механизмы обещают отдельный разбор

Тут на ‘подслушано аптека’ в последнее время много шуточек про далекое от действительности восприятие обычными людьми антибиотиков и как ими пользоваться. Подолью-ка немного масла «сложности» в огонь под недавней картинкой https://vk.com/wall-96748875_713299

Дальше — иллюстрация beyond the basics про не совсем очевидную разницу в использовании амоксициллина с клавулановой кислотой и просто амоксициллина. «Чем защищённей, тем лучше» не всегда просто так работает. Например, когда эмпирически мы назначаем антибиотики для лечения внебольничной пневмонии или инфекций верхних дыхательных путей, первый возбудитель, про которого думаем по умолчанию — пневмококк. (Потому что Streptococcus pneumoniae,
естественная колонизация ротоглотки, 30-50% случаев ВП установленной этиологии и т.д.). На пневмококков замечательно действует амоксициллин. Следует ли назначать амоксициллин под защитой клавулановой кислоты? Можно. Так чаще всего и делают. Но вот только стрептококки не являются продуцентами бета-лактамаз. У них, конечно, тоже существует резистентность к бета-лактамам, но там другие механизмы, например, мозаицизм генов PBPs (пенициллинсвязывающих белков), вследствие чего молекулы антибиотика хуже связываются с PBPs, синтез клеточной стенки не ингибируется. Если мы имеем дело с устойчивыми к бета-лактамам стрептококками, то значит дело не в бета-лактамазах. Соответственно, хоть с клавулановой кислотой амоксициллин, хоть с сульбактамом — бактериям будет все равно и нужно думать в сторону не бета-лактамных вариантов.

Несмотря на то, что клавулановая кислота в принципе нормально переносится, из двух зол (амоксиклав или простоамоксициллин), рациональнее начать с более простого — поносом меньше)).

К слову, если посмотреть в справочник Сэнфорда, там пишут, что, например, для пациентов с ХОБЛ более характерна колонизация гемофильной палочкой (H. Influenzae), у которой 25-35% штаммов являются продуцентами бета-лактамаз. В этом случае в лечении респираторных инфекций начальная комбинация амоксициллин/клавуланат окажется более оправданным вариантом.

В Кембридже есть госпиталь Addenbrooke's, который ведет массу совместных биомедицинских разработок с местным биотехом и университетом. Именно там, например, нашли редкую форму Альцгеймера у недавно умершего Терри Пратчетта.

От Addenbrooke's в Wellcome Genome Campus (биотехнологический центр, где находятся Sanger Institute и EMBL-EBI) ведет велодорожка "DNA path", на которой нарисована хроматограмма гена BRCA2: https://vimeo.com/133631594.

Поломка этого гена очень часто ведет к раку груди: https://en.wikipedia.org/wiki/BRCA2. Например, у Анджелины Джоли поломан аналогичный ген BRCA1, что заставило ее принять решение о мастэктомии.

Сегодня коллега ехал по DNA path на работу на велосипеде, и у него сломалась спица.

Все-таки хорошо, подумал я, когда при движении по BRCA2 у вас ломается велосипед, а не ДНК-полимераза 😅 (https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase).

NGS СПЕШИТ НА ПОМОЩЬ

На кворе обсуждение http://bit.ly/2IN7wNu : некто, кто собрался поступать в медицинский, писал, что любит также кодить и спрашивал, совмещается ли в дальнейшем как-нибудь медицинская специальность с биоинформатикой, типа насколько в этом есть прикладные аспекты, и вообще, какие пути возможны. В одном из ответов пользователь Keith Robison в качестве иллюстрации «анализ данных в жизни» сослался на свой пост 2014 года «NGS Saves A Young Life». Keith Robison — биоинформатик, который больше 20 лет занимается компьютерным моделированием и разработкой лекарственных средств. Тут, к слову, я открыл для себя, во-первых, его древний (с 2006 года, кажется) блог «Omics! Omics!» http://bit.ly/2XRZCWE на блогспоте, и он его ДО СИХ ПОР обновляет!! периодически, и во-вторых, твиттер , вооот — https://twitter.com/omicsomicsblog .

NGS — это Next-generation sequencing, так называемое секвенирование нового поколения. Если вы смутно представляете, что такое секвенирование ДНК и забыли принцип ПЦР, есть цикл статей на биомолекуле С КАРТИНКАМИ!! https://biomolecula.ru/articles/metody-v-kartinkakh-sekvenirovanie-nukleinovykh-kislot (это просто гениально, жалею, что увидел совсем недавно, а не года три назад. Прояснил для себя очень много элементарных вещей, надо было только сесть и разобраться)

Возвращась к посту «NGS спасает жизнь» http://omicsomics.blogspot.com/2014/02/ngs-saves-young-life.html . Robison пересказывает историю, рассказанную в рамках доклада на AGBT (конференция Advances in Genome Biology and Technology). Про мальчика 14 лет с тяжёлым комбинированным иммунодефицитом (SCID), у которого в анамнезе была трансплантация костного мозга от матери. После купания в океане развился конъюнктивит, затем увеит, затем генерализация, лихорадка, лейкоцитоз. И было непонятно, что происходит, потому подобная картина могла соответствовать реакции «трансплантат-против-хозяина» (в случае чего нужны стероиды, подавлять иммунитет). Стремительно — энцефалит. Рассматривали инфекционную природу происходящего, но ни в спинномозговой жидкости, ни в крови возбудитель обнаружен не был. И тут, конечно, дело значительно усложняло то, что с этиологией энцефалитов всё в принципе непросто, причиной может быть что угодно: от простейших до вирусов. Посевы, ПЦР на известных возбудителей были отрицательными, в том числе в случае с биоптатом мозга. Мальчик меж тем угасал. Затем решили действовать радикально, потратили сутки на составление библиотек для NGS, начали определять их структуру (структуру ДНК из биоптата). И вот тут, собственно, возникает главная сложность и непаханое поле: насколько «глубоко» анализировать данные (чтобы быстро и по делу), как именно, то есть какие алгоритмы использовать и на каких базах данных, как интерпретировать, как предоставить и объяснить результат клиницистам.

Дальше — спойлер.

В случае с мальчиком фрагменты сперва давали человеческие последовательности, а затем в ходе анализа были обнаружены 400+ риды, принадлежащие лептоспире. И тут всё сошлось: лептоспира как частая причина глазных инфекций, лептоспира как возможная причина энцефалита. И хотя весь процесс занял два дня!! Половина времени ушла на обработку данных (возможно ли ускорить и конкретизировать процесс обработки — главная проблема, у которой много потенциальных решений, пост в целом об этом). Финал истории может показаться прозаичным: лептоспира, немедленная терапия пенициллином, мальчик выздоравливает. К слову, повторное тестирование ПЦР снова не показало наличия лептоспиры в образцах и это неудивительно, чувствительность рутинного теста всего лишь 60%.