NIGHTMARE MATRIX: fanouškovská teorie, podle které byl druhý prototyp navržený Architektem po obrovském neúspěchu prvního prototypu Matrixu, světem gotických nočních můr zamořeným příšerami. Teorie vychází z dialogu ve filmu Matrix Reloaded, kde Architekt tvrdí, že lidská mysl by snadněji přijala nedokonalý svět s utrpením.


Teorie také předpokládá, že právě v této verzi Matrixu se původně objevili Merovingianovi nohsledi; programy, které připomínaly bájné zlé bytosti z různých lidských mytologií, jako jsou upíři, andělé, vlkodlaci, zombie, mimozemšťané atd.


V komiksovém příběhu "The Matrix Comics" se Nightmare Matrix objevuje jako projekt programátorů, kteří chtěli vyzkoušet, jak by lidé reagovali na svět plný utrpení. hlavním cílem bylo vytvořit traumatizující prostředí. Zážitky z válečných konfliktů, katastrof, násilí a zločinu. Tyto elementy byly navrženy tak, aby prohloubily pocit úzkosti a stresu. Projekt byl ukončen poté, co se ukázalo, že lidé jsou pod takovým stresem a úzkostí neschopni fungovat.