📝 معرفی مقاله

🔔 ارزیابی دقت و سرعت ابزار های انالیز متاژنومیکس

✍️با توجه به اهمیت مطالعات متاژنومیکس در این مقاله سعی شده با مقایسه ابزارهای انالیز متاژنومیکس و تهیه بنچمارک برای این ابزار، راهنمای مناسب در اختیار محققان قرار دهند.
▫️نتایج به وضوح نشان می دهد که ابزار های که به طور گسترده ای مورد استفاده قرار می گیرند لزوما دقیق ترین ابزارها نیستند، و دقیق ترین ابزارها هم لزوما وقت گیرترین نیست
▫️لیست ابزار های مورد بررسی قرار گرفته شده 👇👇
▫️CLARK
▫️EBI
▫️Genometa
▫️GOTTCHA
▫️Kraken
▫️LMAT
▫️MEGAN2
▫️MetaPhlAn
▫️MetaPhyler
▫️MG-RAST
▫️mOTU
▫️One Codex
▫️QIIME6
▫️Taxator-tk


▫️مجموعه داده ها و نتایج بصورت آزاد از طریق آدرس زیر در دسترس است.
🌐ucbioinformatics.org/metabenchmark.html

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝 An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools

💾 Scientific Reports

⏳Published online: 18 January 2016
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

💽نرم افزار +LigPlot به همراه لایسنس یک ساله اکادمیک تا July 2018

✍️برنامه ای برای نمایش اینتراکشن بین پروتئین و لیگاند

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

◾️ سایت Udemy دوره های آموزشیشو حراج کرده... 14 ساعت دیگه تموم میشه.
دور ه های پایتون، جاوا، دیپ لرنینگ، ماشین لرنینگ، Learn Bioinformatics in 6 Days و ...

◽️ دوره هاشو تو این لینک ببینید:
udemy.com/courses
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

🎙پادکست
🎼مصاحبه با دکتر Matthew Fuchter محقق بخش شیمی دارویی کالج لندن درباره مهار کننده های اپی ژنتیک
▪️سوالاتی که در این پادکست پاسخ داده می شود.

▫️From an inhibitor development standpoint, what methods do you use for discovery to lead?
▫️Why do you choose natural products to aid in targeting epigenetic modifiers and is there limited chemical matter in this space?
▫️What opportunities are there for infectious disease and other indications?
▫️What has ignited all this interest in developing second generation epigenetic inhibitors – particularly targeting Histone Methyltransferases, Demethylases and BET Bromodomains?
▫️Have we learned anything from approved compounds?
▫️What are major challenges seen in the development of novel epigenetic inhibitors?
▫️What about safety and toxicity of compounds – is this a major concern?
▫️What talks/topics are you looking forward to during the Epigenetic Inhibitor Discovery Meeting?
▫️How quickly can we expect to see these novel medicines reaching patients in need?
▫️Is combination therapy where we will see the greatest impact in this space?
▫️Some compare the epigenetic enzymes to kinases, where they will provide years of fertile grounds for discovery. What do you think?
🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/Bwc5ku

📈 گزارش بازار بیوانفورماتیک از ۲۰۱۶ تا ۲۰۲۰

✍️گزارشی که به تازگی درباره بازار بیوانفورماتیک منتشر شده نشان می دهد که نرخ رشد مرکب سالانه بازار بیوانفورماتیک ۲۰/۴ درصد می باشد. این گزارش با بررسی بازار بیوانفورماتیک از سال ۲۰۱۶ تا به اکنون و پیش بینی این بازار تا سال ۲۰۲۰ صورت گرفته در این گزارش، علت افزایش این نرخ رشد، به افزایش کاربردهای بیوانفورماتیک در کشف و توسعه داروها و افزایش حمایت بیوانفورماتیک از پزشکی شخصی و تشخیص های بالینی می باشد.
نیاز به ابزار های جامع و یکپارچه بیوانفورماتیک در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس نیز باعث افزایش نرخ رشد بازار شده. اما از طرفی عدم وجود متخصصین کافی و آموزش دیده و هزینه ها و دستمزد های بالای آنها از رشد بیشتر بازار بیوانفورماتیک جلوگیری کرده است. بخش های فعال بازار بیوانفورماتیک می توان به حوزه های :
▫️genomics
▫️chemoinformatics & drug design
▫️proteomics
▫️transcriptomics
▫️metabolomics
▫️molecular phylogenetics
و همچنین کاربرد های آن در (glycomics, cytomics, physiomics, and interactomics) اشاره کرد.
این گزارش نشان می دهد که بزرگترین بازار برای بیوانفورماتیک، امریکای شمالی می باشد. بیوتکنولوژی پزشکی بزگترین حوزه بازار بیوانفورماتیک است و ژنومیکس بزرگترین حوزه کاربردی بیوانفورماتیک می باشد.
اروپا رشد متوسطی در زمینه بیوانفورماتیک داشته. اما آسیا بیشترین نرخ رشد را داشته است ، افزایش کمک های دولتی برای تحقیق و توسعه و بهبود زیر ساخت های فناوری اطلاعات از عوامل اصلی این رشد بالا می باشد. بازار های دارای رشد سریع در منطقه آسیا شامل کشور های ژاپن، چین و هند می باشند.
از بازیگران اصلی در بازار بیوانفورماتیک می توان به شرکت های زیر اشاره کرد:
▪️Illumina, Inc. (U.S.)
▪️Thermo Fisher Scientific Inc. (U.S.)
▪️QIAGEN N.V. (Netherlands)
▪️ Agilent Technologies (U.S.)

دیگر شرکت های مهم حاضر در بازار بیوانفورماتیک :
▫️Baseclear
▫️Macrogen Clinical Laboratory
▫️EcSeq
▫️Clinical-Microbiomics
▫️MR DNA (Molecular Research Lp)
▫️Molzym
▫️Zymo Research
▫️Rancho Biosciences
▫️Microbiome Insights
▫️Openbiome
▫️Resphera Biosciences
▫️Openbiome
▫️Resphera Biosciences
▫️Shanghai Realbio Technology
▫️Diversigen
▫️Merieux Nutrisciences
▫️Metabiomics
▫️Norgen Biotek
▫️Rancho BioSciences

🌐 www.DrugDesign.ir
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🍹🍰🍵

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/n2pnWd
🎙سخنرانی و گفتگو با چند تن از محققین شرکت کننده در کنفرانس PepTalk در مورد زمینه های کاریشون و پرسش سوال : آینده را چطور می بینید و مهمترین ابتکار و خلاقیت و کشف و اختراع در زمینه علمی شما چه خواهد بود؟
همایش PepTalk : هفته پروتئین یکی از بزرگترین گردهمایی های سالیانه محققان علم پروتئین در جهان می باشد.
در ۱۷امین سال برگزاری این همایش در سال ۲۰۱۷ در حدود ۱۳۰۰ متخصص، از دانشگاه ها مراکز و شرکت های بیوتکنولوژی و دارویی گرد هم آمده اند تا برای یک هفته فشرده از یادگیری و ارتباط برقرار کردن برای کشف فرصت ها جدید، یافتن راه حل های نهایی و ایجاد و توسعه همکاری های علمی تجاری استفاده کنند.
در کنار این همایش گفتگویی با تنی چند از محققان دانشگاهی و شرکت های تحقیقاتی مانند دکتر لاوو دانشگاه نیو همشایر، دکتر ولدبورگ از دانشگاه دانمارک، دکتر فوسبری از شرکت گلاکسو اسمیت ، دکتر Diane Paskiet از شرکت West Pharmaceutical Services ودکتر Schlothauer از شرکت Roche گفتگو شده و از آنها سوال شده که جالبترین و آینده دارترین ابتکار و اختراع در زمینه کاری خودتان را چه میدانید؟
📎 For more details, please visit www.CHI-PepTalk.com/

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

چه مقدار Coverage برای یک آزمایش RNA-Seq مورد نیاز است؟
www.exirlabs.com
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

🔔 تحصیل در رشته سیستم بیولوژی مقطع فوق لیسانس در دانشگاه لوکزامبورگ

💎با موضوع : Master in integrated systems biology

📢 توضیح :

This Master programme enables students to acquire deeper knowledge in biosciences taking into account new computational and high-throughput experimental technologies. This involves the handling of large amounts of data and thus bioinformatics and network analysis are essential elements in this modern education in biosciences.

▫️What is Systems Biology?

Systems Biology (an extension of Biochemistry and Physiology) wants to understand and model systems: individual cells, organs and whole organisms on the basis of their constituting molecules. It integrates established disciplines in Biosciences and renovates them for the challenges of the future.
▫️Aims of the programme

The Master of Systems Biology combines theoretical and practical education: at least 1,450 hours of practical work in computer labs and wet labs within the University’s Life Sciences Research Unit or in partner institutions (Luxembourg Institute of Health (LIH), the Luxembourg Institute of Science & Technology (LIST), and the IGBMC in Strasbourg). At the end of the programme, students will be able:

to think on "omics" levels (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and physiomics.
to understand and apply the respective new technologies.

▫️Career perspectives

PhD in biology / systems biology or bioinformatics (at the University of Luxembourg and abroad)
Positions in biotech and pharma industry
Researcher in biological, biomedical or pharmaceutical laboratories
Data scientist with focus on biomedical applications
Positions in Life Sciences / bioinformatics software companies



✍️فرصت تکمیل فرم: 28th of July

⏱تاریخ شروع کلاس: September

💰هزینه ثبت نام : 200 € / Semester

👤ظرفیت پذیرش: 24 دانشجو

🕘 مدت تحصیل : 2 سال

🌐 اطلاعات بیشتر : https://wwwen.uni.lu/studies/fstc/master_in_integrated_systems_biology_academique

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 تحصیل در رشته سیستم بیولوژی مقطع فوق لیسانس در دانشگاه لوکزامبورگ

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔همایش کنفرانس
NGS, RNA-Seq, Single Cell Analysis & Single Molecule Analysis: Research to Diagnostics 2017 Conference.

آزمایشگاه پارس سیلیکو

توالی یابی تمام اگزوم بیش از 98 درصد جهش های شناسایی شده توسط پانل های توالی یابی نسل بعدی هدفمند را پوشش می دهد.
http://www.exirlabs.com/Default.aspx
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

توالی یابی تمام اگزوم بیش از 98 درصد جهش های شناسایی شده توسط پانل های توالی یابی نسل بعدی هدفمند را پوشش می دهد.
http://www.exirlabs.com/Default.aspx
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

🔔شرکت PacBio از عقد قرارداد فروش ده سیستم Sequel با شرکت Novogene خبر داد

goo.gl/5WQUFY
✍️شرکت Biosciences Pacific of California، Inc. و شرکت Novogene دیروز یک توافقنامه جدید را اعلام کردند که در طی این توافق شرکت Novogene اقدام به خرید 10 سیستم Sequel® کرده تا بتواند به ظرفیت ارائه خدمات توالی DNA با ران همزمان 20 سیستم Sequel برسد.

دکتر Ruiqiang Li موسس و مدیر عامل Novogene می گوید: "تقاضای شدید برای توالی یابی بر پایه SMRT در این چند ماه از زمان شروع استفاده از سیستم های Sequel ،ما را مجاب کرد که ظرفیت دستگاه های خود را دو برابر کنیم."
برخی از پروژه های بزرگ که ما برنامه ریزی کرده ایم شامل ایجاد پایگاه داده ای از انواع وارینت های ساختاری در 1000 نفر از افراد چینی به عنوان بخشی از پزشکی دقيق چین است. علاوه بر این، ما با اتحاد جهانی ژنوم مورچه پیوسته ایم تا 300 گونه مختلف از مورچه ها را توالی یابی کنیم تا به یک دید جامع در مورد تنوع ژنتیکی در گونه های مورچه برسیم. "

دکتر Michael Hunkapiller مدیر عامل شرکت PacBio میگوید: " Novogene به سرعت در حال تبدیل شدن به بزرگترین کاربر پلت فرم Sequel ما شده است، و در حال حاضر دارای بزرگترین مرکز خدمات SMRT در جهان است. ما بسیار خوشحالیم که آنها با موفقیت سرعت استفاده از این سیستم ها را افزایش دادند و تقاضای زیاد برای سرویس های توالی یابیSMRT در چین موجب شد تا شرکت Novogene ظرفیت خود را افزایش دهند. "
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
شرکت نوژن اکسیر
@exirlabs

🍉در ایالات متحده، امروز روز ملی هندوانه است!
در PDB تنها 1 پروتئین از هندوانه وجود دارد که در سال 2005 منتشر شده است.
t.co/ZBQaf7OXTY
✍️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/5WFt3d

🎙پادکست: کاربرد های بالینی توالی یابی تمام ژنوم

👤در این پادکست، که در تاریخ 11 ماه مه 2017 ضبط شده است دکتر Liz Worthey، پژوهشگر و مدیر موسسه بیوتکنولوژی HudsonAlpha در مورد سخنرانی که قرار است در همایش Next Generation Dx Summit انجام دهد گفتگو می کند همچنین او درباره کار خود در توالی تمام ژنوم برای تشخیص و نظارت بر بیماری های نادر صحبت کرد. او در مورد کار تیمش برای استاندارد سازی تست های بر پایه NGS، استفاده از توالی یابی به عنوان یک تست تشخیصی، و چالش های ایجاد استاندارد توالی یابی تمام ژنوم در مراقبت های بالینی بحث می کند.

🔝آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
شرکت نوژن اکسیر
@exirlabs