Скорость поиска, или зачем нужна регистрация в OdanChem?
#odanchem
Я думаю, почти все, кто пытался найти те или иные данные в OdanChem, сталкивались с тем, что поиск идет долго. Иногда это секунд 5, а иногда он может длиться пару минут и возникает ощущение зависания системы. Почему так долго и что с этим можно сделать?
Причин тут несколько:
1) База данных у нас реально большая. Соответственно, поиск по ней тоже не моментальный.
2) Вообще говоря, все зависит от запроса в поиске. Если вы нарисуете бензольное кольцо, и в режиме substructure search попросите выдать вам все соединения, которые его содержат, то система найдет миллионы молекул и попробует их вам показать. Это, очевидно, займет много времени. Если же в запросе будет хотя бы дизамещенная ароматика (условный м-хлортолуол), то результаты вы получите гораздо быстрее. Эта же логика применима ко всем поискам: чем более узкий запрос (чем меньше результатов вы ожидаете), тем быстрее он выполнится.
3) Аналогично про поиск по спектру. Как правило, поиск по ¹³С ЯМР выполняется секунд 20-30, а по ¹Н ЯМР - почти всегда больше минуты. Причина та же: количество результатов поиска по протоннику и по углероднику отличается на порядок и более. Поэтому и работает оно дольше.
4) Скорость интернета. Данные надо не только найти, но и загрузить вам в браузер. Это может занять несколько секунд. К сожалению, во многих наших институтах встречаются проблемы с интернет-соединением.
Понятно, ждать никто не любит. Чтобы как-то упросить всем жизнь, мы создали такой инструмент, как история поиска, которая возникает у каждого зарегистрированного пользователя. Скорее всего, все или почти все подписчики данного канала уже и так зарегистрированы на платформе. Если нет - зарегистрируйтесь, без этого вы упускаете много полезных возможностей. Как минимум, все упоминавшиеся опции вроде поиска по спектру и по реакциям у нас доступны только после регистрации. Она доступна как напрямую, так и через платформу Colab @colaboratory.
Чтобы открыть свою историю поиска, надо нажать на свое имя в правом верхнем углу, и после этого нажать на синюю кнопку Search History в середине внизу экрана. Либо вот прямая ссылка. В ней сохраняются ваши поиски в хронологическом порядке. Они хранятся 2 недели.
Оттуда вы можете открыть начатый ранее поиск и быстро получить результаты, закэшированные в системе. Там же отображается статус поиска. Если он еще не закончился, то будет пометка in progress. Соответственно, если у вас возникает ощущение, что что-то зависло, то можно смело закрыть данную вкладку, перейти в историю поиска и открыть результаты оттуда.
А еще в истории поиска у нас доступен очень мощный инструмент - пересечение поисков. Про него расскажем в другом посте.
#odanchem
Я думаю, почти все, кто пытался найти те или иные данные в OdanChem, сталкивались с тем, что поиск идет долго. Иногда это секунд 5, а иногда он может длиться пару минут и возникает ощущение зависания системы. Почему так долго и что с этим можно сделать?
Причин тут несколько:
1) База данных у нас реально большая. Соответственно, поиск по ней тоже не моментальный.
2) Вообще говоря, все зависит от запроса в поиске. Если вы нарисуете бензольное кольцо, и в режиме substructure search попросите выдать вам все соединения, которые его содержат, то система найдет миллионы молекул и попробует их вам показать. Это, очевидно, займет много времени. Если же в запросе будет хотя бы дизамещенная ароматика (условный м-хлортолуол), то результаты вы получите гораздо быстрее. Эта же логика применима ко всем поискам: чем более узкий запрос (чем меньше результатов вы ожидаете), тем быстрее он выполнится.
3) Аналогично про поиск по спектру. Как правило, поиск по ¹³С ЯМР выполняется секунд 20-30, а по ¹Н ЯМР - почти всегда больше минуты. Причина та же: количество результатов поиска по протоннику и по углероднику отличается на порядок и более. Поэтому и работает оно дольше.
4) Скорость интернета. Данные надо не только найти, но и загрузить вам в браузер. Это может занять несколько секунд. К сожалению, во многих наших институтах встречаются проблемы с интернет-соединением.
Понятно, ждать никто не любит. Чтобы как-то упросить всем жизнь, мы создали такой инструмент, как история поиска, которая возникает у каждого зарегистрированного пользователя. Скорее всего, все или почти все подписчики данного канала уже и так зарегистрированы на платформе. Если нет - зарегистрируйтесь, без этого вы упускаете много полезных возможностей. Как минимум, все упоминавшиеся опции вроде поиска по спектру и по реакциям у нас доступны только после регистрации. Она доступна как напрямую, так и через платформу Colab @colaboratory.
Чтобы открыть свою историю поиска, надо нажать на свое имя в правом верхнем углу, и после этого нажать на синюю кнопку Search History в середине внизу экрана. Либо вот прямая ссылка. В ней сохраняются ваши поиски в хронологическом порядке. Они хранятся 2 недели.
Оттуда вы можете открыть начатый ранее поиск и быстро получить результаты, закэшированные в системе. Там же отображается статус поиска. Если он еще не закончился, то будет пометка in progress. Соответственно, если у вас возникает ощущение, что что-то зависло, то можно смело закрыть данную вкладку, перейти в историю поиска и открыть результаты оттуда.
А еще в истории поиска у нас доступен очень мощный инструмент - пересечение поисков. Про него расскажем в другом посте.
👍8❤5🔥4
Пересечение поисков
В прошлый раз мы рассказали про то, что в OdanChem существует история поисков, и она удобна тем, что там можно отслеживать статус поиска, открыть ранее начатую работу, увидеть статистику сколько молекул/спектров/публикаций удалось найти в каждом из ваших поисков. И также напомним, что чтобы попасть в свою историю поиска, надо нажать на своё имя в правом верхнем углу, после этого — синяя кнопка Search History внизу экрана посередине. Либо вот прямая ссылка.
В этот раз мы хотим показать один очень важный инструмент — пересечение поисков. Он позволяет заметно снизить количество результатов в выдаче, оставив только те, которые соответствуют нескольким запросам. Покажем на примере разбора реальной реакционной смеси.
Как-то в лаборатории мы хотели получить бета-нитростирол из п-фторбензальдегида и нитрометана (картинка 1). Запустили реакцию, зарегистрировали спектр с реакционной смеси. Скриншот со спектра — рисунок 2. Видно, что это какая-то именно что смесь. Нужного нитростирола там явно нет: не видно характерных дублетов с большой константой. Понятно, что есть оставшийся альдегид, но что там еще? Конечно, опытный синтетик, глядя на этот спектр, может его разгадать. Но в случае, если опыта еще недостаточно, или нет времени глубоко вникать в данную реакцию (а это синтез исходников: что тут думать, тут варить надо:)), может прийти на помощь анализ в OdanChem. В данном случае синтез выполняла студентка, которая не так давно на тот момент присоединилась к лаборатории, и большого опыта самостоятельного расшифровывания состава смесей у неё ещё не было.
Для разгадки мы взяли порядка сотни миллиграмм смеси, зарегистрировали ¹Н ЯМР, ¹⁹F ЯМР и ¹³С ЯМР с неё. Углеродный спектр выглядит как-то так (рисунок 3). Человек такое вряд ли разгадает. Далее разметили эти спектры в MestReNova (отметили все сигналы).
Следующий этап — выполнить поиск по спектру. Просто открываем три вкладки в браузере, идем на страницу поиска, копируем строку каждого спектра, сгенерированную MestReNova (интенсивности в случае протонных спектров можно игнорировать — важно отметить все пики). Выполняем три независимых поиска по спектру. После чего открываем историю поиска и смотрим, что там нашлось.
Результаты показаны на рисунке 4. Видно, что углеродный спектр лучше всего подходит для автоматизированного поиска — всего 202 молекулы, которые могут входить в состав данной смеси. При этом поиск по фторному и протонному спектрам дал тысячи или десятки тысяч результатов. Почему так, описывал ранее. А теперь выбираем галочками фторный и углеродный поиски и нажимаем на
Всего 4 молекулы соответствуют и фторному, и углеродному спектрам. Одна из них явно не соответствует нашему результату, так как фосфора в реакционной системе не было. А три оставшихся явно присутствуют в нашей реакционной смеси. Вот так в несколько кликов можно разобрать состав не самой тривиальной реакционки. Кстати, данный результат пересечения тоже появится в вашей истории поиска. Его при желании можно пересечь ещё с чем-то.
Пересечения доступны для всех типов поисков, появляющихся в истории. Например, можно пересекать поиск по фрагменту структуры с поиском по спектру. Или результат пересечения с чем-то ещё. В общем, инструмент очень гибкий, мощный, и позволяет ощутимо сузить количество результатов относительно исходного запроса.
В комментариях приглашаем поделиться вашим опытом работы с этим или другими инструментами)
В прошлый раз мы рассказали про то, что в OdanChem существует история поисков, и она удобна тем, что там можно отслеживать статус поиска, открыть ранее начатую работу, увидеть статистику сколько молекул/спектров/публикаций удалось найти в каждом из ваших поисков. И также напомним, что чтобы попасть в свою историю поиска, надо нажать на своё имя в правом верхнем углу, после этого — синяя кнопка Search History внизу экрана посередине. Либо вот прямая ссылка.
В этот раз мы хотим показать один очень важный инструмент — пересечение поисков. Он позволяет заметно снизить количество результатов в выдаче, оставив только те, которые соответствуют нескольким запросам. Покажем на примере разбора реальной реакционной смеси.
Как-то в лаборатории мы хотели получить бета-нитростирол из п-фторбензальдегида и нитрометана (картинка 1). Запустили реакцию, зарегистрировали спектр с реакционной смеси. Скриншот со спектра — рисунок 2. Видно, что это какая-то именно что смесь. Нужного нитростирола там явно нет: не видно характерных дублетов с большой константой. Понятно, что есть оставшийся альдегид, но что там еще? Конечно, опытный синтетик, глядя на этот спектр, может его разгадать. Но в случае, если опыта еще недостаточно, или нет времени глубоко вникать в данную реакцию (а это синтез исходников: что тут думать, тут варить надо:)), может прийти на помощь анализ в OdanChem. В данном случае синтез выполняла студентка, которая не так давно на тот момент присоединилась к лаборатории, и большого опыта самостоятельного расшифровывания состава смесей у неё ещё не было.
Для разгадки мы взяли порядка сотни миллиграмм смеси, зарегистрировали ¹Н ЯМР, ¹⁹F ЯМР и ¹³С ЯМР с неё. Углеродный спектр выглядит как-то так (рисунок 3). Человек такое вряд ли разгадает. Далее разметили эти спектры в MestReNova (отметили все сигналы).
Следующий этап — выполнить поиск по спектру. Просто открываем три вкладки в браузере, идем на страницу поиска, копируем строку каждого спектра, сгенерированную MestReNova (интенсивности в случае протонных спектров можно игнорировать — важно отметить все пики). Выполняем три независимых поиска по спектру. После чего открываем историю поиска и смотрим, что там нашлось.
Результаты показаны на рисунке 4. Видно, что углеродный спектр лучше всего подходит для автоматизированного поиска — всего 202 молекулы, которые могут входить в состав данной смеси. При этом поиск по фторному и протонному спектрам дал тысячи или десятки тысяч результатов. Почему так, описывал ранее. А теперь выбираем галочками фторный и углеродный поиски и нажимаем на
Intersection by Compound (Рисунок 5). Результат — на рисунке 6. Всего 4 молекулы соответствуют и фторному, и углеродному спектрам. Одна из них явно не соответствует нашему результату, так как фосфора в реакционной системе не было. А три оставшихся явно присутствуют в нашей реакционной смеси. Вот так в несколько кликов можно разобрать состав не самой тривиальной реакционки. Кстати, данный результат пересечения тоже появится в вашей истории поиска. Его при желании можно пересечь ещё с чем-то.
Пересечения доступны для всех типов поисков, появляющихся в истории. Например, можно пересекать поиск по фрагменту структуры с поиском по спектру. Или результат пересечения с чем-то ещё. В общем, инструмент очень гибкий, мощный, и позволяет ощутимо сузить количество результатов относительно исходного запроса.
В комментариях приглашаем поделиться вашим опытом работы с этим или другими инструментами)
👍10❤🔥2🤩2❤1🔥1
Коллеги, вопрос:
А кто где ведет записи своих экспериментов? В комментариях приглашаю обсудить плюсы и минусы каждой из опций, перечисленных в следующем посте ⬇️
А кто где ведет записи своих экспериментов? В комментариях приглашаю обсудить плюсы и минусы каждой из опций, перечисленных в следующем посте ⬇️
OdanLab — электронный лабораторный журнал на базе OdanChem
Коллеги, у нас важный релиз, о котором давно пора рассказать.
OdanChem постепенно расширяется, в нем появляются новые подсистемы, и сегодня мы всем представляем электронный лабораторный журнал.
Чуть меньше года назад мы совместно с Иркутским Политехническим Университетом (ИРНИТУ) и Институтом Фаворского (ФИЦ ИрИХ СО РАН) начали работу над созданием платформы, где было бы удобно:
— вести совместную работу над исследовательскими проектами,
— анализировать и хранить данные,
— работать со складом реактивов,
— автоматически подтягивать сведения о молекулах.
Результатом стал электронный лабжурнал (он же ELN, или LIMS), который плотно интегрирован с основными базами данных OdanChem — https://lab.odanchem.org/.
Ключевые фишки, которые делают его удобным:
1) Легкое создание склада реактивов. Вы вводите CAS-номер или структуру и указываете, где лежит банка реактива. Система автоматически подгружает все данные по безопасности, физические свойства, и даже ЯМР спектры данной молекулы.
2) Совместная работа над проектами. Все ваши эксперименты хранятся в унифицированном формате, можно без проблем найти записи о том, что делал ваш коллега 3 года назад, даже если он уже уволился. Можно гибко настраивать уровни доступа к проекту, приглашать туда сотрудников.
3) Автоподтягивание свойств веществ. При создании реакции все доступные сведения о молекулах также автоматически подгрузятся и будут учтены в расчетах (например, плотность).
4) Автоматический контроль соответствия ЯМР спектров структуре. Когда вы выделили какую-то молекулу, зарегистрировали для неё спектры, их можно внести в соответствующее поле в журнале. Система проверит его на наличие ошибок, соответствие предполагаемой структуре и сравнит его с литературными данными (если они есть). Если соответствие найдено, будет приведена ссылка на литературный источник.
При совпадении будет приведена ссылка на источник. Если обнаружена ошибка — вы получите комментарий с её описанием.
5) и многое другое. Всё в один пост точно не поместится, будем постепенно публиковать описание возможностей данного журнала.
И заодно приветствуем предложения, чего ещё вам хотелось бы в нём увидеть.
Бесплатная версия системы доступна онлайн:
👉 https://lab.odanchem.org/
Можно начинать работать уже сейчас. Данные регулярно бэкапятся и шифруются, вероятность их потери минимальна. К примеру, почему бы преподавателям практикумов по органике не попробовать вести свой практикум здесь? Студентам удобно вести записи, а потом их легко проверять. Автосверка ЯМР со структурой будет бонусом, но автовыдачу люлей за плохое описание спектра пока не прикрутили.
Если у вас что-то работает неидеально, то скажите нам — ваши замечания и идеи реально учитываются и внедряются.
Все вопросы, баги и предложения — в чат техподдержки или на support@odanchem.org.
Если же вы хотите оффлайн версию — она тоже доступна, но это всё обговаривается индивидуально, т.к. у каждого свои особенности локальной сети в организации. Пишите нам, если заинтересованы.
Коллеги, у нас важный релиз, о котором давно пора рассказать.
OdanChem постепенно расширяется, в нем появляются новые подсистемы, и сегодня мы всем представляем электронный лабораторный журнал.
Чуть меньше года назад мы совместно с Иркутским Политехническим Университетом (ИРНИТУ) и Институтом Фаворского (ФИЦ ИрИХ СО РАН) начали работу над созданием платформы, где было бы удобно:
— вести совместную работу над исследовательскими проектами,
— анализировать и хранить данные,
— работать со складом реактивов,
— автоматически подтягивать сведения о молекулах.
Результатом стал электронный лабжурнал (он же ELN, или LIMS), который плотно интегрирован с основными базами данных OdanChem — https://lab.odanchem.org/.
Ключевые фишки, которые делают его удобным:
1) Легкое создание склада реактивов. Вы вводите CAS-номер или структуру и указываете, где лежит банка реактива. Система автоматически подгружает все данные по безопасности, физические свойства, и даже ЯМР спектры данной молекулы.
2) Совместная работа над проектами. Все ваши эксперименты хранятся в унифицированном формате, можно без проблем найти записи о том, что делал ваш коллега 3 года назад, даже если он уже уволился. Можно гибко настраивать уровни доступа к проекту, приглашать туда сотрудников.
3) Автоподтягивание свойств веществ. При создании реакции все доступные сведения о молекулах также автоматически подгрузятся и будут учтены в расчетах (например, плотность).
4) Автоматический контроль соответствия ЯМР спектров структуре. Когда вы выделили какую-то молекулу, зарегистрировали для неё спектры, их можно внести в соответствующее поле в журнале. Система проверит его на наличие ошибок, соответствие предполагаемой структуре и сравнит его с литературными данными (если они есть). Если соответствие найдено, будет приведена ссылка на литературный источник.
При совпадении будет приведена ссылка на источник. Если обнаружена ошибка — вы получите комментарий с её описанием.
5) и многое другое. Всё в один пост точно не поместится, будем постепенно публиковать описание возможностей данного журнала.
И заодно приветствуем предложения, чего ещё вам хотелось бы в нём увидеть.
Бесплатная версия системы доступна онлайн:
👉 https://lab.odanchem.org/
Можно начинать работать уже сейчас. Данные регулярно бэкапятся и шифруются, вероятность их потери минимальна. К примеру, почему бы преподавателям практикумов по органике не попробовать вести свой практикум здесь? Студентам удобно вести записи, а потом их легко проверять. Автосверка ЯМР со структурой будет бонусом
Если у вас что-то работает неидеально, то скажите нам — ваши замечания и идеи реально учитываются и внедряются.
Все вопросы, баги и предложения — в чат техподдержки или на support@odanchem.org.
Если же вы хотите оффлайн версию — она тоже доступна, но это всё обговаривается индивидуально, т.к. у каждого свои особенности локальной сети в организации. Пишите нам, если заинтересованы.
🔥39❤16👍11🎉7👀3
О важности самопроверки
Данный пост, в первую очередь, написан для студентов, так как старшие и так все это(надеюсь) понимают. Однако мы рассмотрим и как эту самую самопроверку можно автоматизировать через OdanChem.
Примерно все, чья работа связана с органическим синтезом, сталкиваются с необходимостью описать свои результаты. Ключевой вопрос — как доказать, что вы синтезировали то, что заявляете? Довольно часто стандартной практикой является подход "джентльменам в нашем клубе верят на слово". Если вы утверждаете, что вы что-то сделали, и при этом приводите что-то, что напоминает доказательства этого, то по умолчанию вам верят. А проверить ваши доказательства — это задача рецензентов. При этом, естественно, предполагается, что ваш авторский коллектив все тщательно проверил перед отправкой работы, так как качество ваших данных — это ваша репутация.
Что может быть адекватным доказательством структуры синтезированной вами молекулы?
1) X-Ray. Самый надежный метод, но в органике редко когда реализуется массово. Пока что это не рутинный метод.
2) Если вещество уже ранее кем-то было описано, то достаточно зарегистрировать хотя бы два спектра разного типа (как правило, ¹Н и ¹³С ЯМР), сравнить их с описанием от коллег, сослаться на них, и написать кодовую фразу "Спектр соответствует литературному [ссылка]".
3) Если вещество новое — нужно вдобавок к ¹Н и ¹³С ЯМР зарегистрировать что-то, что докажет элементный состав. Это элементный анализ или HRMS.
Помимо структуры важно доказывать чистоту. И это более сложный и реже полноценно проверяемый параметр. Полноценное доказательство чистоты — это совпадение физических свойств вашего вещества с литературными. Например, соответствие температуры плавления/кипения или показателя преломления. Кроме того, чистоту можно подтвердить результатами элементного анализа или ВЭЖХ. А в ЯМР не должно быть лишних сигналов.
Но здесь возникает серия проблем:
1) У рецензента часто нет времени детально изучать ваши спектры. Это, как правило, профессор, который изучит статью, но детально перепроверять спектральные данные он не будет.
2) Corresponding Author вашей статьи, очевидно, уделит этой работе гораздо больше внимания, но сверять положения химических сдвигов будет в достаточно редких случаях. Он, естественно, объяснит как должно быть, но сделать все хорошо — задача исполнителя)
3) Исполнитель, по идее, должен аккуратно вычитать все спектры, проверить, что в каждом ЯМР спектре нужное число сигналов, они обладают нужной интенсивностью и мультиплетностью. Что найденное в HRMS m/z адекватно соответствует предполагаемому составу, что в спектрах нет "подлеска" сигналов, а еще, что спектр реально сходится с описанным в литературе.
К сожалению, адекватная проверка происходит не всегда. Все три уровня контроля периодически игнорируют необходимость проверки, и, в результате, в литературе публикуются ложные данные. Вплоть до того, что авторы заявляют один продукт, а на самом деле они выделили исходник.
Мы же предлагаем вам на сегодняшний момент 2 инструмента для автоматизации. А в ближайшее время порадуем и другими.
Сейчас вы можете воспользоваться:
1) Поиск по ¹³С ЯМР. Как мы писали ранее, поиск по ¹Н ЯМР часто неточный. Но, если у вас не новая молекула, вы зарегистрировали ¹³С ЯМР спектр, описали его, ввели описание в Spectrum Search, и у вас нашлась ваша молекула, то все хорошо, и ссылаться надо на ту публикацию, в которой был описан найденный спектр. Такой подход гарантирует, что положения сигналов в спектрах действительно соответствуют друг другу.
2) Встроенная в OdanLab автопроверка ЯМР в инвентаре и экспериментах. Она делает полноценную проверку того, насколько ваша молекула соответствует вашему спектру, сверяет с литературой, показывает ошибки в мультиплетностях, интенсивностях и положениях сигналов. Как это работает — показано на видео, а позже будет подробный пост.
Еще в ближайшее время у нас появится полноценная система для автопроверки Supporting Information, работающая по схеме: загрузи .pdf → получи отчет о проверке. Так сказать, не переключайтесь. Анонс будет тут!
Данный пост, в первую очередь, написан для студентов, так как старшие и так все это
Примерно все, чья работа связана с органическим синтезом, сталкиваются с необходимостью описать свои результаты. Ключевой вопрос — как доказать, что вы синтезировали то, что заявляете? Довольно часто стандартной практикой является подход "джентльменам в нашем клубе верят на слово". Если вы утверждаете, что вы что-то сделали, и при этом приводите что-то, что напоминает доказательства этого, то по умолчанию вам верят. А проверить ваши доказательства — это задача рецензентов. При этом, естественно, предполагается, что ваш авторский коллектив все тщательно проверил перед отправкой работы, так как качество ваших данных — это ваша репутация.
Что может быть адекватным доказательством структуры синтезированной вами молекулы?
1) X-Ray. Самый надежный метод, но в органике редко когда реализуется массово. Пока что это не рутинный метод.
2) Если вещество уже ранее кем-то было описано, то достаточно зарегистрировать хотя бы два спектра разного типа (как правило, ¹Н и ¹³С ЯМР), сравнить их с описанием от коллег, сослаться на них, и написать кодовую фразу "Спектр соответствует литературному [ссылка]".
3) Если вещество новое — нужно вдобавок к ¹Н и ¹³С ЯМР зарегистрировать что-то, что докажет элементный состав. Это элементный анализ или HRMS.
Помимо структуры важно доказывать чистоту. И это более сложный и реже полноценно проверяемый параметр. Полноценное доказательство чистоты — это совпадение физических свойств вашего вещества с литературными. Например, соответствие температуры плавления/кипения или показателя преломления. Кроме того, чистоту можно подтвердить результатами элементного анализа или ВЭЖХ. А в ЯМР не должно быть лишних сигналов.
Но здесь возникает серия проблем:
1) У рецензента часто нет времени детально изучать ваши спектры. Это, как правило, профессор, который изучит статью, но детально перепроверять спектральные данные он не будет.
2) Corresponding Author вашей статьи, очевидно, уделит этой работе гораздо больше внимания, но сверять положения химических сдвигов будет в достаточно редких случаях. Он, естественно, объяснит как должно быть, но сделать все хорошо — задача исполнителя)
3) Исполнитель, по идее, должен аккуратно вычитать все спектры, проверить, что в каждом ЯМР спектре нужное число сигналов, они обладают нужной интенсивностью и мультиплетностью. Что найденное в HRMS m/z адекватно соответствует предполагаемому составу, что в спектрах нет "подлеска" сигналов, а еще, что спектр реально сходится с описанным в литературе.
К сожалению, адекватная проверка происходит не всегда. Все три уровня контроля периодически игнорируют необходимость проверки, и, в результате, в литературе публикуются ложные данные. Вплоть до того, что авторы заявляют один продукт, а на самом деле они выделили исходник.
Мы же предлагаем вам на сегодняшний момент 2 инструмента для автоматизации. А в ближайшее время порадуем и другими.
Сейчас вы можете воспользоваться:
1) Поиск по ¹³С ЯМР. Как мы писали ранее, поиск по ¹Н ЯМР часто неточный. Но, если у вас не новая молекула, вы зарегистрировали ¹³С ЯМР спектр, описали его, ввели описание в Spectrum Search, и у вас нашлась ваша молекула, то все хорошо, и ссылаться надо на ту публикацию, в которой был описан найденный спектр. Такой подход гарантирует, что положения сигналов в спектрах действительно соответствуют друг другу.
2) Встроенная в OdanLab автопроверка ЯМР в инвентаре и экспериментах. Она делает полноценную проверку того, насколько ваша молекула соответствует вашему спектру, сверяет с литературой, показывает ошибки в мультиплетностях, интенсивностях и положениях сигналов. Как это работает — показано на видео, а позже будет подробный пост.
Еще в ближайшее время у нас появится полноценная система для автопроверки Supporting Information, работающая по схеме: загрузи .pdf → получи отчет о проверке. Так сказать, не переключайтесь. Анонс будет тут!
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🔥14👍8🏆4❤2
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#пост_по_регламенту
Итак, продолжаем выкладывать трудолюбиво собранные нашим Зоопарком папки, которые, как нам кажется, уже более или менее готовы. Если кто еще хочет в них добавиться - пишите в ЛС нашего Зоопарка или в комменты (но не затягивайте, максимум в течение пары часов, иначе для вас полностью теряется смысл).
Встречайте, смотрите, выбирайте на свой вкус и добавляйтесь!
Сегодня у нас их сразу четыре:
Физика (12 каналов)
Химия (25 каналов)
Инженеры-технари (11 каналов) и
"Научно-общеполезное" (19 каналов)
Как и раньше, собираем отдельно "мегапапку" - самые крупные, избранные каналы о науке и образовании (или просто особо понравившиеся нам). Она выйдет малость попозже.
Итак, продолжаем выкладывать трудолюбиво собранные нашим Зоопарком папки, которые, как нам кажется, уже более или менее готовы. Если кто еще хочет в них добавиться - пишите в ЛС нашего Зоопарка или в комменты (но не затягивайте, максимум в течение пары часов, иначе для вас полностью теряется смысл).
Встречайте, смотрите, выбирайте на свой вкус и добавляйтесь!
Сегодня у нас их сразу четыре:
Физика (12 каналов)
Химия (25 каналов)
Инженеры-технари (11 каналов) и
"Научно-общеполезное" (19 каналов)
Как и раньше, собираем отдельно "мегапапку" - самые крупные, избранные каналы о науке и образовании (или просто особо понравившиеся нам). Она выйдет малость попозже.
Telegram
phys feb 26
Смотритель Зоопарка invites you to add the folder “phys feb 26”, which includes 13 chats.
👍5
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Обновление OdanChem
#odanchem
Коллеги, всех приветствуем. С момента прошлого поста сообщество подписчиков заметно выросло. Кратко скажу, что в данном канале мы публикуем различные заметки про работу с OdanChem, в том числе ключевые возможности, облегчающие жизнь простого химика-синтетика в рутинной работе. Оглавление канала и ключевые статьи — в закрепленном посте. Например, можно почитать про то, как работает поиск по спектру ЯМР или про пересечение поисков, позволяющее в полуавтоматическом режиме расшифровывать состав реакционных смесей. Ну а сегодня — небольшой пост про обновление нашей системы.
Всем понятно, что в OdanChem есть какое-то количество искусственного интеллекта. Но при этом он сидит где-то в глубине и особо не отсвечивает наружу. Мы очень ратуем за использование проверенных экспериментальных данных, которые вы можете у нас найти. ИИ — это хороший и мощный инструмент, но эксперимент надежнее.
Сейчас мы дали выглянуть наружу двум ИИ-инструментам, которые у нас есть: распознавание структуры молекулы по картинке и помощник в расшифровке ЯМР спектров.
Думаю, все неоднократно сталкивались с тем, что в статье есть какая-то молекула, вам она нужна в ChemDraw и приходится ее перерисовывать. Или хочется быстро найти молекулу в OdanChem или где-то еще, она также есть в pdf, названия по IUPAC под рукой нет, и снова тратим время на перерисовку. Теперь с нашей помощью этого можно избежать. Мы подключили OCR систему в нашем самом используемом разделе — Compound Search.
Как этим воспользоваться?
Во-первых, вам надо зарегистрироваться. Без этого данная возможность недоступна. Далее открываете страницу поиска, делаете скриншот нужной вам молекулы, нажимаете ctrl+V в строку поиска, нажимаете Enter, и получаете вашу молекулу в Ketcher.
Можно закинуть изображение всего substrate scope из статьи, тоже работает (но дольше). Как и всегда, увы, есть ограничения. Наш OCR не распознает сложную металлоорганику или какие-то нестандартно изображенные циклы с перекрещивающимися связями. Также есть проблема с группами в структуре молекулы, повторяющимися в скобках (например, -(CH₂)₅-). Но стандартную четко нарисованную органику распознает очень адекватно.
Ну а про расшифровку ЯМР расскажем в следующий раз)
#odanchem
Коллеги, всех приветствуем. С момента прошлого поста сообщество подписчиков заметно выросло. Кратко скажу, что в данном канале мы публикуем различные заметки про работу с OdanChem, в том числе ключевые возможности, облегчающие жизнь простого химика-синтетика в рутинной работе. Оглавление канала и ключевые статьи — в закрепленном посте. Например, можно почитать про то, как работает поиск по спектру ЯМР или про пересечение поисков, позволяющее в полуавтоматическом режиме расшифровывать состав реакционных смесей. Ну а сегодня — небольшой пост про обновление нашей системы.
Всем понятно, что в OdanChem есть какое-то количество искусственного интеллекта. Но при этом он сидит где-то в глубине и особо не отсвечивает наружу. Мы очень ратуем за использование проверенных экспериментальных данных, которые вы можете у нас найти. ИИ — это хороший и мощный инструмент, но эксперимент надежнее.
Сейчас мы дали выглянуть наружу двум ИИ-инструментам, которые у нас есть: распознавание структуры молекулы по картинке и помощник в расшифровке ЯМР спектров.
Думаю, все неоднократно сталкивались с тем, что в статье есть какая-то молекула, вам она нужна в ChemDraw и приходится ее перерисовывать. Или хочется быстро найти молекулу в OdanChem или где-то еще, она также есть в pdf, названия по IUPAC под рукой нет, и снова тратим время на перерисовку. Теперь с нашей помощью этого можно избежать. Мы подключили OCR систему в нашем самом используемом разделе — Compound Search.
Как этим воспользоваться?
Во-первых, вам надо зарегистрироваться. Без этого данная возможность недоступна. Далее открываете страницу поиска, делаете скриншот нужной вам молекулы, нажимаете ctrl+V в строку поиска, нажимаете Enter, и получаете вашу молекулу в Ketcher.
Можно закинуть изображение всего substrate scope из статьи, тоже работает (но дольше). Как и всегда, увы, есть ограничения. Наш OCR не распознает сложную металлоорганику или какие-то нестандартно изображенные циклы с перекрещивающимися связями. Также есть проблема с группами в структуре молекулы, повторяющимися в скобках (например, -(CH₂)₅-). Но стандартную четко нарисованную органику распознает очень адекватно.
Ну а про расшифровку ЯМР расскажем в следующий раз)
👍22🔥7👏3
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
На странице ВК Sci-Hub появилось важное и интересное объявление: теперь там есть ИИ.
Как пишет Саша Элбакян, да продлит Всевышний ее годы, там появилось две функции, которые она призывает всячески потестить (и это очень, очень круто):
Присоединяйтесь к тестированию, мы щас тоже обязательно попробуем.
P.S. Саше - низкий поклон
На странице ВК Sci-Hub появилось важное и интересное объявление: теперь там есть ИИ.
Как пишет Саша Элбакян, да продлит Всевышний ее годы, там появилось две функции, которые она призывает всячески потестить (и это очень, очень круто):
Первая - это семантический поиск, то есть подбор статей по смыслу запроса. Теперь можно ввести в окошко Sci-Hub запрос по своей тематике и получить в ответ подборку статей из базы. Причем запрос можно делать на любом языке — мультиязыковая модель EmbeddingGemma найдет статьи в базе по смыслу сказанного. Всего проиндексировано около 51 миллионов абстрактов — это меньше, чем полная коллекция, потому что не для всех статей удалось получить абстракт (а в некоторых случаях он отсутствует вовсе) но так или иначе индекс будет пополняться.
А вот вторая функция появилась буквально на днях, и это бот Sci-Bot, который умеет составлять мини-обзоры по научным темам. Бот по Вашему запросу ищет статьи в базе Sci-Hub, читает их полные тексты, и компонует их в краткий научно обоснованный ответ. И в отличие от других чат-ботов, Вы получаете не просто ответ со ссылками на литературу, но каждая ссылка здесь кликабельна — можно просто нажать и статья откроется в базе Sci-Hub. В то время как другие чат-боты ограничены требованиями так называемых правообладателей, Sci-Hub преодолевает эти ограничения!
Хотя конечно, свои ограничения у этого чат-бота тоже есть: поиск ведется по базе Sci-Hub, а она последние несколько лет обновлялась с перебоями. Но этот недостаток будет устраняться. Главное сейчас, что сама концепция работает — робот ищет и читает статьи в библиотеке Sci-Hub, и отвечает на вопросы.
Присоединяйтесь к тестированию, мы щас тоже обязательно попробуем.
P.S. Саше - низкий поклон
VK
Sci-Hub | Открытый доступ к научной информации. Пост со стены.
Искусственный интеллект теперь и на Sci-Hub !
Ура! Наконец-то получилось реализовать давнюю м... Смотрите полностью ВКонтакте.
Ура! Наконец-то получилось реализовать давнюю м... Смотрите полностью ВКонтакте.
❤10🔥5