Насчет датасетов - набор датасетов для демонстраций ML на химии.

К сожалению, есть нюанс - все датасеты очень простые. Но именно для иллюстрации - почему бы и нет

#ScientificML #chemistry #datasets

Так же стоит отметить ициативу DeepChem, которые автоматизируют обучение на химических веществах.

GitHub

Там много неликвида или упрощенных схем, которые часто не будут работать, но как пример, что в принципе можно делать - они подходят.

#ScientificML #chemistry

Wasserstein WGAN-GP для генерации молекул. Опять же, датасет используется довольно бесмысленный, но можем адаптировать этот пример с tensorflow на pytorch.
Ну и взять что-нить хоть чуть осмысленнее, типа ингибиторов киназ

#ScientificML #chemistry #graph #GAN

Туториал + Colab по DeepChem от Weights & Biases

#ScientificML #chemistry #tutorial

Тэги доступные в канале на данный момент:
#alphafold2, #astronomy, #audio, #augmentation, #automl, #bayes, #biology, #botany, #captioning, #categorical, #chemistry, #classification, #clip, #cnn, #code, #community, #competition, #compression, #conference, #contrastivelearning, #course, #datasets, #debugging, #demo, #depth, #detection, #diffusion, #dilation, #dimensionality, #distillation, #earthscience, #economics, #explainability, #gan, #generative, #geometric, #gnn, #gpt, #gpu, #graph, #hardware, #holdontoyoirpapers, #image2text, #images, #inference, #joke, #julia, #jupyterlab, #jupyterlite, #labeling, #latex, #lnl, #medicine, #metrics, #mlp, #money, #multimodal, #nas, #news, #nlp, #noise, #novelviews, #optimizer, #outliers, #physics, #presentation, #python, #resnet, #resources, #rl, #rnn, #rocauc, #science, #scientificml, #segmentation, #SSL, #XAI, #separation, #sequences, #signal, #social, #sound, #speech, #styletransfer, #superresolution, #tabular, #text2image, #theory, #torrent, #training, #transformer, #translate, #tutorial, #twominutespapers, #video, #visualization, #waveforms, #гумунитарии, #дьяконов, #книги, #отборочные

Статья про предсказание энергии молекулы нейросетью.

В принципе - работает. Зачем нужно - в молдинамике часть расчетов опирается на энергию, которую и пытается предсказать нейросеть. Предсказания можно засовывать вместо времязатратных алгоритмов и за счет этого ускорять работу молдинамики.

У нейросети очень простая архитектура - предобработанные признаки кормятся в многослойный персептрон. Единственная выгода по сравнению с обычным бустингом - можно дообучить на интересующий вас класс веществ.

Почему-то авторы до сих пор не пытаются делать GNN - учитывая простоту действа, по-видимому, что-то тривиальное из графовых нейронок не работает лучше. Вполне возможно, ибо признаки хитроватые и придуманные не из головы, а на основе подходов до этого.

Статья

#ScientificML #chemistry #MLP