Первый Большой фестиваль мультфильмов вырос из проекта «Мультфильмы по выходным», который показал большой интерес публики к авторской анимации. Поэтому фестиваль сразу задумывался прежде всего для зрителей. В программу вошли двенадцать тематических разделов и около сорока подборок: детские сеансы разделили по возрастам, с новыми российскими фильмами показывали победителей крупнейших международных фестивалей, студенческую и архивную анимацию. Уже в первый год появились направления, которые затем стали постоянными для БФМ: программа «Имена», ретроспективы студий и режиссёров, встречи с авторами и мастер-классы.

Второй БФМ стал значительно крупнее: за шестнадцать дней на двенадцати площадках показали более трёхсот короткометражных и шесть полнометражных фильмов из двадцати стран. Сохранилась структура первого фестиваля — «Премьеры», «Победители», «Имена», «Школы», «Страны» и «Архив», — но в программе стало больше стран-участниц. Главной страной была Эстония: Прийт Пярн представил мировую премьеру нового фильма, полную ретроспективу и программу своих учеников, а в галерее на Солянке прошла выставка рисунков и кукол студии Nukufilm. Победителей фестиваля выбирали сами зрители: после показов они заполняли анкеты и голосовали за лучший детский фильм, лучший фильм программы «Премьеры» и три лучших фильма программы «Победители».