Молбиол, биоинформатика, life science
6.23K subscribers
255 photos
4 videos
264 files
826 links
Статьи, лекции, учебники, пособия, протоколы, софт, вакансии, инф-ция о различных мероприятиях (конференции, воркшопы, школы). По всем вопросам (в т.ч. рекламе) обращаться: @lopatushka. Чат канала: https://t.me/molbiolrf_chat
Download Telegram
casdrop.pdf
7.9 MB
В продолжении темы о связи процесса транскрипции со структурой хроматина и сепарацией фаз прикрепляю статью про механические свойства хроматина.

Если кратко, то авторы статьи:
1. исследовали роль белков с неупорядоченной структурой (Intrinsically disordered regions, IDR) в сепарации фаз
2. разработали элегантную систему CasDrop на основе CRISPR/Cas9 для изучения сепарации фаз в интересующем месте генома
3. предложили модель "хроматинового фильтра" для объяснения различий в уровне транскрипции между эу- и гетерохроматином

#статья #мокрая_биология
🔥8
МФТИ открывает прием заявок на обучение в онлайн-магистратуре «Индустриальная биоинформатика».

Какие амбициозные цели вас вдохновляют? Победа над «неизлечимыми» болезнями, расшифровка геномов или, может быть, замедление механизмов старения? Чтобы внести свой вклад в их достижение, вам не обойтись без знаний в биологии, химии и программировании. Для тех, кто планирует развиваться в этом направлении, мы стираем географические границы и запускаем полностью дистанционную магистратуру по биоинформатике. Приглашаем присоединиться к команде потока, чтобы научиться решать задачи в области биологии и медицины с помощью инструментов Data Science и машинного обучения.

Почему стоит выбрать онлайн-магистратуру?

✔️>15 флагманских дисциплин, необходимых биоинформатику, включая работу с омиксными технологиями и машинное обучение;
✔️Полностью дистанционный формат - учитесь в вузе из любой точки мира;
✔️ Возможность совмещать учебу и работу;
✔️ Диплом одного из TOP-100 вузов мира по математике, программированию и естественным наукам;
✔️ Поддержка в трудоустройстве - наши выпускники работают в Институте цитологии РАН, BIOCAD,QUANTORY, ATLAS Development, Oncobox, Петровакс и других организациях отрасли;
✔️ Отсрочка от армии и все бонусы учебы в университете;
✔️ Возможность пройти отбор в одну из 22 лабораторий Физтех-школы биологической и медицинской физики МФТИ;
✔️ Оплата программы с поддержкой от Минобразования РФ - стоимость от 240 рублей в месяц.

Чтобы подать предварительную заявку, оставьте свои контакты в любой форме на сайте онлайн-магистратуры.

🌐 Сайт онлайн-магистратуры
💬 Telegram-канал программы - по всем вопросам.

#учеба
🔥5👍2🤯1
Напоминаем про стрим обработки данных в R!

16 июня в 19:00 старший преподаватель НИУ ВШЭ Иван Поздняков и иммунолог, аспирант Сколтеха Валерия Крюкова в режиме реального времени проанализируют биологические данные до итоговой визуализации и выводов.

Записаться можно в гугл-форме
👍11
2021_Book_NeuronalCellCulture.pdf
6.2 MB
🧬 Пособие про нейрональные клеточные культуры

#пособие #мокрая_биология
6
База данных эукариотических промоторов: https://epd.epfl.ch//index.php

#биоинформатика
12
Forwarded from George Romanovskiy
В Лаборатории геномной инженерии МФТИ открыто 3 позиции для аспирантов!

Лаборатория занимается прикладными исследованиями и разработками в области биомедицинских технологий на основе редактирования генома — той самой системы CRISPR-CAS — в т.ч. созданием собственных систем доставки, а также генетических терапий наследственных заболеваний человека и вакцинных препаратов. Аспиранты лаборатории будут непосредственно интегрированы в R&D проекты, в рамках которых каждому из них доверят свою обособленную часть работы.

Руководитель лаборатории — Павел Волчков, руководитель Центра живых систем МФТИ и Института персонализированной медицины ФГБУ "НМИЦ эндокринологии" Минздрава РФ, в прошлом работал в Harvard Medical School и University of Chicago. Аспиранты будут работать под руководством непосредственно заведующего лабораторией, а также постдока, ведущего R&D проект, в рамках которого будет проходить диссертационное исследование.

Чтобы подать заявку, необходимо подготовить CV, мотивационное письмо, заполнить анкету и пройти тест на знание теории. Дедлайн подачи заявки в лабораторию — 10 июля.

По результатам тестирования, вас пригласят на собеседование и стажировку по итогам которой вы сможете определиться с проектом будущей диссертации.
Подробно об аспирантуре в лаборатории: http://glab.mipt.ru/phd2022
Сайт лаборатории: http://glab.mipt.ru/
Подать заявку: https://forms.gle/6ehKvGN2SeYhqdtm7
👍6🔥3
Forwarded from Институт AIRI
Исследователи AIRI обучили нейросетевую модель на самой полной на сегодняшний день сборке генома человека 🧬

Модель GENA_LM, выложена в open source и доступна биологам по всему миру. В данный момент в мире уже представлен набор достаточно хороших моделей для последовательностей белков (например, ESM), но для последовательностей ДНК публично доступна только разработанная коллективом ученых из США модель DNABERT.

GENA_LM – первая в мире языковая модель ДНК, обученная на самой полной версии генома человека (T2T-CHM13), которая была опубликована в конце марта 2022 года. Она может обрабатывать последовательности в 6 раз длиннее, чем DNABERT.

Опубликованная модель – это первый шаг исследования. Впереди эксперименты по применению трансформерных архитектур с памятью, которые позволят увеличить размер входной последовательности ещё в несколько раз.

Репозитории с моделью GENA_LM:
👾 Hugging Face
👾 GitHub
🔥3👍1
Forwarded from Next Generation Medicine
🔥🔥🔥
Друзья, напоминаем!

Сегодня последний день приема заявок на Московский воркшоп по перспективам генной и клеточной терапии! В программе много классных лекций о реальных кейсах разработки терапий, прямое общение с тимлидами, постдоками и руководителями исследовательских центров, а главное — мокрый практикум по основам молекулярного клонированию!

📍 — Кампус МФТИ в Долгопрудном.
📆 — 15-28 августа
👀 — Очно

Спешите! До закрытия приема заявок осталось 12 часов.

🔥 Кстати, по итогам воркшопа самых сильных участников могут пригласить на стажировку в лабораторию геномной инженерии МФТИ.

Регистрация и подробности: https://gnct.endocrincentr.ru
👍8
Eukaryotic core promoters.pdf
2.4 MB
🧬Хороший обзор про инициацию транскрипции у эукариот.

#статья
👍10👎1
Обещанные подробности про вебинар!

Что: Вебинар-стрим обработки данных РНК-секвенирования.

Когда: 12 июля в 19:00 по московскому времени.

Спикер: Александр Ткаченко, сотрудник лаборатории Геномного разнообразия ИТМО и лаборатории геномной биоинформатики НИИ АГиР им. Отта.

В программе:

— контроль качества ридов (FastQC, multiqc);
— тримминг ридов (trimmomatic или что-то аналогичное);
— подсчет количества ридов (kallisto);
— дифференциальная экспрессия при помощи DESeq2;
— обогащение путей при помощи clusterProfiler;
— ответы на вопросы зрителей!

А также розыгрыш скидок 50% и 90% и плюшки для интересующихся курсом «Анализ NGS-данных»!

Записаться на вебинар и розыгрыш можно здесь!
👍3
❗️🧬 Успей подать документы на магистерскую программу от BIOCAD и НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург по вычислительной биологии и биоинформатике! Прием документов открыт до 26 июля!

📍Что мы предлагаем:

🔸 6 бюджетных мест + до 10 коммерческих мест, обучение на которых оплачивает биотехнологическая компания BIOCAD.
🔸 Возможность получения ежемесячной стипендии до 12 тысяч рублей.
🔸 Предоставление вузом общежития для иногородних студентов (с возможной компенсацией стоимости проживания от компании).

В программе предусмотрены базовые предметы от преподавателей Вышки, специальные курсы от сотрудников BIOCAD и выполнение научно-исследовательской работы. После окончания программы вы сможете быстро влиться в рабочий процесс биоинформатиков, так как в программу интегрировано много реальных примеров и практических кейсов.

📌 Подробная информация о магистратуре и программе обучения здесь.

Все вопросы можно задать в чате программы.
6👍1😈1
‼️ПОСТУПАЮЩИМ В АСПИРАНТУРУ

Ведущий научный центр страны в области биотехнологий продолжает прием документов для обучения в аспирантуре на 2022-2023 учебный год (бюджетные места).

ФИЦ Биотехнологии РАН специализируется на исследованиях в области промышленной биотехнологии и зеленой химии, биоинженерии и микробиологии, агробиотехнологии и биогеотехнологии.

Прием в аспирантуру ФИЦ Биотехнологии РАН проводится по научным специальностям:

- Молекулярная биология
- Биохимия
- Биотехнология
- Математическая биология, биоинформатика
- Микробиология

Для поступления необходимо иметь диплом магистра или специалиста, сдать вступительные экзамены.

📌 Основные даты:

🔸Прием документов: до 19 августа
🔸Экзамены: с 22 августа по 8 сентября
🔸Зачисление: 9 сентября

📍Подробная информация, список необходимых документов и условия поступления в аспирантуру ФИЦ Биотехнологии РАН представлены на сайте Центра.

#карьера #учеба
👍6
Forwarded from Мария
Открыт набор на второй поток практического курса PCR.NEWS

Введение в технологии NGS. Работа с данными секвенирования

Даты проведения: с 19 сентября — 24 сентября 2022 года
Формат: очно (Москва) / онлайн

Под руководством опытных преподавателей вы будете работать в командной строке Linux и Rstudio, взаимодействовать с сервисами и базами данных для поиска и анализа результатов секвенирования

По окончании курса вы сможете самостоятельно:

🔸собирать геном из «сырых» данных секвенирования
🔹аннотировать точечные мутации и выявлять их фенотипические проявления
🔸идентифицировать сплайс-варианты
🔹работать с данными секвенирования РНК
🔸определять дифференциально экспрессируемые гены
🔹проводить статистический анализ экспрессии генов

Курс специально разработан для тех,кто не имеет большого опыта работы с данными секвенирования. Выдается удостоверение о переквалификации.

Успейте записаться на курс до 31 августа и получите скидку 20% при раннем бронировании

Регистрация на курс: https://biomedschool.ru
👍8
"Новая активность - соревнования." В дата сайнс комьюнити все знают, что один из лучших способов учиться дата сайнс - принимать участие в соревнованиях на Каггл. Мы открываем новый чат https://t.me/sberlogacompete - посвященный любым соревнованиям по дата сайнс, биоинформатике - добавляйтесь (если вам интересны соревнования или просто дата сайнс) ! А если вы биолог и ничего не знаете о ДС (и/или не хотите знать), то - все равно добавляйтесь 😀. И вот почему:

"Пет проект(ы). Написание статьи вместе с биологами." Предлагаем организовать "пет-проект(ы)" с возможным выходом - написание статьи совместно с биологами - вокруг нового соревнования на каггл - по биоинформатике и дата сайнс - анализ мультимодальных одноклеточных данных. (Например, подобно этой статье, где весь анализ сделан на Каггл, и в которой некоторые из нас участвовали). Данные соревнования - получены по самым современным технологиям, аналогов которых - мало. Их анализ (в перспективе), может дать лучшее понимание работы клеток, улучшение в разработке лекарств и т.д. Поэтому - биологи - welcome please !

Про Kaggle (блеск и ужас). Для тех, кто не в курсе, чем Каггл прекрасен (и чем ужасен): это площадка для ДС-соревнований, которая за 12 лет привлекала к себе уже сотни тысяч дата сайнтистов. Он прекрасен, тем, что люди постоянно делятся своими решениям, своим кодом, своими данными - вы можете смотреть, что делают другие, учиться у них, задавать вопросы, обсyждать. На Kаггл действует система поощрения - люди голосуют за код и обсуждения других, и есть звания: Каггл эксперт, мастер, грандмастер. Звание Каггл мастер/грандмастера (особенно в номинации "соревнования") ценится в дата сайнс комьюнити (во всем мире) и помогает найти хорошую работу. Но есть и "темная сторона": физкультура это хорошо, а вот профи-спорт это ... Если вы слишком сильно захотите "медалей" и званий Каггл - это другое - это спорт ради спорта . Это тяжелый труд 24*7, разочарования, постепенное понимание различных ньюансов именно соревновательного дата-сайнс, который не нужен нигде кроме соревнований и так далее. Посмотрите вот этот пост - и это так у большинства.

Что предлагается делать в рамках "пет-проекта(ов)"? Идея в том, чтобы взять "светлую" сторону Каггл, и обойти стороной "темную" сторону. Предлагается посмотреть эти данные, литературу, как минимум сделать бенчмарк известных методов и тех методов, которые предложат Кагглеры, попытаться понять насколько мы видим биологический эффект, а не батч эффект этого конкретного датасета (тут нужны биологи)... А как максимум - получить Нобелевскую премию (шутка 😀). Также организуем вебинары, журнальные клубы, обсуждения - будем делиться опытом. Если у кого будут получаться хорошие решения - они молодцы, но стремиться к золоту любой ценой - этого делать не стоит, намного полезнее (и проще) разобраться в каких-то научных вопросах связанных с этими данными и написать статью, чем тратить уйму времени на улучшение скора на бессмысленный 0.00....0001 процент, чтобы попасть в золото. Посмотрите более подробные посты тут: Каггл1, Каггл2, Каггл3. Первые доклады уже анонсированы - см. https://t.me/sberlogabig/142 - начнем с рассказа известного многим Каггл Грандмастера Андрея Лукьяненко - что такое Каггл и с чем его едят. )

Присоединяйтесь к https://t.me/sberlogacompete будет весело !
👍4🔥4
Хочешь знать всё о цифровом здравоохранении в России и за рубежом?

Подписывайся на канал @medicalksu!

В ленте канала — последние новости проектов по телемедицине, искусственному интеллекту и инновациях в фарме и медицине.

А ещё у канала есть чат, где общаются адепты цифрового здравоохранения.

Вступай в сообщество @medicalksu — будь в эпицентре событий!
👍3
🧬 Статья о том, как выбрать ПЦР амплификатор реального времени от ThermoFisher.

#мокрая_биология
👍4
Как не пропустить все самые важные новости из мира фармацевтики?

Инновации в фармацевтике — новостной канал о самых актуальных инновациях в фармацевтике и медицине, тренды по био- и нейротехнологиям!

Только на этом канале:

▪️ Самая свежая информация;
▪️ Последние новости индустрии, в том числе об импортозамещении;
▪️ Аналитика рынка инновационных разработок лекарств от ведущих экспертов

Будьте в курсе последних разработок в области фармацевтики.

Подписывайтесь на каналChemrarpharma
🧬💊 В BioinnLabs мы производим реагенты для ДНК- и РНКазной деконтаминации, культуральные среды, буферы, ламинарные шкафы, УФ-рециркуляторы и облучатели и многое другое.

А еще очень быстро (1 месяц) и с гарантией качества возим химические вещества и оборудование из Китая.

Мы предлагаем вам наше полное внимание, максимальную обратную связь и ощущение спокойствия и уверенности в поставках.

📍 Наш сайт: bioinnlabs.ru

📍Ответим на любые вопросы и поможем консультацией: mail@bioinn.ru или по телефону 8(800) 100 60 87 (бесплатно по РФ).

📍 Телеграм-канал: https://t.me/bioinnlabs, где вы найдете информацию о наших исследованиях, мастер-классах, а также, где вас ждут приятные сюрпризы и открытое общение (комментарии к постам - открытые).
👍5
livak2001.pdf
713.7 KB
🧬Подборка статей про ПЦР в реальном времени: основы ПЦР.

#мокрая_биология
#статья
👍13