Начинаем серию "учебных" лекций:
🚀 @SBERLOGABIG online lecture on bioinformatics:
👨‍🔬 Никита Котлов (BostonGene) «Введение в анализ данных bulk РНК секвенирования»
⌚️ Пятница 13 мая, 16.00 по Москве

Лекция про экспрессию генов. Будем много рисовать и анализировать данные на коленке.
Лекция больше всего подойдет биоинформатикам, которые анализируют данные bulk секвенирования в повседневной практике.

Обсудим следущие темы:
* Получение экспрессии генов от образца до значений
* Разные платформы
* Разные протоколы выделения рнк
* Способы квантификации экспрессии в RNAseq
* Батч эффект и что с ним делать
* Что вообще такое экспрессия генов из ткани
* Композиция клеток образца, опухолевое микроокружение
* Дифференциальная экспрессия и как интерпретировать ее результаты
И, если успеем, еще обсудим детекцию fusion транскриптов и сборку рецепторов T и B лимфоцитов

Лекцию проведет старший биоинформатик BostonGene Никита Котлов, @avkitex. Вакансия в группе Никиты: https://t.me/sberlogabio/27299

Если вы готовы прочесть учебные лекции - не стесняйтесь (даже если вы студент/аспирант, но готовы рассказать что-то интересное по биологии, ДС, МЛ, ИТ, ... ) - отметьтесь тут : https://t.me/sberlogabio/27126, а если готовы помочь с организацией тут: https://t.me/sberlogabio/27256

Ссылка на зум будет доступна на канале: https://t.me/sberlogabig перед началом доклада - подписывайтесь!

Отличный #обзор про репликацию и репарацию митохондриальной ДНК

20 Мая 2022 (Пятница) , 17:00-18:30 МСК #лекция "Клеточно-молекулярные механизмы обучения и памяти", лектор Павел Балабан: http://cnbr.skoltech.ru/openeducation/cellular_mechanisms_learningampmemory

Продолжаем серию учебных лекций:
🚀 @SBERLOGABIG online lecture:
👨‍🔬 Тимофей Рыко «Как писать код для Data и просто Science ХОРОШО? Общие принципы, Python и Jupyter Notebooks»
⌚️ Пятница 20 мая, 19.00 по Москве

Доклад ориентирован на начинающих, однако может быть полезен профи, особенно для тех, кто пришел из биологии. Как сделать код читаемым и зачем это делать? Какие есть подводные камни в Python? Как использовать преимущества Python и Jupyter разумно? Приходите, чтобы узнать ответы на эти и другие вопросы :)

Тимофей - создатель замечательного тг канала https://t.me/biology_logic - подписывайтесь.

Если вы готовы прочесть учебные лекции - не стесняйтесь (даже если вы студент/аспирант, но готовы рассказать что-то интересное по биологии, ДС, МЛ, ИТ, ... ) - отметьтесь тут : https://t.me/sberlogabio/27126, а если готовы помочь с организацией тут: https://t.me/sberlogabio/27256

Ссылка на зум будет доступна на канале: https://t.me/sberlogabig перед началом доклада - подписывайтесь!

Программа для статистической обработки результатов

Отличный #учебник про клеточный цикл от нашего подписчика.

1. #лекция про использование программы FlowJo для анализа данных проточной цитометрии: https://www.youtube.com/watch?v=Ux0S0g6-Fvs&t=1275s

2. краткое #пособие по работе с программой: https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2566672/Sales%20Documents/FlowJo%C2%AE_Basic_Tutorial_%C2%A92018.pdf

#мокрая_биология

🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨‍🔬 Aндрей Юрченко (Institute Gustave Roussy, Paris) «Ультрафиолетовый и эндогенный мутагенез в раках пациентов с нарушениями эксцизионной репарации нуклеотидов.»
⌚️ Четверг 26 мая, 17.00 по Москве

Редкий аутосомный синдром Xeroderma Pigmentosum (XP) характеризуется чрезвычайно повышенным риском развития рака кожи (в 1000 раз) и опухолей внутренних органов (в 34 раза). Механизмы соматического мутагенеза, ответственные за это увеличение до конца не изучены. Мы собрали уникальную коллекцию опухолей кожи (n=39) из пяти наиболее предрасположенных к раку подгрупп XP (XP-A/C/D/E/V) и раки внутренних органов у пациентов с XP-C (n=11). Полногеномное секвенирование и детальный биоинформатический анализ были использованы для характеристики их геномных мутационных ландшафтов по сравнению со спорадическими раками. Исследование выявило новые детали биологических механизмов эндогенного и УФ-индуцированного мутагенеза в опухолях человека.

https://www.nature.com/articles/s41467-020-19633-9
https://ojrd.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13023-022-02203-1

Ссылка на зум будет доступна на канале: https://t.me/sberlogabig перед началом доклада - подписывайтесь!

#пособие по проточной цитометрии

Серия лекций по введению в light microscopy: https://www.youtube.com/watch?v=wCStzOl9lYU&list=PLJm35A24ZX_c7GZjDUVrW52ZjDQgPjmLs

#лекция #мокрая_биология

Учебник по основам световой микроскопии

#учебник #мокрая_биология

Лекция про компенсацию в проточной цитометрии: https://www.youtube.com/watch?v=M168W8BCA_c

Памятка про компенсацию: https://expert.cheekyscientist.com/guidelines-for-setting-compensation-controls-in-flow-cytometry-experiments/#:~:text=Autofluorescence%20is%20an%20inevitable%20component,populations%20used%20to%20calculate%20compensation.

#лекция #мокрая_биология

BioExcel is the leading European Centre of Excellence for Computational Biomolecular Research: https://bioexcel.eu/

Учебные материалы: https://www.youtube.com/c/BioExcelCoE

#биоинформатика

​​🌍Аспирантура в Институте им. Макса Планка (Германия)

Программа для аспирантов в области молекулярной биологии и смежных дисциплин гарантирует полную финансовую поддержку на всем протяжении выполнения научной работы (до 4-х лет). Есть возможность предоставления финансовой поддержки через трудовой договор. Требования к участникам: наличие степени магистра в области биологии, химии, физики, математики, информационных или инженерных наук и отличное знание английского языка.

⏰ Дедлайн: подавать заявку можно в любое время года, необходимо смотреть открытые вакансии.
▶️ Подробнее: https://bit.ly/3Mrek0G

15.06.22 Санкт-Петербург семинар "Биотех 2022" от компании Аламед.

В программе презентация расходных материалов и лабораторного оборудования, генно-клеточные технологии, получение мРНК и AAV-вакцин, разработка таргетных противоопухолевых препаратов.

#мокрая_биология #семинар

Где учиться?

Прийти в биоинформатику можно после одноименных факультетов в университете, а можно из смежных ественно-научных и точных направлений: биологии, фундаментальной медицины, химии, математики, программирования и т.п. Кто-то добирает нужные знания самостоятельно, а кто-то идёт на курсы. Кому-то важны сухие знания, отсутствие жестких дедлайнов и минимум финансовых затрат, а кому-то нужны комьюнити и внешний контроль.

На странице «Где учиться» мы собрали бакалаврские и магистерские программы, курсы и летние школы, чтобы любой желающий смог найти свой путь в биоинформатику. Там есть и наши курсы:) Но, конечно, никто не сможет вам назвать единственно верный маршрут к позиции биоинформатика. Остается только пробовать и искать своё.

Пользуясь случаем, ещё раз напомним, что завтра, 1 июня, последний день сниженной цены на курс «Статистика, R и анализ данных». На нем вы сможете разобраться в основах Data Science, обработать свои или учебные данные, а также обзавестись единомышленниками по биоинформатике. Программа и запись на курс здесь.

#бластим_спецпроект
#бластим_курсы

🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨‍🔬 Виктор Татарский (Институт Биологии Гена) "Клеточный цикл в норме и канцерогенезе"
⌚️ Пятница 3 июня, 19.00 по Москве

В лекции рассказывается про классические и новые представления о регуляции клеточного цикла,
нарушения регуляции клеточного цикла в опухолях и противоопухолевых лекарствах, направленных на компоненты клеточного цикла.

О докладчике: к.б.н. Виктор Татарский, заведующий лабораторией молекулярной онкобиологии, институт биологии гена

Литература:
1. Weinberg, R. The biology of cancer. Файл
2. Suski J, ... CDC7-independent G1/S transition revealed by targeted protein degradation. Nature. 2022
3. Malumbres M, ... Cell cycle, CDKs and cancer: a changing paradigm. Nat Rev Cancer. 2009
4. Matthews H, ... Cell cycle control in cancer. Nat Rev Mol Cell Biol. 2022
5. Phan T,... The dormant cancer cell life cycle. Nat Rev Cancer. 2020

Ссылка на зум будет доступна на канале: https://t.me/sberlogabig перед началом доклада - подписывайтесь!

Подборка стипендиальных программ в Канаде

1) Стипендии Университета Трента в Канаде

Иностранные студенты могут подать заявку на получение стипендий на степени бакалавра, магистра и доктора философии. Есть как частичные, так и полные стипендии. Прием заявок начнется со следующего учебного года.

Подробнее: https://www.trentu.ca/futurestudents/international/tuition-awards/scholarships-and-awards

2) Стипендии Канадского университета Альберты

Университет Альберты входит в пятерку лучших канадских университетов. Университет Альберты имеет максимальное количество программ. Он предлагает 200 программ бакалавриата, 500 ученых степеней, 250 специальностей и 300 областей исследований на выбор. Есть как частичные, так и полные стипендии.

Подробнее: https://www.ualberta.ca/admissions/international/tuition-and-scholarships/scholarships-and-awards/index.html?

3) Полностью финансируемые стипендии Университета Саймона Фрейзера

Полностью финансируемые стипендии Университета Саймона Фрейзера доступны для канадских и иностранных студентов.

Подробнее: https://www.sfu.ca/students/financialaid/undergrad/open-scholarship.html

4) Стипендии Оттавского университета

Стипендии доступны для обучения в бакалавриате , магистратуре , докторантуре , микропрограммах и коротких программах.

Подробнее: https://www2.uottawa.ca/study/undergraduate-studies/application-deadlines-available-programs-international

5) Стипендии Университета Макгилла в Канаде

Полностью финансируемая стипендия McCall MacBain для магистерских и докторских программ. Университет Макгилла является одним из ведущих университетов мира и занимает 31-е место в глобальном мировом рейтинге. Дедлайн: 25 августа 2022.

Подробнее: https://www.mcgill.ca/gradapplicants/funding/external/mccall-macbain-scholarship

Больше стипендий: @grantscholar