#статья о том, на что обращать внимание при подборе праймеров для ПЦР: http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html

Чем больше науки, тем ее меньше — парадоксальный вывод из свежего PNAS. Авторы статьи Замедление канонического прогресса в крупных областях науки отследили 1,8 млрд цитирований в 90 млн публикаций по 241 тематике, и оказалось, что разрастание научной области консервирует канонические идеи. Чем больше ученых вовлечено в работу, чем чаще они публикуются, тем труднее новым взглядам быть замеченными. Все как в жизни: деньги к деньгам, цитируемых цитируют. И этот эффект тем сильнее, чем больше масса статей.

Авторы поясняют: «когда ежегодный вал публикаций становится очень большим, то бурный поток новых статей толкает ученых к уже хорошо цитируемым работам и ограничивает их внимание к менее известным статьям — даже тем, что содержат новые, полезные и потенциально трансформирующие идеи. Вместо того, чтобы ускорять смену парадигм, лавина новых публикаций лишь укрепляет наиболее цитируемые статьи».

Эта картина получена из статистики. Очевидно, что наука и прогресс не сводятся к цитированиям, но на больших масштабах видна важная закономерность. Авторы резюмируют: научная деятельность, основанная на количественных показателях, может, по иронии судьбы, тормозить фундаментальный прогресс. Причем, «этот пагубный эффект будет усиливаться по мере того, как ежегодная масса статей в каждой области продолжит расти, что почти неизбежно, учитывая сложившийся порядок, побуждающий ученых к наращиванию публикаций».

Проблема давно на виду, как ее решать, толком не ясно. На ту же тему больше 40 лет назад в лихой манере высказался классик биохимии Эрвин Чаргафф в своем эссе “Белибердинское столпотворение”. Сейчас ситуация лишь усугубилась — думаю, глядя на все это, старина Чаргафф вообще бы не выбирал выражений. )

#пособие по real-time PCR от Thermo FS

🚀 @SBERLOGA онлайн доклад по биоинформатике :
👨‍🔬 Александр Ташкеев (University of Liege, Animal Genomics Lab) "Базовые аспекты производства и моделирования данных РНК-секвенирования одиночных клеток"
⌚️ Пятница 29 октября, 18.00 по Москве

Поговорим про РНК-секвенирование одиночных клеток на примере коммерческого протокола 10x Genomics, самого распространенного на сегодняшний день.
Сначала рассмотрим экспериментальную часть в объеме, нужном для статистического моделирования таких данных и понимания возможных артефактов.
Потом обсудим разные подходы к моделированию - более и менее knowledge-driven, их возможные плюсы и минусы.

Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу

Канал на YouTube, посвященный анализу данных NGS: RNA-seq, single-cell RNA-seq, Galaxy, GATK, BS-seq: https://www.youtube.com/channel/UC_Nsj_F_u7X7Il9x9V-g-sQ #биоинформатика

#статья про single-cell RNA seq workflow

9-11 ноября пройдёт X Юбилейная конференция «Молекулярная диагностика» — в Москве в ГК «Космос» (пр. Мира, 150). В выставке примут участие крупнейшие российские и зарубежные компании. Это ключевое событие в области молекулярной диагностики и смежных направлений науки и медицины в России.

Для участия регистрируйтесь по ссылке:
👉 https://clck.ru/YeE2r

Уже сегодня в мобильном приложении MOLDx вы можете:
- просмотреть актуальную программу конференции, найти спикеров и темы докладов;
- задать вопросы участникам конференции в режиме онлайн;
- изучить список партнеров конференции;
- оставить пожелания.
📲 Скачайте мобильное приложение MOLDx:
iOS - https://apps.apple.com/app/id1589028461
Android - https://play.google.com/store/apps/details?id=ru.mdx

❕Мероприятие будет проводиться в формате COVID-free https://clck.ru/YeE4J

Подробнее о конференции: https://mdx2021.ru

Поиск программ Phd, стажировок в германии и европе https://www.research-in-germany.org/en/research-funding/funding-databases.html

Всем привет!
В следующий четверг, 18 ноября, в 20:00 (не 19:00, как обычно!) по московскому времени состоится лекция Марины Сироты, доцента в институте вычислительных наук о здоровье, UCSF.
💊 Лекция будет посвящена использованию разных типов данных в медицине на примере болезни Альцгеймера: "Integrating Clinical and Molecular in the Era of Precision Medicine".
Лекция пройдет на английском языке, но задавать вопросы можно будет и по-русски.
📌 Как и в прошлые разы, будет вестись трансляция заседания на Youtube: https://fbb.lv/sciclubyt. Если вы хотите получить возможность задать вопросы лектору не только посредством чата, но и голосом, вы можете подключиться напрямую к виртуальной аудитории https://fbb.lv/sciclub.

17.11.21 Онлайн семинар по работе с БД UniProt с помощью Python от EMBL: https://www.ebi.ac.uk/training/events/programmatic-access-uniprot-using-python/

#пособие по работе с плазмидами E.coli

Animated biology - канал на Youtube, где в коротких видео изложены принципы молекулярной биологии, биохимии, клеточной биологии, иммунологии и т.д.: https://www.youtube.com/channel/UClpeLlEHyJOcPQPxXUwwomA/playlists

Канал по биоинформатике: https://t.me/Bioinformatics

Я бы хотела порекомендовать канал научной группы ИБХФ РАН NanoBioSmartLab: https://t.me/joinchat/YZMEQ2D9wX4wOGRi, где вы найдете много интересных новостей о события науки по нанобиотеху: конференции, вебинары, семинары, гранты, конкурсы и многое другое.
А также сможете участвовать в обсуждении современных тенденций в нанобиотехе, найти коллабораторов или получить совет по своему вопросу.
💬 Чат для общения подписчиков канала:
https://t.me/joinchat/B0Pk1isMls43NTc6

🚀 @SBERLOGA online seminar on Machine Learning:
👨‍🔬 Андрей Лукьяненко (МТС АИ): «Визуализация данных в Data Science»
⌚️ Четверг 25 Ноября, 19.00 (Moscow time)

Визуализация данных - это графическое представление данных, позволяющее быстрее и эффективнее изучать их. Базовые визуализации делать просто, но для создания эффективных и красивых графиков нужно приложить немало усилий.
В этом докладе я наглядно покажу, почему визуализация данных лучше сухой статистики, расскажу о типах графиков и о софте для их создания, поделюсь практическими советами по улучшению графиков и продемонстрирую примеры визуализаций, используемых в задачах машинного обучения.

Ссылка на зум будет доступна в чате: https://t.me/sberlogadataclub ближе к началу доклада.

Курс по анализу данных single cell RNA seq от Sanger Institute: https://www.singlecellcourse.org/index.html

Видеолекция про пакет todor для R, который позволяет оставлять заметки в коде, к которым можно вернуться: https://www.youtube.com/watch?v=f4mTYyD2C-8 Очень рекомендую его для всех, кто программирует в R #программирование

30.11 Москва конференция, посвященная нейротехнологиям: https://mixrconf.ru/

Конференция Nanopore Community Meeting пройдет 30 ноября — 2 декабря онлайн
https://pcr.news/blog/8669

Для курса «Анализ NGS-данных» доступна частичная оплата!

Теперь, чтобы сохранить за собой место, можно внести 40% от всей стоимости курса. Так вы сможете продлить акцию раннего бронирования. Вторую часть важно оплатить строго до 12 января.
Подробная программа и условия:

На курсе вас ждут:

— анализ данных секвенирования единичных клеток: scRNA-Seq и snRNA-Seq;
— методы профилирования состава микробиома на основании NGS;
— практикум на данных Illumina и Oxford Nanopore.
— и многое другое!

#бластим_курсы