❓Где учиться биоинформатике в России?

Делимся с вами статьей Дианы Кондинской, руководителя отдела структурной биоинформатики BIOCAD, в которой она рассказывает про алгоритм AlphaFold2 от компании DeepMind: https://bit.ly/AlphaFold2

AlphaFold появился на свет благодаря тому, что члены его команды обладали компетенциями в области биологии, физики, математики, алгоритмов глубокого обучения и оптимизации — то есть в области вычислительной биологии. Этому мало где хорошо учат в мире и пока что нигде на достаточном уровне не учат в России.
В 2021 году компания BIOCAD совместно с Высшей школой экономики запускает первую магистерскую программу «Вычислительная биология и биоинформатика», в которой будут учить этим дисциплинам, столь необходимым для решения таких амбициозных задач.

📌Набор на программу уже идет и закончится 31 июля, узнайте больше о новой магистратуре на сайте: https://bit.ly/3ejOxs9

Задать интересующие вас вопросы можно в чате программы: https://bit.ly/tgchat1

🧬 Я хотела порекомендовать канал Liza Loves Biology, где вы найдете ссылки на свежие статьи по биологии, а также много интересных фактов и захватывающих биологических иллюстраций.

Вчерашняя лекция прошла успешно, а у нас уже готова следующая! Как и обещали, проводим лекцию Юлии Медведевой 22 июля в 17:00 в режиме онлайн-трансляции на тему “Функциональная аннотация длинных некодирующих РНК”. Юлия - молекулярный биолог, руководитель лаборатории биоинформатики клеточных технологий МФТИ. Подключайтесь, чтобы узнать какие функции днРНК смогли открыть ученые-биоинформатики и как эти знания помогут решить проблемы клинической медицины.

Зарегистрируйтесь - и мы пришлем вам ссылку на трансляцию перед лекцией!
https://forms.gle/TBZiv6xo9tmfGb9b6

#учебник Immune Aspects of
Biopharmaceuticals
and Nanomedicines

Nature опубликовал результаты масштабного полногеномного поиска ассоциаций, в котором проанализировали данные 50 тысяч пациентов с COVID-19 и двух миллионов здоровых контролей. Для 13 локусов показана связь с высокой восприимчивостью к SARS-CoV-2 или с более тяжелым протеканием болезни. В частности, подтвердилась ассоциация локуса ABO (гена, определяющего группу крови) с риском заражения.
http://amp.gs/jjsaj

#бластим_суббота

Серия вебинаров про липидомику: структура липидов, функции, метаболизм, детекция с помощью LC-MS и tutorial к BioPAN (pathway analysis).

​High-throughput LC-MS analysis to systematically map gut microbiome drug metabolism

🗓 21 July, 2021
⏰ 8AM PDT, 11AM EDT, 4PM BST, 5PM CEST

To systematically map the drug metabolizing capacity of the gut microbiota and assess its potential contribution to drug metabolism, the speaker measured the ability of 76 diverse human gut bacteria to metabolize each of 271 oral drugs. They found that two thirds of these drugs are chemically modified by at least one of the tested microbes.

Through combination of high-throughput bacterial genetics with mass spectrometry-based metabolomics, the speaker systematically identified drug-metabolizing microbial enzymes. These proteins better explain the drug metabolizing capacity of bacterial strains than their phylogenetic classification.

📍 The speaker further demonstrated that the abundance of homologs of these proteins predict the capacity of complete human gut communities to metabolize the targeted drugs. These causal links between microbiota gene content and metabolic activities connect inter-individual microbiome variability to interpersonal differences in drug metabolism, which has translatable potential on medical therapy and drug development across multiple disease indications.

Learn how to:
🔹 Employ high-throughput LC-MS analysis to map gut microbial metabolism
🔹 Combine bacterial genetics with high-throughput LC-MS analysis to identify metabolic enzymes in the gut microbiome
🔹 Integrate in vitro drug metabolism of gut bacteria, genomic information, and metagenomic data.

🌐 REGISTER

Unable to join the live event? Watch on-demand. Register now to ensure that you receive information on how to gain access after the live event.

#AgilentTechnologies #webcasts

🚀 @SBERLOGA начинает серию онлайн докладов посвященных Альфафолд (революционному достижению от Гугл ДипМайнд на стыке датасайнс и биологии)
👨‍🔬 проф. О. Калинина (Helmholtz Institute), к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН): "Предсказание трехмерной пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения"
⌚️ Пятница 23 июля, 18.00 по Москве

AlphaFold – программа для предсказания пространственной структуры белков с помощью глубоких нейронных сетей, созданная компанией DeepMind, которая уже отметилась значительными успехами в создании программ, играющих в шахматы и го. AlphaFold наделала много шума осенью 2020 года, когда ей удалось с большим отрывом выиграть соревнования по предсказанию трехмерных структур белков CASP. 15 июля этого года была опубликована статья в Nature с описанием метода (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2) и код на GitHub (https://github.com/deepmind/alphafold). Прежде чем разбираться в деталях реализации нейросети, мы хотим рассказать про классические методы предсказания пространственной структуры и историю CASP. Также мы обсудим особенности локального развертывания AlphaFold и покажем результаты первых бенчмарков на собственных научных задачах.

Подробнее о докладчиках:
Ольга Калинина, профессор drug bioinformatics, Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland and Saarland University (https://www.helmholtz-hips.de/en/research/people/person/prof-dr-olga-kalinina/), Артур Залевский, кандидат биологических наук, младший научный сотрудник, Институт биоорганической химии РАН (http://www.ibch.ru/structure/groups/lbaccb/1510)

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga

🧬 Если вы давно искали качественный информационный ресурс для ученых, то рекомендуем подписаться на BiotechClub. Несколько раз в неделю выходят статьи о достижениях в области биотехнологий, создании современных препаратов и новых научных открытиях.
Подписывайтесь на 👉🏻 BiotechClub и станьте частью научного сообщества!

https://bit.ly/biotech_club5

Telegram
BiotechClub
Канал научного портала и одноименной ежегодной конференции: https://biotechclub.ru/

Дорогие друзья, следующую лекцию в цикле Next Generation Medicine представит Алексей Абызов - руководитель научной лаборатории Mayo Clinic и приглашенный профессор в Yale University. Подключайтесь, чтобы узнать о последних данных, полученных с использованием современных технологий и подходов к изучению соматических мутаций в отдельных клетках, а также об использовании мутаций для отслеживания клеточных линий, начиная с дробления зиготы.

Ссылка на регистрацию: https://forms.gle/hr8bmz5fkmbtBkC59

🧫🧬🔬 Предлагаю вашему вниманию список телеграм-каналов и чатов, посвященных биологии, химии, биотехнологиям:

@medicalksu Канал о цифровой трансформации здравоохранения. Новости о телемедицине, технологиях AI/ML, девайсах для врачей и пациентов и проектах биг фармы в digital.

@polyjuice "Зельеваренье Адвансд" лучший канал в тг о химии. (Иван Сорокин, к.х.н., доцент химфака МГУ)

@smart_lab_news Новости нанобиотеха: различные научные события, конкурсы, конференции и канал

@ibcp_ras_news Новостной канал Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук

@rfmolbiol Интересные статьи, лекции, ссылки, софт, стажировки, учеба зарубежом, учебники, научные пособия, информация о различных мероприятиях (конференции, воркшопы, школы).

@liza_loves_biology Всякая интересная всячина из мира биологии

@sciclub_fbb_msu Чат научного клуба факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

@dl_bio Семинары про нейросети в биологии от факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ

@sberlogabio Обсуждение биоинформатики и датасайнс

@darthbiology Интересно обо всём, что относится к биологии и медицине. Просто о сложном.

@Bio_Tech_Beats Канал посвящен биотехнологиям: здесь вы найдете учебники, пособия, объявления о PhD

@pcr_news Информационный портал о молекулярной диагностике и смежных областях науки и медицины

@ngmedicine Лекции от топовых мировых биологов, медиков и аналитиков о том, чем будут диагностировать, от чего и как будут лечить людей уже совсем скоро

@ITMO_bioinf_seminar Семинары лаборатории "Компьютерные технологии" Университета ИТМО по биоинформатике

@neuroscience_plus Статьи, учебники и лекции по нейробиологии

@neuronovosti Научно-популярный канал о новостях в области нейробиологии и нейротехнологий

@biomolecula Научно-популярный канал портала "Биомолекула" о молекулярной биологии, генетике, медицине и т.п.

@sno_biospbu Научное сообщество студентов биологического факультета СПбГУ

Факультет биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ продолжает набор на новую магистерскую программу «Биоэкономика»!

Программа готовит специалистов, с разноплановыми компетенциями в области биотехнологий и управления современными биотехнологическими производствами. Также выпускники будут обладать навыками коммерциализации научных разработок и технологического предпринимательства.
Подробнее: http://amp.gs/j8xEc

Подать документы можно до 16 августа.

В случае возникновения вопросов по поступлению есть запись на индивидуальную консультацию по ссылке: http://amp.gs/j8xE6

#бластим_рекомендации

Отличный обзор про использование 3D клеточных культур в доклинических исследованиях рака.

#лекция 20 августа 17:00 онлайн-трансляция. Всеволод Макеев "Индивидуальные варианты и переключения генов": https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeQ6TM0Owm_od2seXggTleNog3yHGMR3pVU5RY5z-xK5LfWhA/viewform

8-10 сентября в Москве состоится офлайн школа для молодых учёных, посвященная нейротехнологиям и биоэлектронной медицине. Участие бесплатное. Количество мест ограничено. Организатор Сколтех. Прием заявок до 25 августа: http://cnbr.skoltech.ru/neuroschool

Эта неделя богата на анонсы — сегодня приглашаем вас принять участие в образовательном воркшопе по перспективам генной и клеточной терапии, который состоится в формате онлайн с 30.08 по 10.09.

Вас ждут 10 лекций от 10 спикеров! Ученые и врачи-исследователи расскажут, как создаются и работают новые методы лечения, какие лекарства уже используются в медицине и какие новые открытия ждут нас в будущем.

Мероприятие бесплатное, необходима регистрация по ссылке.

(Methods in Molecular Biology 2157) Beatrice Bodega, Chiara Lanzuolo - Capturing Chromosome Conformation_ Methods and Protocols-Springer US_Humana (2021)