Я бы хотела порекомендовать канал научной группы ИБХФ РАН: https://t.me/smart_lab_news, где вы найдете много интересных новостей о событиях науки по нанобиотеху: конференции, вебинары, семинары, гранты, конкурсы и многое другое, а также сможете участвовать в обсуждении современных тенденций в нанобиотехе, принять участие в журнальном клубе (начало осенью), найти коллабораторов или получить совет по своему вопросу.

1 июля 19.00 вебинар про вакцины от Covid-19 от Сколтеха. Можно задать свой вопрос.

Центр исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний и кафедра биофизики приглашают в магистратуру.

Завтра, 1 июля, в 14:00 состоится презентация программ:

Молекулярная биофизика и структурная биология;
Integrated Structural Biology and Genetics (обучение и master’s thesis на англ. языке).

Программы дают широкие теоретические знания и современные экспериментальные навыки, необходимые в структурной, молекулярной биологии, биофизике и биоинформатике, геномике.

Студенты участвуют в российских и международных конференциях, а также в стажировках в лучших исследовательских центрах Европы и США, например, в Юлихском исследовательском центре или Университете Южной Калифорнии. Выпускники продолжают исследовательскую карьеру в 9 лабораториях Центра, а также в МГУ, ИБХ, ОИЯИ, КФУ, НГУ, и в других ведущих научных российских и зарубежных организациях.

Рекомендуем прочитать интервью Сообществу ФОПФ Егора Марьина, который уже закончил магистратуру кафедры биофизики, сейчас учится в аспирантуре и работает в одной из лабораторий Центра, где занимается структурной биологией человеческих мембранных рецепторов: https://vk.com/@dgapmipt-pk-2021-egor-marin.

Сайт Центра: https://cmm-mipt.ru

Ссылка на трансляцию: https://youtu.be/K1IWkxs2ZxM

Есть вопросы? Напишите их в комментариях к посту, и мы ответим на них во время трансляции.

Смотрите лекцию «Вычислительная биология: математика для жизни и здоровья» на нашем YouTube- канале https://www.youtube.com/watch?v=HC9we7GKhGc&t=6s

9 июля онлайн воркшоп про SARS-CoV-2 от ThermoFisher Scientific: выделение, секвенирование, детекция

🚀 @SBERLOGA - представляет два онлайн эвента за один раз
⌚️ Вторник 6 июля, 19.00 и 19.30 по Москве
⌚️ В 19.00 мы продолжим просмотр и обсуждение Лекция 7 "Knowledge Graph Embeddings" курса М.Галкина
👨‍🔬 В 19.30 доклад по граф-мл: Илья Сенаторов (Helmholtz Institute) "Предсказания взаимодействий молекул и белков с помощью глубокого обучения и графовых нейросетей"

Предсказание взаимодействия между белком и молекулой - нетривиальная задача, которая активно решается последние 5 лет. Множество подходов комбинируют машинное обучение с теорией графов для решение этой задачи. Однако датасеты, используемые для сравнения разных моделей сильно отличаются от датасетов которые встречаются в реальной жизни - они гораздо более полные и сбалансированые. В этой лекции я расскажу о проблемах, которые встречаются при попытке применить модели, натренированые на стандартных датасетах KIBA и Davis и способах их решения - weighted loss, biologically relevant protein graph augmentation и graph-level pre-training.

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogawithgraphs ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga

Cell imaging protocols and product guides from Abcam

Серия лекций про липидомику: https://www.lipidmaps.org/resources/tutorials/videos.php

Harvard Online Course

This introduction to biochemistry explores the molecules of life, starting at simple building blocks and culminating in complex metabolism.

What you'll learn:
🔹 The structure and function of the chemical building blocks of life
🔹 How to navigate protein structures using PyMOL
🔹 The central role of enzymes in catalyzing the reactions of life
🔹 The primary metabolic pathways that power cells
🔹 The intricate mechanisms that regulate cellular metabolism
🔹 The integration of biochemical processes in the context of cells, tissues, and whole organisms

🌐 Register

#обучение #курс #Harvard #Course

❓Где учиться биоинформатике в России?

Делимся с вами статьей Дианы Кондинской, руководителя отдела структурной биоинформатики BIOCAD, в которой она рассказывает про алгоритм AlphaFold2 от компании DeepMind: https://bit.ly/AlphaFold2

AlphaFold появился на свет благодаря тому, что члены его команды обладали компетенциями в области биологии, физики, математики, алгоритмов глубокого обучения и оптимизации — то есть в области вычислительной биологии. Этому мало где хорошо учат в мире и пока что нигде на достаточном уровне не учат в России.
В 2021 году компания BIOCAD совместно с Высшей школой экономики запускает первую магистерскую программу «Вычислительная биология и биоинформатика», в которой будут учить этим дисциплинам, столь необходимым для решения таких амбициозных задач.

📌Набор на программу уже идет и закончится 31 июля, узнайте больше о новой магистратуре на сайте: https://bit.ly/3ejOxs9

Задать интересующие вас вопросы можно в чате программы: https://bit.ly/tgchat1

🧬 Я хотела порекомендовать канал Liza Loves Biology, где вы найдете ссылки на свежие статьи по биологии, а также много интересных фактов и захватывающих биологических иллюстраций.

Вчерашняя лекция прошла успешно, а у нас уже готова следующая! Как и обещали, проводим лекцию Юлии Медведевой 22 июля в 17:00 в режиме онлайн-трансляции на тему “Функциональная аннотация длинных некодирующих РНК”. Юлия - молекулярный биолог, руководитель лаборатории биоинформатики клеточных технологий МФТИ. Подключайтесь, чтобы узнать какие функции днРНК смогли открыть ученые-биоинформатики и как эти знания помогут решить проблемы клинической медицины.

Зарегистрируйтесь - и мы пришлем вам ссылку на трансляцию перед лекцией!
https://forms.gle/TBZiv6xo9tmfGb9b6

#учебник Immune Aspects of
Biopharmaceuticals
and Nanomedicines

Nature опубликовал результаты масштабного полногеномного поиска ассоциаций, в котором проанализировали данные 50 тысяч пациентов с COVID-19 и двух миллионов здоровых контролей. Для 13 локусов показана связь с высокой восприимчивостью к SARS-CoV-2 или с более тяжелым протеканием болезни. В частности, подтвердилась ассоциация локуса ABO (гена, определяющего группу крови) с риском заражения.
http://amp.gs/jjsaj

#бластим_суббота

Серия вебинаров про липидомику: структура липидов, функции, метаболизм, детекция с помощью LC-MS и tutorial к BioPAN (pathway analysis).

​High-throughput LC-MS analysis to systematically map gut microbiome drug metabolism

🗓 21 July, 2021
⏰ 8AM PDT, 11AM EDT, 4PM BST, 5PM CEST

To systematically map the drug metabolizing capacity of the gut microbiota and assess its potential contribution to drug metabolism, the speaker measured the ability of 76 diverse human gut bacteria to metabolize each of 271 oral drugs. They found that two thirds of these drugs are chemically modified by at least one of the tested microbes.

Through combination of high-throughput bacterial genetics with mass spectrometry-based metabolomics, the speaker systematically identified drug-metabolizing microbial enzymes. These proteins better explain the drug metabolizing capacity of bacterial strains than their phylogenetic classification.

📍 The speaker further demonstrated that the abundance of homologs of these proteins predict the capacity of complete human gut communities to metabolize the targeted drugs. These causal links between microbiota gene content and metabolic activities connect inter-individual microbiome variability to interpersonal differences in drug metabolism, which has translatable potential on medical therapy and drug development across multiple disease indications.

Learn how to:
🔹 Employ high-throughput LC-MS analysis to map gut microbial metabolism
🔹 Combine bacterial genetics with high-throughput LC-MS analysis to identify metabolic enzymes in the gut microbiome
🔹 Integrate in vitro drug metabolism of gut bacteria, genomic information, and metagenomic data.

🌐 REGISTER

Unable to join the live event? Watch on-demand. Register now to ensure that you receive information on how to gain access after the live event.

#AgilentTechnologies #webcasts

🚀 @SBERLOGA начинает серию онлайн докладов посвященных Альфафолд (революционному достижению от Гугл ДипМайнд на стыке датасайнс и биологии)
👨‍🔬 проф. О. Калинина (Helmholtz Institute), к.б.н А. Залевский (ИБХ РАН): "Предсказание трехмерной пространственной структуры белков: классические подходы и методы глубокого обучения"
⌚️ Пятница 23 июля, 18.00 по Москве

AlphaFold – программа для предсказания пространственной структуры белков с помощью глубоких нейронных сетей, созданная компанией DeepMind, которая уже отметилась значительными успехами в создании программ, играющих в шахматы и го. AlphaFold наделала много шума осенью 2020 года, когда ей удалось с большим отрывом выиграть соревнования по предсказанию трехмерных структур белков CASP. 15 июля этого года была опубликована статья в Nature с описанием метода (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2) и код на GitHub (https://github.com/deepmind/alphafold). Прежде чем разбираться в деталях реализации нейросети, мы хотим рассказать про классические методы предсказания пространственной структуры и историю CASP. Также мы обсудим особенности локального развертывания AlphaFold и покажем результаты первых бенчмарков на собственных научных задачах.

Подробнее о докладчиках:
Ольга Калинина, профессор drug bioinformatics, Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland and Saarland University (https://www.helmholtz-hips.de/en/research/people/person/prof-dr-olga-kalinina/), Артур Залевский, кандидат биологических наук, младший научный сотрудник, Институт биоорганической химии РАН (http://www.ibch.ru/structure/groups/lbaccb/1510)

PS
Ссылка на зум будет доступна через тг чат https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.
Видео записи докладов доступны на ютуб канале SBERLOGA https://www.youtube.com/c/sberloga

🧬 Если вы давно искали качественный информационный ресурс для ученых, то рекомендуем подписаться на BiotechClub. Несколько раз в неделю выходят статьи о достижениях в области биотехнологий, создании современных препаратов и новых научных открытиях.
Подписывайтесь на 👉🏻 BiotechClub и станьте частью научного сообщества!

https://bit.ly/biotech_club5

Telegram
BiotechClub
Канал научного портала и одноименной ежегодной конференции: https://biotechclub.ru/

Дорогие друзья, следующую лекцию в цикле Next Generation Medicine представит Алексей Абызов - руководитель научной лаборатории Mayo Clinic и приглашенный профессор в Yale University. Подключайтесь, чтобы узнать о последних данных, полученных с использованием современных технологий и подходов к изучению соматических мутаций в отдельных клетках, а также об использовании мутаций для отслеживания клеточных линий, начиная с дробления зиготы.

Ссылка на регистрацию: https://forms.gle/hr8bmz5fkmbtBkC59