Как обрабатывать биологические изображения в Питоне? Пакет PyImageJ - позволит интегрировать ImageJ и Python: https://pypi.org/project/pyimagej/
Здесь есть ноутбуки: https://nbviewer.jupyter.org/github/imagej/tutorials/blob/master/notebooks/ImageJ-Tutorials-and-Demo.ipynb
Форум для тех, кто занимается обработкой изображений: https://forum.image.sc/c/image-analysis/6
#биоинформатика
Здесь есть ноутбуки: https://nbviewer.jupyter.org/github/imagej/tutorials/blob/master/notebooks/ImageJ-Tutorials-and-Demo.ipynb
Форум для тех, кто занимается обработкой изображений: https://forum.image.sc/c/image-analysis/6
#биоинформатика
Forwarded from Sberloga Jobs Full
Информационное пиьсмо.pdf
129.5 KB
Фонд "Интеллект" объявил гранты на позиции аспирантов и постдоков в МГУ. Если у вас есть проекты по биоинформатике (+ биология, медицина) свяжитесь с Артуром Залевским ( @aozalevsky )
Вот официальное письмо:
Фондом развития науки и образования «Интеллект» ведется работа по запуску грантового конкурса в МГУ имени М.В. Ломоносова на получение финансирования позиций «PhD Student» (аспирант) и «Junior PostDoc» (молодой кандидат наук) по направлениям «Искусственный интеллект, когнитивные системы, мозг»
Финансирование:
С победителями грантового конкурса заключаются соглашения с
обеспечением финансирования за счет средств фонда на следующих условиях:
— «PhD Student»: 100 000 рублей в месяц (на руки) на срок 3 года;
— «Junior PostDoc»: 150 000 рублей в месяц (на руки) на срок 2 года (с
возможностью продления на 1 год).
Сроки подачи заявки: до 26 марта 2021 г.
Контакты:
E-mail: grant@Intellect-foundation.ru
Тел.: +7 (903) 719 37 46
Вот официальное письмо:
Фондом развития науки и образования «Интеллект» ведется работа по запуску грантового конкурса в МГУ имени М.В. Ломоносова на получение финансирования позиций «PhD Student» (аспирант) и «Junior PostDoc» (молодой кандидат наук) по направлениям «Искусственный интеллект, когнитивные системы, мозг»
Финансирование:
С победителями грантового конкурса заключаются соглашения с
обеспечением финансирования за счет средств фонда на следующих условиях:
— «PhD Student»: 100 000 рублей в месяц (на руки) на срок 3 года;
— «Junior PostDoc»: 150 000 рублей в месяц (на руки) на срок 2 года (с
возможностью продления на 1 год).
Сроки подачи заявки: до 26 марта 2021 г.
Контакты:
E-mail: grant@Intellect-foundation.ru
Тел.: +7 (903) 719 37 46
Methods_in_Molecular_Biology_2040_Elena_Rebollo,_Manel_Bosch_Computer.pdf
17.9 MB
#пособие по обработке биологических изображений
Что нужно знать о PhD прежде чем подавать документы: https://www.elsevier.com/connect/9-things-you-should-consider-before-embarking-on-a-phd #карьера
👍1
Forwarded from Yuri Vyatkin
МФТИ и ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» в рамках проведения Года науки и технологий проводят открытый курс онлайн-лекций по проблемам медицины будущего Next Generation Medicine.
📅 25 марта в 18:00 цикл встреч с молодыми учеными откроет Петр Харченко с лекцией «Изучение заболеваний в сложных тканях методами одноклеточной транскриптомики». Петр на примере онкологических заболеваний расскажет о вычислительных и статистических методах, используемых для сравнительного анализа и интерпретации коллекций scRNA-seq данных, полученных из патологически измененных тканей.
🔥 Петр Харченко — профессор Harvard Medical School, один из мировых лидеров в создании алгоритмов и уникального программного обеспечения для анализа данных секвенирования отдельных клеток. Работа лаборатории, которой руководит Петр сфокусирована на исследованиях гетерогенности клеток опухоли при различных подтипах рака и взаимодействии опухолевых клеток и их окружения.
https://vk.com/video-932_456239696?list=3751844753b8a..
‼Чтобы получить анонсы следующих лекций цикла, зарегистрируйтесь, пожалуйста, по ссылке:
https://forms.gle/YtUzdvg3mWVR4h5q8
Мероприятие проходит в рамках Года науки и технологий при поддержке кластера "Красный Октябрь".
Подобнее о ФГБУ НМИЦ эндокринологии на сайте endocrincentr.ru
📅 25 марта в 18:00 цикл встреч с молодыми учеными откроет Петр Харченко с лекцией «Изучение заболеваний в сложных тканях методами одноклеточной транскриптомики». Петр на примере онкологических заболеваний расскажет о вычислительных и статистических методах, используемых для сравнительного анализа и интерпретации коллекций scRNA-seq данных, полученных из патологически измененных тканей.
🔥 Петр Харченко — профессор Harvard Medical School, один из мировых лидеров в создании алгоритмов и уникального программного обеспечения для анализа данных секвенирования отдельных клеток. Работа лаборатории, которой руководит Петр сфокусирована на исследованиях гетерогенности клеток опухоли при различных подтипах рака и взаимодействии опухолевых клеток и их окружения.
https://vk.com/video-932_456239696?list=3751844753b8a..
‼Чтобы получить анонсы следующих лекций цикла, зарегистрируйтесь, пожалуйста, по ссылке:
https://forms.gle/YtUzdvg3mWVR4h5q8
Мероприятие проходит в рамках Года науки и технологий при поддержке кластера "Красный Октябрь".
Подобнее о ФГБУ НМИЦ эндокринологии на сайте endocrincentr.ru
Vk
Петр Харченко “Изучение заболеваний в сложных тканях методами одноклеточной транскриптомики”
Лекция организована Лабораторией геномной инженерии МФТИ совместно с Национальным центром персонализированной медицины эндокринных заболеваний и будет интересна биоинформатикам, генетикам, биологам и медикам, а также студентам соответствующих специальностей.…
Цикл онлайн лекций от МГУ «Молекулярные технологии живых систем и синтетическая биология»: https://www.msu.ru/ad/lektsii-nosh-molekulyarnye-tekhnologii-zhivykh-sistem-i-sinteticheskaya-biologiya.html #лекция
www.msu.ru
Лекции НОШ «Молекулярные технологии живых систем и синтетическая биология»
23 марта Научно-образовательная школа «Молекулярные технологии живых систем и синтетическая биология» запускает цикл лекций по актуальным научным проблемам, которые исследуют лучшие учёные Московского университета.
25 марта 11:00 Москва, вебинар Luminex xMAP: высокопроизводительные исследования биомаркеров.
Компания Хеликон приглашает на вебинар посвященный мультиплексной технологии для изучения биомаркеров, разработанной компанией Luminex.
На этом вебинаре рассмотрим:
• технологии, основанные на магнитных шариках: xMAP ® и xTAG ®; их основы;
• приборы, подходящие для работы с ними;
• исследовательские инструменты и реактивы, используемые для создания самостоятельно разработанных панелей.
Язык - английский.
Докладчики:
1. Marianne Vruwink, Голландия, Университет Гронингена. Марианна является представителем Luminex в Европе ответственным за РФ.
2. Tomasz Zborowski, Польша. Томас является ведущим аппликационистом Luminex в Европе.
https://events.webinar.ru/HeliconCompany/8348793
Компания Хеликон приглашает на вебинар посвященный мультиплексной технологии для изучения биомаркеров, разработанной компанией Luminex.
На этом вебинаре рассмотрим:
• технологии, основанные на магнитных шариках: xMAP ® и xTAG ®; их основы;
• приборы, подходящие для работы с ними;
• исследовательские инструменты и реактивы, используемые для создания самостоятельно разработанных панелей.
Язык - английский.
Докладчики:
1. Marianne Vruwink, Голландия, Университет Гронингена. Марианна является представителем Luminex в Европе ответственным за РФ.
2. Tomasz Zborowski, Польша. Томас является ведущим аппликационистом Luminex в Европе.
https://events.webinar.ru/HeliconCompany/8348793
26 марта 11:00–12:00 (MSK) вебинар от компании Хеликон, посвященный работе с амплификатором роторного типа Rotor-Gene Q 5plex, который предназначен для RT-PCR и HRM-анализа.
На вебинаре Вы:
1. изучите все этапы работы с программным обеспечением, в том числе создание новой постановки, редактирование шаблонов тестов, температурного профиля;
2. познакомитесь с меню образцов;
потренируетесь в проведении анализа уже завершенной постановки и формировании отчетов.
Докладчик: Барков Александр, ведущий менеджер по продажам отдела клинической диагностики, к.б.н., ООО «Компания Хеликон»
Ссылка на предыдущий вебинар, посвященный обзору прибора: https://events.webinar.ru/HeliconCompany/8306159/record-new/8473591
Пособие от BioRad по HRM-анализу: http://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_6004.pdf
На вебинаре Вы:
1. изучите все этапы работы с программным обеспечением, в том числе создание новой постановки, редактирование шаблонов тестов, температурного профиля;
2. познакомитесь с меню образцов;
потренируетесь в проведении анализа уже завершенной постановки и формировании отчетов.
Докладчик: Барков Александр, ведущий менеджер по продажам отдела клинической диагностики, к.б.н., ООО «Компания Хеликон»
Ссылка на предыдущий вебинар, посвященный обзору прибора: https://events.webinar.ru/HeliconCompany/8306159/record-new/8473591
Пособие от BioRad по HRM-анализу: http://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_6004.pdf
#статья про 3 степени очистки воды в лаборатории: чем отличаются и для каких целей используются: https://www.elgalabwater.com/blog/different-types-pure-water-lab-what-you-need-know #мокрая_биология
Rudolf_J_Freund,_William_J_Wilson,_Ping_Sa_Regression_Analysis,.pdf
3.2 MB
#учебник по регрессионному анализу без сложной математики
HHMI_WriteReference.pdf
417.8 KB
Очень понятный tutorial по работе с PyCharm - среде разработки для Python (и не только): как установить (в другом видео на этом канале), как создать свой первый проект, "горячие клавиши", отладка кода и многое другое: https://www.youtube.com/watch?v=56bPIGf4us0 #программирование
YouTube
Pycharm Tutorial #1 - Setup & Basics
Pycharm Tutorial for python development!
In this video I will explaining how to use the pycharm IDE. Pycharm is an extremely powerful and useful IDE for python and can save you tons of time if you know how to use it. This pycharm tutorial goes over how to…
In this video I will explaining how to use the pycharm IDE. Pycharm is an extremely powerful and useful IDE for python and can save you tons of time if you know how to use it. This pycharm tutorial goes over how to…
Forwarded from No Borders Abroad: учеба за рубежом (No Borders Abroad)
Летняя онлайн-программа по молекулярной биологии 🇩🇪
Для студентов бакалавриата и магистратуры
Организатор: Institute of Molecular Biology (Майнц, Германия)
Когда: 9-27 августа 2021 года
Продолжительность: 3 недели
В программе: лекции от ведущих ученых, исследовательская работа, социальные мероприятия
Темы: Epigenetics, Gene Regulation, DNA Damage & Genome Stability, Development Biology, Systems Biology & Bioinformatics, Translational Research
Язык: английский
Дедлайн: 12 мая
Подробнее: https://www.imb.de/students-postdocs/international-summer-school
Для студентов бакалавриата и магистратуры
Организатор: Institute of Molecular Biology (Майнц, Германия)
Когда: 9-27 августа 2021 года
Продолжительность: 3 недели
В программе: лекции от ведущих ученых, исследовательская работа, социальные мероприятия
Темы: Epigenetics, Gene Regulation, DNA Damage & Genome Stability, Development Biology, Systems Biology & Bioinformatics, Translational Research
Язык: английский
Дедлайн: 12 мая
Подробнее: https://www.imb.de/students-postdocs/international-summer-school
Forwarded from Семинар ИТМО по биоинформатике
Уважаемые коллеги!
В следующий четверг, 8 апреля, в 17:00 Тимофей Пырков (компания Gero) сделает доклад на тему “Как шагомер в обычном смартфоне помогает следить за здоровьем”.
Носимые “умные” устройства сегодня всё чаще используются для мониторинга состояния здоровья. Например, “умные” часы Apple с функцией измерения кардиограммы помогут обнаружить аритмию, а “умный” ингалятор следит за тем, чтобы пользователь, страдающий астмой, не забыл им воспользоваться вовремя.
Научная команда Gero натренировала нейронную сеть извлекать информацию о состоянии здоровья из временных рядов шагов в минуту, которые может измерять даже обычный акселерометр в каждом смартфоне. Мы думаем, что наша модель станет универсальной шкалой для измерения влияния самых разных факторов на продолжительность здоровой жизни человека, начиная от генетических профилей, диагнозов и терапий, до привычек здорового образа жизни и питания.
В докладе я расскажу о проблемах которые нам пришлось решить при обучении модели, а также о возможности использования её на больших биомедицинских данных биобанков, которые собирают одновременно данные по геномике, анализам крови, сенсорам носимых устройств и демографии.
Ссылка в zoom:
https://itmo.zoom.us/meeting/register/tZMoc-yhqj8sG9WJOLFkuGQQGSH9AAAmrGLi
В следующий четверг, 8 апреля, в 17:00 Тимофей Пырков (компания Gero) сделает доклад на тему “Как шагомер в обычном смартфоне помогает следить за здоровьем”.
Носимые “умные” устройства сегодня всё чаще используются для мониторинга состояния здоровья. Например, “умные” часы Apple с функцией измерения кардиограммы помогут обнаружить аритмию, а “умный” ингалятор следит за тем, чтобы пользователь, страдающий астмой, не забыл им воспользоваться вовремя.
Научная команда Gero натренировала нейронную сеть извлекать информацию о состоянии здоровья из временных рядов шагов в минуту, которые может измерять даже обычный акселерометр в каждом смартфоне. Мы думаем, что наша модель станет универсальной шкалой для измерения влияния самых разных факторов на продолжительность здоровой жизни человека, начиная от генетических профилей, диагнозов и терапий, до привычек здорового образа жизни и питания.
В докладе я расскажу о проблемах которые нам пришлось решить при обучении модели, а также о возможности использования её на больших биомедицинских данных биобанков, которые собирают одновременно данные по геномике, анализам крови, сенсорам носимых устройств и демографии.
Ссылка в zoom:
https://itmo.zoom.us/meeting/register/tZMoc-yhqj8sG9WJOLFkuGQQGSH9AAAmrGLi
Zoom Video
Welcome! You are invited to join a meeting: ITMO Bioinformatics Seminar. After registering, you will receive a confirmation email…
Бесплатный онлайн курс на Stepik, посвященный статистике в медицинских исследованиях: https://stepik.org/course/90707/promo#toc
Methods_in_Molecular_Biology_2189_Mario_Andrea_Marchisio_Computational.pdf
7.8 MB
Краткое #пособие по синтетической биологии, охватывающее различные темы о того, как подобрать праймеры для ПЦР или гидовую РНК для CRISPR/Cas9 и до того, как моделировать клеточный сигналинг.
Molecular_Cloning_A_Laboratory_Manual,_3_volume_set_3rd_Edition2001.pdf
122.3 MB
#пособие по практической молекулярной биологии от CSHL #мокрая_биология
Forwarded from Наука, исследования, все дела🔬
#сегоднявозможности
Открыта регистрация на MedComm School – школа для ученых, практикующих врачей, фармакологов и журналистов – всех, кто пишет или хочет начать писать о медицине и науке.
Формат школы — online, с 22 по 24 апреля.
Спикеры — ведущие ученые, врачи, коммуникаторы
и журналисты России и стран СНГ.
Школа бесплатная, регистрация до 18 апреля.
Подробнее
Открыта регистрация на MedComm School – школа для ученых, практикующих врачей, фармакологов и журналистов – всех, кто пишет или хочет начать писать о медицине и науке.
Формат школы — online, с 22 по 24 апреля.
Спикеры — ведущие ученые, врачи, коммуникаторы
и журналисты России и стран СНГ.
Школа бесплатная, регистрация до 18 апреля.
Подробнее
Возможно ли диагностировать депрессию (и не только ее) по анализу крови? https://www.sciencealert.com/scientists-develop-new-blood-test-that-can-diagnose-your-level-of-depression #научпоп
ScienceAlert
Scientists Develop New Blood Test That Could Diagnose Your Level of Depression
A newly developed system that monitors for blood biomarkers linked to mood disorders could lead to new ways to diagnose and treat depression and bipolar disorder, all beginning with a simple blood test.