Список интересных Jupyter notebooks: https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/A-gallery-of-interesting-Jupyter-Notebooks #программирование

Курс по геномике - Jupyters notebooks и данные : https://github.com/BenLangmead/comp-genomics-class #программирование #биоинформатика

Российский молекулярный биолог Денис Ребриков нашел добровольцев для участия в эксперименте по редактированию генома. Ими стала семейная пара с наследственной глухотой

https://mdza.io/brho3g8LqhU

Протоколы: https://bio-protocol.org/default.aspx

Семинары по биоинформатике и теории графов в МГУ (ГЗ)

Михаил Гельфанд о биоинформатике: https://www.youtube.com/watch?v=T6q1Rzcc5sI

Анализ данных проточной цитометрии с помощью специального пакета для R совершенно бесплатно (в отличие от многих коммерческих программ)! Инструкция по установке пакета flowCore - https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/flowCore.html ; краткая инструкция к пакету - https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2007/BioC2007/labs/flowcore1/flowBasics-solved.pdf . Лекция на Ютуб: https://www.youtube.com/watch?v=0_dN8VKhOJ0 . К этой записи также прикрепляю подробную инструкцию по использованию пакета flowCore. #программирование #мокрая_биология

Эрвин Шредингер: Что такое жизнь с точки зрения физики? http://www.samomudr.ru/d/Shredinger%20E.%20_Chto%20takoe%20zhizn'%20s%20tochki%20zrenija%20fizika.pdf

И еще немного про проточную цитометрию и R: пакет openCyto позволяет автоматизировать обработку данных путем создания шаблонов гейтирования популяций клеток в формате .csv. Документация openCyto: https://github.com/RGLab/openCyto Подробная инструкция по использованию: https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/OpenCytoWorkshop.html (загрузка данных, гейтирование, статистика, построение гистрограмм, boxplot и т.д.) #программирование #мокрая_биология

Лекция Михаила Лебедева "Расширение функций мозга при помощи нейрокомпьютерных интерфейсов"
https://www.youtube.com/watch?v=jpykf9F6jsk

Обзор основных работ по теме (зачеркнуто: биохакинга) улучшения функций мозга у здоровых людей и людей с неврологическими заболеваниями, а далее про интерфейсы мозг-компьютер

Слайды здесь http://cnbr.skoltech.ru/m_lebedev_events

Конференция в МФТИ: https://conf62.mipt.ru/view/conference

9 советов для успешной карьеры в академии: https://www.stemcell.com/efficient-research/academic-research-tips?utm_source=internal&utm_medium=email&utm_campaign=csi_efficientf20&elqTrackId=99a70180a63041d3ba039165c7ead467&elq=a880f459abaf46199eb443fc30a46442&elqaid=25649&elqat=1&elqCampaignId=12901

Хорошая организация рабочего процесса - одна из составляющих успеха. Прикрепляю несколько статей, посвященных принципам организации работы в "мокрой" лаборатории: общие принципы работы: https://www.stemcell.com/efficient-research/tidy-lab ; организация рабочего пространства: https://www.stemcell.com/efficient-research/lab-bench-organization ; ведение лабораторного журнала, хранение данных: https://www.stemcell.com/efficient-research/lab-notebooks-references-protocols ; хранение реактивов: https://www.stemcell.com/efficient-research/lab-stock-and-reagents-inventory

Mendeley — бесплатная программа для управления библиографической информацией, позволяющая хранить и просматривать исследовательские труды в формате PDF, а также имеющая подключение к международной социальной сети учёных (Википедия): https://www.mendeley.com/?interaction_required=true

#лекция Lars Steinmetz, PhD
Professor of Genetics
Co-Director, Stanford Genome Technology Center
Stanford University. Precision Medicine, from Single-Cell Genomics to Levitating Cells: https://www.youtube.com/watch?v=NeOkSaWquAY

#статья, посвященная workflow анализа данных проточной цитометрии #биоинформатика

Genomics data analysis : gene expression, miRNA expression, RNA and DNA sequencing, Chip sequensing: http://www.sthda.com/english/wiki/genomics #биоинформатика

Визуализация данных в R: https://www.r-graph-gallery.com/index.html #программирование

Компания BostonGene открывает вакансию Биоинформатик-биолог (м.Павелецкая)

BostonGene разрабатывает уникальную IT платформу для поддержки онкологов в принятии персонализированных решений о применении новейших классов противоопухолевых терапий и глубокого анализа молекулярного и генетического профиля опухоли.

Мы оцифровываем микроокружение и генетические состояния опухоли пациента, интегрируя NGS данные -WES, RNAseq, данные single cell RNAseq, CYTOF, мультиплексные флуоресцентные изображений опухоли (MxIF) в сочетании с клинической информацией о болезни и пациенте.

Задача платформы интегрировать все новейшие исследования в области онкологии со всего мира, создавая интерактивную базу знаний. BostonGene опирается на анализ генетического профиля опухоли, ее молекулярного состава и микроокружения.

Обязанности:

разработка алгоритмов и биоинформатический анализ NGS данных (WES, WGS, RNAseq, scRNAseq, Methyl-seq);
изучение основ онкогенеза опухоли, участие в проектах по поиску персонализированных биомаркеров эффективности терапий;
аналитика биологии опухоли;
анализ научной литературы и наполнение базы знаний BostonGene молекулярно-биологической информацией по онкогенезу опухоли / молекулярным и клеточным характеристикам;

Требования:

Наличие опыта в одном или более направлениях:
получение из данных геномного секвенирования соматических мутаций;
в получении из данных геномного секвенирования оценок изменения копийности элементов генома и их структурных перестроек;
в получении из данных секвенирования транскриптома экспрессии генов в различных метриках и их нормализации;
в анализе и интерпретации дифференциальной экспрессии генов;
в анализе представленности и поиске молекулярных путей по молекулярным данным различных типов;
уверенный опыт работы с python/pandas, R, GNU coreutils
знание фундаментальных основ иммунологии/клеточной биологии;
знание молекулярной биологии и внутриклеточного сигналлинга;
приветствуется знание молекулярных основ современных таргетных и иммунных противоопухолевых терапий;
опыт работы с научной литературой и научными базами данных;
владение английским языком на хорошем уровне, достаточном для свободного чтения и понимания научных статей. Резюме можно направить на ekaterina.titova@bostongene.com

Презентации и лекции по статистике: http://www.compbio.dundee.ac.uk/user/mgierlinski/statalk.html