راستی یه آموزش جدیدم برای یوتیوب دارم آماده میکنم، ازون تاپیکای جذاب کمیاب

به زودی تکمیل میشه و براتون میذارمش، یه آموزش چند ساعته‌ میشه اینم

به طرز عجیبی همه دارن روی Virtual cell مانور میدن...

تیم GenBio اومدن و یه virtual cell معرفی کردن که پا رو از یه مدل و پیش‌بینی ساده خیلی فراتر گذاشته


توی virtual cell شون به جای اینکه مدل بیاد یه ورودی بگیره و فقط وضعیت سلول رو پیش‌بینی کنه، میتونین کارای زنجیره‌ای هم انجام بدین


فرض کنین یه ژن رو داخلش خاموش می‌کنین، state سلول تغییر میکنه (یعنی تاثیر اون خاموشی ژن روی سلول رو به دست میارین)، بعد روی این وضعیت جدید، میاین تاثیر یه دارو یا ترکیب رو روی سلول بررسی می‌کنین و ادامه...


این لینک رو پیشنهاد میکنم یه مطالعه کنین 🙂


https://genbio.ai/aido-cell-simulator/


@mehr_ameri

ما هم باید نگران این باشیم که به خاطر مقاله علمی با همکاری دانشگاه خارجی بهمون حبس نخوره 😂

این مقاله جدیدم پیرامون چالش‌های generative ai توی بیولوژی تازه منتشر شده خیلی چیز جالبیه


https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00802-0

این ویدئو چند ماه پیش ضبط شده و الان توی یوتیوب قرار گرفته پیرامون «نوشتن کتاب» توی دوران دانشجویی


پیشنهاد میکنم قبل از جوین شدن به پروژه‌های نگارش کتاب اینو ببینین 🙏



https://youtu.be/aNUYq92jj1c?si=ZebXiA1TSvwPOAjl

«کلاد حالا می‌تونه براتون پروتئین طراحی کنه»

آنتروپیک امروز گزارشی درباره طراحی پروتئین با Claude منتشر کرده؛ اما این عنوان کمی گمراه‌کننده‌ست.

چون در این پروژه، مدل‌های آنتروپیک مستقیما توالی یا ساختار پروتئین رو تولید نکردن. کاری که انجام دادن بیشتر شبیه به طراحی یه ai ریسرچر هست که میتونه فرآیند طراحی پروتئین رو انجام بده

اومدن اسم و مشخصات کلی هر پروتئین هدف رو به Claude دادن و یک پروتکل مفصل چند هزار کلمه‌ای هم در اختیارش گذاشتن که توضیح می‌داد یک پروژه استاندارد طراحی binder چطور انجام می‌شه. Claude درباره پروتئین هدف تحقیق کرد؛ ساختارهای شناخته‌شده و نقش زیستی‌شون رو بررسی کرد و تصمیم گرفت binder بهتره به کدوم قسمت از سطح پروتئین متصل بشه.

بعد کلاد از چند مدل تخصصی طراحی پروتئین مثل RFdiffusion3، PXDesign، Genie 3 و چند ابزار دیگه استفاده کرد. این مدل‌ها بودن که ساختار سه‌بعدی اولیه یا backboneهای کاندید رو تولید کردن، نه مدل‌های آنتروپیک و کلاد اینجا نقش یه orchestrator رو ایفا کرده بیشتر

البته که این کار با ارزشیه، اما ساخت ایجنت‌های علمی این‌چنینی چیز جدیدی نیست و یه سال هست که پروژه‌های مختلفی داره کار میشه.


یعنی بهتره به این پروژه اینطوری نگاه کرد که نقش انسانی فرآیند طراحی پروتئین رو اومده و جایگزین کرده و این توانایی llm ها رو توی سرعت بخشیدن به کارهای زمان‌بر علمی نشون میده.

با در اختیار قرار دادن ابزار و context مناسب، llm ها می‌تونن کارهای خیلی جذاب علمی‌ای رو انجام بدن


میتونین ازینجا بیشتر پیرامون این پروژه اطلاعات به دست بیارین:



https://www.anthropic.com/research/Claude-accelerates-protein-design

بوت‌کمپ Agentic Biology کمک میکنه تا دانشجویان زیستی و پزشکی، از صرفا استفاده از چت‌بات‌های هوش مصنوعی فراتر برن و با شخصی‌سازی ورک‌فلوهای کاریشون، توی زمان کوتاه، نتیجه بسیاری بهینه‌تری رو به دست بیارن.



این بوت‌کمپ نتیجه تجربیات شخصی توی چند سال اخیر و توسعه انواع سیستم‌های ایجنتیک علمی هست.


مطالعه توضیحات بوت‌کمپ


@mehr_ameri

ما ظرفیتمون تکمیل شده و الان داریم پوستر رسمیشو رونمایی میکنیم 🙂😂

اگه میخواین وارد مطالعات مالتی امیکس بشین، اما نمیدونین منطق این مطالعات چطوریه، این ویدئو یک ساعته رو از دست ندین:


https://youtu.be/YbHpdG2fqRw?si=GQ4UuRIa1t4ArtcD

یه ریویو دیشب پیدا کردم، هنوز پری‌پرینته و تازه منتشر شده، ۴۰ صفه اومدن انواع مدل‌های foundation سینگل سلی که تا الان آموزش داده شدن رو بررسی کردن، اسامی پشتش هم بسیار بزرگه...

انقدر جذاب به نظر میرسه که طی یک حرکت رونالدینیویی میخوام مقاله فعلی‌ای که درگیر مطالعه‌اش بودمو (برای ضبط) بذارم کنار، برم توی فاز ضبط این یکی تا خود فردا شب 😂

طبق پیش‌بینی ۲۰ ساعت ویدئو باید بشه

یه هفته‌ هم خروجی گرفتن و آپلودش با این سرعت نت زمان میبره، آخر هفته بعدی میتونین استفاده کنین کیفشو ببرین

بوت‌کمپ Agentic Biology کمک میکنه تا دانشجویان زیستی و پزشکی، از صرفا استفاده از چت‌بات‌های هوش مصنوعی فراتر برن و با شخصی‌سازی ورک‌فلوهای کاریشون، توی زمان کوتاه، نتیجه بسیاری بهینه‌تری رو به دست بیارن.



این بوت‌کمپ نتیجه تجربیات شخصی توی چند سال اخیر و توسعه انواع سیستم‌های ایجنتیک علمی هست.


مطالعه توضیحات بوت‌کمپ


@mehr_ameri

عزیزانی که برای بوت‌کمپ رزرو کرده بودین، ظرفیت گروه جدید توی سایت فعال شده و میتونین ثبت‌نام داشته باشین ❤️


برای این گروه مشابه قبلی، فقط ۱۵ نفر در نظر گرفته شده و به خاطر زمان امکان اضافه کردن گروه جدید نیست، پیشنهاد میکنم این یکی رو از دست ندین 🙏

یه مقاله آموزشی عالی، برای استفاده بهتر از مدل‌های زبانی، توی پژوهش‌های پزشکی


@mehr_ameri

‏اگه برنامه‌نویس R هستین و از rstudio خسته شدین، می‌تونین از Positron استفاده کنین که این IDE رو خود تیم rstudio توسعه‌اش دادن.

‏ویدئوی معرفیش:
https://youtu.be/Erf06WAVJxs?si=t0G0zr8LHVrXh8T8

ازون مقاله خوبا


https://www.nature.com/articles/s41551-026-01754-z