اگه شش ساعت و نیم تایمتون آزاد بود این آخر هفته، یه مقاله مرتبط با ساخت سلول مجازی رو آنالیز کردم و براتون داخل یوتیوب گذاشتم، دوست داشته باشین مقالات بیشتر رو هم قرار میدم 🙂



https://youtu.be/ELaxCMKyWew?si=6MxQMmDklfkXFTbG

من معمولا نمیگم برای اولین بار در ایران،


✅ اما این‌بار شایسته‌ست که بگم:
برای اولین بار در ایران: «بوت‌کمپ Agentic Biology»


یه بوت‌کمپ کاملا تالیفی که نتیجه تجربیات چند سال گذشته من به واسطه کار با انواع مدل‌ها و ایجنت‌ها هست. برای اینکه سیستم‌های ایجنتیک موجود رو با workflow های بیولوژیکی و بیوانفورماتیکی توی کارهامون سازگار کنیم.


همچنین یه عالمه ایجنت و workflow هوش مصنوعی که برای پژوهش‌‌های مختلف خودم توسعه دادم رو میخوام به بچه‌ها بدم تا توی خیلی از کارهاشون صرفه‌جویی بشه.


پیشنهاد می‌کنم چهارتا فیلم موجود توی صفحه رو ببینین، توضیحات و سوالات متداول رو مطالعه کنین، تا از ظرفیت محدود این ماجراجویی آنلاین جا نمونین



✅ راستی ما مدت زیادیه که امکان ثبت‌نام اقساطی توی چهار نوبت رو برای عزیزان توی سایت فعال کردیم ❤️



بوت‌کمپ Agentic Biology



@mehr_ameri

من دارم یه اکوسیستم کامل برای بخش‌های مختلف R مینویسم که چیزایی که برای خودم حوصله‌سربر یا دشوار بوده رو با کمک ai ساده کنم


این دوتا پروژه خیلی توی وقتتون صرفه جویی می‌کنن:

AutoPlotR

AutoReport

عزیزان ظرفیت این بوت‌کمپ ۱۵ نفر هست چون میخوایم آنلاین باشه و بازدهی خوبی رو ازش بگیریم، و چندتاییش پر شده الان

تخفیف فعلی بوت‌کمپ به شکل پله ای از فردا کم میشه 🙏

کارای خیلی جالبی رو میخوایم انجام بدیم و چون چند ماه زمان میبره برگزاری اون، دور بعدی بوت‌کمپ برای نزدیکای عید شاید برگزار بشه و پیشنهاد میکنم با توجه به تازگی تاپیک‌هایی که داره، اگر تمایل دارین از ai توی کارهاتون استفاده متفاوت تری داشته باشین، بوت‌کمپ رو توی این مقطع زمانی از دست ندین ❤️

عزیزانی که این آموزش رو دیدن و به virtual cell علاقمند شدن، این مقاله رو بهشون پیشنهاد میکنم

این پروژه توسط خود تیم اون مقاله قبلی انجام شده و یه virtual cell به نام state رو معرفی کردن. البته مقاله سنگینی هست و پری‌پرینته. اما خیلی خوندنش و جزئیاتی که داره جذابه. خیلی زیاده و نمیشه خط به خطشو ضبط کرد مشابه مقاله قبلی، اما خلاصه‌اش رو براتون میذارم یوتیوب

کدوم بخش از مطالعات نرم‌افزاریِ زیستی و بیوانفورماتیکی، ارزش تلفیق شدن با ai رو داره؟
و خوبه که اگه داریم هوش مصنوعی یاد می‌گیریم، برای اون شاخه هدف‌گذاری کنیم؟


توی این ویدئو به سوال پاسخ دادم:


https://www.youtube.com/watch?v=kbP9p5lmDOI

⭕️ فقط چهار نفر دیگه تا تکمیل ظرفیت بوت‌کمپ

⭕️ فقط یک نفر تا تکمیل ظرفیت بوت‌کمپ

✅ تکمیل ظرفیت

خیلی متشکرم از تمامی عزیزانی که توی این بوت‌کمپ شرکت کردن، به زودی توی روزای آینده باهاتون در ارتباط خواهم بود و طبق زمان‌بندی مشخص شده توی سایت، ۱۲ جلسه جذاب رو باهم پیش میبریم


امیدوارم که بتونم کمک کنم چیزای جدید و جالبی رو آموزش ببینین ❤️

راستی یه آموزش جدیدم برای یوتیوب دارم آماده میکنم، ازون تاپیکای جذاب کمیاب

به زودی تکمیل میشه و براتون میذارمش، یه آموزش چند ساعته‌ میشه اینم

به طرز عجیبی همه دارن روی Virtual cell مانور میدن...

تیم GenBio اومدن و یه virtual cell معرفی کردن که پا رو از یه مدل و پیش‌بینی ساده خیلی فراتر گذاشته


توی virtual cell شون به جای اینکه مدل بیاد یه ورودی بگیره و فقط وضعیت سلول رو پیش‌بینی کنه، میتونین کارای زنجیره‌ای هم انجام بدین


فرض کنین یه ژن رو داخلش خاموش می‌کنین، state سلول تغییر میکنه (یعنی تاثیر اون خاموشی ژن روی سلول رو به دست میارین)، بعد روی این وضعیت جدید، میاین تاثیر یه دارو یا ترکیب رو روی سلول بررسی می‌کنین و ادامه...


این لینک رو پیشنهاد میکنم یه مطالعه کنین 🙂


https://genbio.ai/aido-cell-simulator/


@mehr_ameri

ما هم باید نگران این باشیم که به خاطر مقاله علمی با همکاری دانشگاه خارجی بهمون حبس نخوره 😂

این مقاله جدیدم پیرامون چالش‌های generative ai توی بیولوژی تازه منتشر شده خیلی چیز جالبیه


https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00802-0

این ویدئو چند ماه پیش ضبط شده و الان توی یوتیوب قرار گرفته پیرامون «نوشتن کتاب» توی دوران دانشجویی


پیشنهاد میکنم قبل از جوین شدن به پروژه‌های نگارش کتاب اینو ببینین 🙏



https://youtu.be/aNUYq92jj1c?si=ZebXiA1TSvwPOAjl

«کلاد حالا می‌تونه براتون پروتئین طراحی کنه»

آنتروپیک امروز گزارشی درباره طراحی پروتئین با Claude منتشر کرده؛ اما این عنوان کمی گمراه‌کننده‌ست.

چون در این پروژه، مدل‌های آنتروپیک مستقیما توالی یا ساختار پروتئین رو تولید نکردن. کاری که انجام دادن بیشتر شبیه به طراحی یه ai ریسرچر هست که میتونه فرآیند طراحی پروتئین رو انجام بده

اومدن اسم و مشخصات کلی هر پروتئین هدف رو به Claude دادن و یک پروتکل مفصل چند هزار کلمه‌ای هم در اختیارش گذاشتن که توضیح می‌داد یک پروژه استاندارد طراحی binder چطور انجام می‌شه. Claude درباره پروتئین هدف تحقیق کرد؛ ساختارهای شناخته‌شده و نقش زیستی‌شون رو بررسی کرد و تصمیم گرفت binder بهتره به کدوم قسمت از سطح پروتئین متصل بشه.

بعد کلاد از چند مدل تخصصی طراحی پروتئین مثل RFdiffusion3، PXDesign، Genie 3 و چند ابزار دیگه استفاده کرد. این مدل‌ها بودن که ساختار سه‌بعدی اولیه یا backboneهای کاندید رو تولید کردن، نه مدل‌های آنتروپیک و کلاد اینجا نقش یه orchestrator رو ایفا کرده بیشتر

البته که این کار با ارزشیه، اما ساخت ایجنت‌های علمی این‌چنینی چیز جدیدی نیست و یه سال هست که پروژه‌های مختلفی داره کار میشه.


یعنی بهتره به این پروژه اینطوری نگاه کرد که نقش انسانی فرآیند طراحی پروتئین رو اومده و جایگزین کرده و این توانایی llm ها رو توی سرعت بخشیدن به کارهای زمان‌بر علمی نشون میده.

با در اختیار قرار دادن ابزار و context مناسب، llm ها می‌تونن کارهای خیلی جذاب علمی‌ای رو انجام بدن


میتونین ازینجا بیشتر پیرامون این پروژه اطلاعات به دست بیارین:



https://www.anthropic.com/research/Claude-accelerates-protein-design

بوت‌کمپ Agentic Biology کمک میکنه تا دانشجویان زیستی و پزشکی، از صرفا استفاده از چت‌بات‌های هوش مصنوعی فراتر برن و با شخصی‌سازی ورک‌فلوهای کاریشون، توی زمان کوتاه، نتیجه بسیاری بهینه‌تری رو به دست بیارن.



این بوت‌کمپ نتیجه تجربیات شخصی توی چند سال اخیر و توسعه انواع سیستم‌های ایجنتیک علمی هست.


مطالعه توضیحات بوت‌کمپ


@mehr_ameri

ما ظرفیتمون تکمیل شده و الان داریم پوستر رسمیشو رونمایی میکنیم 🙂😂

اگه میخواین وارد مطالعات مالتی امیکس بشین، اما نمیدونین منطق این مطالعات چطوریه، این ویدئو یک ساعته رو از دست ندین:


https://youtu.be/YbHpdG2fqRw?si=GQ4UuRIa1t4ArtcD