日本人的祖先主要可以分为三大系统，分别是在冲绳较多的“绳文系”，在关西较多、与古代中国黄河流域汉族较为接近的“关西系”，在东北较多、各种因素混合、不清楚具体由来的“东北系”。绳文系遗传信息占比最大的是冲绳，其次是东北，在关西最少。

东北系与冲绳宫古岛的古代日本人及4至5世纪前后的朝鲜半岛人较为接近。据称，可能与从前居住在东北被称为“虾夷”的人群有关。

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