We are happy to share our new paper in Nucleic Acids Research!

"Boolean logic links chromatin accessibility states to gene expression variability across cell types"

We developed ocrRBBR, a computational framework that decodes combinatorial cis-regulatory logic from paired ATAC-RNA data. Instead of simple correlations, ocrRBBR infers interpretable Boolean rules like:
(¬OCR_A ∧ OCR_B) or (OCR_A ∧ OCR_B)
These rules capture everything from synergistic enhancer interactions to redundant/additive logic, explaining how OCR combinations drive cell-type-specific gene expression.

Key findings:
- Cell-type-specific genes rely on selective Boolean rules integrating signals from more OCRs (including distal enhancers)
- Housekeeping genes use simpler, modular rules with fewer OCRs
- Cell-type-specific rules enrich for lineage-defining pathways
- This provides a mechanistically interpretable framework linking chromatin accessibility to gene regulation!
Full paper link:
https://academic.oup.com/nar/article/54/6/gkag230/8558641

پژوهشگاه دانش‌های بنیادی (IPM) برگزار می‌کند:

کارگاه تخصصی Single-cell RNA-seq
به‌صورت عملی (Hands-on) با محوریت تحلیل داده‌های COVID

به اطلاع علاقه‌مندان و پژوهشگران حوزه زیست‌فناوری و بیوانفورماتیک می‌رساند که کارگاه تخصصی «تحلیل داده‌های تک‌سلولی (Single-cell RNA-seq) در پژوهشکده علوم زیستی برگزار خواهد شد. این کارگاه با هدف ارائه آموزش‌های جامع و کاربردی در زمینه تحلیل داده‌های تک‌سلولی، از مراحل اولیه تا تفسیر نتایج و ارائه خروجی‌های قابل انتشار، طراحی شده است.

مدرسان: دکتر امیر ملک‌پور - دکتر فاطمه سجادی

🗓 زمان : چهارشنبه 10 تیر ماه 1405، ساعت ۹:۰۰ تا ۱۸:۰۰
📍محل برگزاری: تهران، خیابان شهید لواسانی،جنب کوچه فربین، پژوهشگاه دانش‌های بنیادی، پژوهشکده علوم زیستی، اتاق کنفرانس

هزینه ثبت‌نام: 1میلیون تومان

💡 برای دریافت اطلاعات بیشتر و ثبت نام از طریق لینک اقدام کنید.

💡کارگاه همراه با گواهی معتبر شرکت در دوره برگزار می‌شود.

📌 همراه داشتن لپ‌تاپ شخصی الزامی است.

با آرزوی دیدار شما

پژوهشگاه دانش‌های بنیادی (IPM) برگزار می‌کند:

کارگاه تخصصی Single-cell RNA-seq
به‌صورت عملی (Hands-on) با محوریت تحلیل داده‌های COVID

به اطلاع علاقه‌مندان و پژوهشگران حوزه زیست‌فناوری و بیوانفورماتیک می‌رساند که کارگاه تخصصی «تحلیل داده‌های تک‌سلولی (Single-cell RNA-seq) در پژوهشکده علوم زیستی برگزار خواهد شد. این کارگاه با هدف ارائه آموزش‌های جامع و کاربردی در زمینه تحلیل داده‌های تک‌سلولی، از مراحل اولیه تا تفسیر نتایج و ارائه خروجی‌های قابل انتشار، طراحی شده است.

مدرسان: دکتر امیر ملک‌پور - دکتر فاطمه سجادی

🗓 زمان : چهارشنبه 10 تیر ماه 1405، ساعت ۹:۰۰ تا ۱۸:۰۰
📍محل برگزاری: تهران، خیابان شهید لواسانی،جنب کوچه فربین، پژوهشگاه دانش‌های بنیادی، پژوهشکده علوم زیستی، اتاق کنفرانس

هزینه ثبت‌نام: 1میلیون تومان

💡 برای دریافت اطلاعات بیشتر و ثبت نام از طریق لینک اقدام کنید.

💡کارگاه همراه با گواهی معتبر شرکت در دوره برگزار می‌شود.

📌 همراه داشتن لپ‌تاپ شخصی الزامی است.

با آرزوی دیدار شما