در سال ۲۰۱۱، درصد کمی از انسان‌ها توانایی‌های ذهنی به نام "کانتوس" را در خود بروز دادند. بیش از یک هزاره بعد، در شهر کوچکی به نام کامی‌سو ۶۶، دختری به نام ساکی واتانابه آخرین نفر از دوستانش است که قدرت‌هایش بیدار می‌شود و به آکادمی حکیمان می‌پیوندد — مدرسه‌ای مخصوص افرادی که توانایی کانتوس دارند.

با این حال، هرچند همه‌ی دانش‌آموزان در این مؤسسه از کانتوس برخوردارند، اما قدرتشان برابر نیست. مدت کوتاهی پس از ورود ساکی، یکی از هم‌کلاسی‌هایش که از بقیه ضعیف‌تر شناخته می‌شود، به‌طور ناگهانی ناپدید می‌گردد.

روزی، هنگام بازگشت از مدرسه همراه دوستانش — ماریا آکیزوکی مصمم، شون آوئوما باهوش، ساتورو آسانینا دقیق، و مامورو ایتو خجالتی — با دو موجود ناشناخته روبه‌رو می‌شود که به آن‌ها موش‌مانندهای هیولا یا Monster Rats می‌گویند. این موجودات ظاهری شبیه موش‌کور دارند و انسان‌های دارای کانتوس را همانند خدایان می‌پرستند. به همین دلیل، وقتی ساکی با استفاده از قدرتش یکی از آن‌ها را نجات می‌دهد، با سپاس و احترام فراوان مواجه می‌شود.

اما این برخورد، ذهن ساکی را درگیر جایگاه واقعی این موجودات در جامعه می‌کند. مدتی بعد، خبر ناپدید شدن فرد دیگری به گوش می‌رسد، و ساکی و دوستانش برای یافتن پاسخِ رازهای پیرامونشان قدم در مسیری تاریک می‌گذارند — مسیری که به‌تدریج چهره‌ی واقعی این دنیای به‌ظاهر «بی‌نقص» و گذشته‌ی سیاه بشریت را آشکار می‌سازد.