Будет ли кто-то на ECCB в Швейцарии в сентябре? Мы не сможем приехать, хотели бы попросить повесить наш постер.

Пока скептики дискутируют о том, могут ли языковые модели ДНК быть полезны, те, кто собственно работает над их применением, публикуются в Science и создают новые лекарственные препараты:

https://www.science.org/doi/10.1126/science.aec2657

Пока я не успеваю написать разбор статьи о создании терапевтических фагов (вирусов бактерий). Но уже вышла статья naked-science, где можно почитать об этом открытии на русском.

https://naked-science.ru/article/biology/nejroset-vpervye-sgenerir

Также в комментах фултекст для тех, у кого статья закрыта

За последние несколько дней у моих коллег вышло несколько совершенно выдающихся статей, о которых хочется рассказать.

1. The Codebook Consortium, в котором одну из важнейших ролей играет группа Ивана Кулаковского, опубликовала в Nature огромный экспериментальный набор данных о связывании 332 ранее не охарактеризованных транскрипционных факторах с хроматином человека

https://www.nature.com/articles/s41586-026-10798-9

Это важнейшая работа, которая существенно расширяет наше представление о том, как регулируются гены, какие мутации могут приводить к болезням и как происходила эволюция факторов транскрипции.

Почитайте твитториал авторов (он был написан когда вышел препринт, но основные тезисы статьи там отражены: https://x.com/ArttuJolma/status/1857497666357199171).

2. Леша Комиссаров и его коллеги из Сколтеха, в составе большой международной научной группы, опубликовали в Cell геном зебровой амадины. Амадина - относится к певчим - важнейшая модель среди птиц, на которой изучают нейробиологию. Сборка генома - который, по словам авторов, теперь "второй по качеству после человека" - очень поможет и эволюционным исследованиям, изучающим как менялись системы определения пола, функционирования центромер и теломер и регуляции генов.

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00816-0

Среди авторов этих статей много моих хороших товарищей и коллег (Denis Larkin, Alexander Suh, Vsevolod Makeev, Andrey Buyan, Sergey Abramov, Ivo Grosse) - мои искренние поздравления коллегам, блестящие публикации! И очень приятно видеть, что в России есть группы, которые работают на высочайшем мировом уровне!

Вот уже несколько лет коллеги-медицинские генетики из центра имени Д.О. Отта в Санкт-Петербурге проводят конференцию с совершенно волшебным - под стать настроению места проведения - названием "Поэзия генома".

С большим удовольствием распространяю информацию об этом мероприятии.

Меня спрашивают часто, что можно почитать/посмотреть для тех, кто хочет побольше узнать про ML.
Рекомендую лекции коллег!

Одна из самых интересных - и необычных - работ нашей группой, под кодовым названием "человек-паук".

Действительно, а что будет если целый геном далёкого от человека вида окажется внутри наших клеток? Казалось бы, ужас из самых страшных кошмаров антиГМОшников. Однако спешим успокоить - не говоря уже о том, что в норме клетки прекрасно защищены от проникновения длинных молекул ДНК снаружи, даже если такое произойдёт, весь приобретённый генетический материал клетка упакует в плотный неактивный компартмент.

Как клетки опознают чужую ДНК и понимают, что с нее не нужно считывать гены? Сможем ли мы когда-нибудь "пересаживать" большие фрагменты геномов от одного вида к другому (как, например, делает вот эта группа, которая пытается пересадкой генома хлоропластов "научить" клетки животных фотосинтезу)?

В общем, наука тогда бывает очень занимательной!

В России соединили ДНК человека и комара: что это дало генетикам
https://science.mail.ru/news/55893-dnk-cheloveka-i-komara/

Завтра я докладываю статью на нашем лабораторном journal club. Пока искал что рассказать - нашел свежую статью из Nature. Ребята культивировали органоид человеческого мозга в чашке 5 лет (!).

У меня один вопрос - как они описывали бы заявку в РНФ?

И ещё о человеке-паукекомаре

https://www.mk.ru/science/2026/09/02/v-sibiri-soedinili-na-geneticheskom-urovne-cheloveka-i-komara.html

Внимание медгенетикам - альфагеном выложил скоры для 9 миллиардов геномных вариантов. Доступ по API

https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas

AlphaGenome Atlas is an integrated data resource that predicts the functional impact of all 9 billion possible single nucleotide variants (SNVs) across the human genome. By unifying coding and non-coding predictive models, it streamlines the prioritisation and interpretation of variants.

Unified Variant impact scoring: Combines coding and non-coding predictions into a single, standardized AlphaGenome Variant Impact (AVI) score.
Genome-wide scale: Access precomputed variant effect predictions spanning the entire human genome.
Zero-code exploration: Spot-check individual variants and dive into granular genomic context directly in your browser.
Seamless agentic integration: Connect effortlessly with AI agent workflows to scale analyses and transition to Atlas website visualisations.

More details:
- 🌐 Portal: https://lnkd.in/gEd_9YjY
- 🎥 Video: https://lnkd.in/gjCs3y6F
- 📖 Blog: https://lnkd.in/gdBM4D7T
- 📄 Preprint: https://lnkd.in/gt2pQeZv
- 🧬 Motif heatmap: https://lnkd.in/gn826x7c

С удовольствием распространяю объявление о новом геномном конкурсе от коллег. Опыт проведения таких соревнований у них большой, так что не сомневаюсь, что будет интересно!

Дорогие коллеги!

Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей.

Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.).

Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте.
Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично.

Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты офлайн-оценки. Старт — 4 сентября, дедлайн — 30 ноября 2026.

Ссылки:
https://epic.autosome.org
https://t.me/+lfC17rwA3xszNmZi

Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой?

Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.

Ответ на загадку (многие ответили почти правильно в комментариях)

Орфография и пунктуация автора эксперимента сохранены:

Муха залетела посидеть, я ее выгнала, но она успела отложить яйца.
На следующий день увидела ползающие овальные "колонии". Они все съели и умерли. И на третий день после трансформации чашка выглядела как на фото.