Кажется, я тоже попал в список менторов. Ну, со мной, скажем, можно и без этих сложностей поболтать, но в списке много других классных спецов

Вчера сходил на созвон с основателями biomni. Очень приятные ребята. Планируют в ближайшее время существенно расширять функционал. Спросил их про монетизацию - сейчас для академии биомни почти бесплатный. У них такая стратегия: постараться как можно дольше сохранять биомни (почти)бесплатной для академических лаб, а деньги зарабатывать продавая подписку фармкомпаниям.

А ещё один из основателей рассказывал, что компания началась с того, что он сам себе сделал агента, чтобы быстрее читать литературу или выполнять простые биоинформационные задачи.

Последний шанс подать заявку на конфернецию BGRS/SB-2026, в частности - на секцию по 3D-геномике. Если вдруг вы забыли о ней - ещё не поздно за вечер набросать короткие тезисы и приехать летом в Новосибирск!

https://bgrssb.icgbio.ru/2026/program/

Поднял себе MCP сервер для отправки писем. Теперь GPT может за меня переписываться, отвечая на простые вопросы.

Как это работает: пишешь код, например, приложение на питоне, которое может что-то делать. В моём случае - искать, читать и отправлять письма с моего ящика Яндекса. Код, естественно, написал GPT.

Это приложение размещается на моем личном сервере, с возможностью вам обращаться к нему по http. В GPT создаётся application с указанием этого сервера. После этого, GPT может дёргать приложение чтобы прочитать или отправить письмо.

Как это работает на практике: я могу сказать gpt голосом "прочитай письмо из отдела кадров и напиши для них трудовые функции исходя из того, что ты знаешь о моей работе в лаборатории, по образу других писем, которые я отправлял в отдел кадров раньше". Через 5 минут коллеги получают готовый документ

В общем осталось этим великолепным ассистентам научиться стирать вещи и мыть полы. И тогда наступит, наконец-то, светлое будущее

Недавно были подведены итоги конкурса проектов отдельных научных групп РНФ (7-миллионников). Поддержали 454 проекта, конкурс был 1:13.

Когда-то я считал "проходной" балл для "маленьких" проектов на основе небольшой выборки, которая у меня была - балл оказался около 4.5. Если вы участвовали в текущем конкурсе РНФ, пришлите мне свои балыы (или рецензии, если лень считать), я добавлю в статистику.

-- пост обновляется --

Прошли -4.54
Не прошли - 4,67; 4.59; 4,46; 4,04

Сегодня в NAR вышла наша статья об организации хромосом типа ламповых щеток (ЛЩ) в ооцитах курицы!

ЛЩ - удивительный объект, знакомый каждому биологу из школьных учебников. Все хромосомы как хромосомы, а эти образуются при активной транскрипции в ходе созревания яйца. Они похожи на гигантские "палки" с огромными торчащими наружу генами - петлями - по которым как паровозы едут молекулы РНК-полимеразы. Эти хромосомы становятся настолько большими, что их хорошо видно в самый простенький микроскоп. Благодаря этому, ЛЩ когда-то были излюбленным объектом биологов. Тем не менее, на один из важнейших вопросов - как же устроены эти огромные хромосомы и как они образуются - ответ так и не был получен.

Благодаря совместной работе с группой Аллы Красиковой из СПБГУ, мы сделали серию геномных экспериментов (Hi-C, метилирование, транскриптом) ЛЩ, а затем наши биофизики - Тимофей Лагунов и Виктор Константинов - построили физическую модель на основе полученных данных.

Оказалось, что полимераза, которая постоянно ездит по активным генам, сшибает все белки на своем пути - кроме белковых комплексов-колечек, которые держат две сестринские хроматиды (когезин). Эти кольца полимераза разорвать не может, поэтому сдвигает их к концам активных генов.

В то же время рядом с активными генами накапливается огромное количество продуктов транскрипции, формируя избыточное давление. В результате, активно транскибирующиеся гены, свободные от колец, давлением выталкивает наружу, формируя петли. А между ними кольца крепко держат ДНК сестринских хроматид, формируя компактные хромомеры.

В статье много интересного, а ещё она замечательна с методической точки зрения - тут и классическая геномика, и single-cell Hi-C, и цитология, и биофизическое моделирование - все современные методы использованы, чтобы получить не просто набор фактов, а физическую модель, объясняющую биологический процесс.

Спасибо замечательным коллегам за эту работу, в первую очередь Марии за сложнейшие эксперименты, Тимофею за то, что самостоятельно освоил кухню биофизического моделирования и группе Аллы Красиковой (и Алле лично), которая вдохновила нас изучать оогенез куриц и принимала активное участие во всех этапах - от методической помощи по выделению ооцитов до формулировки принципов, лежащих в основе упаковки ЛЩ.

П.С. На фото - я в гостях в лаборатории СПБГУ, где мы, благодаря гранту Тимофея, начинаем новую серию экспериментов, развивающих эту работу - теперь на ооцитах лягушек.

П. С. Будем считать, что это была моя Пасхальная новость )

Я несколько раз рассказывал на этом канале о Biomni и многие мои коллеги уже успели попробовать этот интсрумент для решения своих задач.

Напомню, что Biomni - коммерческий проект, финансируемый LLM-гигантом антропик.

На днях прямой конкурент антропика - openAI - запустила похожий инструмент: специальную нейросеть для биомедицинский исследований GPT-Rosalind

https://openai.com/index/introducing-gpt-rosalind/

Пока GPT-Rosalind доступна для партнеров программы, но скоро должна стать доступна всем. Ещё Open-AI выпустила набор плагинов Life Sciences research, который вроде как доступен всем, но я не смог подключить его в платной версии ChatGPT. Если у кого-то получилось, напишите инструкцию.

В целом, это прекрасно. Чем больше конкуренция, тем быстрее будут развиваться эти, безусловно крайне полезные, инструменты.

Итак, после нескольких лет и десятка международных путешествий я, наконец, освоил метод переключения с Mirpay на Google pay на своем телефоне. Весь секрет оказался в том, что нужно вытащить российскую симку... А сколько часов, проведённых в аэропортах, из которых я банально не мог уехать без карты, мне стоило это знание...

А ещё в Алматы построили новый аэропорт! И он прекрасен, один из лучших аэропортов, особенно на контрасте с тем, как тут было раньше

Это я к чему. Лечу в Бразилию на конференцию ICLR и на следующие пару недель блог превращается из научного в туристический ) кто не хочет видеть фото обезьянок и постеров с ICLR - выключайте оповещения )

Самолёт до Сан-Паулу - как маршрутка. Притормозил в аэропорту, половина вышла, половина зашла, у оставшихся в самолёте проверили билетики и отправили до Сантьяго