А ещё занятное приложение для каждого, у кого на руках есть какие-то генетические данные: используя базу гномад или аналог (это публичные БД с частотами мутаций) и график из статьи Кимуры, можно про каждый редкий вариант в геноме прикинуть, сколько лет назад он возник. Оценить свою "мутационную молодость", так скажем.

Объявлены результаты конкурсов молодежных РНФ (1.5 млн). Ребята из нашей группы - Тимофей Лагунов, Павел Сальников и Никита Торгунаков стали победителями, ещё 3 заявки были отклонены. При конкурсе примерно 1:5 - это отличный результат. Молодцы, поздравляю!

Всего в ИЦиГ было поддержано 12 заявок.

Интересно, что от университетов - Сириус и НГУ - не поддержано ни одной заявки. Но без информации о том, сколько их было подано, сложно интерпретировать эту информацию (в НГУ почти все аффилиированы с институтами СО РАН и могут подавать заявки оттуда, а вот из Сириуса как минимум одну заявку подавали из нашей группы).

‼ новый формат постов этого ТГ канала - ввожу рубрику "ищу рецензента" ‼

У меня это всегда большая проблема - найти рецензента. Круг знакомых хоть и большой, но органичен, просить одних и тех же (часто очень занятых людей) рецензировать студенческие работы мне немного неловко. А рецензировать нужно! Вот подумал - давайте обмениваться "объявлениями о рецензиях"? Это хороший способ познакомиться и, возможно, сформировать почву для новых колабораций. Я начну!

#referee

Рецензент найден!

Мой студент 4 курса пишет диплом. В перспективе фокус диплома будет о сравнении ML-подходов для создания seq-to-expression моделей. Но пока мы занимаемся сбором и подготовкой данных, так что основные результаты скорее об анализе RNA-seq:

"как смешать клетки разных видов животных в один пул и сделать single-cell RNA-seq этой одной пробы, а потом эффективно демультепликсировать данные, чтобы получилось 10 экспериментов по цене одного."

Диплом пока в стадии курсовой, около 30 страниц, рецензировать нужно будет в конце декабря, достаточно очень короткой рецензии (или даже просто оценки). Нужна степень кбн и интерес к геномике.

Если у вас есть желание прочитать работу - напишите в комментарии. Или если думаете, что ваш студент может найти рецензента в этом канале - тоже напишите, распространю информацию (а может - возьму кого-то сам на рецензию).

#referee

П.С. Рецензент найден!

Мы ищем рецензента для курсовой (будущего диплома) бакалавра.

Тут работа совершенно необычная. У нас есть гибридные клетки человека и комара - 4 клона HEK293T, у которых в разных местах вставлены огромные (мегабазы) участки генома комара 😱. Оказалось, что если засадить геном комара в клетки человека, то он полностью гетерохроматинизируется.

В дипломе с помощью системы CRISPR/dCas9 мы хотим ацетилировать гистоны и активировать геном комара. Сейчас уже заклонированы необходимые гайды, а также показана работоспособность системы активации на контрольном гене - гемоглобине. Также недавно была поставлена трансфекция клонов и сделаны chip-seq за метку ацетилирования гистонов.

Тема курсовой/диплома: "Активация гетерохроматиновых трансгенов в клетках линии HEK293t при помощи CRISPR/dCas9". Диплом "мокрый".

П.С. Подробнее о рубрике "ищу рецензента" тут

Коллеги из Франции просят распространить информацию о PhD-позициях

Рецензент найден!

Несмотря на бурную реакцию, рецензировать работу о CRISPR-активированных гибридах комара и человека никто не взялся. Неужели никто не хочет на ночь почитать?

Наверное, для большинства "не открою Америку" , но поделюсь вариантом использования курсора/других ИИ инструментов, который мне последнее время понравился.

Когда я пишу сложные скрипты, где в коде есть куча нюансов, связанных с биологией (например, что-то нарезать на чанки, склеить по сайтам сплайсинга, найти рамки считывания и т.п.), я обычно не доверяю их ИИ. Эти штуки почти неизбежно косячит в паре мест, а разбирать и проверять их код дольше, чем писать самому. Помогает разве что пользоваться IDE, где сразу предлагается дописать несколько строчек и подсказывают синтаксис - это немного ускоряет процесс. Но в целом большую часть я пишу сам.

Последнее время после написания кода прошу курсор или GPT проверить, есть ли ошибки - и он часто подсвечивает косяки, которые в противном случае пришлось бы долго искать дебагом. Хорошо экономит время.

Update: пока рекомендаций достаточно, всем спасибо, буду пробовать!

А ещё вопрос в аудиторию. У меня на моем личном VDS сервере долго бесперебойно работал VPN на ocserv, но в последнее время у части провайдеров он отрубается (соединяет с VPN-хотстом, но доступа в интернет нет - видимо блочится на уровне пакетов). Если кто-то знает, что можно поставить на VDS, чтобы в РФ работало, напишите. В коменты такое лучше не писать (у нас вроде публичные советы по настройке VPN запрещены законом), так что пишите в лс @minjafish

П.С. Готовые платные VPN от сторонних сервисов меня не интересуют, вопрос именно в том, что поставить на свой личный VDS на Ubuntu, желательно с хорошей инструкцией.

Посчитал по небольшой выборке грантов РНФ, которые подавала моя группа, разницу в среднем балле успешных и неуспешных заявок.

- У трех успешных баллы (усреднение по 3 экспертам) = 4.56, 4.71, 4.83 (один из экспертов поставил все (!) пятерки). Интересно, что у некоторых 2 экспертизы, у некоторых три.

- У неуспешных = 4.3, 4.14, 3.86

Итого, кажется проходной балл был в районе 4.5

А вы писали РНФ на 1.5 млн? Поделитесь баллами в комментарии! Можно кинуть мне рецензию, если лень считать среднее, я попрошу GPT посчитать.

Коллеги прислали свои оценки, пост обновил.

Принимаю участие в отчётной сессии AIRI. Каждый год впечатляет широта применения ИИ:

- создание .cad файла с инженерными коммуникациями из картинок, дизайн планировок помещений
- перевод древнеегипетских текстов
- анонимизация голоса
- создание ИИ агентов с общей памятью
- создание робота-домохозяйки

Это только первые три доклада! Буду интересное дополнять в комментариях.

В цифрах: 100 статей уровня А* за год.

Всем привет! Мы активно ищем постдока (возможен вариант защиты в 2026) для работы в университете Сириус с нашей группой. Бэкграунд в биоинформатике и/или ML. Будем делать новые AI-архитектуры для решения геномных задач в тесной коллаборации с ИЦиГ и AIRI.

Проживание в Сочи (в Сириусе), дадут служебное жильё с бассейном, в 5 минутах от моря, кому это важно. Писать мне:

@minjafish (ТГ)
minja-f@ya.ru

Наткнулся на дискуссию о том, что называется вайб-кодингом - когда задачу написания кода за вас полностью решает ИИ:

Пост 1.

"Если ко мне на проект приходит студент и за пару недель работы ни разу не говорит что завайбкодил какой-то кусочек работы или для литобзоров не пользуется нейропоиском, то я начинаю его этому обучать 100%..."


Пост 2.

"...в рисерче для такого нужно не забывать о дотошности, и постоянной паранойе к маленьким деталям, к дисциплине в общем, которой у новичков обычно нет. Я так собесил людей на практику недавно, ллм то они юзали с радостью, только потом не могли рассказать что за метрика на графиках, почему они ее выбрали (посоветовал чатгпт), а уж как она считается даже не представляли на самом деле (сутуация у 90% стажеров сделавших тестовое)"

Я полностью согласен с авторами обоих постов. Особенно про дотошность и паранойю к деталям в ресерче!

Меня безмерно удивляет как студенты, принципиально НЕ использующие GPT, так и те, кто не читает сгенерированный им код и/или не понимающие что там написано.

Единственный понятный мне пример, когда такой подход (сгенерить и не разбираться) имеет право на жизнь - это если нужно сделать абсолютно не интересную задачу, важность которой равна нулю, и я уверен, что приобретённые при этом знания мне не понадобятся. Но таких задач я стараюсь в принципе избегать.

Опубликовали статью в Epigenetics & Chromatin в июне
||
v
К августу мне прислали ссылку на оплату картой. Я написал, что мне для отчета за оплату нужен счет.
||
v
В декабре (!) прислали счет - при этом я трижды писал и напоминал. И уточнили, что нужно обязательно уложиться с оплатой в 1 месяц.

Естественно, никакие закупки в этом году госорганизации уже не делают. Ну... напишу в редакцию, что они сами виноваты.

П.С. Для тех, кто не знаком с масштабом - плата за публикацию твоей статьи (т.е. за то, что редактор ее прочитал, пообщался с рецензентами, которые работают бесплатно, а потом техредактор перегнал текст в шаблон журнала и выложил на сайт) - >3k евро. Кажется, за эти деньги можно было бы порасторопнее работать.

Все знают, что такое ЭКО, но не все - что при ЭКО можно тестировать эмбрионы и выбрать тот, который не содержит генетических аномалий, связанных с серьезными заболеваниями. Технология сложная - требуется протестировать крошечный фрагмент эмбриона, всего 4-6 клеток.

Стандартные методы обнаруживают изменения копийности крупных фрагментов ДНК, но не перемещения (транслокации) фрагментов друг относительно друга. Хотя транслокации редко приводят к болезням, у носителей почти всегда возникают проблемы с формированием половых клеток. Таким людям можно помочь завести ребенка с помощью ЭКО, но поскольку отличить эмбрион-носитель транслокации от нормы нельзя в следующем поколении проблема воспроизводится.

В большом многоцентровом исследовании в партнерстве сведущими центрами ЭКО мы решили эту проблему, показав, что метод Hi-C позволяет обнаружить транслокации в биоптатах эмбрионов. Теперь статья ищет место на страницах журналов, а мы ищем партнерства с клиниками и компаниями, готовыми внедрять новый метод в практику

Одной из сложных задач, которую нам пришлось решить в ходе этого проекта - отсутствие большого числа контролей. Для методов, основанных на секвенировании, аномалии копийности ДНК обычно ищут на основе сравнения образца с контрольной группой без отклонений в копийности. Но в случае эмбрионов человека такую группу очень сложно собрать - ведь эмбрионы без нарушений чаще всего оставляют для переноса матери и рождения ребенка.

Эту проблему мы решили, используя AI-подходы. Совместно с AIRI и при поддержке фонда Blue Sky Research мы сделали метод, который выявляет особенности пробоподготовки и аномалии копийности каждого локуса используя данные о копийности других участков в этом том же образце. Такой метод (мы назвали его GENATECTOR) - работает существенно лучше стандартных биоинф инструментов, запущенных в режиме "без контрольного образца" и чуть-чуть лучше, чем если сделать контроль усредняя нескольких образцов с разными (не совпадающими) хромосомными перестройками.

Немного сумбурно попытался уложить в час то, что сейчас в фокусе моих интересов из ML в геномике. Получилось хаотично, но может быть кому-то будет интересно послушть.

Друзья, всем привет!

Мы подготовили финальный в этом году дайджест трендов.

Весь год смотрели и анализировали генИИ и в этом материале подводим итоги года – главные тренды и выводы развития ИИ-ассистентов на международных рынках.
А также наш новый, пока экспериментальный, формат анализа –продуктовых и маркетинговых активностей ИИ-сервисов и их влияния на пользовательские метрики приложения.
Многое еще нужно будет доработать — на важно стартовать.

В качестве главных трендов и итогов 2025 года для ИИ-ассистентов мы выделяем 8-мь:
1) Главный итог года - генеративный ИИ стал частью повседневной жизни. Результаты опросов людей показывают, что уровень проникновения GenAI в развитых странах (Европа, Америка и др.) уже превышает 60%. В России картина аналогична.
2) ИИ-ассистенты постепенно превращаются в платформы для повседневной жизни, объединяя всё больше сервисов экосистем и внешних партнеров внутри своих интерфейсов. Это создает новые возможности и опыт для пользователей. Также на рынке развивается тренд интеграции ИИ-ассистентов в новые носимые устройства – в первую очередь наушники и диктофоны.
3) Гигиеническим минимум ИИ-ассистентов становятся образовательные функции. Это и специальные режимы для обучения новому и собственные инструменты для обучения работе с генИИ
4) Конкуренция среди ИИ-ассистентов усиливается. ПокаChatGPT остается безусловным лидером по аудитории с более чем 800 млн пользователей в месяц на мобильных устройствах. Но Gemini агрессивно наращивает аудиторию. Ключевой драйвер Gemini – выпуск новых моделей, зачастую лучших в категории в момент выхода (графическая Nano Banana, видео Veo 3, общая Gemini3). Кроме того, Gemini имеет преимущество в дистрибуции за счет встраивания в экосистему Google и активно использует маркетинг для продвижения.
Также на глобальных рынках представлено много решений от китайских разработчиков.
5) Новое направление развития ИИ-ассистентов в 2025 году –развитие агентности. Пока это первые эксперименты в области лайфстайл, офисной и личной продуктивности, кодинга.
Тренд будет развиваться следующие несколько лет. Игроки рынка уже начинают адаптировать инфраструктуру в области безопасности, финансов, бизнес моделей под будущее ИИ-агентов
6) в 2025 году на рынке сформировался новый отраслевой стандарт продукта. Им стали ИИ-браузеры, которые в концу года запустили все крупнейшие разработчики. Именно в таком интерфейсе пользователи получают привычный и при этом новый удобный для себя опыт взаимодействия с генИИ
7) Главный вопрос года в сфере генИИ – экономика индустрии, которая пока отрицательная. В 2025 году на рынке не было много экспериментов с моделями ценообразования, но было много партнерских сделок для привлечения финансирования и создания общей уникальной ценности продукта
8) В 2025 году было много виральных кейсов, которые способствовали вовлечению пользователей в категорию и давали рост продуктам. Большая их часть связана с графической модальностью. Более подробно о главных итогах 2025 года в сфере генИИ, в полной версии дайджеста.

Как-то так. Статья прошла все рецензии и была на стадии proofs.