Аспирантка нашей научной группы стала победителем стипендии правительства Швейцарии, о которой я писал в посте от 2 июля 2024 года, и получила возможность пройти стажировку в ведущей лаборатории по тематике 3D-организации генома.

Очень радует, что даже сейчас сохраняется возможность для научных обменов. Это не только способ сделать интересное исследование, но и возможность наладить новые связи и научиться современным методам.

Нашлось на просторах интернета

Пока летел в самолёте смог нормально прочитать статью о новом инструменте от илюмина для анализа промотеров. Работа на самом деле очень хорошая, особенно с точки зрения аккуратности в подготовке данных и интерпретации модели.
Меня впечатлили 2 момента.

Во-первых, результаты модели лучше коррелируют с экспериментальными данными по анализу транскрипции, чем MPRA-эксперимент, в котором тестируют те же варианты. В какой-то степени это объяснимо, потому что модель видит большой регион вокруг старта транскрипции, а в MPRA - только 200 букв в чужом контексте. Ну очень круто что модели добрались до такого качества, что их предсказания более точные, чем не очень 'удачный' эксперимент

Второе - модель настолько точная, что для некоторых полигенных признаков, в которых эффект отдельных генов может быть очень большим, варианты в промотере неплохо предсказывают фенотип.

Замечательный пример из статьи — предсказания уровня липидов высокой плотности в крови по последовательностям промотора двух генов.

Очень красивая история с MCCMB от Дмитрия Первушина.

В генах BRD (белков с бромодоменами) есть "ядовитый" (название от автора) экзон. Ядовитый экзон - это экзон, длиной не кратной 3 нт, вне рамки считывания. Его включение в РНК приводит к сдвигу рамки считывания и деградации транскрипта.

Сами белки BRD являются активаторами транскрипции.

Известно, что включение альтернативного экзона зависит от скорости полимеразы.

Получается, что когда скорость элонгации полимеразы падает, образуется больше BRD, что делает инициацию транскрипции более эффективной - такой механизм обратной связи для глобальной регуляции транскрипции.

Вчера у постера обсуждали с Арсением, почему MPRA лучше RNA-seq как источник данных для обучения моделей, предсказывающих экспрессию. Некоторые мысли по этому поводу в ветке обсуждений этого поста.

Cегодня записывал подкаст для радио "Спутник" о наших работах в Сириусе для инконсалт. Кто не знает - ИНКК это консалтинговая компания, которая сопровождает мегагранты, порграммы ФТ Сириус и другие крупные гранты в РФ.

Я часто даю интервью по поводу вышедших статей. Обычно их берут журналисты, у которых есть минимальный бэкграунд в научной области, которую они освещают. Но в этот раз я был искренне впечатлен уровнем подготовки коллег, которые, во-первых, кажется, знают всех крупных ученых в РФ и, во-вторых, тщательно подготовились, изучив мою биографию и научные работы. А больше всего меня впечатлило что интервью берет сама гендиректор ИНКК (на фото). Мне показалось, что коллеги очень неформально подходят к своей работе и искренне интересуются научными успехами своих гостей, а не просто выпускают "ещё один пост в телеграмме" для галочки. Посмотрим, что получится, программу обещают сверстать к концу августа!

Слушаю доклад из БТК о сборке из собственного фазированного референсного генома трио. С интересом узнал, что частота рекомбинаций в женском мейозе отличается от мужского (больше на 10%)

Ещё интересная статистика - 40 de novo изменений копийности STR на геном на поколение

Take home message от докладчика: при относительно высокой температуре (в его экспериментов -7С) время замерзания, связанное с образованием зародыша льда, имеет большую дисперсию. Время охлаждения воды надо 10 мин, а образование зародыша льда +-час, отсюда иногда мы видим, что горячая вода иногда замерзает быстрее.

П. С. Не спрашивайте меня, что он забыл на конференции по биоинформатике 😂

О! Спустя 17 слайдов мы добрались до биологии! Итак, цитирую автора: "В биологии есть тоже много стохастических процессов. Например, зачатие. Не всегда нужно искать их причину".

Ну и жуть...

Так, последний пост на эту тему. Это ещё и исследование, поддержанное РНФ. Желающие могут выяснить, какие великие свершения обещаны в рамках этого гранта.

В эту пятницу (8 августа) в 13 по МСК по этой ссылке планируем разобрать статьи alphaGenome (https://doi.org/10.1101/2025.06.25.661532) и (если останется время и силы) PromoterAI (ссылка на фултекст была в этом канале выше). Кому интересно - приходите.

Это не полный разбор-разбор, там 100+ страниц и прочитать все невозможно. Но пообсуждаем.