Дорога через кладбище, через лес с ручьями и водопадами (посмотрите как красиво они замерзают), через деревни, где куры, коровы, пони и наши старые советские жигули соседствуют с шикарными особняками.

А вот обратную дорогу навигатор предложил какую-то ужасную - спуск по скалистой тропе, по которой не то что на велосипеде - и пешком-то сойти сложно не сломав себе шею. Порядком вымотался, пока тащил по этой тропе велосипед, но, главное, цель достигнута. В следующий раз нужно будет поехать в эту же точку по противоположному берегу Мзымты, там, кажется, дорога лучше и можно доехать до скайпарка. Но это уже в 2025 году.

Я хорошо помню, как в университетские годы познакомился с творчеством американской панк-рок группы The Offspring. Мне нужно было в ночь перед зачётом перерисовать через оргстекло страниц 50 альбома, кажется, по ботанике. Натянув наушники я переключался с одного трека на другой, пока случайно не попал на "The kids aren't alright". Дальше ночь пролетела незаметно, а the offspring навсегда остались у меня в плейлисте и ассоциировались с учёбой в университете.

Каково же было моё удивление, когда я узнал сегодня, что основатель группы - Dexter Holland - молекулярный биолог со степенью PhD. А один из главных хитов группы - keep 'em separated - был рождён когда Декстер заливал агар в бактериальные чашки.

https://youtu.be/1jOk8dk-qaU

Наша статья про языковую модель GENA официально появилась на страницах топового журнала в области анализа ДНК - Nucleic Acid Research:

https://academic.oup.com/nar/article/53/2/gkae1310/7954523

Я много раз рассказывал про эту работу, в том числе и в этом канале. Но если кто-то не в курсе и хочет прочитать максимально короткий пересказ, тут есть мой Х-ториал.

https://x.com/minjaf/status/1880133282890936389

Вопрос к знатокам эпигенетики.

Во многих статья написано, что метка H3K9me3 коррелирует с метилированием ДНК. Кто может подсказать мне какой-нибудь публичный датасет H3K9me3 ChIP-seq + WGBS для человека, который можно закинуть в IGV и увидеть эту корреляцию? Я смотрел треки с энкода для K562 и что-то никакой корреляции не вижу.

Модель Borzoi вышла в Nature Genetics. Работа очень известной группы David Kelly (работает в Calico Labs, дочке Deep Mind), у них много моделей для анализа ДНК, в том числе знаменитый Enformer

Особенность Borzoi в том, что из последовательности ДНК можно напрямую предсказывать данные RNA-seq - пожалуй, самого часто используемого метода геномики. Прошлые модели работали с данными CAGE, которые более информативны и удобны для анализа, но менее популярны из-за трудоемкости эксперимента.

https://www.nature.com/articles/s41588-024-02053-6

Опубликованный вариант статьи, кажется, не слишком сильно отличается от препринта, который группа опубликовала больше года назад. Главный вопрос - может ли Borzoi предсказывать эффекты вариантов в геномах разных людей - похоже так и остался без ответа (видимо, не может). Но все равно это большой шаг вперед.

Всем привет!
На всякий случай ещё раз продублирую объявление, которое давал в прошлом году. В моей группе в университете Сириус открыты позиции постдоков. Ищем сотрудников со степенью кбн (возможен вариант защиты в этом году), с опытом в какой-то из следующих областей:

- мокрой и сухой геномики
- ML/AI
- продвинутой клеточной биологии (ИПСК, дифференцировки и т.п.)
- продвинутой генной инженерии

Контакты:
Вениамин Фишман
minja-f@ya.ru
@minjafish

Вчера мне пришёл вызов в Москву для участия в экспертном совете ВАК, где будет рассматриваться моя диссертация. В идеале, очного участия.

В прошлом году я совершил 36 сегментов авиаперелётов. Большинство из них - по работе.

Меня не оставляет ощущение что, хотя личное общение бесценно, многие все ещё не поняли всю прелесть электронной системы документооборота и онлайн встреч.

А сколько на эти деньги можно было бы сделать...

публикуйся или умри!