Если вы занимаетесь геномикой или эпигенетикой, обратите внимание на наш новый веб-сервис: https://dnalm.airi.net/
этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.
Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина
все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.
А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.
этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.
Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина
все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.
А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.
🔥13👍6❤3
Прилетел в Вену на конференцию ICLR. Это мой первый опыт поездки на настоящую математическую конференцию, причем ещё и такого масштаба: приветственный постер ICLR висит прямо в аэропорту около стойки получения багажа, ожидается более 1000 участников. И в Вене я был очень давно и только поездом. Так что жду новых впечатлений от научной и культурной жизни города.
🔥35👍9
Первое, что впечатляет в конференции ICLR - это масштаб. Сказали, что тут даже не тысяча, а больше 2к участников. В таком потоке посмотреть все работы абсолютно невозможно, на постерах ходят толпы людей. Это, конечно, не уютная конференция по 3D-геномике, где ты читал работы каждого второго. Зато атмосфера заряжает, чувствуется, какой большой интерес к области.
Ещё я обратил внимание, что не меньше половины работ тут не из академии, а из стартапов или крупных компаний. Это тоже нетипично для биологических конференций.
Для европейской конференции необычно много китайской речи, видно, что Китай хорошо представлен и среди докладчиков и среди слушателей.
Из работ основные тренды - диффузия и LLM, эти слова почти в каждой работе
Ещё я обратил внимание, что не меньше половины работ тут не из академии, а из стартапов или крупных компаний. Это тоже нетипично для биологических конференций.
Для европейской конференции необычно много китайской речи, видно, что Китай хорошо представлен и среди докладчиков и среди слушателей.
Из работ основные тренды - диффузия и LLM, эти слова почти в каждой работе
👍15🔥6
На ICLR меня удивляет выбор ключевых (пленарных) докладов.
Первый доклад был про климатические исследования - в основном о том, как ответственно нужно относиться к потраченной на обучение моделей электроэнергии.
Второй - про патентование и авторские права в AI.
Третий - по существу про карьерный путь одного из высокопоставленных руководителей научных подразделений google deep mind, хотя тема была заявлена как будто бы исследовательская- об успехах reinforcement learning.
А сегодня вообще лекция была исключительно о карьерном треке директора по науке компании meta ai, и даже назвалась соответствующе - "истории из моей жизни"
Я ожидал, что на ключевых лекциях будут рассказывать какие-то самые прорывные исследования, а не секреты успешной карьеры )
Но если они хотели сделать "тренинг по развитию мотивации и успешности" то затея удалась.
Первый доклад был про климатические исследования - в основном о том, как ответственно нужно относиться к потраченной на обучение моделей электроэнергии.
Второй - про патентование и авторские права в AI.
Третий - по существу про карьерный путь одного из высокопоставленных руководителей научных подразделений google deep mind, хотя тема была заявлена как будто бы исследовательская- об успехах reinforcement learning.
А сегодня вообще лекция была исключительно о карьерном треке директора по науке компании meta ai, и даже назвалась соответствующе - "истории из моей жизни"
Я ожидал, что на ключевых лекциях будут рассказывать какие-то самые прорывные исследования, а не секреты успешной карьеры )
Но если они хотели сделать "тренинг по развитию мотивации и успешности" то затея удалась.
👍11
График конфы плотный, поэтому уместить ещё активности получается с трудом. Но вчера вечером получилось выбраться в город и встретиться с друзьями.
Антон - блестящий специалист в области микроскопии, уже несколько лет успешно работает в Вене. Рассказывал, как за последние полгода ему удалось поставить методы пространственной транскриптомики на бактериях. Порадовало, что эти технологии можно опробовать и на микроскопах в ИЦиГ, ничего свкрхсложного для них не нужно.
Наташа в Вене не так давно, но уже успела переквалифицироваться из мокрого биолога в начинающего DS. Удивительно, как тесен мир - Наташины колабораторы оказались хорошими моими знакомыми, Роман Романов и Игорь Адамейко.
Поболтали о науке в Австрии - тут все похоже на немецкую систему, от зарплат (PhD - 1500, постдок - 2к+ на руки ) до скорости поставки реактивов (сегодня заказал - завтра на столе). Научные проекты, как везде, разные - есть прорывные, а есть и совершенно тухлые, которые делаются для отчёта или ещё с какой-то странной мотивацией.
Антон - блестящий специалист в области микроскопии, уже несколько лет успешно работает в Вене. Рассказывал, как за последние полгода ему удалось поставить методы пространственной транскриптомики на бактериях. Порадовало, что эти технологии можно опробовать и на микроскопах в ИЦиГ, ничего свкрхсложного для них не нужно.
Наташа в Вене не так давно, но уже успела переквалифицироваться из мокрого биолога в начинающего DS. Удивительно, как тесен мир - Наташины колабораторы оказались хорошими моими знакомыми, Роман Романов и Игорь Адамейко.
Поболтали о науке в Австрии - тут все похоже на немецкую систему, от зарплат (
👍15🔥5❤2🥰1
Закончилась конференция ICLR, вчерашний день был самым насыщенным. Представили нашу работу, познакомились и подробно обсудили результаты с коллегами - авторами других языковых моделей (Bernardo de Almeida из InstaDeep, Eric Nguyen из Standford). Было много интересных докладов, например Luca Pinello рассказал работу о генерации клеточной специфичных регуляторных элементов при помощи ДНК-диффузии, Jason Hartford предложил интересную идею как связать разные single cell модальности анализируя эффекты воздействия одним и тем же фактом двумя разными single cell методами.
🔥19👍2
Я много писал в этом канале о своём опыте работы в Бразилии. Недавно коллеги из университета Сан-Пауло прислали ссылку на стипендии для обучения в магистратуре и аспирантуре в Бразилии. Программа координируется посольством Бразилии в Москве, участие студентов российских вузов приветствуется. Жаль только, нет краткосрочных стажировок: все программы от 24 до 48 месяцев.
https://www.gcub.org.br/programas/terceira-edicao-do-programa-gcub-de-mobilidade-internacional-gcub-mob-edital-gcub-mob-no-001-2024/
https://www.gcub.org.br/programas/terceira-edicao-do-programa-gcub-de-mobilidade-internacional-gcub-mob-edital-gcub-mob-no-001-2024/
Grupo de Cooperação Internacional de Universidades Brasileiras (GCUB)
Terceira Edição do Programa GCUB de Mobilidade Internacional: GCUB-Mob - Edital GCUB-Mob Nº 001/2024 - Grupo de Cooperação Internacional…
Link to the Call of Application: https://www.gcub.org.br/wp-content/uploads/2024/06/Call-for-Application-GCUB-Mob-001_2024-1.pdf
🔥5👍2
Почитайте эту статью, посмотрите на примеры работы на этой картинке. Мне кажется, это ещё один шаг в будущее. Не потому, что chatNT умеет лучше решать задачи геномики, чем другие инструменты до него. А потому, что он может общаться с вами на английском и не требует никаких навыков биоинформатики для работы. Уверен, скоро все инструменты будут такими.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591835v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591835v1.full
👍8🔥6
Коллеги попросили распространить информацию для студентов ФЕН НГУ:
Детский лагерь Альтаир ищет студентов (2-4 курса бакалавриата и магистрантов) на проведение небольших курсов для детей летом.
Возраст детей: 11-18 лет.
Количество детей на занятие: от 10 до 24 чел.
Занятия проходят в очном формате на базе Парка науки и технологий РЦ «Альтаир» (Технопарк, ул. Николаева 12, 4 этаж).
Занятия можно проводить с 10 до 17:00, понедельник-пятница.
Работа с самозанятыми, оплата почасовая, время проведение мастер-класса от 2 до 3.5 часов.
Подробности: https://vk.com/wall-70419166_329368
Детский лагерь Альтаир ищет студентов (2-4 курса бакалавриата и магистрантов) на проведение небольших курсов для детей летом.
Возраст детей: 11-18 лет.
Количество детей на занятие: от 10 до 24 чел.
Занятия проходят в очном формате на базе Парка науки и технологий РЦ «Альтаир» (Технопарк, ул. Николаева 12, 4 этаж).
Занятия можно проводить с 10 до 17:00, понедельник-пятница.
Работа с самозанятыми, оплата почасовая, время проведение мастер-класса от 2 до 3.5 часов.
Подробности: https://vk.com/wall-70419166_329368
VK
Сообщество Академгородка | Новосибирск. Пост со стены.
Региональный центр «Альтаир» в летний период времени реализует проект «Умный туризм», в рамках котор... Смотрите полностью ВКонтакте.
👍3
Пару минут рефлексии. Защита докторской диссертации - очень долгий процесс. Сегодня я прошёл очередной этап, выступив на ученом совете - и в очередной раз задумался, кому и зачем нужен текст, описывающий полученные десять лет назад результаты (которые к тому же опубликованы и находятся в свободном доступе). Многие результаты уже потеряли актуальность, некоторые успели даже оказаться неверными. Но главное - гораздо интереснее рассказывать о том, что делаешь прямо сейчас, о статьях, которые готовились последние год-два и которые, к сожалению, включить в диссертацию как раз нельзя. Потому что все результаты должны быть опубликованы - а сам процесс публикации занимает около года.
Думаю, что защита "по докладу" (которая, хотя и не требует написания полного текста, предполагает написание 100-страничного автореферата) - шаг в правильном направлении.
Утверждение темы
|
Лаб. семинар
|
Межлаб семинар
|
Доклад на учёном совете
|
--вы находитесь здесь
|
Комиссия диссовета
|
Семинар в ведущей организации
|
Защита
Думаю, что защита "по докладу" (которая, хотя и не требует написания полного текста, предполагает написание 100-страничного автореферата) - шаг в правильном направлении.
Утверждение темы
|
Лаб. семинар
|
Межлаб семинар
|
Доклад на учёном совете
|
--вы находитесь здесь
|
Комиссия диссовета
|
Семинар в ведущей организации
|
Защита
👍20💯13✍1
Forwarded from Мышка вяжет ДНК | ИЦиГ
Правительство новосибирской области наградило сотрудников ИЦиГ СО РАН премиями
Награду назначили за выдающиеся научные достижения и успешное научное руководство.
Среди победителей конкурса на предоставление именных премий Правительства Новосибирской области трое перспективных молодых ученых из Института цитологии и генетики СО РАН – Евгения Гарбузова, Вениамин Фишман и Олеся Шоева.
•Научный сотрудник лаборатории клинических биохимических и гормональных исследований терапевтических заболеваний НИИТПМ-филиал ИЦиГ СО РАН, к.м.н. Евгения Витальевна Гарбузова руководит и участвует в ряде проектов в области высокотехнологичной медицины. При награждении особенно отметили ее работу по изучению роли абдоминального ожирения, биомолекул, ассоциированных с ним, и метаболических нарушений в развитии коронарного атеросклероза и нестабильной атеросклеротической бляшки.
•Ведущий научный сотрудник сектора геномных механизмов онтогенеза геномных механизмов онтогенеза ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Вениамин Семенович Фишман был награжден премией первой степени по направлению научного исследования «Фундаментальные научные исследования, направленные на оценку рисков и возможных опасностей для человечества, обеспечение возможности прогнозировать происходящие в российском обществе и в мире изменения, решение национальных и глобальных проблем и обеспечение устойчивого развития государства и человеческой цивилизации в целом»
•Премией второй степени в номинации «Лучший научный руководитель» также отмечена работа старшего научного сотрудника сектора функциональной генетики злаков ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Олеси Юрьевны Шоевой по исследованию молекулярно-генетического контроля синтеза полифенольных соединений у злаков, как основы для селекции новых форм с улучшенными хозяйственно-ценными признаками.
Награду назначили за выдающиеся научные достижения и успешное научное руководство.
Среди победителей конкурса на предоставление именных премий Правительства Новосибирской области трое перспективных молодых ученых из Института цитологии и генетики СО РАН – Евгения Гарбузова, Вениамин Фишман и Олеся Шоева.
•Научный сотрудник лаборатории клинических биохимических и гормональных исследований терапевтических заболеваний НИИТПМ-филиал ИЦиГ СО РАН, к.м.н. Евгения Витальевна Гарбузова руководит и участвует в ряде проектов в области высокотехнологичной медицины. При награждении особенно отметили ее работу по изучению роли абдоминального ожирения, биомолекул, ассоциированных с ним, и метаболических нарушений в развитии коронарного атеросклероза и нестабильной атеросклеротической бляшки.
•Ведущий научный сотрудник сектора геномных механизмов онтогенеза геномных механизмов онтогенеза ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Вениамин Семенович Фишман был награжден премией первой степени по направлению научного исследования «Фундаментальные научные исследования, направленные на оценку рисков и возможных опасностей для человечества, обеспечение возможности прогнозировать происходящие в российском обществе и в мире изменения, решение национальных и глобальных проблем и обеспечение устойчивого развития государства и человеческой цивилизации в целом»
•Премией второй степени в номинации «Лучший научный руководитель» также отмечена работа старшего научного сотрудника сектора функциональной генетики злаков ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Олеси Юрьевны Шоевой по исследованию молекулярно-генетического контроля синтеза полифенольных соединений у злаков, как основы для селекции новых форм с улучшенными хозяйственно-ценными признаками.
🔥30👍8👏2
Интересные гранты планируют объявить в Израиле - для тех, кто уехал из страны и работает за рубежом или тех, кто имеет право получить гражданство (репатреироваться)
https://www.calcalist.co.il/local_news/article/h1dodw11va
NIS 1.5 million в год для завлабов. Это 37 млн руб. На удивление, сопоставимо (хотя и больше) с большими РНФ (25 млн в год на 5 лет). Где конкуренция выше не знаю.
Для посдоков/молодых груплидов где-то в два раза меньше, также сопоставимо с 8-миллионными гранатами РНФ.
https://www.calcalist.co.il/local_news/article/h1dodw11va
NIS 1.5 million в год для завлабов. Это 37 млн руб. На удивление, сопоставимо (хотя и больше) с большими РНФ (25 млн в год на 5 лет). Где конкуренция выше не знаю.
Для посдоков/молодых груплидов где-то в два раза меньше, также сопоставимо с 8-миллионными гранатами РНФ.
👍9🤔3
Прилетел в Саратов для участия в конфереции "Съезд ВОГиС". В Саратов летает не так много рейсов, поэтому уже на трапе самолета начал встречать знакомых из разных институтов (в том числе - из ИЦиГ).
Впечатление дня - от аэропорта Саратова. Тут первое место за последние 5 лет, где я встретил вайфай без авторизации! Прямо как обратно в 2010-ые попал.
Впечатление дня - от аэропорта Саратова. Тут первое место за последние 5 лет, где я встретил вайфай без авторизации! Прямо как обратно в 2010-ые попал.
👍13😁1
Хочу обратить ваше внимание на мегагранты, объявленные университетом Сириус. Некоторые важные моменты:
1. Два вида грантов, для молодых ученых (до 39 лет) и ведущих ученых.
2. Размер гранта - 30 (для молодых) - 50 (ведущие) млн в год
3. Требования к руководителю: h-index >= 10 для молодых, >=25 для ведущих
4. Требования к реализации проекта:
- публикация 13 статей (для молодых) и 16 (для взрослых)
- устройство в Сириус по основному месту работы, привлечение коллектива (включая кбн), разработка образовательных курсов и некоторое другое.
Подробные условия: https://siriusnauka.ru/contests/fts-2024-2_3-01
1. Два вида грантов, для молодых ученых (до 39 лет) и ведущих ученых.
2. Размер гранта - 30 (для молодых) - 50 (ведущие) млн в год
3. Требования к руководителю: h-index >= 10 для молодых, >=25 для ведущих
4. Требования к реализации проекта:
- публикация 13 статей (для молодых) и 16 (для взрослых)
- устройство в Сириус по основному месту работы, привлечение коллектива (включая кбн), разработка образовательных курсов и некоторое другое.
Подробные условия: https://siriusnauka.ru/contests/fts-2024-2_3-01
👍4❤1🔥1
Иногда самые захватывающие истории на конференции рассказывают не с трибуны, а в кулуарах. Сегодня я встретил коллег из одного центра ЭКО, с которым мы сотрудничаем. Они рассказали мне, как одна женщина сделала ряд косметических операций и подделала паспорт (sic!), чтобы убедить сотрудников, что она ещё достаточно молода, чтобы выносить донорского эмбриона (т.е. полученного из донорской яйцеклетки). В роддом женщина поехала с оригиналом паспорта. В итоге история о том, как 68-летняя женщина родила ребенка ожидаемо попала в топ новостей.
Кстати, из вышесказанного можно подумать, что на съезде не рассказывают ничего интересного в основное время докладов. Это совсем не так - я первый раз на ВОГиС и, оказывается, это очень масштабная конференция с работами по большому спектру направлений - от медицинской генетики до исследований микроорганизмов. Думаю, тут каждый может найти что-то интересное на докладах.
Кстати, из вышесказанного можно подумать, что на съезде не рассказывают ничего интересного в основное время докладов. Это совсем не так - я первый раз на ВОГиС и, оказывается, это очень масштабная конференция с работами по большому спектру направлений - от медицинской генетики до исследований микроорганизмов. Думаю, тут каждый может найти что-то интересное на докладах.
mkset.ru
В Уфе в перинатальном центре родит 68-летняя женщина, которая забеременела через ЭКО
2 декабря эксклюзивную новость о столь поздних родах в столице Башкирии сообщило издание Башинформ. Новости Уфы и Башкирии - Медиакорсеть
😱7🔥6❤1😁1
Очень забавная история, которую написал профессор William T. Sullivan чтобы объяснять своим студентам, в чем смысл мутационных скринингов. Объяснение строится на аналогии с исследованием фукнционирования автомобиля двумя учеными - биохимиком и генетиком. Текст очень смешной, правда, доступен только на английском.
Приведу ниже короткий фрагмент перевода:
На следующий день генетик связал руки другому рабочему. В тот день он заметил, что машины были без пластиковых устройств. Кроме того, он заметил, что когда машины отгоняли на стоянку, они не делали первый поворот на дороге. Генетик пришел к выводу, что рули отвечают за поворот автомобиля, и, кроме того, что он опознал рабочего отвечает за установку рулевых колес.
Воодушевленный своими успехами, на следующее утро генетик связал руки человеку, одетому в костюм и с портфелем в одной руке и лазерной указкой в другой (он был вице-президентом). В тот вечер генетик, и биохимик Дуг (хотя он не стал бы открыто признаваться в этом), с нетерпением ждал эффекта...
https://sullivan.mcdb.ucsc.edu/pdf/07_Sullivan.pdf
Приведу ниже короткий фрагмент перевода:
На следующий день генетик связал руки другому рабочему. В тот день он заметил, что машины были без пластиковых устройств. Кроме того, он заметил, что когда машины отгоняли на стоянку, они не делали первый поворот на дороге. Генетик пришел к выводу, что рули отвечают за поворот автомобиля, и, кроме того, что он опознал рабочего отвечает за установку рулевых колес.
Воодушевленный своими успехами, на следующее утро генетик связал руки человеку, одетому в костюм и с портфелем в одной руке и лазерной указкой в другой (он был вице-президентом). В тот вечер генетик, и биохимик Дуг (хотя он не стал бы открыто признаваться в этом), с нетерпением ждал эффекта...
https://sullivan.mcdb.ucsc.edu/pdf/07_Sullivan.pdf
🤣5👍2😁2
Теперь пару слов о месте проведения - городе Саратов. Средних размеров (около 800 тыс. человек) и, судя по всему, не богатый, Саратов производит впечатление типичного южного городка. По улицам ездят заниженные "лады" советского образца, из окон которых громко играет попса. Краска на многих домах облупились от солнца, на дорогах то тут, то там попадаются ямы. Вечером в парке маргинального вида мужички спрашивают есть ли немного мелочи (впрочем, на моё вежливое - "с собой только карточки" - без вопросов уходят). Университ, симпатичный снаружи, явно много лет не ремонтировали внутри, а на кафедре генетики, как сказали на съезде, остался один преподаватель.
П.С. На фото - типичный Саратовский пейзаж
П.С. На фото - типичный Саратовский пейзаж
🔥9
Но есть в Саратове и красивые места! Через центр города тянется проспект Петра Столыпина - длинная пешеходная улица, по которой я каждый вечер возвращался в гостиницу. Проспект выходит на набережную. Набережная Волги в Саратове очень длинная - 13 км, а та ее часть, где жил я, хорошо обустроена. В выходные на набережной много людей, но никто не купается - для купания предназначен городской пляж на острове посреди реки. Добираться туда нужно через мост, ехать на общественном транспорте или идти панели - стоянки машин там нет.
Многие российские города имеют небольшой центральный район, в который вложено много средств, а все, что за его пределами выглядит куда менее презентабельно. В Саратове меня удивило "кусочно-аналитическое" облагораживание, когда симпатичный, ухоженный переулок длиной пару сотен метров окружён страшными, обшарпанными домами с торчащими из них газовыми трубами.
В общем, за неделю я достаточно познакомился с Саратовом и даже успел немного соскучиться по Новосибирску.
Многие российские города имеют небольшой центральный район, в который вложено много средств, а все, что за его пределами выглядит куда менее презентабельно. В Саратове меня удивило "кусочно-аналитическое" облагораживание, когда симпатичный, ухоженный переулок длиной пару сотен метров окружён страшными, обшарпанными домами с торчащими из них газовыми трубами.
В общем, за неделю я достаточно познакомился с Саратовом и даже успел немного соскучиться по Новосибирску.
❤11🔥3👏1