Хочу горячо порекомендовать вакансию от наших коллег и коллабораторов.
Отклики в виде CV отправляйте на почту ryzhkova@dnalab.ru
Отклики в виде CV отправляйте на почту ryzhkova@dnalab.ru
Сегодня начался "IV СТУДЕНЧЕСКИЙ
БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ", в котором я принимаю участие по приглашению Алексея Генриховича Катруха, зав. кафедрой биохимии МГУ. Познакомились с Алексеем Генриховичем, он провел меня через лаборатории биофака. С интересом увидел среди оборудования одной из лабораторий любительский 3D-принтер. Оказывается, коллеги печатают себе на нем штативы и прочие небольшие приспособления для лаборатории. Было бы интересно и у нас такое попробовать!
БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ", в котором я принимаю участие по приглашению Алексея Генриховича Катруха, зав. кафедрой биохимии МГУ. Познакомились с Алексеем Генриховичем, он провел меня через лаборатории биофака. С интересом увидел среди оборудования одной из лабораторий любительский 3D-принтер. Оказывается, коллеги печатают себе на нем штативы и прочие небольшие приспособления для лаборатории. Было бы интересно и у нас такое попробовать!
🔥5
Интересная цитата от сегодняшних докладчиков - начальника одного из отделов компании генериум:
"Мы начинаем работу над новым проектом, только если потенциальная выручка не меньше 1 млрд в год"
Это к тому, какие научные разработки они ищут для трансляции в медицину.
"Мы начинаем работу над новым проектом, только если потенциальная выручка не меньше 1 млрд в год"
Это к тому, какие научные разработки они ищут для трансляции в медицину.
🤯4👎1🥴1
Проект "В мире учёных" выпустил видео, в котором мы с Ольгой Кардымон рассказываем об исследования, связанных с ,
медицинской генетикой и искусственным интеллектом. Хочу отметить, что с ребятами очень приятно было работать, а видео, на мой взгляд, получилось весьма интересным.
медицинской генетикой и искусственным интеллектом. Хочу отметить, что с ребятами очень приятно было работать, а видео, на мой взгляд, получилось весьма интересным.
Forwarded from Creative Science Lab
С какой основной проблемой сталкиваются врачи-генетики? Как работает GENA-LM – первая языковая модель для ДНК, которая обучена на полной версии генома человека, в чем ее уникальность? Есть ли практическая польза от проводимых исследований для людей сейчас? 🧬🧪
На эти и другие вопросы ответили герои нового выпуска медиапроекта «В мире ученых»:
Ольга Кардымон – биолог-биоинформатик, научный сотрудник и руководитель группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI,
Вениамин Фишман – биоинформатик-генетик, кандидат биологических наук, преподаватель кафедры молекулярной биологии ФЕН НГУ. Заведующий сектором Геномных механизмов онтогенеза Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН
а также научный сотрудник Института искусственного интеллекта AIRI.
Смотрите выпуск на нашем YouTube-канале, ставьте лайки и пишите комментарии. Нам очень важна ваша обратная связь 💙
Проект реализуется при поддержке Президентского фонда культурных инициатив и Росмолодежь.Гранты
#В_мире_ученых
На эти и другие вопросы ответили герои нового выпуска медиапроекта «В мире ученых»:
Ольга Кардымон – биолог-биоинформатик, научный сотрудник и руководитель группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI,
Вениамин Фишман – биоинформатик-генетик, кандидат биологических наук, преподаватель кафедры молекулярной биологии ФЕН НГУ. Заведующий сектором Геномных механизмов онтогенеза Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН
а также научный сотрудник Института искусственного интеллекта AIRI.
Смотрите выпуск на нашем YouTube-канале, ставьте лайки и пишите комментарии. Нам очень важна ваша обратная связь 💙
Проект реализуется при поддержке Президентского фонда культурных инициатив и Росмолодежь.Гранты
#В_мире_ученых
🔥9
РНФ объявил итоги конкурсов проектов отдельных научных групп. В этом году очень большой конкурс: 1:9, видимо, сказывается то, что в прошлом году отменили конкурс "продлений" текущих грантов, и все, кто хотели продлить РНФ, перепродали заявки в основной конкурс.
К сожалению, не прошла заявка из нашей группы. Но поддержали несколько заявок из других лабораторий ИЦиГ. Всего на институт пришлось 4 заявки, что, конечно, в абсолютных числах не много, но составляет около 1% всех поддержанных проектов. Учитывая пропорции научных сотрудников института к общей численности учёных в РФ (около 0.1%, или 500:500 тыс.), неплохой результат.
К сожалению, не прошла заявка из нашей группы. Но поддержали несколько заявок из других лабораторий ИЦиГ. Всего на институт пришлось 4 заявки, что, конечно, в абсолютных числах не много, но составляет около 1% всех поддержанных проектов. Учитывая пропорции научных сотрудников института к общей численности учёных в РФ (около 0.1%, или 500:500 тыс.), неплохой результат.
rscf.ru
РНФ объявил отобранные для финансирования междисциплинарные проекты и проекты отдельных научных групп
Российский научный фонд подвел итоги конкурса проектов отдельных научных групп 2024 года и проводимого по поручению Президента России конкурса междисциплинарных проектов. В рамках данных конкурсов по результатам экспертизы отобрано 546 проектов. На финансирование…
😢7👍2
В феврале я писал о странном, на мой взгляд, конкурсе мегагрантов для молодых учёных, в котором могли принять только зарубежные специалисты (почему нельзя было разрешить им конкурировать с российскими специалистами на общих условиях??).
Сегодня прочитал, что на 20 мест в этом конкурсе поступило 17 заявок. И это при том, что на РНФ конкурс примерно 1:10. Такое соотношение вызывает недоумение...
Сегодня прочитал, что на 20 мест в этом конкурсе поступило 17 заявок. И это при том, что на РНФ конкурс примерно 1:10. Такое соотношение вызывает недоумение...
Telegram
Вениамин Фишман
6 февраля были объявлены очередные конкурсы мегагрантов. В этом году среди конкурсов новая номинация - гранты для привлечения молодых перспективных исследователей, 15 млн руб в год на 2 года с возможностью продления.
С удивлением и некоторой грустью увидел…
С удивлением и некоторой грустью увидел…
👍2🔥1
В последнее время слышал разные сообщения о сложностях при получении визы в страны ЕС. Сегодня забрал визу Австрии из визового центра. При подаче документов для поездки на конференцию ни у меня, ни у двух коллег из группы, никаких проблем не возникло. Запись найти тоже было не сложно. Визу дали короткую, строго на срок поездки, но говорят Австрийцы всегда так делают.
❤8👍1
Сегодня в Суздале завершается конференция MGNGS24 по медицинской генетике. Мы, биологи, изучая генетику человека, всегда ограничены в возможности поставить прямой эксперимент на объекте исследования. И единственный способ компенсировать это - природное разнообразие генетических вариантов, которые встречаются у больных и здоровых людей. Часто исследования таких вариантов выливаются в интересные находки.
Сегодня, например, я узнал, что у человека гораздо чаще, чем я думал, встречаются однородительские дисомии: 1 на 4000 здоровых людей и 1 на 500 больных. Однородительская дисомия: это когда у человека обе хромосомы от мамы или обе от папы, а не по одной от каждого родителя. Иногда это приводит к заболеваниям, но далеко не всегда.
Если пофантазировать, то можно представить себе "эгоистичные" хромосомы, по аналогии с GRC птиц , которые бы"изгоняли" хромосомы партнёра и таким образом увеличили свой шанс на распространение в популяции. Хотя, наверное, издержки, связанные с хромосомной нестабильностью, будет выше.
Сегодня, например, я узнал, что у человека гораздо чаще, чем я думал, встречаются однородительские дисомии: 1 на 4000 здоровых людей и 1 на 500 больных. Однородительская дисомия: это когда у человека обе хромосомы от мамы или обе от папы, а не по одной от каждого родителя. Иногда это приводит к заболеваниям, но далеко не всегда.
Если пофантазировать, то можно представить себе "эгоистичные" хромосомы, по аналогии с GRC птиц , которые бы"изгоняли" хромосомы партнёра и таким образом увеличили свой шанс на распространение в популяции. Хотя, наверное, издержки, связанные с хромосомной нестабильностью, будет выше.
Элементы
История «певчей» хромосомы
Эта статья — рассказ-«буриме», написанный шестью перьями и посвященный открытию «лишней» хромосомы в половых клетках певчих птиц. Еще не так давно такая хромосома считалась биологическим курьезом, так как была обнаружена лишь у двух бразильских видов. Сегодня…
👍12
Если вы занимаетесь геномикой или эпигенетикой, обратите внимание на наш новый веб-сервис: https://dnalm.airi.net/
этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.
Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина
все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.
А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.
этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.
Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина
все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.
А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.
🔥13👍6❤3
Прилетел в Вену на конференцию ICLR. Это мой первый опыт поездки на настоящую математическую конференцию, причем ещё и такого масштаба: приветственный постер ICLR висит прямо в аэропорту около стойки получения багажа, ожидается более 1000 участников. И в Вене я был очень давно и только поездом. Так что жду новых впечатлений от научной и культурной жизни города.
🔥35👍9
Первое, что впечатляет в конференции ICLR - это масштаб. Сказали, что тут даже не тысяча, а больше 2к участников. В таком потоке посмотреть все работы абсолютно невозможно, на постерах ходят толпы людей. Это, конечно, не уютная конференция по 3D-геномике, где ты читал работы каждого второго. Зато атмосфера заряжает, чувствуется, какой большой интерес к области.
Ещё я обратил внимание, что не меньше половины работ тут не из академии, а из стартапов или крупных компаний. Это тоже нетипично для биологических конференций.
Для европейской конференции необычно много китайской речи, видно, что Китай хорошо представлен и среди докладчиков и среди слушателей.
Из работ основные тренды - диффузия и LLM, эти слова почти в каждой работе
Ещё я обратил внимание, что не меньше половины работ тут не из академии, а из стартапов или крупных компаний. Это тоже нетипично для биологических конференций.
Для европейской конференции необычно много китайской речи, видно, что Китай хорошо представлен и среди докладчиков и среди слушателей.
Из работ основные тренды - диффузия и LLM, эти слова почти в каждой работе
👍15🔥6
На ICLR меня удивляет выбор ключевых (пленарных) докладов.
Первый доклад был про климатические исследования - в основном о том, как ответственно нужно относиться к потраченной на обучение моделей электроэнергии.
Второй - про патентование и авторские права в AI.
Третий - по существу про карьерный путь одного из высокопоставленных руководителей научных подразделений google deep mind, хотя тема была заявлена как будто бы исследовательская- об успехах reinforcement learning.
А сегодня вообще лекция была исключительно о карьерном треке директора по науке компании meta ai, и даже назвалась соответствующе - "истории из моей жизни"
Я ожидал, что на ключевых лекциях будут рассказывать какие-то самые прорывные исследования, а не секреты успешной карьеры )
Но если они хотели сделать "тренинг по развитию мотивации и успешности" то затея удалась.
Первый доклад был про климатические исследования - в основном о том, как ответственно нужно относиться к потраченной на обучение моделей электроэнергии.
Второй - про патентование и авторские права в AI.
Третий - по существу про карьерный путь одного из высокопоставленных руководителей научных подразделений google deep mind, хотя тема была заявлена как будто бы исследовательская- об успехах reinforcement learning.
А сегодня вообще лекция была исключительно о карьерном треке директора по науке компании meta ai, и даже назвалась соответствующе - "истории из моей жизни"
Я ожидал, что на ключевых лекциях будут рассказывать какие-то самые прорывные исследования, а не секреты успешной карьеры )
Но если они хотели сделать "тренинг по развитию мотивации и успешности" то затея удалась.
👍11
График конфы плотный, поэтому уместить ещё активности получается с трудом. Но вчера вечером получилось выбраться в город и встретиться с друзьями.
Антон - блестящий специалист в области микроскопии, уже несколько лет успешно работает в Вене. Рассказывал, как за последние полгода ему удалось поставить методы пространственной транскриптомики на бактериях. Порадовало, что эти технологии можно опробовать и на микроскопах в ИЦиГ, ничего свкрхсложного для них не нужно.
Наташа в Вене не так давно, но уже успела переквалифицироваться из мокрого биолога в начинающего DS. Удивительно, как тесен мир - Наташины колабораторы оказались хорошими моими знакомыми, Роман Романов и Игорь Адамейко.
Поболтали о науке в Австрии - тут все похоже на немецкую систему, от зарплат (PhD - 1500, постдок - 2к+ на руки ) до скорости поставки реактивов (сегодня заказал - завтра на столе). Научные проекты, как везде, разные - есть прорывные, а есть и совершенно тухлые, которые делаются для отчёта или ещё с какой-то странной мотивацией.
Антон - блестящий специалист в области микроскопии, уже несколько лет успешно работает в Вене. Рассказывал, как за последние полгода ему удалось поставить методы пространственной транскриптомики на бактериях. Порадовало, что эти технологии можно опробовать и на микроскопах в ИЦиГ, ничего свкрхсложного для них не нужно.
Наташа в Вене не так давно, но уже успела переквалифицироваться из мокрого биолога в начинающего DS. Удивительно, как тесен мир - Наташины колабораторы оказались хорошими моими знакомыми, Роман Романов и Игорь Адамейко.
Поболтали о науке в Австрии - тут все похоже на немецкую систему, от зарплат (
👍15🔥5❤2🥰1
Закончилась конференция ICLR, вчерашний день был самым насыщенным. Представили нашу работу, познакомились и подробно обсудили результаты с коллегами - авторами других языковых моделей (Bernardo de Almeida из InstaDeep, Eric Nguyen из Standford). Было много интересных докладов, например Luca Pinello рассказал работу о генерации клеточной специфичных регуляторных элементов при помощи ДНК-диффузии, Jason Hartford предложил интересную идею как связать разные single cell модальности анализируя эффекты воздействия одним и тем же фактом двумя разными single cell методами.
🔥19👍2
Я много писал в этом канале о своём опыте работы в Бразилии. Недавно коллеги из университета Сан-Пауло прислали ссылку на стипендии для обучения в магистратуре и аспирантуре в Бразилии. Программа координируется посольством Бразилии в Москве, участие студентов российских вузов приветствуется. Жаль только, нет краткосрочных стажировок: все программы от 24 до 48 месяцев.
https://www.gcub.org.br/programas/terceira-edicao-do-programa-gcub-de-mobilidade-internacional-gcub-mob-edital-gcub-mob-no-001-2024/
https://www.gcub.org.br/programas/terceira-edicao-do-programa-gcub-de-mobilidade-internacional-gcub-mob-edital-gcub-mob-no-001-2024/
Grupo de Cooperação Internacional de Universidades Brasileiras (GCUB)
Terceira Edição do Programa GCUB de Mobilidade Internacional: GCUB-Mob - Edital GCUB-Mob Nº 001/2024 - Grupo de Cooperação Internacional…
Link to the Call of Application: https://www.gcub.org.br/wp-content/uploads/2024/06/Call-for-Application-GCUB-Mob-001_2024-1.pdf
🔥5👍2
Почитайте эту статью, посмотрите на примеры работы на этой картинке. Мне кажется, это ещё один шаг в будущее. Не потому, что chatNT умеет лучше решать задачи геномики, чем другие инструменты до него. А потому, что он может общаться с вами на английском и не требует никаких навыков биоинформатики для работы. Уверен, скоро все инструменты будут такими.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591835v1.full
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591835v1.full
👍8🔥6
Коллеги попросили распространить информацию для студентов ФЕН НГУ:
Детский лагерь Альтаир ищет студентов (2-4 курса бакалавриата и магистрантов) на проведение небольших курсов для детей летом.
Возраст детей: 11-18 лет.
Количество детей на занятие: от 10 до 24 чел.
Занятия проходят в очном формате на базе Парка науки и технологий РЦ «Альтаир» (Технопарк, ул. Николаева 12, 4 этаж).
Занятия можно проводить с 10 до 17:00, понедельник-пятница.
Работа с самозанятыми, оплата почасовая, время проведение мастер-класса от 2 до 3.5 часов.
Подробности: https://vk.com/wall-70419166_329368
Детский лагерь Альтаир ищет студентов (2-4 курса бакалавриата и магистрантов) на проведение небольших курсов для детей летом.
Возраст детей: 11-18 лет.
Количество детей на занятие: от 10 до 24 чел.
Занятия проходят в очном формате на базе Парка науки и технологий РЦ «Альтаир» (Технопарк, ул. Николаева 12, 4 этаж).
Занятия можно проводить с 10 до 17:00, понедельник-пятница.
Работа с самозанятыми, оплата почасовая, время проведение мастер-класса от 2 до 3.5 часов.
Подробности: https://vk.com/wall-70419166_329368
VK
Сообщество Академгородка | Новосибирск. Пост со стены.
Региональный центр «Альтаир» в летний период времени реализует проект «Умный туризм», в рамках котор... Смотрите полностью ВКонтакте.
👍3
Пару минут рефлексии. Защита докторской диссертации - очень долгий процесс. Сегодня я прошёл очередной этап, выступив на ученом совете - и в очередной раз задумался, кому и зачем нужен текст, описывающий полученные десять лет назад результаты (которые к тому же опубликованы и находятся в свободном доступе). Многие результаты уже потеряли актуальность, некоторые успели даже оказаться неверными. Но главное - гораздо интереснее рассказывать о том, что делаешь прямо сейчас, о статьях, которые готовились последние год-два и которые, к сожалению, включить в диссертацию как раз нельзя. Потому что все результаты должны быть опубликованы - а сам процесс публикации занимает около года.
Думаю, что защита "по докладу" (которая, хотя и не требует написания полного текста, предполагает написание 100-страничного автореферата) - шаг в правильном направлении.
Утверждение темы
|
Лаб. семинар
|
Межлаб семинар
|
Доклад на учёном совете
|
--вы находитесь здесь
|
Комиссия диссовета
|
Семинар в ведущей организации
|
Защита
Думаю, что защита "по докладу" (которая, хотя и не требует написания полного текста, предполагает написание 100-страничного автореферата) - шаг в правильном направлении.
Утверждение темы
|
Лаб. семинар
|
Межлаб семинар
|
Доклад на учёном совете
|
--вы находитесь здесь
|
Комиссия диссовета
|
Семинар в ведущей организации
|
Защита
👍20💯13✍1
Forwarded from Мышка вяжет ДНК | ИЦиГ
Правительство новосибирской области наградило сотрудников ИЦиГ СО РАН премиями
Награду назначили за выдающиеся научные достижения и успешное научное руководство.
Среди победителей конкурса на предоставление именных премий Правительства Новосибирской области трое перспективных молодых ученых из Института цитологии и генетики СО РАН – Евгения Гарбузова, Вениамин Фишман и Олеся Шоева.
•Научный сотрудник лаборатории клинических биохимических и гормональных исследований терапевтических заболеваний НИИТПМ-филиал ИЦиГ СО РАН, к.м.н. Евгения Витальевна Гарбузова руководит и участвует в ряде проектов в области высокотехнологичной медицины. При награждении особенно отметили ее работу по изучению роли абдоминального ожирения, биомолекул, ассоциированных с ним, и метаболических нарушений в развитии коронарного атеросклероза и нестабильной атеросклеротической бляшки.
•Ведущий научный сотрудник сектора геномных механизмов онтогенеза геномных механизмов онтогенеза ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Вениамин Семенович Фишман был награжден премией первой степени по направлению научного исследования «Фундаментальные научные исследования, направленные на оценку рисков и возможных опасностей для человечества, обеспечение возможности прогнозировать происходящие в российском обществе и в мире изменения, решение национальных и глобальных проблем и обеспечение устойчивого развития государства и человеческой цивилизации в целом»
•Премией второй степени в номинации «Лучший научный руководитель» также отмечена работа старшего научного сотрудника сектора функциональной генетики злаков ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Олеси Юрьевны Шоевой по исследованию молекулярно-генетического контроля синтеза полифенольных соединений у злаков, как основы для селекции новых форм с улучшенными хозяйственно-ценными признаками.
Награду назначили за выдающиеся научные достижения и успешное научное руководство.
Среди победителей конкурса на предоставление именных премий Правительства Новосибирской области трое перспективных молодых ученых из Института цитологии и генетики СО РАН – Евгения Гарбузова, Вениамин Фишман и Олеся Шоева.
•Научный сотрудник лаборатории клинических биохимических и гормональных исследований терапевтических заболеваний НИИТПМ-филиал ИЦиГ СО РАН, к.м.н. Евгения Витальевна Гарбузова руководит и участвует в ряде проектов в области высокотехнологичной медицины. При награждении особенно отметили ее работу по изучению роли абдоминального ожирения, биомолекул, ассоциированных с ним, и метаболических нарушений в развитии коронарного атеросклероза и нестабильной атеросклеротической бляшки.
•Ведущий научный сотрудник сектора геномных механизмов онтогенеза геномных механизмов онтогенеза ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Вениамин Семенович Фишман был награжден премией первой степени по направлению научного исследования «Фундаментальные научные исследования, направленные на оценку рисков и возможных опасностей для человечества, обеспечение возможности прогнозировать происходящие в российском обществе и в мире изменения, решение национальных и глобальных проблем и обеспечение устойчивого развития государства и человеческой цивилизации в целом»
•Премией второй степени в номинации «Лучший научный руководитель» также отмечена работа старшего научного сотрудника сектора функциональной генетики злаков ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Олеси Юрьевны Шоевой по исследованию молекулярно-генетического контроля синтеза полифенольных соединений у злаков, как основы для селекции новых форм с улучшенными хозяйственно-ценными признаками.
🔥30👍8👏2