Коллеги! В связи с увеличением потока NGS данных, количества накопленных данных, а так же расширением спектра данных, ФГБНУ "Медико-генетический научный центр" ищет активного, заинтересованного биоинформатика. Минимальные требования: Должен знать/уметь пользоваться:

основы статистики;
основы биоинформатики;
методы и алгоритмы анализа данных высокопроизводительного секвенирования;
стандартные форматы файлов, используемые при анализе данных высокопроизводительного секвенирования;
стандартные инструменты командной строки ОС Linux;
скипты bash;
язык программирования Python;
основы администрирования операционных систем семейства Linux (пользователи, права, файловые системы);

Желательно знать/уметь пользоваться (потребуется освоить):

библиотека pandas (манипуляции с данными в формате плоских таблиц);
теорию баз данных, язык запросов SQL;
основы клиент-серверных систем;
git;
средства WEB разработки (Java-script, HTML/CSS);
фреймворк Django (python);
язык описания рабочего процесса (пайплайна) SnakeMake;
принципы и средства машинного обучения и анализа данных;
принципы оптимизации процесса вычислений;
распределенные вычисления;

Хочу горячо порекомендовать вакансию от наших коллег и коллабораторов.

Отклики в виде CV отправляйте на почту ryzhkova@dnalab.ru

Сегодня начался "IV СТУДЕНЧЕСКИЙ
БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ", в котором я принимаю участие по приглашению Алексея Генриховича Катруха, зав. кафедрой биохимии МГУ. Познакомились с Алексеем Генриховичем, он провел меня через лаборатории биофака. С интересом увидел среди оборудования одной из лабораторий любительский 3D-принтер. Оказывается, коллеги печатают себе на нем штативы и прочие небольшие приспособления для лаборатории. Было бы интересно и у нас такое попробовать!

Интересная цитата от сегодняшних докладчиков - начальника одного из отделов компании генериум:

"Мы начинаем работу над новым проектом, только если потенциальная выручка не меньше 1 млрд в год"

Это к тому, какие научные разработки они ищут для трансляции в медицину.

Проект "В мире учёных" выпустил видео, в котором мы с Ольгой Кардымон рассказываем об исследования, связанных с ,
медицинской генетикой и искусственным интеллектом. Хочу отметить, что с ребятами очень приятно было работать, а видео, на мой взгляд, получилось весьма интересным.

С какой основной проблемой сталкиваются врачи-генетики? Как работает GENA-LM – первая языковая модель для ДНК, которая обучена на полной версии генома человека, в чем ее уникальность? Есть ли практическая польза от проводимых исследований для людей сейчас? 🧬🧪

На эти и другие вопросы ответили герои нового выпуска медиапроекта «В мире ученых»:
Ольга Кардымон – биолог-биоинформатик, научный сотрудник и руководитель группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI,
Вениамин Фишман – биоинформатик-генетик, кандидат биологических наук, преподаватель кафедры молекулярной биологии ФЕН НГУ. Заведующий сектором Геномных механизмов онтогенеза Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН
а также научный сотрудник Института искусственного интеллекта AIRI.

Смотрите выпуск на нашем YouTube-канале, ставьте лайки и пишите комментарии. Нам очень важна ваша обратная связь 💙

Проект реализуется при поддержке Президентского фонда культурных инициатив и Росмолодежь.Гранты

#В_мире_ученых

РНФ объявил итоги конкурсов проектов отдельных научных групп. В этом году очень большой конкурс: 1:9, видимо, сказывается то, что в прошлом году отменили конкурс "продлений" текущих грантов, и все, кто хотели продлить РНФ, перепродали заявки в основной конкурс.

К сожалению, не прошла заявка из нашей группы. Но поддержали несколько заявок из других лабораторий ИЦиГ. Всего на институт пришлось 4 заявки, что, конечно, в абсолютных числах не много, но составляет около 1% всех поддержанных проектов. Учитывая пропорции научных сотрудников института к общей численности учёных в РФ (около 0.1%, или 500:500 тыс.), неплохой результат.

В феврале я писал о странном, на мой взгляд, конкурсе мегагрантов для молодых учёных, в котором могли принять только зарубежные специалисты (почему нельзя было разрешить им конкурировать с российскими специалистами на общих условиях??).

Сегодня прочитал, что на 20 мест в этом конкурсе поступило 17 заявок. И это при том, что на РНФ конкурс примерно 1:10. Такое соотношение вызывает недоумение...

В последнее время слышал разные сообщения о сложностях при получении визы в страны ЕС. Сегодня забрал визу Австрии из визового центра. При подаче документов для поездки на конференцию ни у меня, ни у двух коллег из группы, никаких проблем не возникло. Запись найти тоже было не сложно. Визу дали короткую, строго на срок поездки, но говорят Австрийцы всегда так делают.

Сегодня в Суздале завершается конференция MGNGS24 по медицинской генетике. Мы, биологи, изучая генетику человека, всегда ограничены в возможности поставить прямой эксперимент на объекте исследования. И единственный способ компенсировать это - природное разнообразие генетических вариантов, которые встречаются у больных и здоровых людей. Часто исследования таких вариантов выливаются в интересные находки.

Сегодня, например, я узнал, что у человека гораздо чаще, чем я думал, встречаются однородительские дисомии: 1 на 4000 здоровых людей и 1 на 500 больных. Однородительская дисомия: это когда у человека обе хромосомы от мамы или обе от папы, а не по одной от каждого родителя. Иногда это приводит к заболеваниям, но далеко не всегда.
Если пофантазировать, то можно представить себе "эгоистичные" хромосомы, по аналогии с GRC птиц , которые бы"изгоняли" хромосомы партнёра и таким образом увеличили свой шанс на распространение в популяции. Хотя, наверное, издержки, связанные с хромосомной нестабильностью, будет выше.

Если вы занимаетесь геномикой или эпигенетикой, обратите внимание на наш новый веб-сервис: https://dnalm.airi.net/

этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.

Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина

все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.

А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.

Прилетел в Вену на конференцию ICLR. Это мой первый опыт поездки на настоящую математическую конференцию, причем ещё и такого масштаба: приветственный постер ICLR висит прямо в аэропорту около стойки получения багажа, ожидается более 1000 участников. И в Вене я был очень давно и только поездом. Так что жду новых впечатлений от научной и культурной жизни города.

Первое, что впечатляет в конференции ICLR - это масштаб. Сказали, что тут даже не тысяча, а больше 2к участников. В таком потоке посмотреть все работы абсолютно невозможно, на постерах ходят толпы людей. Это, конечно, не уютная конференция по 3D-геномике, где ты читал работы каждого второго. Зато атмосфера заряжает, чувствуется, какой большой интерес к области.

Ещё я обратил внимание, что не меньше половины работ тут не из академии, а из стартапов или крупных компаний. Это тоже нетипично для биологических конференций.

Для европейской конференции необычно много китайской речи, видно, что Китай хорошо представлен и среди докладчиков и среди слушателей.

Из работ основные тренды - диффузия и LLM, эти слова почти в каждой работе

На ICLR меня удивляет выбор ключевых (пленарных) докладов.

Первый доклад был про климатические исследования - в основном о том, как ответственно нужно относиться к потраченной на обучение моделей электроэнергии.

Второй - про патентование и авторские права в AI.

Третий - по существу про карьерный путь одного из высокопоставленных руководителей научных подразделений google deep mind, хотя тема была заявлена как будто бы исследовательская- об успехах reinforcement learning.

А сегодня вообще лекция была исключительно о карьерном треке директора по науке компании meta ai, и даже назвалась соответствующе - "истории из моей жизни"

Я ожидал, что на ключевых лекциях будут рассказывать какие-то самые прорывные исследования, а не секреты успешной карьеры )

Но если они хотели сделать "тренинг по развитию мотивации и успешности" то затея удалась.

График конфы плотный, поэтому уместить ещё активности получается с трудом. Но вчера вечером получилось выбраться в город и встретиться с друзьями.

Антон - блестящий специалист в области микроскопии, уже несколько лет успешно работает в Вене. Рассказывал, как за последние полгода ему удалось поставить методы пространственной транскриптомики на бактериях. Порадовало, что эти технологии можно опробовать и на микроскопах в ИЦиГ, ничего свкрхсложного для них не нужно.

Наташа в Вене не так давно, но уже успела переквалифицироваться из мокрого биолога в начинающего DS. Удивительно, как тесен мир - Наташины колабораторы оказались хорошими моими знакомыми, Роман Романов и Игорь Адамейко.

Поболтали о науке в Австрии - тут все похоже на немецкую систему, от зарплат (PhD - 1500, постдок - 2к+ на руки) до скорости поставки реактивов (сегодня заказал - завтра на столе). Научные проекты, как везде, разные - есть прорывные, а есть и совершенно тухлые, которые делаются для отчёта или ещё с какой-то странной мотивацией.

Закончилась конференция ICLR, вчерашний день был самым насыщенным. Представили нашу работу, познакомились и подробно обсудили результаты с коллегами - авторами других языковых моделей (Bernardo de Almeida из InstaDeep, Eric Nguyen из Standford). Было много интересных докладов, например Luca Pinello рассказал работу о генерации клеточной специфичных регуляторных элементов при помощи ДНК-диффузии, Jason Hartford предложил интересную идею как связать разные single cell модальности анализируя эффекты воздействия одним и тем же фактом двумя разными single cell методами.

Я много писал в этом канале о своём опыте работы в Бразилии. Недавно коллеги из университета Сан-Пауло прислали ссылку на стипендии для обучения в магистратуре и аспирантуре в Бразилии. Программа координируется посольством Бразилии в Москве, участие студентов российских вузов приветствуется. Жаль только, нет краткосрочных стажировок: все программы от 24 до 48 месяцев.

https://www.gcub.org.br/programas/terceira-edicao-do-programa-gcub-de-mobilidade-internacional-gcub-mob-edital-gcub-mob-no-001-2024/

Почитайте эту статью, посмотрите на примеры работы на этой картинке. Мне кажется, это ещё один шаг в будущее. Не потому, что chatNT умеет лучше решать задачи геномики, чем другие инструменты до него. А потому, что он может общаться с вами на английском и не требует никаких навыков биоинформатики для работы. Уверен, скоро все инструменты будут такими.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.30.591835v1.full

Коллеги попросили распространить информацию для студентов ФЕН НГУ:

Детский лагерь Альтаир ищет студентов (2-4 курса бакалавриата и магистрантов) на проведение небольших курсов для детей летом.

Возраст детей: 11-18 лет.
Количество детей на занятие: от 10 до 24 чел.
Занятия проходят в очном формате на базе Парка науки и технологий РЦ «Альтаир» (Технопарк, ул. Николаева 12, 4 этаж).
Занятия можно проводить с 10 до 17:00, понедельник-пятница.
Работа с самозанятыми, оплата почасовая, время проведение мастер-класса от 2 до 3.5 часов.

Подробности: https://vk.com/wall-70419166_329368

Пару минут рефлексии. Защита докторской диссертации - очень долгий процесс. Сегодня я прошёл очередной этап, выступив на ученом совете - и в очередной раз задумался, кому и зачем нужен текст, описывающий полученные десять лет назад результаты (которые к тому же опубликованы и находятся в свободном доступе). Многие результаты уже потеряли актуальность, некоторые успели даже оказаться неверными. Но главное - гораздо интереснее рассказывать о том, что делаешь прямо сейчас, о статьях, которые готовились последние год-два и которые, к сожалению, включить в диссертацию как раз нельзя. Потому что все результаты должны быть опубликованы - а сам процесс публикации занимает около года.

Думаю, что защита "по докладу" (которая, хотя и не требует написания полного текста, предполагает написание 100-страничного автореферата) - шаг в правильном направлении.

Утверждение темы
|
Лаб. семинар
|
Межлаб семинар
|
Доклад на учёном совете
|
--вы находитесь здесь
|
Комиссия диссовета
|
Семинар в ведущей организации
|
Защита