Правда, не могу сказать, что полиция была очень продуктивна - документы смогли найти только через 4 дня, в основном благодаря нашей же наводке в виде телефона водителя, который мы все это время упорно пытались получить у убера. Да и участок этот был необычный - он специализируется только на делал туристов, защите природы и животных. В обычных полицейских участках, как нам сказали, все не столь "клиентоориентировано".

К слову сказать, сумка все это время валялась у таксиста, и из нее не пропало ни копейки. Вот вам и разбойничья Бразилия где, как говорят, грабят на каждом углу - сумка с Айфоном и кучей других ценных вещей может прекрасно валяться где-то без присмотра неделю.

Коллеги! В связи с увеличением потока NGS данных, количества накопленных данных, а так же расширением спектра данных, ФГБНУ "Медико-генетический научный центр" ищет активного, заинтересованного биоинформатика. Минимальные требования: Должен знать/уметь пользоваться:

основы статистики;
основы биоинформатики;
методы и алгоритмы анализа данных высокопроизводительного секвенирования;
стандартные форматы файлов, используемые при анализе данных высокопроизводительного секвенирования;
стандартные инструменты командной строки ОС Linux;
скипты bash;
язык программирования Python;
основы администрирования операционных систем семейства Linux (пользователи, права, файловые системы);

Желательно знать/уметь пользоваться (потребуется освоить):

библиотека pandas (манипуляции с данными в формате плоских таблиц);
теорию баз данных, язык запросов SQL;
основы клиент-серверных систем;
git;
средства WEB разработки (Java-script, HTML/CSS);
фреймворк Django (python);
язык описания рабочего процесса (пайплайна) SnakeMake;
принципы и средства машинного обучения и анализа данных;
принципы оптимизации процесса вычислений;
распределенные вычисления;

Хочу горячо порекомендовать вакансию от наших коллег и коллабораторов.

Отклики в виде CV отправляйте на почту ryzhkova@dnalab.ru

Сегодня начался "IV СТУДЕНЧЕСКИЙ
БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ", в котором я принимаю участие по приглашению Алексея Генриховича Катруха, зав. кафедрой биохимии МГУ. Познакомились с Алексеем Генриховичем, он провел меня через лаборатории биофака. С интересом увидел среди оборудования одной из лабораторий любительский 3D-принтер. Оказывается, коллеги печатают себе на нем штативы и прочие небольшие приспособления для лаборатории. Было бы интересно и у нас такое попробовать!

Интересная цитата от сегодняшних докладчиков - начальника одного из отделов компании генериум:

"Мы начинаем работу над новым проектом, только если потенциальная выручка не меньше 1 млрд в год"

Это к тому, какие научные разработки они ищут для трансляции в медицину.

Проект "В мире учёных" выпустил видео, в котором мы с Ольгой Кардымон рассказываем об исследования, связанных с ,
медицинской генетикой и искусственным интеллектом. Хочу отметить, что с ребятами очень приятно было работать, а видео, на мой взгляд, получилось весьма интересным.

С какой основной проблемой сталкиваются врачи-генетики? Как работает GENA-LM – первая языковая модель для ДНК, которая обучена на полной версии генома человека, в чем ее уникальность? Есть ли практическая польза от проводимых исследований для людей сейчас? 🧬🧪

На эти и другие вопросы ответили герои нового выпуска медиапроекта «В мире ученых»:
Ольга Кардымон – биолог-биоинформатик, научный сотрудник и руководитель группы «Биоинформатика» в Институте искусственного интеллекта AIRI,
Вениамин Фишман – биоинформатик-генетик, кандидат биологических наук, преподаватель кафедры молекулярной биологии ФЕН НГУ. Заведующий сектором Геномных механизмов онтогенеза Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН
а также научный сотрудник Института искусственного интеллекта AIRI.

Смотрите выпуск на нашем YouTube-канале, ставьте лайки и пишите комментарии. Нам очень важна ваша обратная связь 💙

Проект реализуется при поддержке Президентского фонда культурных инициатив и Росмолодежь.Гранты

#В_мире_ученых

РНФ объявил итоги конкурсов проектов отдельных научных групп. В этом году очень большой конкурс: 1:9, видимо, сказывается то, что в прошлом году отменили конкурс "продлений" текущих грантов, и все, кто хотели продлить РНФ, перепродали заявки в основной конкурс.

К сожалению, не прошла заявка из нашей группы. Но поддержали несколько заявок из других лабораторий ИЦиГ. Всего на институт пришлось 4 заявки, что, конечно, в абсолютных числах не много, но составляет около 1% всех поддержанных проектов. Учитывая пропорции научных сотрудников института к общей численности учёных в РФ (около 0.1%, или 500:500 тыс.), неплохой результат.

В феврале я писал о странном, на мой взгляд, конкурсе мегагрантов для молодых учёных, в котором могли принять только зарубежные специалисты (почему нельзя было разрешить им конкурировать с российскими специалистами на общих условиях??).

Сегодня прочитал, что на 20 мест в этом конкурсе поступило 17 заявок. И это при том, что на РНФ конкурс примерно 1:10. Такое соотношение вызывает недоумение...

В последнее время слышал разные сообщения о сложностях при получении визы в страны ЕС. Сегодня забрал визу Австрии из визового центра. При подаче документов для поездки на конференцию ни у меня, ни у двух коллег из группы, никаких проблем не возникло. Запись найти тоже было не сложно. Визу дали короткую, строго на срок поездки, но говорят Австрийцы всегда так делают.

Сегодня в Суздале завершается конференция MGNGS24 по медицинской генетике. Мы, биологи, изучая генетику человека, всегда ограничены в возможности поставить прямой эксперимент на объекте исследования. И единственный способ компенсировать это - природное разнообразие генетических вариантов, которые встречаются у больных и здоровых людей. Часто исследования таких вариантов выливаются в интересные находки.

Сегодня, например, я узнал, что у человека гораздо чаще, чем я думал, встречаются однородительские дисомии: 1 на 4000 здоровых людей и 1 на 500 больных. Однородительская дисомия: это когда у человека обе хромосомы от мамы или обе от папы, а не по одной от каждого родителя. Иногда это приводит к заболеваниям, но далеко не всегда.
Если пофантазировать, то можно представить себе "эгоистичные" хромосомы, по аналогии с GRC птиц , которые бы"изгоняли" хромосомы партнёра и таким образом увеличили свой шанс на распространение в популяции. Хотя, наверное, издержки, связанные с хромосомной нестабильностью, будет выше.

Если вы занимаетесь геномикой или эпигенетикой, обратите внимание на наш новый веб-сервис: https://dnalm.airi.net/

этот веб-сервис предоставляет доступ к моделям на основе нейросети GENA-LM , причем для его использования совершенно не нужно иметь навыки биоинформатики: просто вставьте последовательность ДНК в поле ввода, выберите задачу и выпадающего списка и нажмите submit.

Сейчас сервис может найти в последовательности
- промоторы
- сайты сплайсинга
- сайты связывания разных транскрипционных факторов и участки открытого хроматина

все эти аннотации основаны на модели, обученной на клетках млекопитающих, и вряд ли будут работать на далеких от человека видах. Для дрозофилистов есть возможность поиска энхансеров.

А ещё на днях мы выпустили препринт, в котором подробно рассказываем о возможностях сервиса.

Прилетел в Вену на конференцию ICLR. Это мой первый опыт поездки на настоящую математическую конференцию, причем ещё и такого масштаба: приветственный постер ICLR висит прямо в аэропорту около стойки получения багажа, ожидается более 1000 участников. И в Вене я был очень давно и только поездом. Так что жду новых впечатлений от научной и культурной жизни города.