Возвращаюсь в Новосибирск полный новых впечатлений и идей и, конечно же, с тремя пакетами - с клетками, антителами и другими реактивами. Интеллект интеллектом, но старые добрые эксперименты в лабе ещё никакая биоинформатика не заменила =)

Вылет из Шереметьева с Победой - в антитопе моего рейтинга предполетных впечатлений. Час в очереди для регистрации на рейс. Онлайн регистрация платная (и все равно требуется отстоять примерно такую же очередь, чтобы показать ручную кладь). Из рюкзака пришлось выкинуть один халадгент, ибо багаж только 10 кг (ну это я сам затупил и не посмотрел, когда покупал билет).

Водитель автобуса ехал к самолету так, как будто он под кайфом. Кстати, в автобусе было плотнее, чем в 8ке в худшие времена.

В общем, нужно как-то запомнить, что летать победой - плохая идея, особенно учитывая, что в официальной командировке нет цели сэкономить последнюю копейку на билетах.

Кстати, в аэропорту встретил очень много солдат. Некоторые - на веселе, но в целом все в хорошем расположении духа. Видно, что рады отпуска. Интересно, им, похоже, вообще не лимитируют цены билетов. С одним разговорился. Он рассказал, что взял билет на тот же рейс, что и я, но по цене за 60 тысяч рублей (!) - потому что покупал его утром в день вылета.

Просмотр Оппенгеймера и свободное время на праздниках мотивировали меня написать очень длинный пост. Получилось что-то вроде эссе на вольную тему

Если вам интересно почитать такое, ставьте лайк и пишите комменты, а если все это рассюсюкивание вам лишнее - палец вниз (кстати, эмодзи тут анонимные). Нужно понять, какой контент требуют читатели!

https://telegra.ph/Po-motivam-prosmotra-Opengejmera---mysli-o-luchshem-budushchem-dlya-chelovechestva-01-03

Не так часто Новосибирск попадает на страницы новостей Nature:

https://www.nature.com/articles/d41586-024-00015-w?fbclid=IwAR2gwYex9KhWP4RfQmGfP0wn6zsZ2ylGGdWV0wB3J86jDGf3xrpC1TLnFE

Вкратце, заметка посвящена тому, как можно редактируя геномы диких растений быстро "одомашнивать" их - менять свойства растения так, чтобы оно становилось пригодным в сельском хозяйстве.

Sophia Gerasimova - один из героев новостной заметки - много лет работала в соседней со мной комнате в ИЦиГе, а последние годы ведет свои исследования ещё и в Бразилии и Германии. Поздравляю Софью с такими замечательными результатами!

Если кому-то интересно, как Софья попала на страницы журнала Nature, можно попробовать задать вопрос в комментариях.

Коллеги просили рассказать об их школе-конференции для бакалавров и магистров биологических направлений. Акцентировали внимание, что ждут студентов из Новосибирска и Питера, а на дорогу готовы дать тревел-грант.

ОТКРЫТА РЕГИСТРАЦИЯ НА IV СТУДЕНЧЕСКИЙ БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ

Уважаемые коллеги! Мы открываем регистрацию на IV Студенческий биохимический форум — ежегодную школу-конференцию для студентов, начинающих научный путь в области биохимии, молекулярной биологии, физиологии и биотехнологии. Форум пройдет на биологическом факультете МГУ 30 марта – 1 апреля (сб–пн). Иногородние участники смогут получить гранты на поездку (оплата дороги) и им дадут места в общежитии МГУ.

В каждой секции жюри выберет лучшие работы, и победители получат призы. Тезисы работ, принятых на конференцию, войдут в сборник трудов Студенческого биохимического форума.

Регистрация на форум и подача тезисов идет через сайт https://lomonosov-msu.ru. Чтобы подать заявку, войдите в свой личный кабинет или зарегистрируетесь на сайте.

Зайдите на страницу регистрации IV Студенческого биохимического форума:

https://lomonosov-msu.ru/rus/event/request/8617/form/

Заполните форму и отправьте ее.
Текст тезисов должен умещаться на страницу и не должен включать более 2000 символов. Количество авторов в тезисах не должно превышать пяти. Авторы должны быть указаны в формате Фамилия И. О., например “Иванов И.И.” В аффилиациях указывайте полное, а не сокращённое название организации. После этого появится возможность создать тезисы в личном кабинете в разделе «Мои заявки» → подробности заявки:

https://lomonosov-msu.ru/rus/event/request/dashboard/8617

→ Конструктор PDF.

Когда вы заполните все необходимые разделы тезисов и сохраните их, у вас появится возможность посмотреть PDF-файл. Если все хорошо, возвращайтесь на страницу заявки на форум. Далее можно отправить заявку на проверку, но после этого редактирование будет невозможно, кроме случаев, когда мы сами отправим заявку вам на доработку. После окончания регистрации, все заявки автоматически будут отправлены организаторам на проверку.

Преимущество при распределении грантов на поездку будет у тех иногородних участников, кто отправил тезисы раньше.

После проверки тезисов на соответствие формальным требованиям 16 февраля мы  перенаправим их экспертам на конкурс, либо же не примем или отправим на доработку (если нарушения незначительны; доработка возможна до конца дня 17 февраля). 

1 марта вам придет уведомление о результатах конкурса. Доклад может быть принят на устное выступление или на постерную сессию. Также мы подведем итоги распределения грантов на поездку среди иногородних участников, прошедших конкурс.

Если у вас возникли вопросы и/или сложности при подаче заявки, напишите нам на mail@studbiochemforum.ru.

для биологов

Последние дни принимаю экзамены по генетике - каждый год стараюсь придумать несколько несложных вопросов, для ответа на которые нужно не только знание материала, но и небольшое мыслительное усилие. Вот несколько наиболее удачных этого года.

1. Где чаще встречаются рецессивные варианты, которые ведут к патологии: в гаплонедостаточных или в гаплодостаточных генах?

2. У гена есть несколько альтернативных промоторов. Как может быть такое, что транскрипция с любого из них приводит к одному и тому же белковому продукту?

3. Если произошла инверсия всего гена, вместе с его промотором и регулятором - изменится ли (перевернется ли) последовательность кодируемого транскрипта?

4. Может ли быть доминантным вариант, который находится вне гена?

**

И пара забавных высказываний студентов.

1. В oxford nanopore измеряют напряжение. Ток при этом бежит через пору - она достаточно большая, чтобы влезла в нее влезли и ДНК, и ток.

2.
- Х-хромосому инактививруют за счет РНК та-ксист.
- Какой той РНК?
- РНК таксист

3. (на лекциях не успел рассказать закон Х-В и сказал, что нужно прочитать его самим дома).
- Вот, такая формулировка закона Х-В.
- Нет, это неправильно
- Но вы именно так рассказывали!
- А вы точно были на лекциях?
- Да, конечно!
- Это я спрашиваю, потому что не рассказывал Х-В на лекции.
- Так конечно, я помню, это ваш коллега рассказывал, Нариман Баттулин. (спросил у Наримана - он ничего подобного не рассказывал).

На прошлой неделе мы опубликовали препринт, в котором рассказываем о новом методе медико-генетической диагностики, Exo-C, разработанном нашей группой.
Опубликованный результат - плод труда большой колаборации (в списке авторов - 40 человек), и кропотливой работы нашего коллектива. Мы работали над содзданием Exo-C с 2018 года, и последние несколько лет это был центральный проект нашей группы.

Я постараюсь найти время, чтобы написать подробнее об Exo-C на русском в ближайшее время, а пока можно прочитать текст препринта (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.26.577292v1.full) и короткий пересказ в твиттере (https://twitter.com/minjaf/status/1754337823295975886)

На днях коллеги прислали приглашение из Китая поучаствовать в конкурсе вакансий. Ищут высокорейтинговых ученых, готовых уехать на 3 года на материковый Китай на фултайм. С учетом зарплаты (от 125 до 250к долларов в год), конкуренция, думаю, будет не ниже чем в Европе и Штатах. Но может кто-то захочет себя попробовать? Если будете подавать заявку, расскажите в комментах или лично, как прошло - интересно.
https://telegra.ph/Kitaj-ishchet-vydayushchihsya-uchenyh---3-goda-raboty-s-zp-do-250k-USD-v-god-02-06

На экзамене:

Студентка: тут есть два варианта ответа, как в школе учили и как, я теперь думаю, на самом деле правильно.
Я: вы верно говорите, этот вариант ответа правильный. А кто это вас в школе такой глупости учил?
Студентка: а это я и учила. У нас учителя по биологии не было, я читала учебник и что поняла рассказывала одноклассникам.
Я: 😳

Продолжая тему санкций и публикаций в журналах группы PLOS (см. посты от 6 декабря и 22 сентября, где я рассказывал о нашем печальном опыте взаимодействия с PLOS One). На днях отправили очередную статью в PLOS Computational biology. Наученные горьким опытом, убрали из аффилиации и текста статьи упоминание о Сибирском Отделении РАН - оставили только название института. Тем не менее, из редакции пришло письмо о том, что ИЦиГ является дочерней организаций РАН и, поэтому, статью рассмотреть не могут. Так что, похоже, все журналы группы PLOS для статей из РФ закрыты.

6 февраля были объявлены очередные конкурсы мегагрантов. В этом году среди конкурсов новая номинация - гранты для привлечения молодых перспективных исследователей, 15 млн руб в год на 2 года с возможностью продления.

С удивлением и некоторой грустью увидел, что обязательным требованием является то что

"молодой перспективный исследователь является работником зарубежной научной, образовательной организации или высокотехнологичной компании не менее 1,5 лет, предшествующих дате окончания срока подачи заявок"

я всецело приветствую привлечение зарубежных исследователей в Российскую науку, это создает конкурентную среду и развивает межнациональное сотрудничество. Но вызывает недоумение, почему из конкурса исключены Российские исследователи? Кажется, что если они в открытом конкурсе могут продемонстрировать показатели лучше, чем зарубежные ученые, то вполне заслуживают финансирования.

Впрочем, любая поддержка лучше, чем ее отсутствие. Если кого-то заинтересует - ссылка на конкурсную документацию тут
https://promote.budget.gov.ru/public/minfin/selection/view/d0eb1be4-24fe-4358-b947-0c9a98f0c71b?showBackButton=true&competitionType=0

Когда-то давно мне попалась на глаза задачка по биологии (кажется, с какой-то олимпиады). Хорошего ответа я так и не встретил, и задачка запомнилась. Формулировка была приблизительно следующей:

Мутации в клетках человека возникают случайно с некоторой (не очень высокой) вероятностью. Если мутация произошла в "неудачном" месте, она может стать тригером рзавития рака. Поэтому, суммарная вероятность появления опухоли растет со временем жизни и с числом клеток в организме - один раз повезло, другой, третий, но когда-нибудь мутация произойдет в неудачном месте.
Вопрос. А как тогда выживают виды организмов, у которых клеток сильно больше, чем у человека, или живут они сильно дольше? Скажем, кит. У него намного больше клеток и живет он долго. Значит, шанс получить неудачную мутацию у него во много раз больше, чем у человека. Почему же все киты не умирают от рака?

В недавней статье в Nature оценили скорости мутаций у разных животных. Удивительный (ну или не очень, учитывая выше изложенное) результат - продолжительность жизни организма сильно связана со скоростью накопления мутаций. У организмов, которые в природе живут долго, мутации появляются значительно реже. Судя по всему, это происходит из-за того, что клеточные системы более активно исправляют повреждения ДНК.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04618-z

Так что китам, похоже, просто повезло с наследственностью.

П.С. Хотя авторы объясняют связь продолжительности жизни со скоростью накоплением мутаций, их же данные опровергают связь массы тела со скоростью накопления мутаций. Например, голый землекоп и жираф имеют примерно одинаковую частоту мутаций при массе тела отличающейся в сотни раз. Так что объяснить, почему животные с бОльшим числом клеток не болеют чаще раком, мы все ещё не можем.

Пару недель назад в Вениамином Фишманом поучаствовали в записи подкаста «В мире ученых». Делюсь видео версией нашей беседы на YouTube

Я начинаю свой отпуск, который в этом году провожу в Бразилии. Так получилось, потому что отпуск я совмещаю с чтением лекций Бразильским студентам. Про лекции расскажу позже, а пока несколько слов о Бразильских дорогах. На выходных я брал автомобиль, чтобы поехать отмечать день рождения друзей загород. Хочу сказать, что таких комфортных междугородних трасс я ещё не видел! За >300 км я не нашел ни одной ямы, везде идеально гладкий асфальт, многоуровневые развязки, светоотражающая объемная разметка (чувствуешь легкую вибрацию, когда пересекаешь полосу). Правда, местные говорят, что такие дороги только в штате Сан-Пауло - в других местах хуже.

Ещё познакомился с современными авто - раньше мне не доводилось ездить на больших, семиместных машинах с элементами помощи водителю. Хотя на дворе век самоуправляемых машин, на моей простенькой малолитражке с механикой ничего такого нет. Так что даже круиз-контроль произвел на меня очень приятное впечатление.

Интересно, что стоимость топлива в Бразилии очень сильно отличается от города к городу. На двух заправках, между которыми 2 часа езды, цена отличалась в полтора раза!
А ещё все тут ездят на спирте. Бензин (он тут называется "газолин") в разы дороже. Мы видели по дороге гигантские плантации сахарного тростника из которого, видимо, делают потом спирт.

На днях меня пригласила на ужин проф. Регина. Разговорились о том, как в Бразилии становятся профессором. Интересно, что для прохождения по карьерной лестнице - получения ассистант профессора и профессора - нужно писать текст, вроде нашей кандидатской и докторской диссертации. Т.е. тут "диссертации" пишут 3-4 раза: когда защищают PhD и потом когда получают каждую следующую профессорскую должность. Кроме диссертации - размером больше 100 страниц - предполагается и защита, которая проходит в форме выступления с докладом и ответов на вопросы комиссии.

При этом звание профессора пожизненное и предполагает очень пристойную зарплату (я как-то писал об этом, см. например, пост в этом канале от 23 августа). Но получают его уже после 50, а часто после 60 лет. Поэтому, как жалуется Регина, многие молодые люди, которых хотят завести семью, уходят из науки - слишком долго ждать больших зарплат.

А молодых людей (студентов и постдоков) финансируют куда более скромно. Им не платят с грантов - как это принято у нас. Каждый студент пишет свой собственный грант в гос. фонд - FAPESP - на свою собственную работу. Профессор помогает написать этот студенческий грант, чтобы повысить шансы на получение стипендии. Если грант дают, студент может работать в лаборатории.

За ужином удалось не только узнать новое о Бразильской науке, но и попробовать новое блюдо Бразильской кухни - пастель. Что-то вроде нашего чебурека, но может быть фаршировано не только мясом, но и сыром, овощами или другими начинками. Весьма распространенный тут фастфуд.

Я отправился в отпуск именно в Бразилию не только потому что в прошлую поездку мне очень понравилась эта страна, но и из-за того, что была возможность совместить поездку с работой. С другой стороны, в рабочем режиме не удается просмотреть что-то за пределами города где работаешь. Поэтому в этот раз, когда Бразильский фонд CAPES выделил мне деньги на короткий курс лекций по геномике и эпигенетике, я сразу договорился с фондом, что после лекций задержусь за свой счёт на две недели отпуска, чтобы поездить по стране.

Поскольку лекции только что закончились, хочется по горячим следам рассказать о своих впечатлениях о Бразильских студентах. Моя оценка безусловно будет несколько завышенной - на мой курс, который по сути - факультатив, на иностранном (английском) языке, записались чуть больше 20 студентов из ведущего ВУЗа Бразилии. Очевидно, что они очень мотивированные и отнюдь не "среднестатистические" студенты.

Мне понравилось отношение ребят к лекциям. Слушать занятия на моём - не самом лучшем - английском 4 часа подряд явно было им тяжело. Но ребята старались не выключаться, постоянно вели записи. Задавали много вопросов, но не перебивали. К преподавателю тут обращаются только с приставкой "профессор", очень уважительно. Но совмещают это с традиционными Бразильским чувством юмора: один парень выучил как будет по-русски "привет, как дела" и говорил мне каждое утро "профессор, привет". Интересно, что после лекций отношения мгновенно выравниваются: пара студентов пригласила меня на обед в столовую неподалеку, и за обедом держала себя со мной как с обычным приятелем. Но на следующий день, стоило нам вернуться в аудиторию - и тон общения снова стал подчёркнуто-уважительным.

Я рад, что чтение курса мотивировало меня обновить материал лекций, почитать свежие статьи и придумать интересные упражнения для студентов. Одно из таких упражнений - написание скриптов для анализа биологических данных при помощи chatgpt. Интересно, что при одном и том же задании , в зависимости от промпта, который формулировал студент (и языка промпта, кто-то на русском, кто-то на английском), chatgpt выдавал разные варианты решения, но чаще всего с похожими ошибками. В итоге, только несколько человек смогли объяснить chatgpt что нужно сделать, чтобы решить задачу правильно

Самым тяжёлым для меня было принимать экзамен на английском. После пяти часов разговоров, когда ты должен постоянно придумывать новые вопросы, оценивать ответы, разбирать акцент каждого следующего студента и сам подбирать слова на английском, я немного устал.