Немного погулял по историческому центру Стамбула

В группе биоинформатики института искусственного интеллекта открывается позиция data scientist. Позиция примерно middle грейда, хотя как часто бывает при поиске сотрудника финальные условия достаточно гибкие и зависят от резюме и собеседования. Позиция в группе Ольги Кардамон, но с новым сотрудником я буду в значительной степени работать сам.
Не привожу формальных требований к скилам. Они +-обычные для DS-позиции. На всякий случай: "я уже знаю, как на питоне запустить градиентный бустинг, правда ещё не очень представляю как эта штука работает, и считаю, что нормальное распределение - это когда результаты получаются нормальные" - нет этого не достаточно.
От себя обещаю интересные проекты, ну а зарплату+плюшки обещает сбер и поэтому обычно с этим все норм. Для меня очень важно чтобы человек был мотивирован, относился к делу не как к работе "от сих до сих", а как к возможности на базе института либо сделать великое открытие, либо подготовить почву для своего будущего стартапа. Опыт работы в академии и степень приветствуется, но не является обязательным. Фокус сейчас конкретно в моём проекте на LLM.

Вдруг у кого-то знакомого появится интерес - пишите. Чем мы занимаемся в этом проекте можно почитать тут:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.12.544594v1

Коллеги, ИЦиГ ищет сотрудника для работы над коммерческими проектами в области генной инженерии и молекулярной биологии, с соответствующим опытом. Речь идет в первую очередь о работе над конкретными коммерческими задачами, а не об исследовательской деятельности, хотя можно рассмотреть разные варианты.
Зарплата по результатам собеседования.
Если вы немного устали от фундаментальной науки, отчетов и статей, но любите работать руками и имеете соответствующий опыт - напишите мне в лс своё резюме.

Вдруг кто-то хочет съездить в Казахстан попреподавать на месяц? Обещают хорошую зарплату. Вот такое предложение сегодня пришло. Правда, делайн уже очень близко.

Greetings from L.N.Gumilyov ENU!

We are glad to share the call for the Visiting Professors program (short-term state funded) at ENU for 2024.
To remind, Visiting professor program at ENU implies a professor/researcher working at the foreign HEI/research units to conduct teaching and research activities at ENU for the specific period short-term (1 month). This is the offline mode visit during the fall semester (September-December 2024), with around 45 hours of teaching and additional seminars, consulting, and research activities. The payment is fixed by the Ministry annually and usually is around $4000 (1 840 000 KZT) for the whole period (including all travel and other expenses).
Please find attached the file with the terms and instructions for applying.
The link for the interest applicants https://forms.gle/hAYAZV1xX7ZD6Mk36. The deadline is 22nd November 2023.

Visiting professor program funded by state budget implies a professor/researcher working at the foreign HEI/research units to conduct teaching and research activities at ENU for the specific period short-term (1 month). It is the offline only mode visit during the fall semester (September-December), with around 45 hours of teaching and additional seminars, consulting, and research activities. The payment is fixed by the Ministry annually and usually is around $4000 (1 840 000 KZT) for the whole period (including all traveling and other expenses). For all questions, please contact the Department of International Cooperation at 31-408, 31-401, 31-407,

Я думал, что чату GPT уже сложно меня чем-то удивить. Но нет.

Готовлю институтский отчет. Нужно перчислить публикации и указать для каждого журнала ISSN/ISBN (для тех кто не знает - это какой-то идентификационный номер журнала, который обычно есть где-то на его сайте, и который непонятно вообще зачем кому-то нужен). У меня есть список публикаций, но в нем нет ISSN/ISBN

Решил попросить чат-gpt. Я подумал, что ISSN журналам присваивался до 2021 года, возможно, где-то в выборке GPT оно есть.

Все круче!

Эта штука сама гуглит журнал в bing, открывает нагугленную страницу, читает ее, находит ISSN и пишет в отчет. Жуть...

Продолжая восхищаться умениями chatGPT. Мне кажется, что >50% писем, которые я пишу, мог бы написать chatGPT. Было бы классно иметь такой плагин, который подключен к твоей почте, читает твою переписку и предлагает тебе ответы на новые письма. Может, такой уже есть?

В Новосибирске сегодня свежо

Предыдущие два дня были очень насыщенными. Я принял участие в отчетной сессии института искусственного интеллекта (AIRI) в Москве. Слушать доклады математиков и IT-шников, у которых на каждом втором слайде неразборчиво написано десять формул (хоть убейся не верю, что они сами их понимают при такой скорости прокрутки) было, конечно, тяжело. С другой стороны - искренне впечатлился тому, какой огромный прогресс происходит во всех областях науки в связи с использованием ИИ. В химии, физике, медицине, робототехнике, в дизайне - огромное количество применений.
Например, мне очень понравился доклад об использовании ИИ для автоматического анализа флюорографических и КТ снимков. Оказывается, по таким снимкам можно "случайно" обнраужить у человека десяток патологий (скажем, снимок делали по поводу ковида, а нашли рак найденных легкого). Но, зачастую, врачи не находят такие побочные патологии, поскольку фокуссируются на анамнезе пациента. ML может анализировать снимки "непредвзято" - и это сильно повышает долю обнаруженных патологий.
Ну и конечно же впечатляет само разнообразие ML-методов. RL, агентные модели, графовые сети, диффузионные модели, оптимальный транспорт, GAN-ы, трансформеры, трансформеры и ещё раз трансформеры... Чего только нет, и как быстро все меняется - уже никаких "привычных" CNN/RNN/LSTM, хотя они были в топе лет 5 назад, а половину новых слов я пока ещё даже не выучил.

Возвращаюсь в Новосибирск полный новых впечатлений и идей и, конечно же, с тремя пакетами - с клетками, антителами и другими реактивами. Интеллект интеллектом, но старые добрые эксперименты в лабе ещё никакая биоинформатика не заменила =)

Вылет из Шереметьева с Победой - в антитопе моего рейтинга предполетных впечатлений. Час в очереди для регистрации на рейс. Онлайн регистрация платная (и все равно требуется отстоять примерно такую же очередь, чтобы показать ручную кладь). Из рюкзака пришлось выкинуть один халадгент, ибо багаж только 10 кг (ну это я сам затупил и не посмотрел, когда покупал билет).

Водитель автобуса ехал к самолету так, как будто он под кайфом. Кстати, в автобусе было плотнее, чем в 8ке в худшие времена.

В общем, нужно как-то запомнить, что летать победой - плохая идея, особенно учитывая, что в официальной командировке нет цели сэкономить последнюю копейку на билетах.

Кстати, в аэропорту встретил очень много солдат. Некоторые - на веселе, но в целом все в хорошем расположении духа. Видно, что рады отпуска. Интересно, им, похоже, вообще не лимитируют цены билетов. С одним разговорился. Он рассказал, что взял билет на тот же рейс, что и я, но по цене за 60 тысяч рублей (!) - потому что покупал его утром в день вылета.

Просмотр Оппенгеймера и свободное время на праздниках мотивировали меня написать очень длинный пост. Получилось что-то вроде эссе на вольную тему

Если вам интересно почитать такое, ставьте лайк и пишите комменты, а если все это рассюсюкивание вам лишнее - палец вниз (кстати, эмодзи тут анонимные). Нужно понять, какой контент требуют читатели!

https://telegra.ph/Po-motivam-prosmotra-Opengejmera---mysli-o-luchshem-budushchem-dlya-chelovechestva-01-03

Не так часто Новосибирск попадает на страницы новостей Nature:

https://www.nature.com/articles/d41586-024-00015-w?fbclid=IwAR2gwYex9KhWP4RfQmGfP0wn6zsZ2ylGGdWV0wB3J86jDGf3xrpC1TLnFE

Вкратце, заметка посвящена тому, как можно редактируя геномы диких растений быстро "одомашнивать" их - менять свойства растения так, чтобы оно становилось пригодным в сельском хозяйстве.

Sophia Gerasimova - один из героев новостной заметки - много лет работала в соседней со мной комнате в ИЦиГе, а последние годы ведет свои исследования ещё и в Бразилии и Германии. Поздравляю Софью с такими замечательными результатами!

Если кому-то интересно, как Софья попала на страницы журнала Nature, можно попробовать задать вопрос в комментариях.

Коллеги просили рассказать об их школе-конференции для бакалавров и магистров биологических направлений. Акцентировали внимание, что ждут студентов из Новосибирска и Питера, а на дорогу готовы дать тревел-грант.

ОТКРЫТА РЕГИСТРАЦИЯ НА IV СТУДЕНЧЕСКИЙ БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ

Уважаемые коллеги! Мы открываем регистрацию на IV Студенческий биохимический форум — ежегодную школу-конференцию для студентов, начинающих научный путь в области биохимии, молекулярной биологии, физиологии и биотехнологии. Форум пройдет на биологическом факультете МГУ 30 марта – 1 апреля (сб–пн). Иногородние участники смогут получить гранты на поездку (оплата дороги) и им дадут места в общежитии МГУ.

В каждой секции жюри выберет лучшие работы, и победители получат призы. Тезисы работ, принятых на конференцию, войдут в сборник трудов Студенческого биохимического форума.

Регистрация на форум и подача тезисов идет через сайт https://lomonosov-msu.ru. Чтобы подать заявку, войдите в свой личный кабинет или зарегистрируетесь на сайте.

Зайдите на страницу регистрации IV Студенческого биохимического форума:

https://lomonosov-msu.ru/rus/event/request/8617/form/

Заполните форму и отправьте ее.
Текст тезисов должен умещаться на страницу и не должен включать более 2000 символов. Количество авторов в тезисах не должно превышать пяти. Авторы должны быть указаны в формате Фамилия И. О., например “Иванов И.И.” В аффилиациях указывайте полное, а не сокращённое название организации. После этого появится возможность создать тезисы в личном кабинете в разделе «Мои заявки» → подробности заявки:

https://lomonosov-msu.ru/rus/event/request/dashboard/8617

→ Конструктор PDF.

Когда вы заполните все необходимые разделы тезисов и сохраните их, у вас появится возможность посмотреть PDF-файл. Если все хорошо, возвращайтесь на страницу заявки на форум. Далее можно отправить заявку на проверку, но после этого редактирование будет невозможно, кроме случаев, когда мы сами отправим заявку вам на доработку. После окончания регистрации, все заявки автоматически будут отправлены организаторам на проверку.

Преимущество при распределении грантов на поездку будет у тех иногородних участников, кто отправил тезисы раньше.

После проверки тезисов на соответствие формальным требованиям 16 февраля мы  перенаправим их экспертам на конкурс, либо же не примем или отправим на доработку (если нарушения незначительны; доработка возможна до конца дня 17 февраля). 

1 марта вам придет уведомление о результатах конкурса. Доклад может быть принят на устное выступление или на постерную сессию. Также мы подведем итоги распределения грантов на поездку среди иногородних участников, прошедших конкурс.

Если у вас возникли вопросы и/или сложности при подаче заявки, напишите нам на mail@studbiochemforum.ru.

для биологов

Последние дни принимаю экзамены по генетике - каждый год стараюсь придумать несколько несложных вопросов, для ответа на которые нужно не только знание материала, но и небольшое мыслительное усилие. Вот несколько наиболее удачных этого года.

1. Где чаще встречаются рецессивные варианты, которые ведут к патологии: в гаплонедостаточных или в гаплодостаточных генах?

2. У гена есть несколько альтернативных промоторов. Как может быть такое, что транскрипция с любого из них приводит к одному и тому же белковому продукту?

3. Если произошла инверсия всего гена, вместе с его промотором и регулятором - изменится ли (перевернется ли) последовательность кодируемого транскрипта?

4. Может ли быть доминантным вариант, который находится вне гена?

**

И пара забавных высказываний студентов.

1. В oxford nanopore измеряют напряжение. Ток при этом бежит через пору - она достаточно большая, чтобы влезла в нее влезли и ДНК, и ток.

2.
- Х-хромосому инактививруют за счет РНК та-ксист.
- Какой той РНК?
- РНК таксист

3. (на лекциях не успел рассказать закон Х-В и сказал, что нужно прочитать его самим дома).
- Вот, такая формулировка закона Х-В.
- Нет, это неправильно
- Но вы именно так рассказывали!
- А вы точно были на лекциях?
- Да, конечно!
- Это я спрашиваю, потому что не рассказывал Х-В на лекции.
- Так конечно, я помню, это ваш коллега рассказывал, Нариман Баттулин. (спросил у Наримана - он ничего подобного не рассказывал).