Вениамин Фишман
1.25K subscribers
406 photos
73 videos
26 files
170 links
Генетика через призму AI, а также о науке (и в целом о жизни) в РФ и за рубежом
Download Telegram
Forwarded from Ekaterina Pomerantseva
Итак.
Минус один.
Эксплицитно это утверждение я нашла у Кондрашова, он ссылается при этом на Петрова. Вот вам ссылки и пара цитат.
👍1
Forwarded from Ekaterina Pomerantseva
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/humu.10147
My results (Table 4) confirm several generally accepted facts about human spontaneous mutation:1) well over 90% of all mutations are single nucleotide substitutions [Giannelli et al., 1999; Nachman and Crowell, 2000], 2) CpG context increases substitution rate by order of magnitude [Sommer, 1995;Nachman and Crowell, 2000], and 3) deletions are 3 times more common than insertions [Gu and Li,1995] so that mutation shrinks human genome by 1 nucleotide per generation [Petrov, 2001].
 
http://petrov.stanford.edu/pdfs/19.pdf
 
Because DNA is the stuff of genes, it is natural to think that more complex organisms would require more genes and thus have more DNA.

Two forces clearly have the capacity to affect the whole genome: natural selection and global deletion–insertion biases. The activity of TEs could also have global effects on genome size, at least in the long run when copies of TEs can no longer be recognized, yet continue to take up space. Other forces, such as satellite expansion, heterochromatic shrinkage or expansion, creation of accessory chromosomes and so forth have a much more limited scope of action. Polyploidization is also not expected to increase the size of all genomic compartments, but rather to make them more numerous. Thus, a fundamental question in the study of genome-size evolution is whether different genomic components vary together in a correlated fashion. Data of this kind are unfortunately limited.
 
Forwarded from Elena Sharova
and so forth have a much more limited scope of action. - это товарищ явно недооценил. число вариабельных по длине микросателлитов с длиной звена от 3 до 8 - более 4 тыс в человеческом генома. это с лихвой перекрывает все де ново snv\mnv в среднем на поколение (попробую глянуть ради интереса их стабильность по 600 трио из 1000г - у меня пока только качественная, не количественная картинка длин аллелей, но все-таки)
Я в очередной раз переезжаю - из зелёного бутантана с маленькими и очень просто обустроенными домиками вокруг университета в пафосный район пинейрос, с многоэтажками окруженными глухим забором с камерами каждые 5 метров, охранником-консьержем, фитнес-залом и бассейном на общем этаже. По ощущениям мое новое жилье больше похоже на гостиницу с возможностью готовить в номере, чем на съёмную квартиру.
🔥3
Наверное, все уже устали от постов везде и всюду про chatGPT. И все-таки. Сейчас я переписываю одну из наших статей при помощи последнего chatGPT 4.0 - должен сказать, что это классная штука! Накидываешь текст с инглишем на троечку, а он сохраняет основной смысл, но переписывает на хорошем научном английском. Класс!
Один из этих заголовков предложил chatGPT на основе текста статьи, второй написал я. Какой заголовок написал человек?
Anonymous Poll
54%
Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for conformation capture assays with S1 nuclease
46%
Exploring Chromatin State with Sequence-Agnostic Enzymes: The Role of S1 Nuclease in Hi-C Assays
Судя по результатам опроса, отличить творчество chatGPT от челвеческого не так-то просто. Даже не знаю, кому это комплемент - мне (что правдоподбно пишу на английском) или чату GPT (что правдоподобные заголовки сочиняет).

Кстати, вы знаете, что есть уже парочка AI-стартапов, которые делают AI-алгоритмы, чтобы отличать контент сгенерированный AI от контента сгенерированного человеком?
До Бразилии на прошлой неделе доехало и мое семейство. Пока хороших общих фото нет, но есть фото Яши на фоне местных достопримечательностей ) на выходных мы вместе успели сходить в парка Villa Lobos - это известный бразильский композитор, в честь которого назван район, в котором мы живём, в центральный парк ибегапоэра и чуть-чуть заглянуть на Паулисту.
👍6🥰2
На выходных хорошая погода и мы съездили в ботсад. Он не очень большой, можно обойти за пару часов. Тут интересно сделаны некоторые дорожки: в виде помоста, поднятого на большую высоту, так что идёшь как бы на уровне если не верхушек деревьев, то по крайней мере выше густого подлеска. Так удобнее наблюдать за птицами и животными
👍3
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Кстати, из животных опять удалось увидеть стайку обезьян. Эти были не голодные и на бананы не клюнули. Ещё видели разных птиц, черепах, ящериц и много видов бабочек.
👍1
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
А сегодня мы едем на океан. Пока что из главных впечатлений:
1. Нашли на станции метро лифт, которым нужно управлять как игровой приставкой. Он едет, только пока нажимаешь на джойстике наверх или вниз - если отпускаешь, можно остановиться посередине между этажами и стоять ). Стыковка с платформой тоже на совести пассажиров.
🔥1
2. Оказывается, для путешествия с детьми на междугороднем автобусе нужно предъявить не только их паспорта, но и свидетельство о рождении - чтобы доказать, что мы их не украли. Причем фото не достаточно - нужен именно оригинал. То, что оригинал на русском, никого не смущает - кассир честно сверял по буквам русские имена в нашем загране и детских свидетельствах. Из-за этого, пришлось потратить лишние 2 часа на поездку с автовокзала домой и обратно, чтобы привезти недостающие документы.
👍1😱1
В Сантосе, куда мы приехали на выходные, длинная береговая линия, но купаться там мы не стали - из-за порта вокруг достаточно грязно. Мы решили отправиться на другой берег пролива, на пляж Goiz, который относится к городу Гуаруджа. Вообще города вдоль океана ничем не отделены друг от друга и составляют единую береговую линию. А между Сантом, который, фактически, находится на острове, и материковой Гуаруджей, ходит паром, который, если верить Интернету, перевозит 20 тысяч автомобилей в день.
Пляж Goiz, куда мы отправились, примечателен тем, что расположен в "нежилой" части Гуаруджи, окружён со всех сторон скалами и добраться туда можно только на лодке.
1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Лодка ходит каждые 5-10 минут и это часть системы общественного транспорта. Билет стоит 5 реалов (90 рублей), так что мы, кажется, купили самую дешёвую морскую прогулку из возможных. За время в пути (около 10 минут) можно насладиться шикарными видами и даже прокачаться немного на волнах от подходящих мимо больших кораблей. А ещё познакомиться с фанатом Зенита, который был в Питере в прошлом году и немного научился говорить по-русски )
😁3🔥2
Детям поездка на лодке понравилась.
6