Вениамин Фишман
1.25K subscribers
406 photos
73 videos
26 files
170 links
Генетика через призму AI, а также о науке (и в целом о жизни) в РФ и за рубежом
Download Telegram
Если к вам в окно залезла ящерица, все нормально, просто вы в Бразилии )
В свете сложностей с логистикой образцов из Бразилии в Новосибирск решил узнать, как зависит температура образца от количества сухого льда в коробке. Конечно же, я не первый, кого этот вопрос интересовал, и вот замечательные графики из статьи Che Ismail Che-Zulkifli с соавторами: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1687428519300767.

Мы считаем, что сухой лед держит температуру около -80 градусов, но на самом деле, если на дне коробки остается только тонкий слой льда, то образцы разогреваются до -10. Так что если для образца важно не просто оставаться в твердом агрегатном состоянии, а поддерживать глубокую заморозку, нужно планировать подсыпку сухого льда при длительных транспортировках. Причем подсыпку нужно проводить примерно раз в сутки.
На этом графике показана зависимость температуры воздуха в пенопластовой коробке объемом 8л от массы находящегося в ней сухого льда. Максимальная вместимость соответствует 5-6 кг.
А на этом графике показано, как для такой же коробки объемом 8 л, наполненной доверху сухим льдом, температура меняется в зависимости от времени.
Forwarded from Ekaterina Pomerantseva
Всем бодрого утра! Мне сегодня помогла взбодриться одна старая статья нашего соотечественника. Fun fact of the day - на сколько букв увеличивается (или уменьшается?) наш геном за поколение? Попробуйте сказать не подглядывая:
1. Увеличивается на 10
2. Увеличивается на 100
3. Увеличивается на 1
4. Уменьшается на 10
5. Уменьшается на 100
6. Уменьшается на 1

Если у вас рядом есть старшие товарищи, не обремененные телеграмом, спросите, интересно как они оценивают.
👍1
Forwarded from Ekaterina Pomerantseva
Итак.
Минус один.
Эксплицитно это утверждение я нашла у Кондрашова, он ссылается при этом на Петрова. Вот вам ссылки и пара цитат.
👍1
Forwarded from Ekaterina Pomerantseva
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/humu.10147
My results (Table 4) confirm several generally accepted facts about human spontaneous mutation:1) well over 90% of all mutations are single nucleotide substitutions [Giannelli et al., 1999; Nachman and Crowell, 2000], 2) CpG context increases substitution rate by order of magnitude [Sommer, 1995;Nachman and Crowell, 2000], and 3) deletions are 3 times more common than insertions [Gu and Li,1995] so that mutation shrinks human genome by 1 nucleotide per generation [Petrov, 2001].
 
http://petrov.stanford.edu/pdfs/19.pdf
 
Because DNA is the stuff of genes, it is natural to think that more complex organisms would require more genes and thus have more DNA.

Two forces clearly have the capacity to affect the whole genome: natural selection and global deletion–insertion biases. The activity of TEs could also have global effects on genome size, at least in the long run when copies of TEs can no longer be recognized, yet continue to take up space. Other forces, such as satellite expansion, heterochromatic shrinkage or expansion, creation of accessory chromosomes and so forth have a much more limited scope of action. Polyploidization is also not expected to increase the size of all genomic compartments, but rather to make them more numerous. Thus, a fundamental question in the study of genome-size evolution is whether different genomic components vary together in a correlated fashion. Data of this kind are unfortunately limited.
 
Forwarded from Elena Sharova
and so forth have a much more limited scope of action. - это товарищ явно недооценил. число вариабельных по длине микросателлитов с длиной звена от 3 до 8 - более 4 тыс в человеческом генома. это с лихвой перекрывает все де ново snv\mnv в среднем на поколение (попробую глянуть ради интереса их стабильность по 600 трио из 1000г - у меня пока только качественная, не количественная картинка длин аллелей, но все-таки)
Я в очередной раз переезжаю - из зелёного бутантана с маленькими и очень просто обустроенными домиками вокруг университета в пафосный район пинейрос, с многоэтажками окруженными глухим забором с камерами каждые 5 метров, охранником-консьержем, фитнес-залом и бассейном на общем этаже. По ощущениям мое новое жилье больше похоже на гостиницу с возможностью готовить в номере, чем на съёмную квартиру.
🔥3
Наверное, все уже устали от постов везде и всюду про chatGPT. И все-таки. Сейчас я переписываю одну из наших статей при помощи последнего chatGPT 4.0 - должен сказать, что это классная штука! Накидываешь текст с инглишем на троечку, а он сохраняет основной смысл, но переписывает на хорошем научном английском. Класс!
Один из этих заголовков предложил chatGPT на основе текста статьи, второй написал я. Какой заголовок написал человек?
Anonymous Poll
54%
Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for conformation capture assays with S1 nuclease
46%
Exploring Chromatin State with Sequence-Agnostic Enzymes: The Role of S1 Nuclease in Hi-C Assays
Судя по результатам опроса, отличить творчество chatGPT от челвеческого не так-то просто. Даже не знаю, кому это комплемент - мне (что правдоподбно пишу на английском) или чату GPT (что правдоподобные заголовки сочиняет).

Кстати, вы знаете, что есть уже парочка AI-стартапов, которые делают AI-алгоритмы, чтобы отличать контент сгенерированный AI от контента сгенерированного человеком?
До Бразилии на прошлой неделе доехало и мое семейство. Пока хороших общих фото нет, но есть фото Яши на фоне местных достопримечательностей ) на выходных мы вместе успели сходить в парка Villa Lobos - это известный бразильский композитор, в честь которого назван район, в котором мы живём, в центральный парк ибегапоэра и чуть-чуть заглянуть на Паулисту.
👍6🥰2
На выходных хорошая погода и мы съездили в ботсад. Он не очень большой, можно обойти за пару часов. Тут интересно сделаны некоторые дорожки: в виде помоста, поднятого на большую высоту, так что идёшь как бы на уровне если не верхушек деревьев, то по крайней мере выше густого подлеска. Так удобнее наблюдать за птицами и животными
👍3
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Кстати, из животных опять удалось увидеть стайку обезьян. Эти были не голодные и на бананы не клюнули. Ещё видели разных птиц, черепах, ящериц и много видов бабочек.
👍1