О науке

Сегодня было интересное обсуждение с коллегами из соседнего института. Они занимаются тканевой регенерацией и пытаются научиться выращивать гепатоциты (клетки печени) человека для заместительной терапии. Выращивают они их из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Так вот оказывается, что для гепатоцитов, как и для многих других типов клеток, есть проблема: эмбриональнын стволовые клетки при дифференцировке дают продукты, которые соответствуют по своему состоянию клеткам позднего эмбриона (или новорожденного ребенка). Кажется - хорошо бы поменять орган на такой молодой! Но на самом деле нет - эти клетки в целом похожи на клетки взрослого человека, но ещё не так эффективно работают, поэтому использовать их для создания искусственных органов не очень хорошо.

Интересная находка моих коллег заключается в том, что при обработке ингибитором топоизомеразы эти "детские" клетки превращаются во взрослые. Топоизомеразы помогают раскручивать или закручивать ДНК, поэтому возникла идея, что взросление клеток как-то связано с изменением укладки генома. И меня поразила картинка в презентации, где сравнивали электронные микрофотографии ядер зрелых и незрелых гепатоцитов. Во-первых, они сильно отличаются - прямо как эритроциты и фибробласты курицы из нашей недавней работы. Во-вторых, почему-то именно в незрелых клетках в ядре сильно разделяются активный и неактивный хроматин - хотя казалось бы (по опыту эритроцитов) это более ожидаемо для зрелого состояния.

Запланировали Hi-C-эксперимент чтобы посмотреть на отличия в укладке ядра на разных стадиях развития клетки печени.

В ночь я еду в Рио на вот эту конференцию:
https://www.hugo-hgm2023.org/

Так что впереди, надеюсь, ещё много интересных обсуждений и докладов!

2. Ко мне в гости приехали друзья, мы вместе отправились в Рио - я на конференцию, а друзья отдыхать. Пока посмотреть город особенно не получилось, все время отнимает конференция, но завтра у меня будет один свободный день, надеюсь наверстать.

Зато, поскольку конференция проходит на берегу океана, в обеденный перерыв я успеваю сходить искупаться

3. Сама конференция, на мой взгляд, для крупного международного события проходит на 4-. Это конференция для медицинских генетиков, тут много врачей и поэтому много классических "коммерческих" докладов от представителей фирм. В них не выдаются детали науки, просто говорят какой классный у метод разработала фирма и как он решит все проблемы.
Другой тип доклада - от представителей крупных консорциумов, которые агрегируют медико-генетические данные. Они тоже не особенно о науке, скорее агитируют отправлять им данные.
В этих докладах разве что интересно послушать хороший Американский английский, докладчики почти все из США.

Но попадаются и интересные доклады! Представитель консорциума Т2Т рассказывает о том, как они расшифровали последовательности коротких плеч акроцентриков человека. Оказалось, что эти последовательности, представленные в основном кластерами разных повторов, имеют крайне высокую степень гомологии. Это само по себе странно и интересно, а кроме того позволяет объяснить, как появляются Робертсоновские транслокации - слияния двух акроцентриков, одни из самых частых хромосомных перестроек. Согласно гипотезе докладчика, это результат неаллельной рекомбинации в коротком плече.

4. Говорят, что в Рио все хуже с преступностью, чем в СП. Видимо, так и есть. У Наташи уже успели украсть телефон, а вчера мы видели как полиция скрутила на улице какого-то 13-летнего подростока, одела на него наручники, засунула в багажник полицейской машины и куда-то увезла

Интересная история была вчера должена на конференции. Одна компания делает CRISPR-терапевтически препарат против b-талаземии. Во-первых, интересен сам подход: вместо исправлений мутаций в глобиновых генах, они ломают энхансер, переключая продукцию со взрослого b-глобина, в гене которого мутация, на эмбриональный. Таким образом, можно одним препаратом лечить всех больных, не зависимо от мутации в глобиновом гене. Что-то похожее я помню Саша Ян рассказывала на нашем семинаре в виде статьи с идеей, а сейчас у компании сейчас уже стадия клинических испытаний, есть пролеченные пациенты.
Но суть доклада была в другом. Когда люди делают CRISPR-препараты, они обычно проверяют наличие в геноме off-target сайтов, которые могут быть ошибочно модифицированы их системой. Но они делают эту проверку для референского генома. А в статье в Nat. genetics автор доклада показал, что для уже используемой компанией CRISPR-системы есть off-target в нереферносном полиморфизме, частота которого в популяции >5%. Более того, они нашли такого донора и показали что, по стечению обстоятельств, off-target находится на той же хромосоме, что и on-target, и применение CRISPR-редактирования на клетках этого донора приводит не только к точковым мутациям в незапланированном месте, но и гигантским инверсиям с границами соответственно в on- и off-target участках.