В общем, можно сказать, что выходные мои прошли великолепно. Все благодаря хорошей компании, один я бы в такое путешествие ни за что не выбрался!

О науке

Сегодня было интересное обсуждение с коллегами из соседнего института. Они занимаются тканевой регенерацией и пытаются научиться выращивать гепатоциты (клетки печени) человека для заместительной терапии. Выращивают они их из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Так вот оказывается, что для гепатоцитов, как и для многих других типов клеток, есть проблема: эмбриональнын стволовые клетки при дифференцировке дают продукты, которые соответствуют по своему состоянию клеткам позднего эмбриона (или новорожденного ребенка). Кажется - хорошо бы поменять орган на такой молодой! Но на самом деле нет - эти клетки в целом похожи на клетки взрослого человека, но ещё не так эффективно работают, поэтому использовать их для создания искусственных органов не очень хорошо.

Интересная находка моих коллег заключается в том, что при обработке ингибитором топоизомеразы эти "детские" клетки превращаются во взрослые. Топоизомеразы помогают раскручивать или закручивать ДНК, поэтому возникла идея, что взросление клеток как-то связано с изменением укладки генома. И меня поразила картинка в презентации, где сравнивали электронные микрофотографии ядер зрелых и незрелых гепатоцитов. Во-первых, они сильно отличаются - прямо как эритроциты и фибробласты курицы из нашей недавней работы. Во-вторых, почему-то именно в незрелых клетках в ядре сильно разделяются активный и неактивный хроматин - хотя казалось бы (по опыту эритроцитов) это более ожидаемо для зрелого состояния.

Запланировали Hi-C-эксперимент чтобы посмотреть на отличия в укладке ядра на разных стадиях развития клетки печени.

В ночь я еду в Рио на вот эту конференцию:
https://www.hugo-hgm2023.org/

Так что впереди, надеюсь, ещё много интересных обсуждений и докладов!

2. Ко мне в гости приехали друзья, мы вместе отправились в Рио - я на конференцию, а друзья отдыхать. Пока посмотреть город особенно не получилось, все время отнимает конференция, но завтра у меня будет один свободный день, надеюсь наверстать.

Зато, поскольку конференция проходит на берегу океана, в обеденный перерыв я успеваю сходить искупаться

3. Сама конференция, на мой взгляд, для крупного международного события проходит на 4-. Это конференция для медицинских генетиков, тут много врачей и поэтому много классических "коммерческих" докладов от представителей фирм. В них не выдаются детали науки, просто говорят какой классный у метод разработала фирма и как он решит все проблемы.
Другой тип доклада - от представителей крупных консорциумов, которые агрегируют медико-генетические данные. Они тоже не особенно о науке, скорее агитируют отправлять им данные.
В этих докладах разве что интересно послушать хороший Американский английский, докладчики почти все из США.

Но попадаются и интересные доклады! Представитель консорциума Т2Т рассказывает о том, как они расшифровали последовательности коротких плеч акроцентриков человека. Оказалось, что эти последовательности, представленные в основном кластерами разных повторов, имеют крайне высокую степень гомологии. Это само по себе странно и интересно, а кроме того позволяет объяснить, как появляются Робертсоновские транслокации - слияния двух акроцентриков, одни из самых частых хромосомных перестроек. Согласно гипотезе докладчика, это результат неаллельной рекомбинации в коротком плече.