Forwarded from МФТИ — Физтех
С Днём Великой Победы, Физтехи 🕊🎖
9 Мая — дата, объединяющая поколения. Для МФТИ этот праздник имеет глубокий смысл: наш институт создавался в послевоенные годы людьми исключительного масштаба. Фронтовики, труженики тыла и великие учёные заложили сам характер Физтеха — честный, свободный в мысли и преданный своему делу.
Ректор МФТИ Дмитрий Ливанов в своём обращении отметил:
Мира, благополучия и веры в свои силы! С праздником! 🇷🇺
#МФТИ #Физтех #9Мая #ДеньПобеды #МыПомним #ЛицаПобеды #Минобрнауки #Долгопрудный
9 Мая — дата, объединяющая поколения. Для МФТИ этот праздник имеет глубокий смысл: наш институт создавался в послевоенные годы людьми исключительного масштаба. Фронтовики, труженики тыла и великие учёные заложили сам характер Физтеха — честный, свободный в мысли и преданный своему делу.
Ректор МФТИ Дмитрий Ливанов в своём обращении отметил:
«Для нас память — это не только слова благодарности, но и ежедневная работа, ответственность и стремление приносить пользу будущему российской науки. От всей души желаю вам здоровья, душевного тепла и новых свершений. С Днём Победы!»
Мира, благополучия и веры в свои силы! С праздником! 🇷🇺
#МФТИ #Физтех #9Мая #ДеньПобеды #МыПомним #ЛицаПобеды #Минобрнауки #Долгопрудный
❤13❤🔥4
Знакомимся с кафедрой БФК! 🔬
Кафедра инновационной фармацевтики, медицинской техники и биотехнологий готовит специалистов, которые работают на стыке науки, технологий и предпринимательства 🧪 Обучение строится в тесном сотрудничестве с индустриальными и научными партнёрами!
На кафедре можно защитить не только классическую научную работу, выполненную по заказу индустриального партнёра, но и собственный технологический стартап, созданный в процессе обучения.
Идеальный выбор для тех, кто готов стыковать технологии с реальными продуктами 🔥 Больше информации про программу: https://xn--80aadke2af9b7af.xn--p1ai/
Кафедра инновационной фармацевтики, медицинской техники и биотехнологий готовит специалистов, которые работают на стыке науки, технологий и предпринимательства 🧪 Обучение строится в тесном сотрудничестве с индустриальными и научными партнёрами!
✍️ Главная особенность программы — сочетание фундаментальной подготовки с реальной проектной работой. Студенты участвуют в научных исследованиях, работают над индустриальными задачами и получают опыт технологического предпринимательства ещё во время обучения.
На кафедре можно защитить не только классическую научную работу, выполненную по заказу индустриального партнёра, но и собственный технологический стартап, созданный в процессе обучения.
Идеальный выбор для тех, кто готов стыковать технологии с реальными продуктами 🔥 Больше информации про программу: https://xn--80aadke2af9b7af.xn--p1ai/
❤8
В МФТИ пройдёт День открытых дверей, посвящённый совместной магистратуре Физтеха и Университета «Сириус»
📆 18 мая
📍 107 БК
👥 Приглашаются все желающие
В программе:
14.00-14.20 — Основные научные направления лаборатории;
14.20-14.40 — Презентация магистерской программы (Яковцева Мария Николаевна, к.б.н, н.с.);
14.40-14.50 — Правила поступления в магистратуру ФБМФ (Дух Анна Сергеевна);
14:50-15:20 — Экскурсия по лаборатории нанобиотехнологий (Черкасов Владимир Рюрикович,к.х.н, с.н.с.)
❗️Зарегистрироваться на лекцию и экскурсию можно по ссылке: по https://forms.yandex.ru/u/69f079c96d2d73365a39e2dc
📎 Подробнее о магистерской программе на сайте: https://nikitinlab.ru/mastersprogramm-mipt-sirius/
📆 18 мая
📍 107 БК
👥 Приглашаются все желающие
В программе:
14.00-14.20 — Основные научные направления лаборатории;
14.20-14.40 — Презентация магистерской программы (Яковцева Мария Николаевна, к.б.н, н.с.);
14.40-14.50 — Правила поступления в магистратуру ФБМФ (Дух Анна Сергеевна);
14:50-15:20 — Экскурсия по лаборатории нанобиотехнологий (Черкасов Владимир Рюрикович,к.х.н, с.н.с.)
❗️Зарегистрироваться на лекцию и экскурсию можно по ссылке: по https://forms.yandex.ru/u/69f079c96d2d73365a39e2dc
📎 Подробнее о магистерской программе на сайте: https://nikitinlab.ru/mastersprogramm-mipt-sirius/
❤3❤🔥1
Forwarded from Алгоритмическая биология | ФБМФ МФТИ (Анна Дух)
👨🔬 Преподаватели курса «Анализ данных NGS» в МФТИ
Ведущие ученые из МФТИ, ИТМО и ИОГен РАН. Работают с реальными данными секвенирования.
Ключевые лекторы:
— Марианна Золотовская (лауреат премии губернатора МО)
— Дмитрий Буг (к.м.н., врач клинической диагностики)
— Алексей Ковтун (к.б.н., ИОГен РАН)
— Александр Ткаченко (ИТМО)
— Екатерина Олейникова (ФИЦ Биотехнологии РАН)
Студенты устанавливают программы, запускают скрипты, разбирают ошибки.
🚀 Новый поток стартует 25 мая
Онлайн, 2 месяца, удостоверение МФТИ (72 ак. часа).
Темы: Linux, R, RNA-Seq, ChIP-Seq, метагеномика, сборка геномов, поиск мутаций.
Для врачей, программистов, ученых, аспирантов, студентов.
Программистам — бонус: материал по основам молекулярной биологии.
Подробности и регистрация: https://biomed-mipt.ru/ngs
Старт 25 мая! 🧬
Ведущие ученые из МФТИ, ИТМО и ИОГен РАН. Работают с реальными данными секвенирования.
Ключевые лекторы:
— Марианна Золотовская (лауреат премии губернатора МО)
— Дмитрий Буг (к.м.н., врач клинической диагностики)
— Алексей Ковтун (к.б.н., ИОГен РАН)
— Александр Ткаченко (ИТМО)
— Екатерина Олейникова (ФИЦ Биотехнологии РАН)
Студенты устанавливают программы, запускают скрипты, разбирают ошибки.
🚀 Новый поток стартует 25 мая
Онлайн, 2 месяца, удостоверение МФТИ (72 ак. часа).
Темы: Linux, R, RNA-Seq, ChIP-Seq, метагеномика, сборка геномов, поиск мутаций.
Для врачей, программистов, ученых, аспирантов, студентов.
Программистам — бонус: материал по основам молекулярной биологии.
Подробности и регистрация: https://biomed-mipt.ru/ngs
Старт 25 мая! 🧬
🔥1
Что ждёт тех, кто собирается поступать в магистратуру ФБМФ? 😍 Начинаем рассказывать про проекты, которыми занимаются наши студенты!
Кафедра молекулярной и клеточной биологии👇
😊 Разработка и применение NGS-панели для секвенирования вируса гепатита С
Исследование носит фундаментальный характер для формирования базы данных геномов ВГС в российской популяции пациентов и прикладное применение. С помощью панели возможен поиск клинически значимых мутаций вируса. Основной метод исследования — NGS и биоинформатический анализ.
😊 Оценка тропности новых ААВ векторов к тканям сетчатки на различных моделях методом секвенирования РНК единичных клеток
Применение технологии РНК секвенирования единичных клеток для подбора оптимального вектора с необходимыми характеристиками тропизма при разработке генной терапии наследственных заболеваний сетчатки. Сравнительный анализ эффективности трансдукции и клеточного тропизма библиотеки химерных капсидов AAV проводился с использованием мышиной модели, эксплантов сетчатки человека (ЭСЧ) и органоидов сетчатки, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК).
😊 Анализ данных транскриптома и протеома для поиска молекулярных особенностей при индукции ферроптоза
Омиксный анализ данных для поиска молекулярных регуляторов ферроптоза. Ферроптоз — открытый в 2012 году тип клеточной гибели, который обусловлен перекисным окислением липидов и разрушением клеточной мембраны. Роль ферроптоза активно изучается как причина нейродегенераций, а также индукция ферроптоза рассматривается как перспективное направление в лечении опухолей. В работе производился поиск регуляторов ферроптоза на транскриптомном и протеомном уровнях при разных способах индукции ферроптоза.
😊 Идентификация аутореактивных CD4+ T-клеток у больных системной красной волчанкой и антифосфолипидным синдромом
Цель работы — идентифицировать аутореактивные CD4+ Т-клеточные клоны у больных СКВ носителей HLA-DRB1*15:01 и определить аутоантигенные пептиды, вовлеченные в их активацию. Был проведен анализ репертуара аутореактивных антиген-специфичных Т клеточных клонов и найдены последовательности TCR.
😊 Получение и изучение свойств прионов дрожжей в отсутствие шаперона Hsp104
Изучение свойств прионов дрожжей в отсутствие главного размножающего фактора, шаперона Hsp104, а именно: устойчивость к детергенту SDS при различных температурах, реакция на введение мутантов SSa1 и введение Hsp104 в штаммы с его делецией, поиск возможных альтернативных факторов дезагрегации, в присутствии которых продолжается стабильное наследование прионного статуса.
😊 Разработка генетического сенсора для индентификации инфекции HSV на основе вирус-специфического промотора
Разработка панели генетических сенсоров на основе вирус-специфических промоторов из вируса простого герписа первого типа, для индетефикации инфекции последнего в интактной культуре клеток. Основные методы в работе: основные методы генной инженении и клеточной биологии, проточная цитофлуометрия, флюоресцентная микроскопия.
Кафедра молекулярной и клеточной биологии
Исследование носит фундаментальный характер для формирования базы данных геномов ВГС в российской популяции пациентов и прикладное применение. С помощью панели возможен поиск клинически значимых мутаций вируса. Основной метод исследования — NGS и биоинформатический анализ.
Применение технологии РНК секвенирования единичных клеток для подбора оптимального вектора с необходимыми характеристиками тропизма при разработке генной терапии наследственных заболеваний сетчатки. Сравнительный анализ эффективности трансдукции и клеточного тропизма библиотеки химерных капсидов AAV проводился с использованием мышиной модели, эксплантов сетчатки человека (ЭСЧ) и органоидов сетчатки, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК).
Омиксный анализ данных для поиска молекулярных регуляторов ферроптоза. Ферроптоз — открытый в 2012 году тип клеточной гибели, который обусловлен перекисным окислением липидов и разрушением клеточной мембраны. Роль ферроптоза активно изучается как причина нейродегенераций, а также индукция ферроптоза рассматривается как перспективное направление в лечении опухолей. В работе производился поиск регуляторов ферроптоза на транскриптомном и протеомном уровнях при разных способах индукции ферроптоза.
Цель работы — идентифицировать аутореактивные CD4+ Т-клеточные клоны у больных СКВ носителей HLA-DRB1*15:01 и определить аутоантигенные пептиды, вовлеченные в их активацию. Был проведен анализ репертуара аутореактивных антиген-специфичных Т клеточных клонов и найдены последовательности TCR.
Изучение свойств прионов дрожжей в отсутствие главного размножающего фактора, шаперона Hsp104, а именно: устойчивость к детергенту SDS при различных температурах, реакция на введение мутантов SSa1 и введение Hsp104 в штаммы с его делецией, поиск возможных альтернативных факторов дезагрегации, в присутствии которых продолжается стабильное наследование прионного статуса.
Разработка панели генетических сенсоров на основе вирус-специфических промоторов из вируса простого герписа первого типа, для индетефикации инфекции последнего в интактной культуре клеток. Основные методы в работе: основные методы генной инженении и клеточной биологии, проточная цитофлуометрия, флюоресцентная микроскопия.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥7❤4
Знакомимся с магистрантами ФБМФ! Даниил Черкасов рассказывает про учёбу на кафедре системной и синтетической биологии ✍️
💬 Почему вы выбрали нашу кафедру?
Летом перед магистратурой мы с командой под руководством заведующего кафедры Вадима Марковича Говоруна начали прорабатывать его идею по созданию устройства для автоматизации биологического синтеза фрагментов ДНК. Проект выглядел очень интересным и амбициозным, так что поступление на кафедру виделось логичным продолжением.
💬 Какие дисциплины оказались самыми полезными и почему?
Для дальнейшего развития в области биологии самым полезным можно назвать курс "Инструментальные основы системной биологии и биостатистика", поскольку он ориентирован на освоение практических методик при проведении мультиомиксных исследований. Приводится множество примеров реальных экспериментов, объясняются принципы работы приборов и технологий. Также хочется отметить курс "Системная инженерия биомедицинского оборудования" — он позволил по-другому посмотреть на технику построения эксперимента.
💬 Над чем вы сейчас работаете в рамках НИР?
Моя работа способна стать частью программного модуля по разбиению последовательности ДНК на олигонуклеотиды, разрабатываемого в лаборатории. Я работаю над статической моделью предсказания результата сборки последовательности метом двух последовательных ПЦР. Технология поможет осуществлять сборку последовательностей с желаемыми признаками и высокой синтаксической сложностью.
💬 Удаётся ли совмещать магистратуру и работу?
В данный момент я работаю в лаборатории передовых решений в области биофизики и автоматизации. Совмещение никогда не бывает простым, но я благодарен своим коллегам — они помогают мне, в том числе создавая условия для выполнения части исследований в рамках диплома в рабочее время.
💬 Как магистратура изменила ваше понимание профессии?
Обучение в магистратуре помогло мне осознать важность распределения времени в условиях его нехватки, трезвой оценки своих возможностей при реализации поставленных задач, поиска компромиссов при необходимости.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥7
Forwarded from Алгоритмическая биология | ФБМФ МФТИ (Анна Дух)
🐧 Почему в биоинформатике Linux, а не Windows?
❌ Windows не умеет запускать 99% программ для анализа генома (bwa, samtools, GATK…)
❌ Терабайты данных через графический интерфейс — это боль и тормоза
❌ Даже WSL медленнее нативного Linux на реальных объёмах
✅ Кластеры любых центров — только Linux и командная строка
Что делать?
Ставить Ubuntu, использовать WSL2 или виртуалку.
На курсе «Анализ данных NGS»:
— даём основы командной строки Linux
- Вы с нуля научитесь устанавливать программы, запускать скрипты и обрабатывать секвенированные данные
🚀 Новый поток — 25 мая
👉 https://biomed-mipt.ru/ngs
Linux — ваш ключ к большим данным в биологии 🧬
❌ Windows не умеет запускать 99% программ для анализа генома (bwa, samtools, GATK…)
❌ Терабайты данных через графический интерфейс — это боль и тормоза
❌ Даже WSL медленнее нативного Linux на реальных объёмах
✅ Кластеры любых центров — только Linux и командная строка
Что делать?
Ставить Ubuntu, использовать WSL2 или виртуалку.
На курсе «Анализ данных NGS»:
— даём основы командной строки Linux
- Вы с нуля научитесь устанавливать программы, запускать скрипты и обрабатывать секвенированные данные
🚀 Новый поток — 25 мая
👉 https://biomed-mipt.ru/ngs
Linux — ваш ключ к большим данным в биологии 🧬
😁7💯2👏1
Forwarded from Алгоритмическая биология | ФБМФ МФТИ (Анна Дух)
🧬 День открытых дверей / Алгоритмическая биология
🗓 23 мая, 11:00
📍 Биотек кампус (Миклухо-Маклая, 16/10)
В программе:
1️⃣ Генетика в РФ, кампус и наши достижения
2️⃣ Магистерская программа «Алгоритмическая биология»
3️⃣ 🔬 Экскурсия по лабораториям
4️⃣ ☕️ Чай, фуршет, живое общение
Приходите увидеть лабораторию изнутри и узнать пути в биоинформатику.
🔗 Регистрация: https://forms.yandex.ru/u/69f346279029020401a8e8bb
Ждём вас! 🧬
🗓 23 мая, 11:00
📍 Биотек кампус (Миклухо-Маклая, 16/10)
В программе:
1️⃣ Генетика в РФ, кампус и наши достижения
2️⃣ Магистерская программа «Алгоритмическая биология»
3️⃣ 🔬 Экскурсия по лабораториям
4️⃣ ☕️ Чай, фуршет, живое общение
Приходите увидеть лабораторию изнутри и узнать пути в биоинформатику.
🔗 Регистрация: https://forms.yandex.ru/u/69f346279029020401a8e8bb
Ждём вас! 🧬
❤3✍1
Продолжаем знакомиться с проектами магистратуры ФБМФ! С чем предстоит столкнуться поступающим на кафедре системной и синтетической биологии 👇
😊 Разработка методов детекции эпидемических вспышек на основе больших данных биохимических анализов крови
Методы: агентное моделирование, бутстрэп, статистические тесты для обнаружения структурных сдвигов, сравнение статистических моделей информационным критерием Акаике, алгоритм динамической трансформации временной шкалы.
😊 Исследование применения нейронных сетей на основе модуля коррекции ошибок, имитирующих архитектуру мозжечка для сегментации медицинских изображений
В работе исследуется применение биологически инспирированной архитектуры нейронной сети, имитирующей мозжечок, для повышения робастности сегментации медицинских изображений. Предложена гибридная модель, объединяющая свёрточный энкодер-декодер с рекуррентной корой и модулем мозжечка для коррекции ошибок предсказания. Эксперименты проводились на МРТ-срезах левого предсердия в условиях стандартных данных, а также при наличии шума и прореживания последовательностей.
😊 Исследование зависимостей биохимических параметров крови в популяции Российской Федерации
Работа посвящена оценке структуры взаимосвязей рутинно сдаваемых параметров крови и влияния на нее возрастных факторов в популяции Российской Федерации. Методы: описательная статистика, когортная стратификация, графы для построяния структур взаимосвязей параметров.
😊 Автоматизация этапов пайплайна синтеза ДНК с использованием роботизированных станций дозирования
Работа посвящена автоматизации ключевых этапов пайплайна сборки ДНК с использованием лабораторных жидкостных роботов. В ней реализуются и оптимизируются процессы пулирования олигонуклеотидов, постановки ПЦР и выделения плазмид после клонирования. Основная цель — повысить воспроизводимость, снизить количество ручного труда в рутинных экспериментах и упростить масштабирование экспериментов.
😊 Применение сетевого анализа для идентификации генов-кандидатов, ассоциированных с ишемическим инсультом
Цель исследования — разработать методологию идентификации генов, ассоциированных с многофакторными заболеваниями путем обучения представлений генных сетей и решения задачи поиска новых генов-кандидатов методами машинного обучения. Используемые методы — обучение графовых нейронных сетей, алгоритмы классификации, кросс-видовой и кросс-тканевый анализ.
😊 Разработка метода генерации ансамбля конформаций для вычисления энергии сольватации молекулы
Цель работы — пределить допустимость предположения о конформационной близости двух биоизостеров с заменой H/F путём построения полного конформационного ансамбля методами молекулярной динамики. Количественно оценить степень ошибки, вносимой пренебрежение полного конформационного ансамбля при вычислении энергии сольватации свободных лигандов.
Методы: агентное моделирование, бутстрэп, статистические тесты для обнаружения структурных сдвигов, сравнение статистических моделей информационным критерием Акаике, алгоритм динамической трансформации временной шкалы.
В работе исследуется применение биологически инспирированной архитектуры нейронной сети, имитирующей мозжечок, для повышения робастности сегментации медицинских изображений. Предложена гибридная модель, объединяющая свёрточный энкодер-декодер с рекуррентной корой и модулем мозжечка для коррекции ошибок предсказания. Эксперименты проводились на МРТ-срезах левого предсердия в условиях стандартных данных, а также при наличии шума и прореживания последовательностей.
Работа посвящена оценке структуры взаимосвязей рутинно сдаваемых параметров крови и влияния на нее возрастных факторов в популяции Российской Федерации. Методы: описательная статистика, когортная стратификация, графы для построяния структур взаимосвязей параметров.
Работа посвящена автоматизации ключевых этапов пайплайна сборки ДНК с использованием лабораторных жидкостных роботов. В ней реализуются и оптимизируются процессы пулирования олигонуклеотидов, постановки ПЦР и выделения плазмид после клонирования. Основная цель — повысить воспроизводимость, снизить количество ручного труда в рутинных экспериментах и упростить масштабирование экспериментов.
Цель исследования — разработать методологию идентификации генов, ассоциированных с многофакторными заболеваниями путем обучения представлений генных сетей и решения задачи поиска новых генов-кандидатов методами машинного обучения. Используемые методы — обучение графовых нейронных сетей, алгоритмы классификации, кросс-видовой и кросс-тканевый анализ.
Цель работы — пределить допустимость предположения о конформационной близости двух биоизостеров с заменой H/F путём построения полного конформационного ансамбля методами молекулярной динамики. Количественно оценить степень ошибки, вносимой пренебрежение полного конформационного ансамбля при вычислении энергии сольватации свободных лигандов.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥8❤1
🎉 Поздравляем с днём рождения директора Физтех-школы биологической и медицинской физики — Дениса Владимировича Кузьмина!
Сегодня ФБМФ — это школа, которая активно выстраивает связи между образованием, наукой, технологиями и индустрией. Во многом это результат подхода Дениса Владимировича и его умения видеть перспективные направления, собирать вокруг них сильных людей и превращать идеи в партнёрства.
Желаем больше амбициозных проектов и вдохновлённой команды для их реализации! Пусть всё задуманное сбывается, а работа продолжает приносить драйв, развитие и поводы для гордости! 🚀
Сегодня ФБМФ — это школа, которая активно выстраивает связи между образованием, наукой, технологиями и индустрией. Во многом это результат подхода Дениса Владимировича и его умения видеть перспективные направления, собирать вокруг них сильных людей и превращать идеи в партнёрства.
Желаем больше амбициозных проектов и вдохновлённой команды для их реализации! Пусть всё задуманное сбывается, а работа продолжает приносить драйв, развитие и поводы для гордости! 🚀
🎉47🔥12🫡5😐3❤2💯2👎1🤬1🕊1