فَلا تَرضَ بِمَنقَصَةٍ وَذُلٍّ
وَتَقنَع بِالقَلِيلِ مِنَ الحُطَامِ
فَعَيشُكَ تَحتَ ظِلِّ العِزِّ يَومًا
وَلا تَحتَ المَذَلَّةِ أَلفَ عَامِ

Protein structure
مثلما النَّص المكتوب هو بالأساس حروف يتجمعن لتكوين كلمات، يتجمعن لتكوين جمل، يتجمعن لتكوين فقرات... البروتينات همين، تركيبها يتقسم إلى 4 بُنى أو مستويات. بس أول شي نسولف عن الأساسيات: مثلما البيت الواحد يتكون من قطع طابوك صغيرة، البروتين الواحد يتكون من أحماض أمينية ترتبط ببعضها بأواصر كيميائية.

البُنية الأولية للبروتين primary structure هي باختصار وصف لمجموعة الأحماض الأمينية اللي ترتبط ببعضها حتى تكوّن العمود الفقري backbone للبروتين. يعني البُنية الأولية مجرّد توصفلك أنواع وتسلسل الأحماض الأمينية اللي تصنع البروتين.¹

بالبُنية الأولية، تشوف الأحماض الأمينية يرتبطن ببعض مثل قطار؛ الأول يرتبط بالثاني، والثاني بالثالث، وهكذا... بينما بـالبُنية الثانوية secondary structure، رح تشوف أواصر هيدروجينية تربط الأول بالخامس مثلًا، والثالث بالسابع، وهكذا... هاي الأواصر الهيدروجينية أضعف من الأواصر التقليدية، ومو أواصر حقيقية، بس مع ذلك، هنّ قويات بما يكفي حتى يغيرن شكل القطار اللي نسميه العمود الفقري للبروتين ويحولنّه من خط مستقيم، إلى شكل حلزوني يسمّوه α-helix أو إلى شكل مسطّح يشبه الورقة يسمّوه β-sheet. البُنية الثانوية مهمة كلش لأن هواي أمراض تنتج من تحوّل بروتين عادي من الشكل الحلزوني إلى شكل الورقة اللي يميل للتكتّل وية بعضه ويتجمع بالأنسجة ويسبب أمراض مختلفة.

البُنية الثلاثية للبروتين tertiary structure تنتج من تكوّن أواصر هيدروجينية إضافية (وروابط كيميائية ثانية²). بالنتيجة سلسلة الأحماض الأمينية رح تلتوي بعد أكثر وتغيّر شكلها ثلاثي الأبعاد، ف تشوف الشكل الحلزوني مثلًا، يلتف على روحه، أو الشكل الورقي ينطوي على نفسه، كله بسبب الروابط الكيميائية اللي دتتكون بين أجزاء مختلفة ومتباعدة من العمود الفقري للبروتين. مثلًا، الحمض الأميني رقم 73 (قريب من نهاية العمود الفقري) رح يرتبط بالحمض رقم 14 (ببداية العمود الفقري)، بالنتيجة رح يقرّبون نهايتي البروتين من بعضهن والبُنية رح تلتوي أكثر.

بعض البروتينات تكون بسيطة نسبيًا بحيث تركيبها يتكون من 3 بُنى فقط. بس أكو بروتينات معقدة، تركيبها يضم "بُنية رابعة" quaternary structure: هاي تصير لما بروتين يرتبط ببروتين ثاني ويكوّنون بروتين أكبر. بهالحالة كلهن بروتينات، بس ينطوهن أسماء مختلفة للتوضيح: البروتينات الصغار يسمّوهن subunits أو "أجزاء بروتين." والمركّب الجبير اللي ينتج من تركيبهم وية بعضهم، يسموه "بروتين." الهيموغلوبين مثلًا، هو بروتين جبير يتكون من 4 بروتينات (subunits) صغار. الهيموغلوبين العادي اللي نعرفه يتكوّن من ثنين α-globin وثنين β-globin وأكو أنواع من الهيموغلوبين حسب الـ subunits اللي تكوّنه.

¹هذا القطار مال أحماض أمينية، يسموه polypeptide مرات. ومرات هالمصطلح يستخدموه بوصفه مرادف لكلمة بروتين.

²من الأمثلة عليهن هنّ قوى Van der Waals، وأواصر ثنائي الكبريتيد disulphide bonds بين مركّبات السستين Cysteine (هاي بالذات تكون قوية كلش وتساعد بإستقرار شكل البروتين).

Proteopathies
أمراض تنتج من مشاكل ببُنية البروتين

البُنية الأولية:
فقر الدم المنجلي ينتج من مشكلة بالبُنية الأولية للهيموغلوبين. بهذا المرض، الحمض الأميني رقم 6 اللي هو glutamate، رح يتبدل بـ valine بسبب طفرة جينية، وهالشي ينطينا هيموغلوبين بيه هواي مشاكل، إسمه Hemoglobin S (HbS).
مرض ثاني هو الـ cystic fibrosis عادةً ينتج بسبب حذف حمض أميني من فد بروتين (CFTR) وبالنتيجة يعطّله.

البُنية الثانوية:
الـ amyloidosis هو إسم لعدّة أمراض تصير لما فد بروتين معيّن، لأسباب مختلفة، يتحول من شكله الحلزوني المُعتاد للشكل المسطّح (الورقي)، هالشي رح يخليه يفقد وظيفته ويتكتّل بالأنسجة مثل الدماغ والقلب واللسان والمفاصل ويتسبب بفشل الأعضاء. الزهايمر مثلًا، ينتج بسبب تجمّع نوع من البروتينات بالدماغ بشكل تدريجي وبالنتيجة يتآكل الدماغ وتموت الخلايا العصبية.
مرض ثاني هو الـ prion disease ينتج لما بروتين بالدماغ يصيرله misfolding يعني يتصفط بطريقة غلط، وهمين يتحول من شكله الحلزوني للشكل الورقي المسطّح ويتجمع بالدماغ لحدما يموت المريض تدريجيًا.

البُنية الثلاثية:
تتذكر الـ Hbs مال فقر الدم المنجلي؟ هذا مشكلته أنه بمجرد ما يقل الأوكسجين بالدم، رح تتغير بُنيته الثلاثية ويصير يشبه الكريستال وبالنتيجة يؤدي لموت كرية الدم الحمراء.
عندك همين الـ CFTR لما ينحذف منه حمض أميني، رح تتغير تركيبته الثلاثية ويتحلل بداخل الخلية وما يؤدي وظيفته وبالنتيجة يتسبب بالـ cystic fibrosis.

البُنية الرباعية:
أعتقد الثلاسيميا تنحسب ضمن هالنوع؛ اللي يصير مثلًا بالثلاسيميا بيتا هو أنّ الجين المسؤول عن تصنيع الـ β-globin رح يتعطل، وبالنتيجة الجسم ما يكدر يصنع هالبروتين، وهالشي يؤدي لتخريب البُنية الرباعية مال الهيموغلوبين.

Bot:
Ah alright.
Just wanted to say, although I, too, don’t know you much or how you think I appreciate your channel and the texts you share in it still.

Somehow, it gave me hope on this lonely night that I can find my kind of people someday. And that it’s okey for me to nerd out as much as I wish, some people will enjoy it just like I enjoyed reading through the long paragraphs you shared one after the other.

I found it validating and empowering. Because I don’t wanna summarise and reduce the ideas I find worth sharing to only a couple of lines in an attempt to provide a more digestible form of the text for people to read.. screw that. Those are not my people.

The experience I just had in your channel reminded me that there are still people with a hunger for knowledge and for reading to whom a lengthy paragraph won’t feel like a chore but a delicious treat to enjoy.

That's so sweet... Thank you💚
And happy to know that someone is enjoying this mess 🍻

There is a principle in medicine, borrowed from philosophy, that when possible, you should strive to come up with the simplest possible explanation for the phenomena you observe. In medicine, that means we try to find a single diagnosis to explain all that we see in a patient.
Occam’s razor, it’s called—the art of shaving the diagnosis down to the simplest, most elegant solution. It is one of the great pleasures of medicine, but in this case, it wasn’t going to be easy.
Here’s why: The patient had a fever, low blood pressure, and an elevated white-blood-cell count. That combination meant infection until proved otherwise. But if this were an infection, how did the rash fit in? And what about her failing kidneys?

— Diagnosis, by Lisa Sanders

Misfortune is needed to bring to light the treasures of the human intellect. Compression is needed to explode gunpowder. Captivity has brought my mental faculties to a focus; and you are well aware that from the collision of clouds electricity is produced — from electricity, lightning, from lightning, illumination.


(The Count of Monte Cristo)

From a personal experience, the worst times in my life, productivity-wise, are the holidays. Especially the too long and the too short ones.

السنة اللي درسناها الكتروني جانت من صدك سنة ضايعة، لأن ماكو أي نظام أو هيكلية للوقت مالتك... لا أكو دوام، ولا أكو شروق وغروب (لأن انت مكضيها بالبيت). كل ساعة تشبه الثانية، وكلهن يفقدن أهميتهن. وشعور "مرور الوقت" هم ينفقد، يمكن إلا بوقت النوم لأن تدرك أنّ اليوم انتهى.
الواحد يفترض أنّ لو عنده وقت فراغ لمدة أشهر كاملة متواصلة، رح يسوي كل اللي يعجبه، بس بالواقع ما رح يسوي أي شي.