.

'Friendly advice to a lot of young men'
By Charles Bukowski

.

.

.

.

“No one feels another's grief, no one understands another's joy. People imagine they can reach one another. In reality they only pass each other by”.

— Franz Schubert

This is a depressed & misunderstood man's statement. It shouldn't pass as a general judgement about the human condition.

If emotions and internal mental states were truly inaccessible as some philosophers and depressed romantics preach, then the whole enterprise of art, literature, and language would've been less than obsolete; they wouldn't even exist

.

قَالُوا رَبَّنَا أَفْرِغْ عَلَيْنَا صَبْرًا وَثَبِّتْ أَقْدَامَنَا وَانصُرْنَا عَلَى الْقَوْمِ الْكَافِرِينَ

[سورة البقرة]

فمَن ترَكَ الجهادَ رغبةً عنه ألبَسَه الله ثوبَ الذُل وشمِلَه البلاء ودُيِّثَ بالصَغارِ والقَماءة.

— الإمام علي بن أبي طالب (ع)

فَلا تَرضَ بِمَنقَصَةٍ وَذُلٍّ
وَتَقنَع بِالقَلِيلِ مِنَ الحُطَامِ
فَعَيشُكَ تَحتَ ظِلِّ العِزِّ يَومًا
وَلا تَحتَ المَذَلَّةِ أَلفَ عَامِ

Protein structure
مثلما النَّص المكتوب هو بالأساس حروف يتجمعن لتكوين كلمات، يتجمعن لتكوين جمل، يتجمعن لتكوين فقرات... البروتينات همين، تركيبها يتقسم إلى 4 بُنى أو مستويات. بس أول شي نسولف عن الأساسيات: مثلما البيت الواحد يتكون من قطع طابوك صغيرة، البروتين الواحد يتكون من أحماض أمينية ترتبط ببعضها بأواصر كيميائية.

البُنية الأولية للبروتين primary structure هي باختصار وصف لمجموعة الأحماض الأمينية اللي ترتبط ببعضها حتى تكوّن العمود الفقري backbone للبروتين. يعني البُنية الأولية مجرّد توصفلك أنواع وتسلسل الأحماض الأمينية اللي تصنع البروتين.¹

بالبُنية الأولية، تشوف الأحماض الأمينية يرتبطن ببعض مثل قطار؛ الأول يرتبط بالثاني، والثاني بالثالث، وهكذا... بينما بـالبُنية الثانوية secondary structure، رح تشوف أواصر هيدروجينية تربط الأول بالخامس مثلًا، والثالث بالسابع، وهكذا... هاي الأواصر الهيدروجينية أضعف من الأواصر التقليدية، ومو أواصر حقيقية، بس مع ذلك، هنّ قويات بما يكفي حتى يغيرن شكل القطار اللي نسميه العمود الفقري للبروتين ويحولنّه من خط مستقيم، إلى شكل حلزوني يسمّوه α-helix أو إلى شكل مسطّح يشبه الورقة يسمّوه β-sheet. البُنية الثانوية مهمة كلش لأن هواي أمراض تنتج من تحوّل بروتين عادي من الشكل الحلزوني إلى شكل الورقة اللي يميل للتكتّل وية بعضه ويتجمع بالأنسجة ويسبب أمراض مختلفة.

البُنية الثلاثية للبروتين tertiary structure تنتج من تكوّن أواصر هيدروجينية إضافية (وروابط كيميائية ثانية²). بالنتيجة سلسلة الأحماض الأمينية رح تلتوي بعد أكثر وتغيّر شكلها ثلاثي الأبعاد، ف تشوف الشكل الحلزوني مثلًا، يلتف على روحه، أو الشكل الورقي ينطوي على نفسه، كله بسبب الروابط الكيميائية اللي دتتكون بين أجزاء مختلفة ومتباعدة من العمود الفقري للبروتين. مثلًا، الحمض الأميني رقم 73 (قريب من نهاية العمود الفقري) رح يرتبط بالحمض رقم 14 (ببداية العمود الفقري)، بالنتيجة رح يقرّبون نهايتي البروتين من بعضهن والبُنية رح تلتوي أكثر.

بعض البروتينات تكون بسيطة نسبيًا بحيث تركيبها يتكون من 3 بُنى فقط. بس أكو بروتينات معقدة، تركيبها يضم "بُنية رابعة" quaternary structure: هاي تصير لما بروتين يرتبط ببروتين ثاني ويكوّنون بروتين أكبر. بهالحالة كلهن بروتينات، بس ينطوهن أسماء مختلفة للتوضيح: البروتينات الصغار يسمّوهن subunits أو "أجزاء بروتين." والمركّب الجبير اللي ينتج من تركيبهم وية بعضهم، يسموه "بروتين." الهيموغلوبين مثلًا، هو بروتين جبير يتكون من 4 بروتينات (subunits) صغار. الهيموغلوبين العادي اللي نعرفه يتكوّن من ثنين α-globin وثنين β-globin وأكو أنواع من الهيموغلوبين حسب الـ subunits اللي تكوّنه.

¹هذا القطار مال أحماض أمينية، يسموه polypeptide مرات. ومرات هالمصطلح يستخدموه بوصفه مرادف لكلمة بروتين.

²من الأمثلة عليهن هنّ قوى Van der Waals، وأواصر ثنائي الكبريتيد disulphide bonds بين مركّبات السستين Cysteine (هاي بالذات تكون قوية كلش وتساعد بإستقرار شكل البروتين).

Proteopathies
أمراض تنتج من مشاكل ببُنية البروتين

البُنية الأولية:
فقر الدم المنجلي ينتج من مشكلة بالبُنية الأولية للهيموغلوبين. بهذا المرض، الحمض الأميني رقم 6 اللي هو glutamate، رح يتبدل بـ valine بسبب طفرة جينية، وهالشي ينطينا هيموغلوبين بيه هواي مشاكل، إسمه Hemoglobin S (HbS).
مرض ثاني هو الـ cystic fibrosis عادةً ينتج بسبب حذف حمض أميني من فد بروتين (CFTR) وبالنتيجة يعطّله.

البُنية الثانوية:
الـ amyloidosis هو إسم لعدّة أمراض تصير لما فد بروتين معيّن، لأسباب مختلفة، يتحول من شكله الحلزوني المُعتاد للشكل المسطّح (الورقي)، هالشي رح يخليه يفقد وظيفته ويتكتّل بالأنسجة مثل الدماغ والقلب واللسان والمفاصل ويتسبب بفشل الأعضاء. الزهايمر مثلًا، ينتج بسبب تجمّع نوع من البروتينات بالدماغ بشكل تدريجي وبالنتيجة يتآكل الدماغ وتموت الخلايا العصبية.
مرض ثاني هو الـ prion disease ينتج لما بروتين بالدماغ يصيرله misfolding يعني يتصفط بطريقة غلط، وهمين يتحول من شكله الحلزوني للشكل الورقي المسطّح ويتجمع بالدماغ لحدما يموت المريض تدريجيًا.

البُنية الثلاثية:
تتذكر الـ Hbs مال فقر الدم المنجلي؟ هذا مشكلته أنه بمجرد ما يقل الأوكسجين بالدم، رح تتغير بُنيته الثلاثية ويصير يشبه الكريستال وبالنتيجة يؤدي لموت كرية الدم الحمراء.
عندك همين الـ CFTR لما ينحذف منه حمض أميني، رح تتغير تركيبته الثلاثية ويتحلل بداخل الخلية وما يؤدي وظيفته وبالنتيجة يتسبب بالـ cystic fibrosis.

البُنية الرباعية:
أعتقد الثلاسيميا تنحسب ضمن هالنوع؛ اللي يصير مثلًا بالثلاسيميا بيتا هو أنّ الجين المسؤول عن تصنيع الـ β-globin رح يتعطل، وبالنتيجة الجسم ما يكدر يصنع هالبروتين، وهالشي يؤدي لتخريب البُنية الرباعية مال الهيموغلوبين.